ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53079

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 5, 12, 10, 4, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.021 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.029 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.012, 0.031, 0.049, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.035 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.047, 0.114, 0.181, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.114 std_dev=0.067
O4' A 0, 0.059, 0.133, 0.206, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.133 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.133, 0.215, 0.298, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.215 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.094, 0.181, 0.268, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.181 std_dev=0.087
C8 B 0, 0.173, 0.282, 0.391, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.282 std_dev=0.109
O2' A 0, 0.072, 0.181, 0.290, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.181 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.208, 0.337, 0.465, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.337 std_dev=0.129
P A 0, 0.286, 0.415, 0.544, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.415 std_dev=0.129
O5' A 0, 0.238, 0.373, 0.508, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.373 std_dev=0.135
N7 B 0, 0.204, 0.350, 0.495, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.350 std_dev=0.146
OP2 B 0, 0.277, 0.427, 0.578, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.427 std_dev=0.151
O5' B 0, 0.187, 0.339, 0.492, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.339 std_dev=0.152
OP1 A 0, 0.271, 0.424, 0.576, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.424 std_dev=0.152
O4' B 0, 0.127, 0.281, 0.436, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.281 std_dev=0.154
N9 B 0, 0.142, 0.301, 0.459, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.301 std_dev=0.159
P B 0, 0.220, 0.381, 0.541, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.381 std_dev=0.160
C1' B 0, 0.147, 0.316, 0.485, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.316 std_dev=0.169
OP2 A 0, 0.302, 0.497, 0.693, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.497 std_dev=0.195
C5' B 0, 0.207, 0.403, 0.600, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.403 std_dev=0.197
O3' A 0, 0.023, 0.232, 0.442, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.232 std_dev=0.209
OP1 B 0, 0.214, 0.425, 0.636, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.425 std_dev=0.211
C4' B 0, 0.173, 0.386, 0.600, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.386 std_dev=0.213
C5 B 0, 0.186, 0.408, 0.630, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.408 std_dev=0.222
C4 B 0, 0.141, 0.371, 0.601, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.371 std_dev=0.230
C2' B 0, 0.165, 0.442, 0.719, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.442 std_dev=0.277
N3 B 0, 0.119, 0.425, 0.730, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.425 std_dev=0.305
C6 B 0, 0.215, 0.521, 0.827, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.521 std_dev=0.306
O2' B 0, 0.212, 0.522, 0.832, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.522 std_dev=0.310
C3' B 0, 0.156, 0.475, 0.793, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.475 std_dev=0.318
O6 B 0, 0.271, 0.601, 0.931, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.601 std_dev=0.330
C2 B 0, 0.141, 0.512, 0.882, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.512 std_dev=0.370
N1 B 0, 0.187, 0.560, 0.933, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.560 std_dev=0.373
O3' B 0, 0.185, 0.596, 1.007, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.596 std_dev=0.411
N2 B 0, 0.140, 0.584, 1.028, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.584 std_dev=0.444

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.11 0.00 0.04 0.06 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.18 0.04 0.07 0.11 0.20 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.12 0.07 0.11
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.06 0.09
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.02 0.08 0.10 0.18 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.02 0.10 0.13 0.21 0.12
C5' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.08 0.08 0.05 0.10 0.10 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.12 0.03 0.10 0.14 0.23 0.13
C8 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.10 0.11 0.18 0.11
N1 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.16 0.04 0.09 0.13 0.22 0.12
N3 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.18 0.04 0.07 0.09 0.17 0.08
N6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.11 0.16 0.25 0.15
N7 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.11 0.15 0.21 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.01 0.07 0.09 0.15 0.08
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.09 0.09 0.07 0.05 0.03 0.00 0.05 0.02 0.08 0.17 0.09 0.14
O3' 0.11 0.18 0.04 0.00 0.13 0.02 0.10 0.03 0.12 0.05 0.16 0.18 0.10 0.05 0.09 0.05 0.00 0.09 0.05 0.11 0.07 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.05 0.08 0.16 0.07
