ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53084

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 7, 5, 6, 5, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.013, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.021 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.024, 0.036, 0.048, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.036 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.025 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.027, 0.045, 0.063, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.045 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.026, 0.049, 0.072, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.049 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.025, 0.053, 0.081, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.053 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.037, 0.075, 0.112, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.075 std_dev=0.038
C4' A 0, 0.055, 0.093, 0.131, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.093 std_dev=0.038
C3' A 0, 0.064, 0.111, 0.158, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.111 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.053, 0.116, 0.178, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.116 std_dev=0.062
C5' A 0, 0.062, 0.128, 0.193, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.128 std_dev=0.066
O3' A 0, 0.069, 0.157, 0.244, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.157 std_dev=0.087
O5' A 0, 0.051, 0.151, 0.252, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.151 std_dev=0.101
P A 0, 0.041, 0.195, 0.348, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.195 std_dev=0.153
P B 0, 0.182, 0.358, 0.534, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.358 std_dev=0.176
OP1 B 0, 0.233, 0.417, 0.600, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.417 std_dev=0.184
OP1 A 0, 0.040, 0.227, 0.415, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.227 std_dev=0.187
OP2 A 0, 0.041, 0.230, 0.419, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.230 std_dev=0.189
OP2 B 0, 0.196, 0.406, 0.616, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.406 std_dev=0.210
C5' B 0, 0.132, 0.355, 0.578, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.355 std_dev=0.223
O5' B 0, 0.133, 0.371, 0.608, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.371 std_dev=0.237
C4' B 0, 0.079, 0.343, 0.608, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.343 std_dev=0.264
O4' B 0, 0.045, 0.324, 0.604, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.324 std_dev=0.280
C3' B 0, 0.073, 0.374, 0.675, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.374 std_dev=0.301
O3' B 0, 0.102, 0.406, 0.710, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.406 std_dev=0.304
C8 B 0, 0.078, 0.397, 0.716, 1.569 max_d=1.569 avg_d=0.397 std_dev=0.319
C1' B 0, 0.040, 0.367, 0.694, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.367 std_dev=0.327
N9 B 0, 0.055, 0.385, 0.716, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.385 std_dev=0.330
N7 B 0, 0.091, 0.425, 0.760, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.425 std_dev=0.334
C2' B 0, 0.051, 0.392, 0.733, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.392 std_dev=0.341
C4 B 0, 0.060, 0.412, 0.764, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.412 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.081, 0.433, 0.785, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.433 std_dev=0.352
O2' B 0, 0.078, 0.432, 0.787, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.432 std_dev=0.354
N3 B 0, 0.055, 0.431, 0.806, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.431 std_dev=0.376
C6 B 0, 0.097, 0.475, 0.854, 1.850 max_d=1.850 avg_d=0.475 std_dev=0.379
O6 B 0, 0.121, 0.510, 0.900, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.510 std_dev=0.390
C2 B 0, 0.070, 0.471, 0.873, 1.790 max_d=1.790 avg_d=0.471 std_dev=0.402
N1 B 0, 0.086, 0.489, 0.892, 1.868 max_d=1.868 avg_d=0.489 std_dev=0.403
N2 B 0, 0.084, 0.515, 0.946, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.515 std_dev=0.431

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.08 0.09 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.07 0.09 0.07
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.09 0.10 0.08
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.10 0.11 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.08 0.10 0.08
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.09 0.10 0.08
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.07 0.08 0.07
N6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.11 0.12 0.09
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.10 0.11 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.08 0.06
O2' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.03
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.06 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.08 0.04 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
O5' 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.08 0.06 0.07 0.07 0.05 0.09 0.04 0.10 0.08 0.09 0.07 0.11 0.10 0.07 0.06 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.09 0.04 0.03 0.09 0.02 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.08 0.03 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.06 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.06 0.10 0.06 0.06 0.06 0.06 0.14 0.10 0.09
C2 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.12 0.08
C2' 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.06 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.06 0.16 0.11 0.10
C3' 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.05 0.08 0.07 0.17 0.12 0.12
C4 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.12 0.11 0.09
C4' 0.06 0.08 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.06 0.09 0.05 0.05 0.07 0.07 0.16 0.11 0.10
C5 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.07 0.07 0.07 0.11 0.13 0.09
C5' 0.06 0.08 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.10 0.08 0.06 0.06 0.08 0.04 0.05 0.07 0.07 0.16 0.12 0.11
C6 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.08 0.10 0.14 0.09
C8 0.07 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.10 0.05 0.06 0.07 0.06 0.13 0.12 0.09
N1 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.13 0.09
N3 0.08 0.07 0.08 0.08 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.11 0.08 0.08 0.07 0.06 0.12 0.11 0.09
N6 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.11 0.15 0.10
N7 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.07 0.12 0.13 0.09
N9 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.06 0.10 0.06 0.07 0.06 0.06 0.13 0.11 0.09
O2' 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.07 0.07 0.09 0.08 0.16 0.11 0.11
O3' 0.07 0.08 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.09 0.05 0.06 0.09 0.07 0.19 0.12 0.12
O4' 0.07 0.09 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.11 0.08 0.07 0.06 0.10 0.05 0.06 0.06 0.07 0.14 0.10 0.09
O5' 0.06 0.08 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.06 0.07 0.04 0.05 0.08 0.07 0.17 0.13 0.12
OP1 0.10 0.10 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.08 0.10 0.10 0.09 0.18 0.14 0.13
OP2 0.06 0.09 0.06 0.05 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.07 0.08 0.10 0.08 0.08 0.07 0.08 0.05 0.06 0.09 0.09 0.17 0.16 0.13
P 0.06 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.09 0.08 0.07 0.06 0.08 0.04 0.06 0.08 0.08 0.17 0.14 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.06 0.01 0.05 0.12 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.03
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.12 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.13 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.08 0.14 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.13 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.13 0.07
N2 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.05 0.02 0.05 0.12 0.06
N3 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.01 0.04 0.11 0.06
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.14 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.11 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04
O5' 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.08 0.00 0.09 0.14 0.09
OP1 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.04 0.08 0.07 0.06 0.05 0.04 0.09 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.07 0.05 0.12 0.03 0.13 0.01 0.14 0.13 0.13 0.12 0.11 0.14 0.11 0.06 0.04 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.03 0.03 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.04 0.03 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00