Doublet Group distance statistics: 53090

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 4, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.006
C1'	A	0, 0.015, 0.023, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.013, 0.026, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N6	A	0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N7	A	0, 0.009, 0.038, 0.067, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.038 std_dev=0.029
C8	A	0, 0.014, 0.045, 0.077, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.045 std_dev=0.031
O4'	A	0, 0.031, 0.073, 0.115, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.073 std_dev=0.042
C3'	A	0, 0.031, 0.076, 0.122, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.076 std_dev=0.046
C2'	A	0, 0.034, 0.082, 0.130, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.082 std_dev=0.048
C4'	A	0, 0.066, 0.151, 0.235, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.151 std_dev=0.085
O3'	A	0, 0.089, 0.183, 0.278, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.183 std_dev=0.094
O2'	A	0, 0.087, 0.201, 0.315, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.201 std_dev=0.114
O5'	A	0, 0.130, 0.260, 0.390, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.260 std_dev=0.130
C2'	B	0, 0.183, 0.334, 0.485, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.334 std_dev=0.151
N2	B	0, 0.177, 0.335, 0.493, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.335 std_dev=0.158
N3	B	0, 0.148, 0.308, 0.468, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.308 std_dev=0.160
C1'	B	0, 0.156, 0.323, 0.491, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.323 std_dev=0.167
C2	B	0, 0.164, 0.336, 0.509, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.336 std_dev=0.172
N9	B	0, 0.162, 0.338, 0.514, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.338 std_dev=0.176
C4	B	0, 0.155, 0.332, 0.509, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.332 std_dev=0.177
O5'	B	0, 0.171, 0.355, 0.538, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.355 std_dev=0.184
P	B	0, 0.128, 0.314, 0.500, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.314 std_dev=0.186
OP1	B	0, 0.164, 0.355, 0.546, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.355 std_dev=0.191
C8	B	0, 0.195, 0.390, 0.586, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.390 std_dev=0.196
P	A	0, 0.153, 0.352, 0.551, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.352 std_dev=0.199
C3'	B	0, 0.144, 0.347, 0.550, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.347 std_dev=0.203
C5	B	0, 0.177, 0.382, 0.586, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.382 std_dev=0.204
N1	B	0, 0.176, 0.382, 0.588, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.382 std_dev=0.206
C5'	A	0, 0.155, 0.362, 0.569, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.362 std_dev=0.207
C4'	B	0, 0.111, 0.318, 0.525, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.318 std_dev=0.207
N7	B	0, 0.202, 0.416, 0.630, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.416 std_dev=0.214
