ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53083

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 6, 8, 5, 3, 2, 2, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.032, 0.067, 0.102, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.067 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.020, 0.056, 0.092, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.056 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.032, 0.104, 0.176, 0.335 max_d=0.335 avg_d=0.104 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.022, 0.101, 0.180, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.101 std_dev=0.079
O2' A 0, 0.036, 0.123, 0.209, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.123 std_dev=0.086
O3' A 0, 0.060, 0.150, 0.240, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.150 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.024, 0.166, 0.308, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.166 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.056, 0.222, 0.388, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.222 std_dev=0.166
N2 B 0, 0.090, 0.299, 0.507, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.299 std_dev=0.209
N3 B 0, 0.042, 0.253, 0.464, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.253 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.038, 0.250, 0.463, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.250 std_dev=0.213
C2 B 0, 0.033, 0.246, 0.459, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.246 std_dev=0.213
N9 B 0, 0.089, 0.306, 0.522, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.306 std_dev=0.216
C8 B 0, 0.106, 0.325, 0.544, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.325 std_dev=0.219
C5 B 0, 0.024, 0.245, 0.465, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.245 std_dev=0.221
P B 0, 0.125, 0.346, 0.566, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.346 std_dev=0.221
O4' B 0, 0.161, 0.385, 0.610, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.385 std_dev=0.225
N7 B 0, 0.068, 0.294, 0.520, 1.260 max_d=1.260 avg_d=0.294 std_dev=0.226
N1 B 0, 0.005, 0.236, 0.467, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.236 std_dev=0.231
C1' B 0, 0.131, 0.363, 0.595, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.363 std_dev=0.232
O5' B 0, 0.131, 0.363, 0.595, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.363 std_dev=0.232
C5' B 0, 0.152, 0.390, 0.627, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.390 std_dev=0.237
C6 B 0, -0.005, 0.234, 0.473, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.234 std_dev=0.239
C4' B 0, 0.151, 0.392, 0.632, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.392 std_dev=0.241
OP2 B 0, 0.131, 0.378, 0.625, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.378 std_dev=0.247
C2' B 0, 0.136, 0.392, 0.649, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.392 std_dev=0.257
O6 B 0, 0.011, 0.273, 0.534, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.273 std_dev=0.261
C3' B 0, 0.159, 0.421, 0.684, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.421 std_dev=0.262
P A 0, 0.002, 0.271, 0.540, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.271 std_dev=0.269
OP1 B 0, 0.159, 0.431, 0.704, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.431 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.179, 0.476, 0.773, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.476 std_dev=0.297
OP2 A 0, 0.017, 0.320, 0.623, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.320 std_dev=0.303
O2' B 0, 0.132, 0.435, 0.739, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.435 std_dev=0.303
OP1 A 0, -0.073, 0.294, 0.662, 2.243 max_d=2.243 avg_d=0.294 std_dev=0.367

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.08 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.02 0.10 0.15 0.18 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.08 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.09 0.07 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.11 0.14 0.17 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.15 0.18 0.22 0.16
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.05 0.03 0.10 0.10 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.15 0.20 0.23 0.18
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.15 0.17 0.18 0.15
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.13 0.17 0.21 0.15
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.09 0.12 0.16 0.11
N6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.17 0.22 0.26 0.20
N7 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.17 0.20 0.23 0.18
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.13 0.14 0.11
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.08 0.08 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.09 0.07 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.11 0.10 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.07 0.09 0.07
