ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53078

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 2, 14, 5, 8, 4, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.028, 0.035, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.035 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.032, 0.041, 0.051, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.041 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.027, 0.038, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.038 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.034, 0.046, 0.057, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.046 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.025, 0.036, 0.047, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.036 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.021, 0.035, 0.050, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.035 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.030, 0.046, 0.062, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.046 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.043, 0.059, 0.075, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.059 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.016, 0.036, 0.057, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.036 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.070, 0.092, 0.114, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.092 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.011, 0.035, 0.058, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.035 std_dev=0.023
P B 0, 0.406, 0.571, 0.737, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.571 std_dev=0.165
C2' A 0, 0.052, 0.237, 0.421, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.237 std_dev=0.185
O4' A 0, -0.037, 0.149, 0.335, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.149 std_dev=0.186
OP1 B 0, 0.399, 0.627, 0.855, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.627 std_dev=0.228
P A 0, 0.316, 0.577, 0.838, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.577 std_dev=0.261
O5' B 0, 0.376, 0.645, 0.914, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.645 std_dev=0.269
OP2 A 0, 0.748, 1.023, 1.298, 1.863 max_d=1.863 avg_d=1.023 std_dev=0.275
OP2 B 0, 0.408, 0.720, 1.032, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.720 std_dev=0.312
O5' A 0, -0.030, 0.290, 0.609, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.290 std_dev=0.319
C4' A 0, -0.047, 0.274, 0.596, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.274 std_dev=0.322
C5' A 0, 0.003, 0.341, 0.680, 1.758 max_d=1.758 avg_d=0.341 std_dev=0.339
C3' A 0, 0.005, 0.377, 0.748, 1.749 max_d=1.749 avg_d=0.377 std_dev=0.371
OP1 A 0, 0.423, 0.817, 1.212, 2.466 max_d=2.466 avg_d=0.817 std_dev=0.394
O2' A 0, -0.054, 0.353, 0.761, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.353 std_dev=0.407
C5' B 0, 0.267, 0.828, 1.390, 2.879 max_d=2.879 avg_d=0.828 std_dev=0.562
O3' A 0, 0.044, 0.690, 1.336, 2.900 max_d=2.900 avg_d=0.690 std_dev=0.646
C4' B 0, -0.189, 1.127, 2.442, 5.880 max_d=5.880 avg_d=1.127 std_dev=1.316
