ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53096

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.015 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.001, 0.020, 0.040, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.003, 0.026, 0.048, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.002, 0.032, 0.062, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.032 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.001, 0.050, 0.099, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.050 std_dev=0.049
O4' A 0, -0.010, 0.052, 0.113, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.052 std_dev=0.061
C3' A 0, -0.004, 0.085, 0.175, 0.211 max_d=0.211 avg_d=0.085 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.004, 0.103, 0.202, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.103 std_dev=0.099
C4' A 0, -0.040, 0.075, 0.189, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.075 std_dev=0.115
O3' A 0, -0.002, 0.143, 0.288, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.143 std_dev=0.145
O5' A 0, -0.023, 0.129, 0.282, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.129 std_dev=0.153
C5' A 0, -0.039, 0.145, 0.329, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.145 std_dev=0.184
P A 0, 0.004, 0.212, 0.419, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.212 std_dev=0.207
OP2 A 0, 0.015, 0.307, 0.600, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.307 std_dev=0.293
OP1 A 0, -0.012, 0.297, 0.607, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.297 std_dev=0.309
O5' B 0, 0.016, 0.480, 0.945, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.480 std_dev=0.465
C4' B 0, 0.004, 0.486, 0.969, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.486 std_dev=0.483
O4' B 0, 0.001, 0.500, 0.999, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.500 std_dev=0.499
O3' B 0, 0.010, 0.552, 1.095, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.552 std_dev=0.542
P B 0, 0.028, 0.595, 1.162, 1.280 max_d=1.280 avg_d=0.595 std_dev=0.567
C5' B 0, 0.024, 0.597, 1.171, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.597 std_dev=0.574
C3' B 0, 0.010, 0.636, 1.263, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.636 std_dev=0.626
OP2 B 0, 0.039, 0.668, 1.296, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.668 std_dev=0.629
O2' B 0, 0.005, 0.646, 1.288, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.646 std_dev=0.641
C1' B 0, 0.003, 0.650, 1.296, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.650 std_dev=0.646
C2' B 0, 0.005, 0.707, 1.409, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.707 std_dev=0.702
N9 B 0, 0.016, 0.792, 1.568, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.792 std_dev=0.776
OP1 B 0, 0.028, 0.808, 1.588, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.808 std_dev=0.780
C8 B 0, 0.026, 0.865, 1.704, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.865 std_dev=0.839
C4 B 0, 0.016, 0.899, 1.783, 1.964 max_d=1.964 avg_d=0.899 std_dev=0.884
N3 B 0, 0.009, 0.914, 1.819, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.914 std_dev=0.905
N7 B 0, 0.032, 1.006, 1.981, 2.056 max_d=2.056 avg_d=1.006 std_dev=0.975
C5 B 0, 0.028, 1.025, 2.023, 2.153 max_d=2.153 avg_d=1.025 std_dev=0.998
C2 B 0, 0.015, 1.062, 2.109, 2.325 max_d=2.325 avg_d=1.062 std_dev=1.047
N2 B 0, 0.011, 1.136, 2.260, 2.495 max_d=2.495 avg_d=1.136 std_dev=1.125
C6 B 0, 0.031, 1.170, 2.308, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.170 std_dev=1.139
