ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53095

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.011, 0.040, 0.069, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.040 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.020, 0.050, 0.081, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.050 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.017, 0.049, 0.080, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.049 std_dev=0.032
C4 A 0, 0.016, 0.049, 0.082, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.049 std_dev=0.033
N3 A 0, 0.025, 0.060, 0.095, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.060 std_dev=0.035
C2 A 0, 0.027, 0.066, 0.105, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.066 std_dev=0.039
C1' A 0, 0.028, 0.071, 0.113, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.071 std_dev=0.042
N7 A 0, 0.024, 0.084, 0.145, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.084 std_dev=0.061
C8 A 0, 0.025, 0.087, 0.149, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.087 std_dev=0.062
N6 A 0, 0.015, 0.080, 0.145, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.080 std_dev=0.065
O4' A 0, 0.025, 0.091, 0.156, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.091 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.071, 0.170, 0.269, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.170 std_dev=0.099
C3' A 0, 0.096, 0.228, 0.360, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.228 std_dev=0.132
O3' A 0, 0.100, 0.255, 0.409, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.255 std_dev=0.155
C2' A 0, 0.041, 0.203, 0.365, 0.453 max_d=0.453 avg_d=0.203 std_dev=0.162
C5' A 0, 0.108, 0.271, 0.433, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.271 std_dev=0.163
O2' A 0, 0.031, 0.322, 0.613, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.322 std_dev=0.291
OP2 B 0, 0.259, 0.620, 0.982, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.620 std_dev=0.361
OP1 B 0, 0.259, 0.621, 0.983, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.621 std_dev=0.362
P B 0, 0.266, 0.638, 1.010, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.638 std_dev=0.372
O5' B 0, 0.294, 0.711, 1.129, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.711 std_dev=0.417
N7 B 0, 0.332, 0.799, 1.266, 1.182 max_d=1.182 avg_d=0.799 std_dev=0.467
C8 B 0, 0.355, 0.857, 1.358, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.857 std_dev=0.501
O6 B 0, 0.317, 0.828, 1.339, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.828 std_dev=0.511
C5 B 0, 0.392, 0.939, 1.486, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.939 std_dev=0.547
C6 B 0, 0.389, 0.952, 1.516, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.952 std_dev=0.563
C5' B 0, 0.389, 0.964, 1.539, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.964 std_dev=0.575
N9 B 0, 0.423, 1.029, 1.634, 1.523 max_d=1.523 avg_d=1.029 std_dev=0.606
C4 B 0, 0.457, 1.092, 1.727, 1.533 max_d=1.533 avg_d=1.092 std_dev=0.635
N1 B 0, 0.463, 1.117, 1.771, 1.651 max_d=1.651 avg_d=1.117 std_dev=0.654
O4' B 0, 0.429, 1.105, 1.781, 1.811 max_d=1.811 avg_d=1.105 std_dev=0.676
C4' B 0, 0.421, 1.103, 1.786, 1.844 max_d=1.844 avg_d=1.103 std_dev=0.682
C3' B 0, 0.423, 1.125, 1.827, 1.917 max_d=1.917 avg_d=1.125 std_dev=0.702
C1' B 0, 0.460, 1.174, 1.888, 1.907 max_d=1.907 avg_d=1.174 std_dev=0.714
C2 B 0, 0.532, 1.268, 2.004, 1.812 max_d=1.812 avg_d=1.268 std_dev=0.736
N3 B 0, 0.529, 1.266, 2.002, 1.767 max_d=1.767 avg_d=1.266 std_dev=0.737
