ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53091

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.004, 0.030, 0.057, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.026
N1 A 0, 0.004, 0.034, 0.065, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.034 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.001, 0.032, 0.063, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.032 std_dev=0.031
C2 A 0, -0.003, 0.030, 0.063, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.033
C4 A 0, 0.001, 0.034, 0.068, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.034 std_dev=0.033
N9 A 0, 0.008, 0.044, 0.080, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.044 std_dev=0.036
C1' A 0, -0.003, 0.047, 0.098, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.047 std_dev=0.050
N6 A 0, 0.008, 0.059, 0.109, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.059 std_dev=0.051
N7 A 0, 0.010, 0.064, 0.119, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.064 std_dev=0.054
C8 A 0, 0.010, 0.074, 0.139, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.074 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.029, 0.352, 0.675, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.352 std_dev=0.323
OP2 B 0, 0.253, 0.598, 0.942, 1.004 max_d=1.004 avg_d=0.598 std_dev=0.345
OP1 B 0, 0.213, 0.579, 0.944, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.579 std_dev=0.365
P B 0, 0.172, 0.626, 1.080, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.626 std_dev=0.454
C2' A 0, -0.204, 0.614, 1.432, 2.016 max_d=2.016 avg_d=0.614 std_dev=0.818
C4' A 0, -0.266, 0.733, 1.733, 2.471 max_d=2.471 avg_d=0.733 std_dev=1.000
O4' A 0, -0.326, 0.734, 1.795, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.734 std_dev=1.061
O5' B 0, -0.113, 1.375, 2.863, 3.892 max_d=3.892 avg_d=1.375 std_dev=1.488
O3' A 0, -0.331, 1.173, 2.677, 3.644 max_d=3.644 avg_d=1.173 std_dev=1.504
C5' A 0, -0.571, 1.221, 3.012, 4.325 max_d=4.325 avg_d=1.221 std_dev=1.791
O2' A 0, -0.508, 1.339, 3.185, 4.472 max_d=4.472 avg_d=1.339 std_dev=1.846
O4' B 0, -0.266, 1.853, 3.972, 5.502 max_d=5.502 avg_d=1.853 std_dev=2.119
C5' B 0, -0.237, 2.006, 4.249, 5.831 max_d=5.831 avg_d=2.006 std_dev=2.243
O5' A 0, -0.749, 1.639, 4.028, 5.777 max_d=5.777 avg_d=1.639 std_dev=2.389
N9 B 0, -0.367, 2.109, 4.585, 6.378 max_d=6.378 avg_d=2.109 std_dev=2.476
C8 B 0, -0.427, 2.131, 4.689, 6.538 max_d=6.538 avg_d=2.131 std_dev=2.558
N3 B 0, -0.293, 2.298, 4.889, 6.752 max_d=6.752 avg_d=2.298 std_dev=2.591
C4 B 0, -0.353, 2.255, 4.864, 6.741 max_d=6.741 avg_d=2.255 std_dev=2.609
C1' B 0, -0.499, 2.203, 4.906, 6.876 max_d=6.876 avg_d=2.203 std_dev=2.702
N2 B 0, -0.267, 2.536, 5.340, 7.348 max_d=7.348 avg_d=2.536 std_dev=2.804
C2 B 0, -0.337, 2.484, 5.305, 7.333 max_d=7.333 avg_d=2.484 std_dev=2.821
C4' B 0, -0.640, 2.276, 5.191, 7.308 max_d=7.308 avg_d=2.276 std_dev=2.916
N7 B 0, -0.579, 2.446, 5.470, 7.654 max_d=7.654 avg_d=2.446 std_dev=3.025