OP2	B	0, 0.129, 0.348, 0.567, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.348 std_dev=0.219
C6	B	0, 0.181, 0.404, 0.627, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.404 std_dev=0.223
O2'	B	0, 0.228, 0.462, 0.696, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.462 std_dev=0.234
O4'	B	0, 0.094, 0.337, 0.579, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.337 std_dev=0.243
O6	B	0, 0.213, 0.460, 0.708, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.460 std_dev=0.248
C5'	B	0, 0.106, 0.427, 0.747, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.427 std_dev=0.320
O3'	B	0, 0.006, 0.424, 0.843, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.424 std_dev=0.418
OP2	A	0, 0.113, 0.932, 1.750, 2.123 max_d=2.123 avg_d=0.932 std_dev=0.819
OP1	A	0, 0.191, 1.020, 1.850, 2.380 max_d=2.380 avg_d=1.020 std_dev=0.829

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.02	0.01	0.03	0.03	0.03	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.12	0.09	0.57	0.15
C2	0.03	0.00	0.04	0.04	0.01	0.04	0.01	0.11	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.04	0.03	0.22	0.27	0.89	0.23
C2'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.04	0.01	0.04	0.04	0.05	0.04	0.05	0.04	0.05	0.05	0.03	0.01	0.02	0.01	0.05	0.18	0.42	0.13
C3'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.03	0.00	0.04	0.04	0.04	0.03	0.04	0.03	0.05	0.04	0.03	0.02	0.01	0.01	0.03	0.28	0.23	0.10
C4	0.02	0.01	0.04	0.03	0.00	0.04	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.05	0.04	0.02	0.20	0.16	0.85	0.23
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.06	0.06	0.05	0.04	0.06	0.06	0.04	0.06	0.04	0.01	0.02	0.13	0.17	0.04
C5	0.01	0.01	0.04	0.04	0.00	0.05	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.04	0.02	0.20	0.19	0.92	0.25
C5'	0.05	0.11	0.04	0.04	0.12	0.01	0.15	0.00	0.15	0.16	0.14	0.10	0.17	0.17	0.12	0.06	0.06	0.02	0.01	0.29	0.11	0.02
C6	0.02	0.01	0.05	0.04	0.01	0.06	0.01	0.15	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.04	0.03	0.22	0.20	0.96	0.26
C8	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01	0.06	0.01	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.04	0.03	0.16	0.30	0.77	0.24
N1	0.03	0.01	0.05	0.04	0.01	0.05	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.04	0.03	0.22	0.24	0.94	0.24
N3	0.03	0.01	0.04	0.03	0.00	0.04	0.01	0.10	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.04	0.03	0.21	0.22	0.83	0.21
N6	0.03	0.01	0.05	0.05	0.01	0.06	0.01	0.17	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.07	0.05	0.04	0.22	0.22	0.96	0.27
N7	0.01	0.01	0.05	0.04	0.00	0.06	0.00	0.17	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.06	0.04	0.03	0.18	0.29	0.87	0.25
N9	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.04	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.04	0.03	0.02	0.17	0.16	0.75	0.21
O2'	0.03	0.06	0.01	0.02	0.05	0.06	0.05	0.06	0.06	0.05	0.06	0.06	0.07	0.06	0.04	0.00	0.04	0.06	0.06	0.07	0.32	0.07
O3'	0.02	0.04	0.02	0.01	0.04	0.04	0.04	0.06	0.04	0.04	0.04	0.04	0.05	0.04	0.03	0.04	0.00	0.03	0.10	0.28	0.11	0.07
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.03	0.03	0.03	0.04	0.03	0.02	0.06	0.03	0.00	0.12	0.08	0.46	0.12