O4' B 0, -0.474, 1.181, 2.837, 7.005 max_d=7.005 avg_d=1.181 std_dev=1.655
C3' B 0, -0.419, 1.296, 3.011, 7.333 max_d=7.333 avg_d=1.296 std_dev=1.715
O3' B 0, -0.580, 1.465, 3.510, 8.759 max_d=8.759 avg_d=1.465 std_dev=2.045
C2' B 0, -0.824, 1.422, 3.667, 9.309 max_d=9.309 avg_d=1.422 std_dev=2.245
C1' B 0, -0.890, 1.417, 3.725, 9.488 max_d=9.488 avg_d=1.417 std_dev=2.308
C8 B 0, -1.155, 1.372, 3.899, 10.170 max_d=10.170 avg_d=1.372 std_dev=2.527
N9 B 0, -1.120, 1.489, 4.099, 10.518 max_d=10.518 avg_d=1.489 std_dev=2.609
O2' B 0, -1.064, 1.609, 4.281, 11.211 max_d=11.211 avg_d=1.609 std_dev=2.672
N7 B 0, -1.598, 1.490, 4.577, 12.255 max_d=12.255 avg_d=1.490 std_dev=3.088
C4 B 0, -1.489, 1.740, 4.969, 12.929 max_d=12.929 avg_d=1.740 std_dev=3.229
C5 B 0, -1.749, 1.720, 5.188, 13.782 max_d=13.782 avg_d=1.720 std_dev=3.468
N3 B 0, -1.554, 2.053, 5.660, 14.525 max_d=14.525 avg_d=2.053 std_dev=3.607
C6 B 0, -2.090, 2.024, 6.138, 16.340 max_d=16.340 avg_d=2.024 std_dev=4.114
C2 B 0, -1.847, 2.322, 6.491, 16.759 max_d=16.759 avg_d=2.322 std_dev=4.169
N1 B 0, -2.075, 2.315, 6.705, 17.563 max_d=17.563 avg_d=2.315 std_dev=4.390
O6 B 0, -2.371, 2.115, 6.600, 17.757 max_d=17.757 avg_d=2.115 std_dev=4.485
N2 B 0, -1.934, 2.694, 7.321, 18.706 max_d=18.706 avg_d=2.694 std_dev=4.628

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.21 0.00 0.10 0.15 0.15 0.11
C2 0.02 0.00 0.13 0.08 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.29 0.11 0.08 0.10 0.07 0.06
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.14 0.06 0.09 0.10 0.13 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.27 0.38 0.38 0.33
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.15 0.19 0.11 0.06 0.18 0.20 0.10 0.02 0.01 0.01 0.04 0.16 0.09 0.07
C4 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.18 0.05 0.08 0.09 0.08 0.05
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.11 0.04 0.06 0.06 0.10 0.04 0.18 0.01 0.00 0.01 0.08 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.11 0.02 0.10 0.09 0.08 0.09
C5' 0.05 0.08 0.14 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.08 0.07 0.08 0.08 0.09 0.04 0.05 0.14 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.14 0.04 0.10 0.10 0.09 0.10
C8 0.01 0.02 0.09 0.19 0.01 0.11 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.22 0.08 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08
N1 0.02 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.22 0.08 0.09 0.10 0.08 0.08
N3 0.02 0.01 0.13 0.06 0.00 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.29 0.11 0.09 0.11 0.09 0.07
N6 0.02 0.01 0.06 0.18 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.21 0.12 0.03 0.13 0.14 0.14 0.14
N7 0.01 0.02 0.06 0.20 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.24 0.09 0.05 0.13 0.12 0.09 0.12
N9 0.00 0.02 0.02 0.10 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.11 0.01 0.07 0.10 0.10 0.06
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.11 0.18 0.18 0.05 0.17 0.22 0.12 0.09 0.21 0.24 0.12 0.00 0.04 0.13 0.21 0.36 0.46 0.32
O3' 0.21 0.29 0.02 0.01 0.18 0.01 0.11 0.14 0.14 0.08 0.22 0.29 0.12 0.09 0.11 0.04 0.00 0.14 0.14 0.20 0.19 0.15