C5 B 0, -0.527, 2.507, 5.542, 7.734 max_d=7.734 avg_d=2.507 std_dev=3.034
N1 B 0, -0.558, 2.798, 6.153, 8.588 max_d=8.588 avg_d=2.798 std_dev=3.356
C6 B 0, -0.702, 2.889, 6.480, 9.088 max_d=9.088 avg_d=2.889 std_dev=3.591
P A 0, -1.237, 2.360, 5.957, 8.587 max_d=8.587 avg_d=2.360 std_dev=3.597
C3' B 0, -1.061, 2.811, 6.684, 9.517 max_d=9.517 avg_d=2.811 std_dev=3.872
OP1 A 0, -1.304, 2.615, 6.534, 9.404 max_d=9.404 avg_d=2.615 std_dev=3.919
OP2 A 0, -1.343, 2.584, 6.510, 9.380 max_d=9.380 avg_d=2.584 std_dev=3.926
C2' B 0, -1.060, 2.908, 6.876, 9.784 max_d=9.784 avg_d=2.908 std_dev=3.968
O6 B 0, -0.999, 3.345, 7.690, 10.852 max_d=10.852 avg_d=3.345 std_dev=4.344
O2' B 0, -1.310, 3.311, 7.932, 11.325 max_d=11.325 avg_d=3.311 std_dev=4.621
O3' B 0, -1.502, 3.396, 8.293, 11.880 max_d=11.880 avg_d=3.396 std_dev=4.898

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.05 0.05 0.01 0.07 0.08 0.05 0.01 0.01 0.03 0.23 0.02 0.15 0.16 0.26 0.13
C2 0.08 0.00 0.08 0.05 0.01 0.17 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.35 0.22 0.39 0.74 0.06 0.48
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.13 0.02 0.07 0.05 0.09 0.04 0.07 0.01 0.01 0.05 0.02 0.51 0.67 0.44 0.47
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.09 0.01 0.15 0.02 0.13 0.23 0.09 0.05 0.16 0.22 0.13 0.03 0.01 0.01 0.35 0.67 0.25 0.36
C4 0.05 0.01 0.04 0.09 0.00 0.12 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.08 0.35 0.12 0.11 0.09 0.62 0.16
C4' 0.02 0.17 0.02 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.14 0.07 0.17 0.16 0.14 0.09 0.07 0.06 0.02 0.00 0.01 0.20 0.24 0.03
C5 0.04 0.01 0.03 0.15 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.55 0.06 0.40 0.24 1.17 0.57
C5' 0.05 0.30 0.13 0.02 0.05 0.00 0.15 0.00 0.07 0.43 0.15 0.30 0.17 0.39 0.15 0.07 0.13 0.02 0.00 0.29 0.42 0.01
C6 0.05 0.01 0.02 0.13 0.01 0.14 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.49 0.11 0.22 0.08 1.01 0.36
C8 0.01 0.01 0.07 0.23 0.00 0.07 0.00 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.42 0.84 0.09 0.92 0.90 1.66 1.18
N1 0.07 0.00 0.05 0.09 0.02 0.17 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.36 0.18 0.16 0.49 0.48 0.14
N3 0.08 0.00 0.09 0.05 0.00 0.16 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.35 0.22 0.37 0.63 0.06 0.45
N6 0.05 0.01 0.04 0.16 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.59 0.08 0.39 0.19 1.36 0.62
N7 0.01 0.01 0.07 0.22 0.00 0.09 0.00 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.38 0.82 0.05 0.83 0.80 1.78 1.16
N9 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.07 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.45 0.01 0.42 0.35 0.87 0.52
O2' 0.03 0.13 0.01 0.03 0.08 0.06 0.21 0.07 0.15 0.42 0.04 0.16 0.22 0.38 0.21 0.00 0.08 0.05 0.54 0.77 0.56 0.54
O3' 0.23 0.35 0.05 0.01 0.35 0.02 0.55 0.13 0.49 0.84 0.36 0.35 0.59 0.82 0.45 0.08 0.00 0.16 0.23 0.68 0.36 0.36
O4' 0.02 0.22 0.02 0.01 0.12 0.00 0.06 0.02 0.11 0.09 0.18 0.22 0.08 0.05 0.01 0.05 0.16 0.00 0.12 0.16 0.10 0.10