N1 B 0, 0.025, 1.172, 2.319, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.172 std_dev=1.147
O6 B 0, 0.038, 1.300, 2.563, 2.645 max_d=2.645 avg_d=1.300 std_dev=1.263

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.03 0.06 0.08 0.15 0.11
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.02 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.09 0.05
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.07 0.08 0.13 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.01 0.09 0.13 0.17 0.13
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.07 0.08 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.09 0.14 0.19 0.14
C8 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.09 0.11 0.12 0.11
N1 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.08 0.12 0.17 0.13
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.06 0.12 0.09
N6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.11 0.17 0.21 0.15
N7 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.02 0.11 0.15 0.17 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.09 0.08
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05 0.01 0.09 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.12 0.15 0.09
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.06
O5' 0.03 0.06 0.01 0.04 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.05 0.11 0.11 0.06 0.02 0.06 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.08 0.04 0.07 0.08 0.02 0.13 0.01 0.14 0.11 0.12 0.06 0.17 0.15 0.06 0.05 0.12 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.05 0.15 0.05 0.09 0.13 0.01 0.17 0.01 0.19 0.12 0.17 0.12 0.21 0.17 0.09 0.04 0.15 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.11 0.01 0.05 0.10 0.01 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.09 0.15 0.14 0.08 0.02 0.09 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.33 0.37 0.36 0.35 0.35 0.34 0.35 0.32 0.36 0.34 0.37 0.38 0.35 0.34 0.34 0.34 0.29 0.33 0.32 0.36 0.47 0.32 0.36
C2 0.04 0.01 0.03 0.07 0.05 0.09 0.08 0.15 0.07 0.13 0.03 0.04 0.01 0.13 0.07 0.07 0.11 0.09 0.17 0.09 0.38 0.20 0.26
C2' 0.25 0.31 0.26 0.27 0.28 0.29 0.28 0.29 0.30 0.28 0.30 0.33 0.28 0.28 0.27 0.24 0.24 0.27 0.31 0.30 0.51 0.32 0.37
C3' 0.31 0.44 0.34 0.32 0.37 0.31 0.36 0.29 0.40 0.32 0.43 0.50 0.41 0.33 0.33 0.33 0.27 0.30 0.31 0.40 0.50 0.32 0.37
C4 0.21 0.22 0.19 0.16 0.21 0.20 0.21 0.19 0.21 0.22 0.21 0.23 0.21 0.22 0.22 0.17 0.08 0.23 0.23 0.21 0.40 0.23 0.29
C4' 0.42 0.59 0.48 0.43 0.50 0.37 0.50 0.35 0.54 0.42 0.58 0.64 0.55 0.46 0.45 0.47 0.38 0.37 0.34 0.54 0.48 0.35 0.37
C5 0.20 0.22 0.19 0.12 0.20 0.15 0.19 0.15 0.20 0.20 0.21 0.25 0.22 0.19 0.20 0.19 0.05 0.20 0.18 0.19 0.37 0.18 0.25
C5' 0.47 0.71 0.53 0.45 0.59 0.38 0.58 0.33 0.64 0.48 0.69 0.78 0.65 0.52 0.51 0.53 0.38 0.40 0.32 0.64 0.45 0.33 0.34
C6 0.11 0.13 0.09 0.04 0.11 0.08 0.10 0.16 0.10 0.12 0.11 0.16 0.12 0.12 0.11 0.11 0.04 0.12 0.14 0.10 0.35 0.16 0.22
C8 0.33 0.39 0.34 0.26 0.35 0.26 0.34 0.22 0.35 0.31 0.37 0.42 0.37 0.31 0.33 0.35 0.18 0.30 0.24 0.34 0.40 0.23 0.28
N1 0.02 0.03 0.01 0.07 0.03 0.09 0.06 0.18 0.05 0.10 0.02 0.06 0.03 0.10 0.05 0.05 0.11 0.07 0.14 0.07 0.35 0.17 0.22
N3 0.11 0.10 0.07 0.08 0.12 0.16 0.14 0.18 0.13 0.18 0.11 0.11 0.10 0.17 0.14 0.03 0.01 0.18 0.25 0.14 0.42 0.25 0.31
N6 0.10 0.13 0.09 0.03 0.10 0.07 0.08 0.18 0.08 0.10 0.10 0.16 0.12 0.09 0.10 0.12 0.05 0.09 0.15 0.08 0.36 0.16 0.21
N7 0.27 0.33 0.28 0.19 0.29 0.20 0.27 0.17 0.29 0.25 0.31 0.36 0.31 0.25 0.28 0.29 0.11 0.25 0.20 0.28 0.38 0.19 0.25