O5'	0.12	0.22	0.05	0.03	0.20	0.02	0.20	0.01	0.22	0.16	0.22	0.21	0.22	0.18	0.17	0.06	0.10	0.12	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.09	0.27	0.18	0.28	0.16	0.13	0.19	0.29	0.20	0.30	0.24	0.22	0.22	0.29	0.16	0.07	0.28	0.08	0.02	0.00	0.02	0.01
OP2	0.57	0.89	0.42	0.23	0.85	0.17	0.92	0.11	0.96	0.77	0.94	0.83	0.96	0.87	0.75	0.32	0.11	0.46	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.15	0.23	0.13	0.10	0.23	0.04	0.25	0.02	0.26	0.24	0.24	0.21	0.27	0.25	0.21	0.07	0.07	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.16	0.15	0.13	0.13	0.15	0.12	0.15	0.23	0.15	0.17	0.15	0.15	0.15	0.16	0.16	0.22	0.22	0.14	0.18	0.16	0.11	0.14	0.08
C2	0.16	0.17	0.14	0.19	0.17	0.13	0.16	0.09	0.17	0.15	0.17	0.17	0.17	0.15	0.16	0.21	0.32	0.12	0.07	0.18	0.12	0.14	0.04
C2'	0.16	0.15	0.13	0.13	0.16	0.12	0.16	0.23	0.16	0.17	0.16	0.16	0.16	0.17	0.16	0.21	0.21	0.14	0.19	0.17	0.12	0.14	0.10
C3'	0.15	0.13	0.13	0.12	0.14	0.12	0.14	0.24	0.14	0.16	0.13	0.13	0.13	0.15	0.15	0.22	0.20	0.13	0.18	0.15	0.11	0.14	0.09
C4	0.14	0.15	0.12	0.15	0.14	0.09	0.14	0.14	0.15	0.14	0.15	0.15	0.15	0.14	0.14	0.22	0.28	0.10	0.11	0.15	0.11	0.13	0.04
C4'	0.15	0.12	0.13	0.11	0.14	0.13	0.14	0.26	0.13	0.16	0.13	0.13	0.13	0.15	0.15	0.21	0.18	0.14	0.18	0.14	0.11	0.15	0.09
C5	0.10	0.13	0.12	0.19	0.11	0.10	0.11	0.09	0.12	0.10	0.13	0.14	0.12	0.10	0.10	0.23	0.34	0.09	0.06	0.13	0.12	0.13	0.04
C5'	0.16	0.15	0.15	0.13	0.15	0.15	0.16	0.25	0.15	0.17	0.15	0.16	0.15	0.16	0.16	0.22	0.19	0.16	0.18	0.16	0.13	0.16	0.11
C6	0.09	0.12	0.13	0.22	0.10	0.15	0.10	0.07	0.11	0.08	0.12	0.14	0.12	0.09	0.09	0.23	0.39	0.11	0.05	0.12	0.12	0.14	0.06
C8	0.11	0.13	0.12	0.15	0.12	0.08	0.12	0.15	0.12	0.12	0.13	0.14	0.12	0.12	0.12	0.23	0.27	0.09	0.11	0.13	0.11	0.14	0.05
N1	0.11	0.15	0.14	0.22	0.12	0.16	0.12	0.08	0.14	0.10	0.14	0.16	0.14	0.11	0.11	0.22	0.38	0.10	0.06	0.14	0.13	0.14	0.06
N3	0.17	0.17	0.14	0.16	0.17	0.12	0.17	0.16	0.18	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.17	0.21	0.26	0.14	0.13	0.18	0.11	0.14	0.05
N6	0.08	0.11	0.14	0.25	0.07	0.18	0.07	0.09	0.09	0.06	0.11	0.13	0.09	0.06	0.06	0.24	0.44	0.15	0.07	0.10	0.13	0.14	0.07
N7	0.09	0.12	0.12	0.18	0.10	0.09	0.10	0.10	0.11	0.09	0.12	0.13	0.11	0.09	0.09	0.24	0.33	0.09	0.07	0.12	0.11	0.13	0.04
N9	0.14	0.14	0.12	0.14	0.14	0.09	0.14	0.18	0.14	0.15	0.14	0.15	0.14	0.14	0.14	0.22	0.24	0.11	0.14	0.15	0.11	0.14	0.06
O2'	0.16	0.17	0.13	0.13	0.17	0.13	0.17	0.25	0.18	0.18	0.17	0.17	0.17	0.18	0.17	0.19	0.22	0.16	0.22	0.19	0.14	0.15	0.13
O3'	0.15	0.14	0.13	0.12	0.14	0.13	0.15	0.26	0.15	0.16	0.14	0.14	0.14	0.16	0.15	0.21	0.20	0.14	0.20	0.15	0.13	0.15	0.11
O4'	0.15	0.13	0.13	0.11	0.14	0.12	0.14	0.25	0.14	0.16	0.13	0.13	0.13	0.15	0.15	0.21	0.20	0.14	0.18	0.15	0.12	0.14	0.08
O5'	0.30	0.26	0.27	0.23	0.29	0.27	0.29	0.32	0.28	0.31	0.27	0.25	0.27	0.31	0.30	0.33	0.27	0.31	0.28	0.29	0.23	0.29	0.24
OP1	0.56	0.45	0.66	0.68	0.51	0.56	0.52	0.59	0.50	0.57	0.46	0.41	0.47	0.55	0.55	0.67	0.69	0.50	0.48	0.51	0.55	0.51	0.47
OP2	0.78	0.82	0.65	0.63	0.82	0.75	0.82	0.74	0.83	0.79	0.83	0.81	0.82	0.81	0.80	0.60	0.60	0.84	0.82	0.83	0.69	0.84	0.80