C2' B 0, 0.468, 1.247, 2.026, 2.128 max_d=2.128 avg_d=1.247 std_dev=0.779
N2 B 0, 0.602, 1.435, 2.269, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.435 std_dev=0.833
O3' B 0, 0.426, 1.278, 2.131, 2.389 max_d=2.389 avg_d=1.278 std_dev=0.852
O2' B 0, 0.537, 1.498, 2.459, 2.667 max_d=2.667 avg_d=1.498 std_dev=0.961
O5' A 0, -0.165, 0.800, 1.765, 2.451 max_d=2.451 avg_d=0.800 std_dev=0.965
P A 0, -0.166, 0.939, 2.044, 2.824 max_d=2.824 avg_d=0.939 std_dev=1.105
OP2 A 0, -0.163, 1.008, 2.180, 3.002 max_d=3.002 avg_d=1.008 std_dev=1.171
OP1 A 0, -0.032, 1.275, 2.582, 3.464 max_d=3.464 avg_d=1.275 std_dev=1.307

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.09 0.18 0.04
C2 0.04 0.00 0.10 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.06 0.03 0.11 0.12 0.10 0.08
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.07 0.10 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.19 0.15 0.31 0.15
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.35 0.24 0.38 0.25
C4 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.13 0.13 0.13 0.08
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.25 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.15 0.14 0.08
C5' 0.02 0.07 0.02 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.06 0.10 0.11 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.07 0.35 0.02
C6 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.14 0.14 0.13 0.08
C8 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.16 0.18 0.19 0.08
N1 0.03 0.00 0.07 0.04 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02 0.13 0.13 0.11 0.08
N3 0.04 0.01 0.10 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.06 0.03 0.11 0.12 0.11 0.08
N6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.15 0.14 0.15 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.17 0.18 0.17 0.09
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.14 0.16 0.07
O2' 0.03 0.15 0.00 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.09 0.15 0.04 0.05 0.01 0.00 0.08 0.03 0.27 0.20 0.34 0.20
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.33 0.25 0.35 0.25
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.23 0.19 0.12 0.14
O5' 0.06 0.11 0.19 0.35 0.13 0.02 0.15 0.01 0.14 0.16 0.13 0.11 0.15 0.17 0.13 0.27 0.33 0.23 0.00 0.04 0.01 0.01
OP1 0.09 0.12 0.15 0.24 0.13 0.04 0.15 0.07 0.14 0.18 0.13 0.12 0.14 0.18 0.14 0.20 0.25 0.19 0.04 0.00 0.01 0.03
OP2 0.18 0.10 0.31 0.38 0.13 0.25 0.14 0.35 0.13 0.19 0.11 0.11 0.15 0.17 0.16 0.34 0.35 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.15 0.25 0.08 0.02 0.08 0.02 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.20 0.25 0.14 0.01 0.03 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.11 0.20 0.23 0.10 0.07 0.11 0.04 0.12 0.08 0.12 0.12 0.10 0.10 0.08 0.19 0.33 0.01 0.05 0.13 0.06 0.06 0.04
C2 0.01 0.03 0.10 0.13 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.09 0.20 0.06 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03
C2' 0.16 0.22 0.29 0.32 0.20 0.15 0.22 0.12 0.24 0.19 0.24 0.23 0.21 0.21 0.18 0.26 0.40 0.08 0.15 0.26 0.13 0.15 0.12
C3' 0.08 0.14 0.22 0.24 0.11 0.08 0.13 0.05 0.15 0.09 0.15 0.15 0.12 0.12 0.10 0.20 0.33 0.01 0.06 0.16 0.06 0.06 0.04
C4 0.03 0.08 0.14 0.17 0.06 0.03 0.08 0.03 0.09 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.12 0.25 0.04 0.03 0.10 0.06 0.04 0.03
C4' 0.05 0.10 0.19 0.22 0.07 0.06 0.08 0.02 0.10 0.06 0.10 0.11 0.08 0.07 0.06 0.19 0.32 0.02 0.03 0.11 0.04 0.03 0.03
C5 0.02 0.06 0.11 0.14 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.04 0.08 0.07 0.05 0.06 0.03 0.09 0.21 0.06 0.01 0.10 0.04 0.03 0.02
