ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53085

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 13, 7, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.016, 0.029, 0.042, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C2' A 0, 0.036, 0.078, 0.120, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.078 std_dev=0.042
O4' A 0, 0.019, 0.067, 0.114, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.067 std_dev=0.048
C3' A 0, 0.045, 0.094, 0.142, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.094 std_dev=0.049
O3' A 0, 0.046, 0.098, 0.151, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.098 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.037, 0.093, 0.150, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.093 std_dev=0.056
O2' A 0, 0.069, 0.149, 0.229, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.149 std_dev=0.080
C5' A 0, 0.079, 0.163, 0.246, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.163 std_dev=0.084
P A 0, 0.044, 0.142, 0.239, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.142 std_dev=0.097
OP2 A 0, 0.060, 0.170, 0.280, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.170 std_dev=0.110
O5' A 0, 0.042, 0.171, 0.299, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.171 std_dev=0.129
P B 0, 0.091, 0.225, 0.359, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.225 std_dev=0.134
C5' B 0, 0.203, 0.355, 0.506, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.355 std_dev=0.152
OP1 A 0, 0.024, 0.180, 0.337, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.180 std_dev=0.157
C2' B 0, 0.192, 0.367, 0.541, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.367 std_dev=0.175
C4' B 0, 0.192, 0.367, 0.542, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.367 std_dev=0.175
O4' B 0, 0.202, 0.380, 0.558, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.380 std_dev=0.178
OP1 B 0, 0.158, 0.336, 0.515, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.336 std_dev=0.179
C3' B 0, 0.190, 0.369, 0.549, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.369 std_dev=0.179
C5 B 0, 0.203, 0.383, 0.563, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.383 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.236, 0.420, 0.603, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.420 std_dev=0.184
C8 B 0, 0.168, 0.352, 0.536, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.352 std_dev=0.184
N7 B 0, 0.189, 0.373, 0.557, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.373 std_dev=0.184
C4 B 0, 0.184, 0.370, 0.556, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.370 std_dev=0.186
N9 B 0, 0.165, 0.353, 0.540, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.353 std_dev=0.187
N1 B 0, 0.232, 0.421, 0.609, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.421 std_dev=0.188
O2' B 0, 0.252, 0.442, 0.633, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.442 std_dev=0.190
C1' B 0, 0.174, 0.365, 0.555, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.365 std_dev=0.191
C2 B 0, 0.214, 0.408, 0.601, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.408 std_dev=0.193
O6 B 0, 0.272, 0.467, 0.662, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.467 std_dev=0.195
N3 B 0, 0.193, 0.388, 0.583, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.388 std_dev=0.195
OP2 B 0, 0.083, 0.279, 0.474, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.279 std_dev=0.195
N2 B 0, 0.228, 0.431, 0.634, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.431 std_dev=0.203
O3' B 0, 0.213, 0.429, 0.645, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.429 std_dev=0.216
O5' B 0, 0.147, 0.374, 0.600, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.374 std_dev=0.226

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.11 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.03 0.06 0.05 0.13 0.06
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.10 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.06 0.04 0.13 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.07 0.05 0.13 0.06
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.05 0.14 0.06
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.07 0.04 0.13 0.05
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.03 0.07 0.05 0.14 0.06
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.06 0.04 0.13 0.05
N6 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.08 0.07 0.13 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.08 0.06 0.13 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.04 0.12 0.05
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 0.11 0.06
O3' 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.07 0.08 0.03
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.07 0.10 0.06
O5' 0.03 0.06 0.05 0.07 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.06 0.04 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.04 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.06 0.04 0.08 0.07 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.13 0.10 0.09 0.13 0.06 0.13 0.03 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.12 0.11 0.08 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.10 0.15 0.12 0.09 0.08 0.10 0.08 0.12 0.08 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.21 0.13 0.10 0.16 0.14 0.23 0.16 0.08
