ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53094

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.003, 0.026, 0.048, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.026, 0.067, 0.108, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.067 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.033, 0.087, 0.142, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.087 std_dev=0.054
C4' A 0, 0.038, 0.114, 0.190, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.114 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.057, 0.139, 0.221, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.139 std_dev=0.082
C3' A 0, -0.031, 0.080, 0.191, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.080 std_dev=0.111
O3' A 0, 0.029, 0.143, 0.257, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.143 std_dev=0.114
C5' A 0, 0.043, 0.220, 0.396, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.220 std_dev=0.176
O5' A 0, 0.023, 0.217, 0.411, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.217 std_dev=0.194
OP2 B 0, 0.027, 0.238, 0.450, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.238 std_dev=0.211
P A 0, 0.048, 0.285, 0.521, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.285 std_dev=0.237
OP1 A 0, 0.070, 0.333, 0.596, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.333 std_dev=0.263
OP2 A 0, 0.049, 0.314, 0.578, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.314 std_dev=0.265
P B 0, -0.008, 0.273, 0.554, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.273 std_dev=0.281
O5' B 0, 0.043, 0.344, 0.645, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.344 std_dev=0.301
OP1 B 0, 0.030, 0.361, 0.693, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.361 std_dev=0.331
C5' B 0, -0.001, 0.363, 0.728, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.363 std_dev=0.364
C8 B 0, 0.113, 0.488, 0.863, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.488 std_dev=0.375
O4' B 0, -0.037, 0.367, 0.771, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.367 std_dev=0.404
C4' B 0, -0.025, 0.388, 0.801, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.388 std_dev=0.413
N7 B 0, 0.172, 0.599, 1.027, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.599 std_dev=0.428
N9 B 0, 0.081, 0.531, 0.982, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.531 std_dev=0.451
C1' B 0, 0.027, 0.478, 0.930, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.478 std_dev=0.452
C3' B 0, -0.025, 0.473, 0.972, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.473 std_dev=0.498
O3' B 0, -0.013, 0.491, 0.996, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.491 std_dev=0.504
C5 B 0, 0.211, 0.742, 1.273, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.742 std_dev=0.531
C4 B 0, 0.171, 0.716, 1.261, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.716 std_dev=0.545
C2' B 0, 0.000, 0.555, 1.110, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.555 std_dev=0.555
O2' B 0, -0.006, 0.614, 1.233, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.614 std_dev=0.620
C6 B 0, 0.313, 0.939, 1.566, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.939 std_dev=0.626
O6 B 0, 0.362, 1.004, 1.646, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.004 std_dev=0.642
N3 B 0, 0.234, 0.879, 1.523, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.879 std_dev=0.645
N1 B 0, 0.368, 1.090, 1.812, 2.025 max_d=2.025 avg_d=1.090 std_dev=0.722
C2 B 0, 0.333, 1.062, 1.791, 2.055 max_d=2.055 avg_d=1.062 std_dev=0.729
N2 B 0, 0.410, 1.249, 2.088, 2.359 max_d=2.359 avg_d=1.249 std_dev=0.839

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.10 0.03 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.13 0.16 0.17 0.14
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.11 0.04 0.04
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.15 0.18 0.16 0.15
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.20 0.23 0.23 0.21
C5' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.13 0.15 0.09 0.05 0.17 0.16 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.20 0.24 0.26 0.23
C8 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.21 0.24 0.21 0.21
N1 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.17 0.20 0.22 0.19
N3 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.11 0.13 0.13 0.11
N6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.24 0.29 0.32 0.28
N7 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.22 0.26 0.26 0.25
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.15 0.17 0.13 0.14
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.12 0.04 0.05
O3' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.08 0.04 0.02
O4' 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