C5' 0.07 0.11 0.21 0.24 0.10 0.08 0.10 0.05 0.12 0.08 0.12 0.12 0.10 0.09 0.08 0.20 0.33 0.01 0.06 0.13 0.07 0.06 0.05
C6 0.03 0.03 0.07 0.10 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.16 0.09 0.02 0.07 0.03 0.03 0.02
C8 0.05 0.11 0.15 0.18 0.09 0.04 0.11 0.03 0.13 0.08 0.13 0.12 0.09 0.10 0.07 0.14 0.26 0.05 0.04 0.15 0.05 0.05 0.04
N1 0.03 0.02 0.06 0.10 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.16 0.08 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01
N3 0.03 0.06 0.14 0.17 0.05 0.04 0.06 0.03 0.07 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.13 0.25 0.04 0.04 0.08 0.08 0.04 0.05
N6 0.06 0.03 0.04 0.07 0.02 0.06 0.03 0.07 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.13 0.11 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03
N7 0.02 0.09 0.12 0.15 0.07 0.01 0.09 0.03 0.11 0.06 0.11 0.09 0.07 0.08 0.05 0.10 0.22 0.06 0.02 0.13 0.03 0.04 0.02
N9 0.05 0.10 0.17 0.20 0.09 0.05 0.10 0.03 0.12 0.08 0.12 0.11 0.09 0.10 0.07 0.15 0.28 0.04 0.05 0.13 0.06 0.05 0.04
O2' 0.25 0.33 0.39 0.42 0.31 0.24 0.33 0.21 0.35 0.30 0.34 0.33 0.31 0.33 0.28 0.35 0.49 0.16 0.25 0.37 0.21 0.26 0.21
O3' 0.03 0.09 0.18 0.21 0.06 0.04 0.07 0.01 0.10 0.04 0.10 0.10 0.07 0.06 0.05 0.17 0.30 0.04 0.01 0.11 0.04 0.02 0.04
O4' 0.04 0.08 0.17 0.20 0.06 0.05 0.07 0.01 0.08 0.05 0.08 0.08 0.06 0.06 0.05 0.17 0.30 0.03 0.02 0.09 0.04 0.02 0.03
O5' 0.19 0.39 0.26 0.23 0.30 0.10 0.33 0.03 0.40 0.22 0.42 0.42 0.33 0.28 0.23 0.26 0.27 0.10 0.05 0.45 0.12 0.04 0.04
OP1 0.26 0.47 0.32 0.29 0.37 0.17 0.40 0.10 0.48 0.29 0.50 0.51 0.41 0.35 0.30 0.31 0.32 0.18 0.12 0.52 0.06 0.08 0.06
OP2 0.21 0.32 0.28 0.27 0.27 0.15 0.29 0.10 0.34 0.22 0.35 0.34 0.29 0.26 0.23 0.28 0.32 0.14 0.11 0.36 0.05 0.10 0.08
P 0.19 0.36 0.26 0.24 0.28 0.11 0.31 0.04 0.37 0.21 0.39 0.39 0.31 0.26 0.22 0.26 0.28 0.11 0.06 0.41 0.08 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.06 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.08 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.06 0.04 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.05 0.09 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06
C5' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.04 0.00 0.05 0.07 0.06
C8 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05
N1 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.07 0.06
N2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.08 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.05
N3 0.02 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.04 0.00 0.03 0.05 0.05
N7 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.04 0.00 0.05 0.07 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.10 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.09 0.08 0.05
O3' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.09 0.01 0.08 0.05 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.14 0.17 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04
O5' 0.01 0.04 0.04 0.06 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.08 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
O6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.04 0.00 0.06 0.08 0.06
OP1 0.01 0.04 0.06 0.09 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.03 0.09 0.14 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01
OP2 0.02 0.06 0.08 0.11 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.08 0.17 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.12 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00