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.08 0.08 0.11 0.03 0.05 0.01 0.13 0.14 0.00 0.06 0.09 0.07 0.07
O5' 0.10 0.08 0.27 0.04 0.08 0.01 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.13 0.07 0.21 0.14 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.15 0.10 0.38 0.16 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.14 0.12 0.10 0.36 0.20 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.15 0.07 0.38 0.09 0.08 0.03 0.08 0.02 0.09 0.07 0.08 0.09 0.14 0.09 0.10 0.46 0.19 0.07 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.06 0.33 0.07 0.05 0.03 0.09 0.02 0.10 0.08 0.08 0.07 0.14 0.12 0.06 0.32 0.15 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.91 2.04 0.84 0.72 1.40 0.67 1.23 0.36 1.51 0.59 1.91 2.35 1.80 0.73 0.99 0.70 0.92 0.80 0.26 1.39 0.06 0.20 0.15
C2 0.19 0.90 0.21 0.14 0.60 0.13 0.60 0.13 0.77 0.21 0.91 1.01 0.76 0.37 0.35 0.12 0.15 0.17 0.11 0.76 0.14 0.14 0.09
C2' 0.84 1.85 0.82 0.77 1.22 0.74 1.02 0.46 1.26 0.44 1.68 2.19 1.65 0.52 0.86 0.68 1.01 0.79 0.39 1.12 0.18 0.19 0.33
C3' 0.78 1.93 0.73 0.63 1.21 0.60 1.00 0.26 1.29 0.36 1.76 2.32 1.68 0.46 0.80 0.64 0.89 0.69 0.18 1.15 0.17 0.25 0.10
C4 0.60 1.62 0.55 0.42 1.15 0.38 1.13 0.24 1.39 0.56 1.62 1.80 1.40 0.77 0.79 0.32 0.50 0.52 0.18 1.37 0.09 0.17 0.11
C4' 1.02 2.36 0.93 0.76 1.56 0.69 1.37 0.27 1.71 0.64 2.21 2.79 2.06 0.79 1.09 0.86 1.02 0.86 0.16 1.58 0.15 0.34 0.08
C5 0.53 1.66 0.48 0.32 1.21 0.27 1.30 0.20 1.60 0.70 1.75 1.79 1.39 0.99 0.83 0.21 0.34 0.44 0.15 1.66 0.11 0.16 0.09
C5' 1.13 2.66 1.02 0.81 1.79 0.71 1.64 0.29 2.05 0.83 2.56 3.11 2.29 1.04 1.26 0.95 1.06 0.92 0.16 1.96 0.15 0.35 0.08
C6 0.29 1.30 0.27 0.13 0.96 0.11 1.11 0.14 1.37 0.60 1.44 1.37 1.05 0.90 0.63 0.10 0.11 0.22 0.11 1.48 0.13 0.14 0.09
C8 0.83 2.16 0.75 0.57 1.55 0.50 1.57 0.29 1.94 0.85 2.21 2.39 1.84 1.13 1.09 0.54 0.67 0.69 0.21 1.96 0.08 0.19 0.12
N1 0.12 0.91 0.12 0.10 0.64 0.13 0.75 0.13 0.95 0.35 1.01 0.97 0.73 0.58 0.38 0.24 0.14 0.10 0.11 1.02 0.15 0.13 0.09
N3 0.45 1.25 0.44 0.34 0.85 0.33 0.77 0.21 0.97 0.31 1.19 1.42 1.10 0.44 0.56 0.22 0.42 0.41 0.17 0.91 0.11 0.17 0.11
N6 0.22 1.27 0.19 0.09 0.96 0.13 1.21 0.13 1.49 0.70 1.49 1.30 1.00 1.06 0.63 0.21 0.15 0.14 0.11 1.67 0.14 0.13 0.09
N7 0.69 2.00 0.61 0.43 1.46 0.36 1.57 0.24 1.93 0.88 2.12 2.16 1.67 1.21 1.02 0.36 0.47 0.56 0.17 2.02 0.09 0.17 0.10
N9 0.80 1.97 0.73 0.58 1.39 0.54 1.33 0.31 1.63 0.68 1.94 2.21 1.71 0.89 0.98 0.54 0.72 0.69 0.22 1.58 0.07 0.19 0.13
O2' 0.76 1.61 0.77 0.81 1.01 0.78 0.73 0.52 0.93 0.25 1.37 1.97 1.46 0.26 0.69 0.65 1.11 0.74 0.42 0.73 0.27 0.25 0.43
O3' 0.36 1.41 0.32 0.26 0.69 0.24 0.43 0.20 0.70 0.25 1.19 1.84 1.18 0.19 0.32 0.27 0.55 0.29 0.27 0.53 0.55 0.59 0.37
O4' 1.06 2.42 0.95 0.76 1.66 0.68 1.51 0.28 1.86 0.77 2.31 2.79 2.12 0.95 1.18 0.85 0.97 0.88 0.16 1.74 0.15 0.37 0.08
O5' 1.07 2.62 0.96 0.76 1.78 0.66 1.71 0.31 2.14 0.89 2.59 3.02 2.23 1.14 1.26 0.86 0.97 0.87 0.20 2.11 0.15 0.30 0.10
OP1 1.16 2.84 1.06 0.85 1.91 0.72 1.84 0.35 2.32 0.97 2.82 3.30 2.40 1.24 1.35 1.00 1.09 0.93 0.22 2.31 0.19 0.33 0.13
OP2 1.01 2.66 0.91 0.69 1.84 0.58 1.87 0.31 2.36 1.01 2.74 3.01 2.21 1.34 1.29 0.77 0.85 0.80 0.20 2.44 0.15 0.26 0.10