O5' 0.04 0.07 0.06 0.04 0.08 0.01 0.10 0.00 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.08 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.11 0.12 0.10 0.10 0.03 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.09 0.16 0.15 0.09 0.17 0.11 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.20 0.07 0.06 0.18 0.07 0.21 0.05 0.23 0.18 0.22 0.17 0.25 0.21 0.15 0.09 0.07 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.11 0.09 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.08 0.15 0.14 0.08 0.14 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.25 0.13 0.16 0.18 0.13 0.18 0.17 0.23 0.09 0.26 0.27 0.22 0.12 0.13 0.11 0.14 0.13 0.13 0.23 0.19 0.08 0.12
C2 0.12 0.12 0.12 0.10 0.11 0.10 0.12 0.08 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.16 0.12 0.10 0.07 0.14 0.10 0.08 0.07
C2' 0.11 0.27 0.13 0.17 0.19 0.13 0.19 0.17 0.24 0.09 0.28 0.28 0.23 0.11 0.12 0.10 0.16 0.12 0.12 0.25 0.17 0.09 0.10
C3' 0.11 0.28 0.14 0.17 0.18 0.13 0.18 0.16 0.25 0.09 0.29 0.30 0.23 0.11 0.12 0.10 0.16 0.12 0.12 0.27 0.17 0.10 0.11
C4 0.08 0.15 0.08 0.08 0.12 0.07 0.13 0.09 0.15 0.09 0.16 0.15 0.13 0.12 0.09 0.11 0.07 0.08 0.08 0.17 0.13 0.07 0.08
C4' 0.11 0.27 0.13 0.16 0.19 0.13 0.19 0.17 0.25 0.09 0.28 0.29 0.23 0.12 0.13 0.10 0.14 0.12 0.13 0.27 0.20 0.09 0.12
C5 0.07 0.11 0.08 0.07 0.09 0.08 0.12 0.08 0.14 0.09 0.13 0.11 0.09 0.13 0.07 0.14 0.10 0.07 0.07 0.16 0.11 0.08 0.08
C5' 0.12 0.27 0.13 0.17 0.20 0.14 0.21 0.18 0.27 0.11 0.29 0.29 0.23 0.15 0.14 0.09 0.14 0.13 0.14 0.29 0.21 0.09 0.14
C6 0.12 0.09 0.14 0.14 0.09 0.14 0.11 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.09 0.12 0.09 0.21 0.18 0.11 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10
C8 0.08 0.20 0.08 0.10 0.16 0.08 0.19 0.11 0.22 0.10 0.22 0.20 0.17 0.16 0.11 0.10 0.07 0.09 0.09 0.25 0.14 0.07 0.08
N1 0.14 0.12 0.16 0.16 0.12 0.16 0.12 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.12 0.21 0.19 0.12 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11
N3 0.10 0.14 0.10 0.10 0.12 0.09 0.13 0.10 0.14 0.11 0.14 0.15 0.13 0.12 0.10 0.12 0.10 0.10 0.09 0.15 0.13 0.07 0.08
N6 0.16 0.11 0.21 0.21 0.11 0.19 0.12 0.17 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.12 0.28 0.26 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.13
N7 0.07 0.14 0.08 0.08 0.12 0.08 0.15 0.09 0.18 0.09 0.17 0.14 0.12 0.15 0.08 0.14 0.09 0.08 0.08 0.21 0.12 0.08 0.08
N9 0.09 0.20 0.09 0.12 0.16 0.10 0.17 0.13 0.20 0.09 0.22 0.21 0.18 0.13 0.11 0.10 0.09 0.10 0.10 0.22 0.16 0.07 0.09
O2' 0.14 0.28 0.16 0.19 0.20 0.14 0.19 0.17 0.24 0.14 0.28 0.30 0.24 0.15 0.15 0.14 0.19 0.13 0.12 0.23 0.16 0.12 0.11
O3' 0.18 0.29 0.19 0.23 0.20 0.21 0.18 0.24 0.24 0.13 0.29 0.32 0.25 0.12 0.16 0.18 0.23 0.20 0.23 0.25 0.27 0.26 0.24
O4' 0.11 0.25 0.12 0.15 0.18 0.13 0.18 0.18 0.23 0.08 0.26 0.27 0.22 0.12 0.12 0.10 0.13 0.13 0.15 0.25 0.23 0.09 0.14
O5' 0.13 0.28 0.14 0.17 0.21 0.14 0.23 0.17 0.29 0.13 0.31 0.29 0.24 0.18 0.15 0.10 0.14 0.14 0.14 0.33 0.20 0.09 0.13
OP1 0.14 0.29 0.15 0.17 0.24 0.14 0.27 0.17 0.32 0.17 0.32 0.30 0.25 0.23 0.18 0.11 0.14 0.15 0.14 0.35 0.18 0.09 0.13
OP2 0.16 0.28 0.16 0.18 0.23 0.17 0.25 0.20 0.31 0.18 0.31 0.29 0.25 0.22 0.19 0.14 0.16 0.18 0.18 0.34 0.23 0.18 0.18
P 0.13 0.29 0.14 0.17 0.23 0.13 0.25 0.17 0.31 0.15 0.32 0.30 0.25 0.20 0.17 0.10 0.14 0.14 0.13 0.34 0.19 0.09 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.12 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.15 0.05 0.09 0.01 0.15 0.10 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.05 0.02
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.11 0.13 0.10 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.05 0.01 0.10 0.07 0.06
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.07 0.11 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.10 0.08 0.06
C5' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.08 0.04 0.10 0.13 0.09 0.05 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.06 0.00 0.12 0.10 0.08
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.07 0.07 0.05
N1 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.13 0.04 0.08 0.01 0.14 0.11 0.09
N2 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.18 0.06 0.11 0.01 0.17 0.12 0.13
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.12 0.05 0.08 0.01 0.12 0.09 0.08
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.08 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.06 0.04
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.06 0.09 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05 0.07 0.10 0.06
O3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.07 0.02 0.07 0.03 0.10 0.01 0.13 0.18 0.12 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.10 0.09 0.08 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.03
O5' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.08 0.11 0.08 0.04 0.03 0.06 0.04 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.06 0.00 0.12 0.11 0.08
OP1 0.05 0.15 0.06 0.08 0.10 0.05 0.10 0.06 0.12 0.07 0.14 0.17 0.12 0.08 0.07 0.07 0.09 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.10 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.02 0.10 0.07 0.11 0.12 0.09 0.08 0.06 0.10 0.08 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.10 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.01 0.08 0.05 0.09 0.13 0.08 0.05 0.04 0.06 0.05 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00