ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53082

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 6, 5, 4, 3, 3, 1, 0, 2, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.010, 0.018, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.025 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.007, 0.027, 0.046, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.027 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.062, 0.132, 0.202, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.132 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.066, 0.142, 0.218, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.142 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.063, 0.168, 0.272, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.168 std_dev=0.105
C4' A 0, 0.098, 0.204, 0.310, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.204 std_dev=0.106
C3' A 0, 0.108, 0.227, 0.347, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.227 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.150, 0.331, 0.512, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.331 std_dev=0.181
C5' A 0, 0.155, 0.338, 0.522, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.338 std_dev=0.183
O5' A 0, 0.210, 0.452, 0.693, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.452 std_dev=0.242
O4' B 0, 0.215, 0.488, 0.761, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.488 std_dev=0.273
OP2 A 0, 0.142, 0.420, 0.699, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.420 std_dev=0.278
P A 0, 0.191, 0.473, 0.756, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.473 std_dev=0.283
O5' B 0, 0.224, 0.508, 0.791, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.508 std_dev=0.283
C1' B 0, 0.196, 0.481, 0.767, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.481 std_dev=0.285
O2' B 0, 0.192, 0.482, 0.772, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.482 std_dev=0.290
C4' B 0, 0.232, 0.533, 0.834, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.533 std_dev=0.301
C2' B 0, 0.206, 0.521, 0.836, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.521 std_dev=0.315
N3 B 0, 0.184, 0.503, 0.821, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.503 std_dev=0.318
OP1 B 0, 0.193, 0.514, 0.836, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.514 std_dev=0.322
N9 B 0, 0.214, 0.536, 0.858, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.536 std_dev=0.322
P B 0, 0.197, 0.519, 0.841, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.519 std_dev=0.322
OP1 A 0, 0.210, 0.534, 0.857, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.534 std_dev=0.323
N2 B 0, 0.197, 0.529, 0.862, 1.372 max_d=1.372 avg_d=0.529 std_dev=0.332
C4 B 0, 0.210, 0.546, 0.881, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.546 std_dev=0.335
C2 B 0, 0.202, 0.539, 0.877, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.539 std_dev=0.337
C5' B 0, 0.253, 0.595, 0.938, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.595 std_dev=0.342
C3' B 0, 0.249, 0.599, 0.948, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.599 std_dev=0.349
C8 B 0, 0.243, 0.606, 0.969, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.606 std_dev=0.363
N1 B 0, 0.231, 0.607, 0.983, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.607 std_dev=0.376
O3' B 0, 0.267, 0.647, 1.027, 1.704 max_d=1.704 avg_d=0.647 std_dev=0.380
C5 B 0, 0.241, 0.623, 1.006, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.623 std_dev=0.382
OP2 B 0, 0.237, 0.620, 1.003, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.620 std_dev=0.383
N7 B 0, 0.261, 0.664, 1.067, 1.764 max_d=1.764 avg_d=0.664 std_dev=0.403
C6 B 0, 0.251, 0.659, 1.067, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.659 std_dev=0.408
O6 B 0, 0.277, 0.735, 1.192, 2.045 max_d=2.045 avg_d=0.735 std_dev=0.458

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.09 0.11 0.11 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.09 0.10 0.09 0.08
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.12 0.12 0.11
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06 0.04 0.08 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.11 0.13 0.14 0.12
C8 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.12 0.12 0.10 0.10
N1 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.07 0.02 0.10 0.12 0.13 0.11
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.07 0.09 0.09 0.07
N6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.12 0.15 0.16 0.14
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.13 0.13 0.13 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.09 0.07 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.09 0.03 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.11 0.06 0.05
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04
O5' 0.04 0.09 0.02 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.07 0.12 0.13 0.08 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.11 0.08 0.09 0.10 0.06 0.12 0.05 0.13 0.12 0.12 0.09 0.15 0.13 0.09 0.09 0.11 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.11 0.04 0.04 0.09 0.02 0.12 0.01 0.14 0.10 0.13 0.09 0.16 0.13 0.07 0.03 0.06 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.09 0.02 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.11 0.07 0.14 0.12 0.07 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.10 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.09 0.06 0.06 0.16 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.10 0.09
C2 0.11 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.15 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.09 0.09
C2' 0.06 0.08 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08 0.07 0.15 0.08 0.07 0.10 0.07 0.11 0.11 0.10
C3' 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.14 0.09 0.07 0.10 0.07 0.11 0.11 0.11
C4 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.15 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08
C4' 0.06 0.08 0.10 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.05 0.16 0.09 0.06 0.09 0.06 0.10 0.11 0.10
C5 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.14 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.08
C5' 0.07 0.08 0.10 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.10 0.08 0.06 0.06 0.15 0.10 0.06 0.09 0.06 0.10 0.10 0.09
C6 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.13 0.08 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09
C8 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.10 0.08 0.06 0.06 0.15 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08
N1 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.14 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.10
N3 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.15 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.08 0.08
N6 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.13 0.08 0.09 0.10 0.10 0.12 0.10 0.10
N7 0.07 0.08 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.14 0.08 0.06 0.07 0.07 0.10 0.08 0.08
N9 0.07 0.08 0.10 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.08 0.06 0.06 0.15 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.08 0.08
O2' 0.06 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.16 0.11 0.07 0.11 0.08 0.11 0.13 0.12
O3' 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.12 0.10 0.09 0.11 0.08 0.12 0.12 0.11
O4' 0.07 0.09 0.11 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.11 0.09 0.07 0.06 0.16 0.09 0.06 0.08 0.08 0.10 0.10 0.09
O5' 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.14 0.09 0.06 0.09 0.06 0.11 0.10 0.10
OP1 0.11 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.14 0.12 0.10 0.10 0.16 0.13 0.10 0.11 0.10 0.13 0.12 0.11
OP2 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.07 0.06 0.14 0.08 0.06 0.08 0.06 0.11 0.09 0.09
P 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07 0.06 0.05 0.14 0.09 0.06 0.08 0.06 0.10 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.09 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.04 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.09 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.10 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.05 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.07 0.10 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.09 0.06
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.10 0.06
N2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.08 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.08 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.11 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.07 0.07 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03
O5' 0.04 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.07 0.00 0.09 0.11 0.08
OP1 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.07 0.07 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.09 0.05 0.04 0.09 0.04 0.10 0.03 0.10 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.06 0.04 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00