N9 0.30 0.33 0.31 0.26 0.31 0.28 0.31 0.24 0.31 0.30 0.32 0.35 0.32 0.30 0.31 0.30 0.18 0.30 0.27 0.31 0.43 0.26 0.31
O2' 0.20 0.24 0.22 0.28 0.23 0.28 0.26 0.32 0.26 0.25 0.26 0.25 0.22 0.26 0.23 0.16 0.29 0.24 0.34 0.28 0.55 0.36 0.40
O3' 0.27 0.45 0.30 0.29 0.35 0.28 0.35 0.28 0.39 0.28 0.44 0.52 0.40 0.30 0.30 0.28 0.26 0.27 0.30 0.39 0.51 0.32 0.37
O4' 0.44 0.54 0.50 0.44 0.49 0.38 0.49 0.35 0.51 0.43 0.53 0.56 0.52 0.46 0.46 0.50 0.37 0.39 0.33 0.51 0.45 0.34 0.35
O5' 0.41 0.61 0.46 0.36 0.50 0.31 0.49 0.26 0.54 0.39 0.59 0.68 0.56 0.43 0.43 0.47 0.30 0.34 0.26 0.54 0.42 0.25 0.29
OP1 0.44 0.74 0.51 0.41 0.58 0.32 0.58 0.27 0.66 0.44 0.73 0.84 0.66 0.50 0.49 0.51 0.35 0.35 0.25 0.66 0.41 0.24 0.27
OP2 0.31 0.51 0.37 0.27 0.39 0.23 0.37 0.21 0.43 0.28 0.49 0.60 0.46 0.31 0.33 0.39 0.22 0.25 0.22 0.42 0.42 0.17 0.26
P 0.38 0.62 0.44 0.34 0.48 0.27 0.47 0.22 0.54 0.37 0.60 0.70 0.56 0.41 0.41 0.45 0.27 0.30 0.21 0.54 0.38 0.18 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.07
C2 0.01 0.00 0.11 0.16 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.19 0.01 0.03 0.00 0.05 0.18 0.08
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.08 0.14 0.11 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.13 0.04
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.04 0.11 0.07 0.14 0.19 0.15 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.10 0.09 0.08 0.04
C4 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.04 0.00 0.03 0.18 0.08
C4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.11 0.08 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.07 0.09 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.07 0.00 0.07 0.19 0.11
C5' 0.02 0.13 0.03 0.04 0.09 0.01 0.08 0.00 0.10 0.07 0.12 0.15 0.12 0.08 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.02 0.05 0.02
C6 0.00 0.00 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.14 0.01 0.07 0.00 0.07 0.19 0.11
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.21 0.12
N1 0.01 0.00 0.08 0.14 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.18 0.01 0.04 0.01 0.05 0.18 0.09
N2 0.02 0.00 0.14 0.19 0.00 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.23 0.01 0.03 0.01 0.07 0.17 0.07
N3 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.17 0.01 0.02 0.00 0.05 0.18 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.10 0.01 0.12 0.21 0.14
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.01 0.04 0.19 0.09
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.07 0.12 0.08 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.03 0.09 0.11 0.02
O3' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.12 0.03 0.11 0.07 0.14 0.07 0.18 0.23 0.17 0.08 0.06 0.04 0.00 0.02 0.10 0.14 0.18 0.09 0.11
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.17 0.07
O5' 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.07 0.01 0.07 0.09 0.04 0.03 0.02 0.10 0.05 0.01 0.10 0.02 0.00 0.08 0.02 0.02 0.01
O6 0.00 0.00 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.08 0.00 0.10 0.20 0.13
OP1 0.01 0.05 0.06 0.09 0.03 0.07 0.07 0.02 0.07 0.10 0.05 0.07 0.05 0.12 0.04 0.09 0.18 0.01 0.02 0.10 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.18 0.13 0.08 0.18 0.09 0.19 0.05 0.19 0.21 0.18 0.17 0.18 0.21 0.19 0.11 0.09 0.17 0.02 0.20 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.08 0.04 0.04 0.08 0.04 0.11 0.02 0.11 0.12 0.09 0.07 0.07 0.14 0.09 0.02 0.11 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00