O5' 0.06 0.13 0.03 0.02 0.15 0.01 0.20 0.01 0.20 0.21 0.17 0.11 0.24 0.22 0.15 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.10 0.16 0.11 0.09 0.18 0.05 0.23 0.02 0.24 0.24 0.20 0.13 0.29 0.26 0.17 0.12 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.17 0.04 0.04 0.16 0.03 0.23 0.02 0.26 0.21 0.22 0.13 0.32 0.26 0.13 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.14 0.04 0.03 0.15 0.01 0.21 0.00 0.23 0.21 0.19 0.11 0.28 0.25 0.14 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.05 0.03 0.02 0.06 0.01 0.08 0.02 0.09 0.08 0.07 0.04 0.04 0.10 0.06 0.08 0.03 0.02 0.02 0.10 0.05 0.04 0.04
C2 0.08 0.06 0.09 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.12 0.08 0.05 0.06 0.13 0.09 0.12 0.06 0.08 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10
C2' 0.04 0.04 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.08 0.06 0.04 0.04 0.09 0.05 0.10 0.02 0.03 0.01 0.09 0.04 0.03 0.03
C3' 0.08 0.10 0.06 0.03 0.10 0.04 0.12 0.03 0.13 0.12 0.12 0.09 0.09 0.14 0.09 0.11 0.01 0.06 0.03 0.15 0.04 0.03 0.03
C4 0.09 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.07 0.09 0.11 0.07 0.05 0.06 0.12 0.09 0.14 0.05 0.08 0.06 0.10 0.05 0.04 0.05
C4' 0.06 0.09 0.04 0.03 0.09 0.03 0.12 0.03 0.13 0.11 0.11 0.08 0.08 0.13 0.08 0.08 0.04 0.04 0.03 0.16 0.06 0.05 0.05
C5 0.13 0.10 0.15 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.15 0.10 0.09 0.10 0.14 0.13 0.20 0.10 0.14 0.11 0.12 0.08 0.06 0.08
C5' 0.04 0.07 0.04 0.06 0.07 0.05 0.10 0.05 0.12 0.10 0.10 0.06 0.06 0.12 0.07 0.03 0.07 0.04 0.05 0.14 0.07 0.07 0.07
C6 0.17 0.13 0.19 0.16 0.15 0.17 0.15 0.16 0.14 0.18 0.13 0.12 0.14 0.17 0.16 0.24 0.15 0.18 0.16 0.14 0.12 0.10 0.12
C8 0.11 0.08 0.12 0.08 0.10 0.09 0.11 0.08 0.10 0.13 0.09 0.08 0.09 0.13 0.11 0.18 0.07 0.11 0.07 0.11 0.04 0.03 0.04
N1 0.14 0.11 0.16 0.15 0.13 0.15 0.14 0.16 0.13 0.17 0.12 0.10 0.11 0.16 0.15 0.20 0.13 0.16 0.16 0.14 0.14 0.12 0.14
N3 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.08 0.05 0.08 0.09 0.06 0.03 0.04 0.10 0.06 0.09 0.01 0.04 0.04 0.10 0.04 0.03 0.04
N6 0.23 0.18 0.26 0.22 0.20 0.22 0.19 0.21 0.18 0.22 0.17 0.18 0.19 0.20 0.21 0.32 0.21 0.24 0.19 0.17 0.15 0.11 0.15
N7 0.14 0.11 0.16 0.12 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12 0.15 0.11 0.11 0.11 0.14 0.13 0.22 0.11 0.14 0.10 0.12 0.07 0.05 0.07
N9 0.08 0.06 0.08 0.05 0.08 0.05 0.09 0.05 0.09 0.11 0.07 0.05 0.06 0.11 0.08 0.13 0.03 0.07 0.04 0.10 0.03 0.02 0.02
O2' 0.06 0.05 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.07 0.08 0.05 0.04 0.05 0.08 0.06 0.12 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.02 0.03
O3' 0.09 0.13 0.07 0.04 0.13 0.04 0.15 0.04 0.17 0.14 0.16 0.13 0.12 0.16 0.12 0.11 0.02 0.07 0.04 0.19 0.05 0.04 0.03
O4' 0.04 0.07 0.03 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.09 0.09 0.06 0.06 0.11 0.06 0.04 0.07 0.04 0.06 0.12 0.09 0.08 0.09
O5' 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.06 0.10 0.06 0.01 0.11 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10
OP1 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.09 0.04 0.13 0.10 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12
OP2 0.07 0.07 0.07 0.10 0.07 0.09 0.07 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07 0.03 0.12 0.08 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10
P 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.10 0.06 0.02 0.11 0.07 0.08 0.10 0.09 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02
C2 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.07 0.00 0.07 0.05 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.00 0.06 0.05 0.06
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08
C5' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.00 0.08 0.03 0.08 0.07 0.06 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.09 0.00 0.10 0.08 0.09
C8 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.04 0.06 0.05
N1 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08
N2 0.03 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.03 0.07 0.00 0.07 0.04 0.07
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.00 0.06 0.04 0.05
N7 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.08 0.00 0.07 0.08 0.07
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.04
O2' 0.02 0.07 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03
O3' 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01
O5' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.06 0.08 0.07 0.06 0.08 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.10 0.00 0.11 0.10 0.11
OP1 0.02 0.07 0.01 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.10 0.04 0.09 0.07 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.08 0.06 0.07 0.04 0.04 0.08 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.09 0.05 0.08 0.07 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00