ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53089

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 6, 6, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.007, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.014, 0.025, 0.036, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.025 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C3' A 0, 0.031, 0.062, 0.093, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.062 std_dev=0.031
C2' A 0, 0.014, 0.046, 0.078, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.046 std_dev=0.032
O4' A 0, 0.014, 0.051, 0.088, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.051 std_dev=0.037
O3' A 0, 0.051, 0.089, 0.128, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.089 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.038, 0.083, 0.128, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.083 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.026, 0.082, 0.139, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.082 std_dev=0.056
C5' A 0, 0.072, 0.154, 0.236, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.154 std_dev=0.082
O5' A 0, 0.110, 0.198, 0.285, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.198 std_dev=0.088
C8 B 0, 0.129, 0.236, 0.343, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.236 std_dev=0.107
N9 B 0, 0.147, 0.258, 0.370, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.258 std_dev=0.112
OP2 B 0, 0.203, 0.315, 0.428, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.315 std_dev=0.112
P A 0, 0.153, 0.268, 0.383, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.268 std_dev=0.115
OP2 A 0, 0.190, 0.306, 0.423, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.306 std_dev=0.117
OP1 A 0, 0.174, 0.293, 0.412, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.293 std_dev=0.119
C4 B 0, 0.145, 0.265, 0.385, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.265 std_dev=0.120
O4' B 0, 0.166, 0.286, 0.406, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.286 std_dev=0.120
C5 B 0, 0.121, 0.244, 0.368, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.244 std_dev=0.123
P B 0, 0.193, 0.317, 0.440, 0.510 max_d=0.510 avg_d=0.317 std_dev=0.124
C3' B 0, 0.171, 0.296, 0.420, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.296 std_dev=0.124
O5' B 0, 0.192, 0.320, 0.448, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.320 std_dev=0.128
C4' B 0, 0.172, 0.302, 0.433, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.302 std_dev=0.130
N1 B 0, 0.134, 0.271, 0.407, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.271 std_dev=0.137
N7 B 0, 0.122, 0.262, 0.403, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.262 std_dev=0.141
O3' B 0, 0.191, 0.334, 0.477, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.334 std_dev=0.143
C1' B 0, 0.161, 0.306, 0.451, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.306 std_dev=0.145
C6 B 0, 0.125, 0.273, 0.421, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.273 std_dev=0.148
OP1 B 0, 0.191, 0.339, 0.487, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.339 std_dev=0.148
C2 B 0, 0.170, 0.324, 0.478, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.324 std_dev=0.154
C2' B 0, 0.181, 0.341, 0.500, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.341 std_dev=0.159
C5' B 0, 0.176, 0.338, 0.500, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.338 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.172, 0.336, 0.500, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.336 std_dev=0.164
N2 B 0, 0.223, 0.415, 0.606, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.415 std_dev=0.192
O6 B 0, 0.176, 0.371, 0.565, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.371 std_dev=0.195
O2' B 0, 0.195, 0.408, 0.622, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.408 std_dev=0.214

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.04 0.04
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.12 0.13 0.11 0.12
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.06 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.12 0.13 0.10 0.12
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.14 0.15 0.13 0.14
C5' 0.03 0.06 0.03 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.15 0.16 0.15 0.15
C8 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.14 0.15 0.10 0.13
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.14 0.15 0.14 0.14
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.11 0.12 0.09 0.11
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.15 0.18 0.17 0.17
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.15 0.17 0.14 0.16
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.12 0.12 0.07 0.10
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.08 0.05 0.04
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.06 0.03
O5' 0.06 0.12 0.03 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.15 0.14 0.14 0.11 0.15 0.15 0.12 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.13 0.07 0.05 0.13 0.06 0.15 0.07 0.16 0.15 0.15 0.12 0.18 0.17 0.12 0.08 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.11 0.05 0.06 0.10 0.04 0.13 0.02 0.15 0.10 0.14 0.09 0.17 0.14 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.03 0.02 0.12 0.01 0.14 0.01 0.15 0.13 0.14 0.11 0.17 0.16 0.10 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.11 0.10 0.15 0.11 0.11 0.09 0.08 0.09 0.12 0.10 0.08 0.08 0.14 0.06 0.13 0.04 0.11 0.06