O5' 0.15 0.39 0.51 0.35 0.11 0.01 0.40 0.00 0.22 0.92 0.16 0.37 0.39 0.83 0.42 0.54 0.23 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.74 0.67 0.67 0.09 0.20 0.24 0.29 0.08 0.90 0.49 0.63 0.19 0.80 0.35 0.77 0.68 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.06 0.44 0.25 0.62 0.24 1.17 0.42 1.01 1.66 0.48 0.06 1.36 1.78 0.87 0.56 0.36 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.48 0.47 0.36 0.16 0.03 0.57 0.01 0.36 1.18 0.14 0.45 0.62 1.16 0.52 0.54 0.36 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.29 2.49 3.03 2.86 2.49 1.79 2.49 1.27 2.46 2.51 2.48 2.49 2.47 2.48 2.47 2.80 2.99 1.62 0.46 2.39 0.27 0.16 0.12
C2 1.18 2.43 1.37 1.06 2.25 0.31 2.62 0.31 2.82 2.09 2.71 2.38 2.16 2.60 1.87 0.94 0.80 0.56 0.55 2.98 0.15 0.21 0.18
C2' 2.10 2.10 2.94 2.91 2.13 1.84 2.05 1.42 1.98 2.14 2.03 2.11 2.13 2.04 2.16 2.77 3.21 1.53 0.58 1.88 0.32 0.27 0.21
C3' 2.36 2.22 3.29 3.17 2.26 2.04 2.12 1.48 2.01 2.24 2.10 2.26 2.30 2.08 2.33 3.25 3.58 1.70 0.52 1.86 0.49 0.19 0.12
C4 1.74 2.59 2.22 1.91 2.51 0.95 2.79 0.54 2.91 2.54 2.80 2.53 2.40 2.86 2.28 1.83 1.80 1.03 0.28 3.03 0.22 0.12 0.13
C4' 3.01 2.93 3.94 3.69 2.94 2.52 2.77 1.81 2.68 2.87 2.79 2.98 2.99 2.70 2.99 3.92 4.04 2.26 0.87 2.50 0.28 0.28 0.28
C5 1.53 2.71 1.95 1.59 2.56 0.63 3.01 0.36 3.25 2.55 3.06 2.63 2.42 3.09 2.22 1.52 1.43 0.78 0.42 3.52 0.19 0.17 0.16
C5' 3.71 3.50 4.71 4.55 3.49 3.36 3.23 2.66 3.11 3.33 3.29 3.59 3.60 3.09 3.56 4.75 5.04 3.01 1.67 2.87 0.72 0.86 0.98
C6 1.15 2.70 1.40 1.03 2.45 0.22 3.05 0.41 3.41 2.34 3.17 2.60 2.31 3.08 1.97 0.92 0.76 0.44 0.63 3.80 0.15 0.23 0.19
C8 1.96 2.71 2.60 2.29 2.64 1.20 2.92 0.73 3.05 2.68 2.93 2.65 2.53 2.98 2.44 2.28 2.29 1.18 0.24 3.20 0.25 0.11 0.12
N1 0.93 2.57 1.08 0.73 2.29 0.16 2.87 0.52 3.22 2.09 3.01 2.48 2.17 2.85 1.77 0.59 0.42 0.29 0.72 3.56 0.14 0.26 0.21
N3 1.62 2.42 2.00 1.73 2.34 0.87 2.55 0.49 2.63 2.31 2.57 2.39 2.27 2.56 2.13 1.61 1.56 0.99 0.29 2.68 0.21 0.12 0.14
N6 0.94 2.75 1.14 0.76 2.41 0.22 3.12 0.57 3.62 2.25 3.34 2.64 2.26 3.10 1.85 0.62 0.45 0.27 0.75 4.17 0.14 0.26 0.20
N7 1.70 2.78 2.23 1.87 2.64 0.83 3.06 0.47 3.30 2.65 3.12 2.70 2.51 3.14 2.33 1.84 1.77 0.92 0.33 3.57 0.21 0.14 0.14
N9 2.01 2.58 2.65 2.38 2.54 1.32 2.72 0.84 2.78 2.59 2.71 2.54 2.46 2.78 2.41 2.33 2.39 1.29 0.25 2.85 0.26 0.11 0.11
O2' 1.35 1.39 2.16 2.17 1.42 1.16 1.39 0.84 1.34 1.46 1.35 1.39 1.41 1.41 1.44 1.98 2.47 0.85 0.42 1.28 0.83 0.61 0.60
O3' 1.83 1.75 2.75 2.55 1.78 1.46 1.67 0.91 1.59 1.77 1.65 1.77 1.80 1.65 1.83 2.77 2.95 1.16 0.43 1.46 1.29 0.77 0.86
O4' 3.00 3.11 3.81 3.51 3.11 2.37 3.03 1.68 2.97 3.09 3.04 3.13 3.12 2.98 3.12 3.64 3.65 2.24 0.82 2.85 0.29 0.35 0.36
O5' 4.30 4.09 5.35 5.14 4.05 3.91 3.74 3.13 3.64 3.80 3.85 4.19 4.19 3.54 4.11 5.39 5.60 3.55 2.17 3.37 1.22 1.32 1.52
OP1 5.36 5.14 6.42 6.03 4.95 4.95 4.47 4.02 4.39 4.39 4.76 5.36 5.27 4.09 4.96 6.94 6.65 4.55 3.09 4.01 1.94 1.97 2.32
OP2 4.29 4.02 5.34 5.39 3.91 4.28 3.54 3.67 3.45 3.56 3.72 4.18 4.14 3.29 3.97 5.55 6.21 3.69 2.68 3.15 1.66 1.52 1.91