P 1.17 2.85 1.06 0.83 1.97 0.71 1.94 0.36 2.43 1.07 2.88 3.26 2.41 1.37 1.41 0.97 1.03 0.94 0.23 2.45 0.13 0.28 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.22 0.00 0.05 0.02 0.32 0.09 0.06
C2 0.06 0.00 0.29 0.25 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.20 0.12 0.02 0.51 0.20 0.09
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.16 0.01 0.08 0.12 0.13 0.14 0.22 0.34 0.28 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.08 0.11 0.12 0.06 0.08
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.21 0.00 0.23 0.01 0.27 0.13 0.27 0.24 0.21 0.19 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.28 0.12 0.05 0.08
C4 0.03 0.01 0.16 0.21 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.09 0.07 0.01 0.68 0.13 0.19
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.09 0.15 0.05 0.11 0.07 0.15 0.07 0.17 0.02 0.01 0.01 0.12 0.14 0.09 0.14
C5 0.02 0.01 0.08 0.23 0.01 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.04 0.03 0.15 0.01 0.99 0.30 0.41
C5' 0.03 0.07 0.12 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.17 0.18 0.12 0.08 0.06 0.21 0.08 0.04 0.12 0.01 0.01 0.22 0.06 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.27 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.06 0.07 0.13 0.01 1.01 0.26 0.38
C8 0.02 0.01 0.14 0.13 0.01 0.15 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.04 0.13 0.27 0.03 1.08 0.51 0.58
N1 0.05 0.00 0.22 0.27 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.14 0.08 0.02 0.77 0.14 0.18
N2 0.07 0.01 0.34 0.24 0.01 0.11 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.13 0.25 0.20 0.02 0.35 0.34 0.20
N3 0.06 0.00 0.28 0.21 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.12 0.20 0.12 0.02 0.42 0.19 0.09
N7 0.01 0.01 0.07 0.19 0.01 0.15 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.03 0.08 0.27 0.03 1.24 0.54 0.64
N9 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.09 0.01 0.11 0.02 0.68 0.22 0.26
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.07 0.17 0.17 0.04 0.15 0.28 0.07 0.18 0.11 0.28 0.13 0.00 0.03 0.13 0.13 0.19 0.16 0.13 0.07
O3' 0.22 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.04 0.12 0.06 0.04 0.08 0.13 0.12 0.03 0.09 0.03 0.00 0.14 0.05 0.07 0.24 0.12 0.16
O4' 0.00 0.20 0.02 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.13 0.14 0.25 0.20 0.08 0.01 0.13 0.14 0.00 0.06 0.04 0.24 0.07 0.04
O5' 0.05 0.12 0.08 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.13 0.27 0.08 0.20 0.12 0.27 0.11 0.13 0.05 0.06 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.02 0.11 0.28 0.01 0.12 0.01 0.22 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.19 0.07 0.04 0.18 0.00 1.18 0.38 0.51
OP1 0.32 0.51 0.12 0.12 0.68 0.14 0.99 0.06 1.01 1.08 0.77 0.35 0.42 1.24 0.68 0.16 0.24 0.24 0.01 1.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.20 0.06 0.05 0.13 0.09 0.30 0.02 0.26 0.51 0.14 0.34 0.19 0.54 0.22 0.13 0.12 0.07 0.01 0.38 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.08 0.08 0.19 0.14 0.41 0.02 0.38 0.58 0.18 0.20 0.09 0.64 0.26 0.07 0.16 0.04 0.00 0.51 0.01 0.00 0.00