C2 0.07 0.10 0.11 0.08 0.09 0.07 0.12 0.09 0.13 0.09 0.12 0.10 0.09 0.12 0.08 0.16 0.08 0.09 0.10 0.16 0.24 0.20 0.08
C2' 0.11 0.10 0.16 0.13 0.09 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.23 0.15 0.09 0.14 0.14 0.23 0.14 0.10
C3' 0.12 0.10 0.17 0.14 0.09 0.09 0.10 0.08 0.12 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.24 0.16 0.09 0.16 0.14 0.23 0.12 0.09
C4 0.08 0.10 0.12 0.10 0.09 0.07 0.10 0.08 0.13 0.08 0.12 0.10 0.08 0.11 0.08 0.18 0.09 0.09 0.12 0.15 0.24 0.19 0.08
C4' 0.10 0.10 0.15 0.12 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09 0.08 0.22 0.14 0.09 0.17 0.13 0.23 0.14 0.09
C5 0.07 0.09 0.12 0.09 0.08 0.07 0.10 0.09 0.13 0.08 0.12 0.09 0.08 0.10 0.07 0.17 0.09 0.09 0.09 0.15 0.26 0.21 0.08
C5' 0.11 0.10 0.16 0.13 0.09 0.08 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.24 0.14 0.09 0.15 0.13 0.23 0.14 0.08
C6 0.07 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.11 0.11 0.13 0.08 0.12 0.10 0.08 0.11 0.07 0.16 0.09 0.10 0.08 0.16 0.27 0.22 0.09
C8 0.08 0.09 0.13 0.10 0.08 0.07 0.10 0.08 0.12 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.19 0.10 0.09 0.11 0.15 0.25 0.19 0.08
N1 0.07 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.11 0.14 0.09 0.12 0.10 0.09 0.12 0.08 0.15 0.08 0.10 0.08 0.16 0.26 0.22 0.09
N3 0.09 0.10 0.12 0.10 0.09 0.07 0.11 0.08 0.13 0.09 0.12 0.10 0.09 0.11 0.08 0.18 0.09 0.10 0.13 0.15 0.23 0.18 0.08
N6 0.08 0.11 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.13 0.14 0.09 0.13 0.11 0.09 0.11 0.08 0.15 0.09 0.11 0.10 0.16 0.27 0.22 0.10
N7 0.08 0.09 0.12 0.09 0.08 0.07 0.10 0.09 0.12 0.08 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.18 0.09 0.09 0.09 0.15 0.26 0.20 0.09
N9 0.09 0.09 0.13 0.11 0.09 0.07 0.10 0.08 0.12 0.08 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.20 0.11 0.09 0.13 0.15 0.24 0.18 0.08
O2' 0.13 0.11 0.17 0.14 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.24 0.16 0.11 0.15 0.14 0.24 0.14 0.12
O3' 0.12 0.10 0.16 0.15 0.09 0.09 0.10 0.08 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.23 0.17 0.10 0.18 0.13 0.21 0.11 0.10
O4' 0.11 0.10 0.15 0.12 0.09 0.09 0.10 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.09 0.10 0.09 0.21 0.13 0.11 0.18 0.14 0.23 0.17 0.09
O5' 0.10 0.11 0.15 0.12 0.10 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.13 0.12 0.10 0.10 0.09 0.22 0.13 0.09 0.13 0.15 0.24 0.15 0.08
OP1 0.11 0.12 0.16 0.13 0.10 0.07 0.12 0.08 0.15 0.09 0.14 0.13 0.11 0.12 0.09 0.24 0.15 0.09 0.13 0.18 0.24 0.16 0.09
OP2 0.14 0.19 0.15 0.12 0.18 0.15 0.20 0.17 0.22 0.17 0.22 0.19 0.17 0.20 0.16 0.20 0.12 0.17 0.18 0.25 0.27 0.26 0.16
P 0.09 0.13 0.13 0.10 0.11 0.08 0.13 0.10 0.16 0.10 0.15 0.13 0.11 0.13 0.10 0.21 0.11 0.10 0.13 0.19 0.25 0.19 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.20 0.12 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.05 0.19 0.01 0.21 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.07 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.08 0.03 0.14 0.17 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.21 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.21 0.01 0.21 0.10 0.07
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.15 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.25 0.01 0.21 0.09 0.10
C5' 0.03 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.10 0.07 0.04 0.04 0.11 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.14 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.25 0.00 0.22 0.10 0.11
C8 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.26 0.01 0.21 0.09 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.04 0.23 0.00 0.21 0.10 0.09
N2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.06 0.17 0.01 0.21 0.11 0.07
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04 0.17 0.01 0.21 0.11 0.06
N7 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.27 0.01 0.21 0.10 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.20 0.01 0.21 0.09 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.07 0.12 0.09 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.06 0.14 0.20 0.08
O3' 0.04 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.04 0.00 0.04 0.06 0.05 0.13 0.23 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.02 0.24 0.09 0.08
O5' 0.12 0.19 0.08 0.05 0.21 0.01 0.25 0.01 0.25 0.26 0.23 0.17 0.17 0.27 0.20 0.08 0.06 0.10 0.00 0.27 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.05 0.02 0.27 0.00 0.22 0.11 0.12
OP1 0.20 0.21 0.14 0.12 0.21 0.16 0.21 0.11 0.22 0.21 0.21 0.21 0.21 0.21 0.21 0.14 0.13 0.24 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.11 0.17 0.21 0.10 0.15 0.09 0.14 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.09 0.20 0.23 0.09 0.02 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.03 0.10 0.01 0.11 0.09 0.09 0.07 0.06 0.11 0.07 0.08 0.05 0.08 0.00 0.12 0.01 0.00 0.00