P	0.23	0.25	0.18	0.18	0.24	0.19	0.24	0.23	0.24	0.23	0.25	0.25	0.24	0.24	0.24	0.24	0.22	0.25	0.24	0.25	0.19	0.26	0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.09	0.03	0.01	0.04	0.05	0.03	0.01	0.01	0.05	0.17	0.01	0.05	0.03	0.12	0.26	0.13
C2	0.04	0.00	0.06	0.08	0.01	0.07	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.15	0.28	0.09	0.08	0.01	0.15	0.29	0.16
C2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.03	0.02	0.04	0.12	0.04	0.07	0.04	0.08	0.06	0.06	0.03	0.01	0.04	0.02	0.06	0.05	0.07	0.17	0.07
C3'	0.02	0.08	0.01	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.03	0.08	0.05	0.11	0.08	0.07	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04	0.07	0.17	0.07
C4	0.02	0.01	0.03	0.03	0.00	0.04	0.00	0.14	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.20	0.04	0.08	0.02	0.17	0.29	0.16
C4'	0.01	0.07	0.02	0.00	0.04	0.00	0.04	0.01	0.05	0.05	0.06	0.09	0.06	0.05	0.03	0.03	0.04	0.01	0.02	0.06	0.05	0.14	0.05
C5	0.01	0.01	0.04	0.03	0.00	0.04	0.00	0.16	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.15	0.03	0.10	0.02	0.20	0.29	0.18
C5'	0.09	0.13	0.12	0.03	0.14	0.01	0.16	0.00	0.16	0.17	0.15	0.12	0.12	0.18	0.14	0.08	0.08	0.02	0.01	0.18	0.07	0.08	0.02
C6	0.03	0.00	0.04	0.03	0.01	0.05	0.02	0.16	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.07	0.19	0.05	0.10	0.01	0.21	0.29	0.18
C8	0.01	0.01	0.07	0.08	0.01	0.05	0.01	0.17	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.10	0.09	0.05	0.11	0.03	0.20	0.25	0.17
N1	0.04	0.00	0.04	0.05	0.02	0.06	0.01	0.15	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.11	0.25	0.07	0.09	0.01	0.18	0.30	0.17
N2	0.05	0.01	0.08	0.11	0.01	0.09	0.01	0.12	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.19	0.33	0.11	0.08	0.01	0.13	0.29	0.15
N3	0.03	0.01	0.06	0.08	0.01	0.06	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.27	0.09	0.07	0.02	0.14	0.29	0.15
N7	0.01	0.01	0.06	0.07	0.01	0.05	0.00	0.18	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.10	0.04	0.11	0.03	0.22	0.26	0.18
N9	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.01	0.14	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.05	0.14	0.02	0.07	0.03	0.16	0.27	0.15
O2'	0.05	0.15	0.01	0.02	0.08	0.03	0.06	0.08	0.07	0.10	0.11	0.19	0.15	0.08	0.05	0.00	0.05	0.04	0.03	0.07	0.07	0.18	0.06
O3'	0.17	0.28	0.04	0.01	0.20	0.04	0.15	0.08	0.19	0.09	0.25	0.33	0.27	0.10	0.14	0.05	0.00	0.14	0.06	0.16	0.10	0.15	0.07
O4'	0.01	0.09	0.02	0.01	0.04	0.01	0.03	0.02	0.05	0.05	0.07	0.11	0.09	0.04	0.02	0.04	0.14	0.00	0.07	0.05	0.17	0.29	0.18
O5'	0.05	0.08	0.06	0.02	0.08	0.02	0.10	0.01	0.10	0.11	0.09	0.08	0.07	0.11	0.07	0.03	0.06	0.07	0.00	0.12	0.03	0.03	0.01
O6	0.03	0.01	0.05	0.04	0.02	0.06	0.02	0.18	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.03	0.03	0.07	0.16	0.05	0.12	0.00	0.24	0.29	0.20
OP1	0.12	0.15	0.07	0.07	0.17	0.05	0.20	0.07	0.21	0.20	0.18	0.13	0.14	0.22	0.16	0.07	0.10	0.17	0.03	0.24	0.00	0.02	0.01
OP2	0.26	0.29	0.17	0.17	0.29	0.14	0.29	0.08	0.29	0.25	0.30	0.29	0.29	0.26	0.27	0.18	0.15	0.29	0.03	0.29	0.02	0.00	0.02
P	0.13	0.16	0.07	0.07	0.16	0.05	0.18	0.02	0.18	0.17	0.17	0.15	0.15	0.18	0.15	0.06	0.07	0.18	0.01	0.20	0.01	0.02	0.00