P 4.90 4.63 5.97 5.85 4.52 4.69 4.11 3.90 4.01 4.10 4.31 4.80 4.75 3.82 4.56 6.20 6.57 4.21 2.92 3.69 1.87 1.83 2.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.10 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.41 1.09 0.56
C2 0.07 0.00 0.51 0.45 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.58 0.38 0.53 0.02 0.66 1.74 1.24
C2' 0.00 0.51 0.00 0.01 0.27 0.01 0.13 0.02 0.23 0.24 0.39 0.59 0.50 0.12 0.02 0.00 0.03 0.00 0.19 0.17 0.37 1.08 0.41
C3' 0.01 0.45 0.01 0.00 0.29 0.00 0.25 0.02 0.33 0.12 0.42 0.49 0.40 0.13 0.11 0.01 0.01 0.01 0.24 0.32 0.35 0.93 0.24
C4 0.03 0.01 0.27 0.29 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.33 0.17 0.27 0.01 0.32 1.44 0.78
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.09 0.24 0.06 0.21 0.12 0.23 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.14 0.33 0.68 0.29
C5 0.02 0.00 0.13 0.25 0.00 0.12 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.27 0.04 0.39 0.01 0.44 1.23 0.47
C5' 0.03 0.21 0.02 0.02 0.12 0.01 0.25 0.00 0.22 0.43 0.15 0.33 0.21 0.43 0.16 0.02 0.03 0.02 0.01 0.29 0.31 0.41 0.01
C6 0.02 0.01 0.23 0.33 0.01 0.09 0.01 0.22 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.39 0.12 0.36 0.01 0.27 1.34 0.63
C8 0.04 0.01 0.24 0.12 0.00 0.24 0.01 0.43 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.14 0.28 0.74 0.02 1.01 0.74 0.15
N1 0.05 0.01 0.39 0.42 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.52 0.27 0.39 0.01 0.39 1.60 1.00
N2 0.10 0.01 0.59 0.49 0.01 0.21 0.01 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.52 0.68 0.49 0.75 0.02 0.96 1.87 1.48
N3 0.07 0.01 0.50 0.40 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.40 0.51 0.38 0.49 0.02 0.60 1.68 1.19
N7 0.03 0.01 0.12 0.13 0.01 0.23 0.00 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.12 0.18 0.71 0.02 0.97 0.81 0.11
N9 0.01 0.02 0.02 0.11 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.10 0.02 0.30 0.01 0.47 1.19 0.47
O2' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.16 0.03 0.06 0.02 0.13 0.23 0.29 0.52 0.40 0.17 0.04 0.00 0.04 0.06 0.06 0.09 0.35 0.90 0.40
O3' 0.02 0.58 0.03 0.01 0.33 0.02 0.27 0.03 0.39 0.14 0.52 0.68 0.51 0.12 0.10 0.04 0.00 0.02 0.17 0.36 0.33 0.76 0.15
O4' 0.01 0.38 0.00 0.01 0.17 0.01 0.04 0.02 0.12 0.28 0.27 0.49 0.38 0.18 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.07 0.43 0.93 0.59
O5' 0.11 0.53 0.19 0.24 0.27 0.02 0.39 0.01 0.36 0.74 0.39 0.75 0.49 0.71 0.30 0.06 0.17 0.06 0.00 0.43 0.04 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.17 0.32 0.01 0.14 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.36 0.07 0.43 0.00 0.39 1.18 0.44
OP1 0.41 0.66 0.37 0.35 0.32 0.33 0.44 0.31 0.27 1.01 0.39 0.96 0.60 0.97 0.47 0.35 0.33 0.43 0.04 0.39 0.00 0.01 0.00
OP2 1.09 1.74 1.08 0.93 1.44 0.68 1.23 0.41 1.34 0.74 1.60 1.87 1.68 0.81 1.19 0.90 0.76 0.93 0.02 1.18 0.01 0.00 0.01
P 0.56 1.24 0.41 0.24 0.78 0.29 0.47 0.01 0.63 0.15 1.00 1.48 1.19 0.11 0.47 0.40 0.15 0.59 0.01 0.44 0.00 0.01 0.00