O5' 0.06 0.10 0.03 0.03 0.11 0.01 0.15 0.00 0.15 0.15 0.13 0.09 0.17 0.17 0.11 0.03 0.07 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.15 0.09 0.09 0.14 0.06 0.18 0.06 0.20 0.17 0.17 0.12 0.22 0.20 0.13 0.09 0.11 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.18 0.08 0.07 0.17 0.03 0.22 0.02 0.23 0.18 0.21 0.16 0.26 0.23 0.14 0.07 0.10 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.13 0.05 0.04 0.13 0.01 0.16 0.01 0.18 0.15 0.15 0.11 0.20 0.18 0.11 0.04 0.07 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.15 0.09 0.08 0.16 0.09 0.20 0.13 0.22 0.18 0.20 0.14 0.13 0.21 0.15 0.12 0.10 0.08 0.13 0.25 0.12 0.15 0.10
C2 0.11 0.14 0.10 0.11 0.10 0.12 0.14 0.13 0.13 0.16 0.11 0.18 0.13 0.18 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.17 0.09 0.16 0.10
C2' 0.10 0.14 0.08 0.08 0.14 0.09 0.19 0.13 0.20 0.17 0.18 0.13 0.12 0.20 0.14 0.10 0.10 0.07 0.13 0.23 0.13 0.14 0.11
C3' 0.10 0.16 0.08 0.08 0.15 0.09 0.20 0.13 0.23 0.17 0.20 0.15 0.13 0.21 0.14 0.11 0.10 0.07 0.13 0.26 0.14 0.14 0.11
C4 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.10 0.18 0.12 0.19 0.18 0.12 0.12 0.07 0.21 0.12 0.11 0.09 0.08 0.12 0.23 0.09 0.17 0.10
C4' 0.11 0.18 0.10 0.08 0.16 0.10 0.20 0.13 0.23 0.17 0.22 0.18 0.15 0.20 0.14 0.14 0.11 0.08 0.12 0.26 0.12 0.14 0.10
C5 0.10 0.07 0.10 0.09 0.10 0.11 0.16 0.13 0.17 0.18 0.09 0.13 0.07 0.21 0.12 0.12 0.10 0.09 0.12 0.23 0.08 0.19 0.11
C5' 0.12 0.20 0.11 0.09 0.18 0.10 0.22 0.13 0.26 0.18 0.24 0.20 0.17 0.22 0.16 0.15 0.11 0.08 0.14 0.30 0.13 0.16 0.12
C6 0.11 0.10 0.11 0.11 0.08 0.12 0.13 0.14 0.12 0.17 0.08 0.15 0.09 0.19 0.11 0.12 0.11 0.11 0.13 0.18 0.10 0.21 0.13
C8 0.10 0.11 0.10 0.08 0.14 0.09 0.20 0.12 0.22 0.19 0.17 0.10 0.09 0.22 0.14 0.12 0.08 0.08 0.12 0.27 0.08 0.18 0.10
N1 0.12 0.14 0.12 0.12 0.09 0.13 0.11 0.15 0.11 0.16 0.11 0.18 0.12 0.18 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.16 0.10 0.19 0.12
N3 0.10 0.11 0.09 0.08 0.11 0.10 0.16 0.12 0.17 0.17 0.12 0.15 0.10 0.20 0.12 0.11 0.10 0.09 0.12 0.19 0.10 0.15 0.10
N6 0.11 0.11 0.13 0.13 0.09 0.13 0.12 0.15 0.10 0.17 0.08 0.15 0.10 0.19 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.16 0.12 0.23 0.14
N7 0.10 0.08 0.10 0.09 0.12 0.10 0.18 0.13 0.20 0.18 0.13 0.10 0.07 0.22 0.13 0.12 0.09 0.09 0.12 0.26 0.08 0.20 0.11
N9 0.10 0.11 0.09 0.07 0.14 0.09 0.20 0.12 0.22 0.18 0.17 0.11 0.10 0.22 0.14 0.12 0.09 0.07 0.12 0.25 0.10 0.16 0.10
O2' 0.10 0.14 0.08 0.09 0.13 0.11 0.16 0.15 0.18 0.15 0.16 0.13 0.12 0.17 0.12 0.11 0.11 0.08 0.12 0.20 0.14 0.14 0.12
O3' 0.10 0.16 0.08 0.09 0.15 0.10 0.19 0.14 0.21 0.16 0.19 0.16 0.13 0.20 0.13 0.11 0.12 0.07 0.13 0.25 0.15 0.14 0.11
O4' 0.13 0.20 0.12 0.10 0.18 0.11 0.22 0.13 0.24 0.19 0.23 0.19 0.17 0.22 0.17 0.16 0.12 0.10 0.14 0.27 0.12 0.15 0.11
O5' 0.14 0.23 0.13 0.09 0.22 0.11 0.28 0.15 0.32 0.24 0.29 0.22 0.20 0.29 0.19 0.16 0.10 0.10 0.18 0.37 0.17 0.19 0.16
OP1 0.16 0.24 0.14 0.11 0.23 0.13 0.28 0.18 0.32 0.25 0.29 0.24 0.21 0.29 0.21 0.19 0.13 0.12 0.21 0.36 0.23 0.22 0.21
OP2 0.14 0.19 0.14 0.13 0.20 0.15 0.27 0.20 0.30 0.25 0.25 0.17 0.16 0.30 0.19 0.15 0.12 0.13 0.25 0.37 0.25 0.26 0.24
P 0.12 0.20 0.11 0.08 0.20 0.11 0.26 0.16 0.30 0.22 0.26 0.19 0.17 0.27 0.18 0.15 0.10 0.09 0.19 0.35 0.20 0.21 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.05 0.10 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.09 0.12 0.01 0.12 0.23 0.14
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.03 0.08 0.08 0.07
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.09 0.01 0.09 0.20 0.11
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.07 0.12 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.08 0.01 0.09 0.22 0.10
C5' 0.02 0.14 0.03 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.09 0.07 0.12 0.16 0.13 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.09 0.01 0.10 0.23 0.11
C8 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.07 0.01 0.08 0.16 0.08
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.06 0.11 0.01 0.11 0.24 0.13
N2 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.11 0.13 0.02 0.13 0.24 0.15
N3 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.09 0.12 0.01 0.11 0.22 0.13
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.19 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.16 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.05 0.11 0.10 0.09
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03
O4' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.11 0.09 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05
O5' 0.05 0.12 0.05 0.03 0.09 0.01 0.08 0.01 0.09 0.07 0.11 0.13 0.12 0.07 0.06 0.06 0.03 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.03 0.08 0.00 0.11 0.23 0.11
OP1 0.05 0.12 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.13 0.11 0.09 0.06 0.11 0.06 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.23 0.08 0.04 0.20 0.02 0.22 0.02 0.23 0.16 0.24 0.24 0.22 0.19 0.16 0.10 0.05 0.08 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.14 0.07 0.04 0.11 0.01 0.10 0.01 0.11 0.08 0.13 0.15 0.13 0.09 0.07 0.09 0.03 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00