C2 0.07 0.07 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.13 0.10 0.09 0.10 0.11 0.09
C2' 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.12 0.11 0.18 0.12 0.12 0.10 0.09 0.10 0.13 0.11 0.09 0.09 0.15 0.06 0.15 0.04 0.10 0.05
C3' 0.13 0.10 0.09 0.09 0.11 0.12 0.12 0.19 0.13 0.13 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.11 0.09 0.14 0.05 0.16 0.03 0.09 0.04
C4 0.08 0.07 0.05 0.06 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.07 0.13 0.08 0.10 0.07 0.11 0.07
C4' 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.18 0.12 0.13 0.10 0.09 0.10 0.13 0.12 0.11 0.09 0.13 0.06 0.15 0.04 0.10 0.05
C5 0.07 0.07 0.05 0.05 0.07 0.09 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.13 0.09 0.11 0.08 0.11 0.08
C5' 0.13 0.13 0.11 0.10 0.13 0.12 0.14 0.18 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.14 0.13 0.11 0.09 0.13 0.06 0.16 0.05 0.12 0.06
C6 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07 0.09 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.07 0.06 0.13 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09
C8 0.08 0.09 0.06 0.06 0.08 0.09 0.10 0.12 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.10 0.08 0.06 0.05 0.13 0.07 0.13 0.06 0.11 0.06
N1 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07 0.10 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.08 0.13 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09
N3 0.08 0.07 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.09 0.14 0.09 0.09 0.08 0.11 0.07
N6 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.08 0.06 0.12 0.10 0.10 0.11 0.11 0.09
N7 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.08 0.09 0.11 0.10 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.06 0.05 0.12 0.08 0.12 0.07 0.11 0.07
N9 0.09 0.08 0.06 0.06 0.08 0.09 0.09 0.13 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.10 0.08 0.06 0.06 0.14 0.07 0.12 0.06 0.11 0.06
O2' 0.13 0.09 0.09 0.09 0.10 0.13 0.11 0.18 0.13 0.13 0.11 0.09 0.10 0.13 0.12 0.10 0.10 0.16 0.08 0.16 0.06 0.09 0.06
O3' 0.13 0.09 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11 0.19 0.13 0.12 0.11 0.08 0.09 0.13 0.11 0.11 0.09 0.14 0.05 0.16 0.05 0.08 0.04
O4' 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.15 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.11 0.08 0.07 0.07 0.11 0.07 0.12 0.06 0.13 0.08
O5' 0.08 0.10 0.05 0.05 0.09 0.08 0.10 0.15 0.12 0.08 0.12 0.11 0.10 0.09 0.08 0.05 0.05 0.10 0.08 0.14 0.08 0.18 0.11
OP1 0.07 0.10 0.05 0.06 0.08 0.08 0.09 0.16 0.11 0.07 0.11 0.11 0.09 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.09 0.12 0.09 0.19 0.12
OP2 0.10 0.12 0.08 0.07 0.11 0.09 0.12 0.14 0.13 0.10 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.08 0.06 0.12 0.09 0.14 0.09 0.18 0.10
P 0.07 0.11 0.05 0.05 0.09 0.07 0.10 0.14 0.12 0.08 0.12 0.11 0.10 0.09 0.08 0.05 0.04 0.10 0.08 0.14 0.08 0.18 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03
C2 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.06 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.08 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.07 0.08 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.09 0.08 0.07
C4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03 0.06 0.01 0.05 0.09 0.06
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.08 0.01 0.07 0.12 0.08
C5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.09 0.09 0.07 0.06 0.11 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.11 0.04 0.05 0.02
C6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.03 0.08 0.00 0.07 0.12 0.09
C8 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.07 0.01 0.07 0.12 0.09
N1 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.08 0.05 0.07 0.00 0.06 0.10 0.07
N2 0.02 0.00 0.09 0.05 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.09 0.06 0.06 0.01 0.07 0.08 0.05
N3 0.02 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.05 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.09 0.01 0.08 0.13 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.09 0.06
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.07 0.02 0.09 0.13 0.09 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.09 0.06 0.05
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.03 0.08 0.09 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.10 0.08 0.15 0.12 0.12
O4' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.03 0.05 0.09 0.07
O5' 0.04 0.06 0.03 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.09 0.06 0.02 0.10 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.08 0.03 0.09 0.00 0.09 0.14 0.11
OP1 0.04 0.06 0.07 0.09 0.05 0.05 0.07 0.04 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.15 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.04 0.12 0.05 0.12 0.12 0.10 0.08 0.08 0.13 0.09 0.06 0.12 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.04 0.07 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.09 0.07 0.05 0.04 0.10 0.06 0.05 0.12 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00