ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53086

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 7, 7, 2, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.012, 0.029, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.018, 0.038, 0.057, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.038 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.019, 0.041, 0.063, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.041 std_dev=0.022
O4' A 0, 0.013, 0.076, 0.138, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.076 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.015, 0.082, 0.150, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.082 std_dev=0.067
O2' A 0, 0.060, 0.139, 0.218, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.139 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.045, 0.141, 0.236, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.141 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.047, 0.147, 0.247, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.147 std_dev=0.100
OP1 B 0, 0.110, 0.253, 0.395, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.253 std_dev=0.142
O3' A 0, 0.067, 0.210, 0.354, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.210 std_dev=0.144
P B 0, 0.114, 0.258, 0.402, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.258 std_dev=0.144
C5' B 0, 0.110, 0.260, 0.409, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.260 std_dev=0.150
O5' B 0, 0.100, 0.265, 0.431, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.265 std_dev=0.165
C5' A 0, 0.053, 0.218, 0.384, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.218 std_dev=0.166
O4' B 0, 0.133, 0.299, 0.464, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.299 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.052, 0.223, 0.394, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.223 std_dev=0.171
C4' B 0, 0.132, 0.303, 0.475, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.303 std_dev=0.171
OP2 B 0, 0.147, 0.327, 0.507, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.327 std_dev=0.180
P A 0, 0.085, 0.279, 0.472, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.279 std_dev=0.193
C1' B 0, 0.153, 0.353, 0.552, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.353 std_dev=0.199
C8 B 0, 0.169, 0.376, 0.584, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.376 std_dev=0.207
OP2 A 0, 0.094, 0.302, 0.510, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.302 std_dev=0.208
C3' B 0, 0.145, 0.359, 0.573, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.359 std_dev=0.214
N9 B 0, 0.160, 0.374, 0.588, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.374 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.168, 0.394, 0.619, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.394 std_dev=0.225
O3' B 0, 0.160, 0.387, 0.614, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.387 std_dev=0.227
O2' B 0, 0.188, 0.417, 0.646, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.417 std_dev=0.229
N7 B 0, 0.180, 0.412, 0.644, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.412 std_dev=0.232
OP1 A 0, 0.106, 0.343, 0.580, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.343 std_dev=0.237
C4 B 0, 0.164, 0.411, 0.657, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.411 std_dev=0.247
C5 B 0, 0.177, 0.430, 0.684, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.430 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.160, 0.431, 0.703, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.431 std_dev=0.272
C6 B 0, 0.182, 0.471, 0.760, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.471 std_dev=0.289
C2 B 0, 0.169, 0.469, 0.768, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.469 std_dev=0.300
O6 B 0, 0.193, 0.499, 0.804, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.499 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.180, 0.488, 0.796, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.488 std_dev=0.308
N2 B 0, 0.172, 0.499, 0.826, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.499 std_dev=0.327

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.07 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.07 0.09 0.14 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.03
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.08 0.12 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.08 0.11 0.14 0.11
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.06 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.02 0.08 0.12 0.16 0.12
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.07 0.09 0.11 0.09
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.08 0.11 0.15 0.11
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.07 0.08 0.12 0.09
N6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.09 0.13 0.17 0.13
N7 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.11 0.14 0.12
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.10 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.07 0.07 0.04 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.08 0.08 0.05 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01 0.04 0.11 0.08 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.05
O5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.06 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.09 0.05 0.07 0.08 0.04 0.11 0.03 0.12 0.09 0.11 0.08 0.13 0.11 0.07 0.07 0.11 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.14 0.06 0.05 0.12 0.02 0.14 0.02 0.16 0.11 0.15 0.12 0.17 0.14 0.10 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.03 0.04 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.09 0.11 0.09 0.13 0.12 0.08 0.03 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09
C2 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08
C2' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08
C3' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08
C4 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09
C4' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08 0.11 0.09 0.11 0.09
C5 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.08
C5' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.10 0.09 0.11 0.09
C6 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.11 0.08 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08
C8 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.09
N1 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.08
N3 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09
N6 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.14 0.10 0.10 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08
N7 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.12 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.09 0.09
N9 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09
O2' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10
O3' 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.11 0.09
O4' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.12 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10
O5' 0.07 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.07 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09
OP1 0.08 0.10 0.08 0.08 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.13 0.10 0.12 0.10
OP2 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.12 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.12 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11 0.12 0.11
P 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.05 0.04
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.06 0.07 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.06
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06
N2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.05 0.01 0.05 0.06 0.04
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.04
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.07 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.08 0.05 0.02 0.04 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.02 0.07 0.00 0.08 0.09 0.07
OP1 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.07 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.06 0.03 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.06 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00