ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53100

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.008, 0.027, 0.046, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.013, 0.046, 0.079, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.046 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.012, 0.047, 0.082, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.047 std_dev=0.035
N6 A 0, 0.017, 0.059, 0.101, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.059 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.017, 0.064, 0.111, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.064 std_dev=0.047
N1 A 0, 0.021, 0.071, 0.122, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.071 std_dev=0.051
N9 A 0, 0.026, 0.089, 0.152, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.089 std_dev=0.063
N3 A 0, 0.030, 0.102, 0.175, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.102 std_dev=0.072
C2 A 0, 0.031, 0.104, 0.178, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.104 std_dev=0.074
C1' A 0, 0.040, 0.138, 0.236, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.138 std_dev=0.098
P B 0, 0.143, 0.545, 0.948, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.545 std_dev=0.403
C2' A 0, 0.032, 0.476, 0.920, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.476 std_dev=0.444
O4' A 0, 0.109, 0.606, 1.102, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.606 std_dev=0.496
OP1 B 0, 0.280, 1.016, 1.751, 1.718 max_d=1.718 avg_d=1.016 std_dev=0.736
OP2 B 0, 0.308, 1.053, 1.798, 1.615 max_d=1.615 avg_d=1.053 std_dev=0.745
C3' A 0, 0.311, 1.062, 1.813, 1.624 max_d=1.624 avg_d=1.062 std_dev=0.751
C4' A 0, 0.297, 1.134, 1.971, 1.993 max_d=1.993 avg_d=1.134 std_dev=0.837
O5' A 0, 0.358, 1.233, 2.108, 1.943 max_d=1.943 avg_d=1.233 std_dev=0.875
O2' A 0, 0.411, 1.452, 2.494, 2.392 max_d=2.392 avg_d=1.452 std_dev=1.041
O3' A 0, 0.453, 1.714, 2.976, 3.000 max_d=3.000 avg_d=1.714 std_dev=1.262
C5' A 0, 0.335, 1.601, 2.866, 3.094 max_d=3.094 avg_d=1.601 std_dev=1.265
P A 0, 0.597, 2.182, 3.767, 3.718 max_d=3.718 avg_d=2.182 std_dev=1.585
O5' B 0, 0.661, 2.294, 3.928, 3.678 max_d=3.678 avg_d=2.294 std_dev=1.634
OP2 A 0, 0.619, 2.263, 3.907, 3.856 max_d=3.856 avg_d=2.263 std_dev=1.644
OP1 A 0, 0.928, 3.286, 5.645, 5.421 max_d=5.421 avg_d=3.286 std_dev=2.358
C5' B 0, 0.972, 3.344, 5.715, 5.241 max_d=5.241 avg_d=3.344 std_dev=2.372
O4' B 0, 1.241, 4.239, 7.237, 6.400 max_d=6.400 avg_d=4.239 std_dev=2.998
C4' B 0, 1.424, 4.869, 8.315, 7.464 max_d=7.464 avg_d=4.869 std_dev=3.445
C8 B 0, 1.478, 5.052, 8.626, 7.731 max_d=7.731 avg_d=5.052 std_dev=3.574
N9 B 0, 1.506, 5.146, 8.785, 7.810 max_d=7.810 avg_d=5.146 std_dev=3.639
C5 B 0, 1.514, 5.172, 8.831, 7.880 max_d=7.880 avg_d=5.172 std_dev=3.659
C4 B 0, 1.544, 5.273, 9.002, 7.983 max_d=7.983 avg_d=5.273 std_dev=3.729
C6 B 0, 1.547, 5.285, 9.023, 8.034 max_d=8.034 avg_d=5.285 std_dev=3.738
N7 B 0, 1.554, 5.313, 9.073, 8.123 max_d=8.123 avg_d=5.313 std_dev=3.759
N1 B 0, 1.560, 5.329, 9.097, 8.083 max_d=8.083 avg_d=5.329 std_dev=3.769
C1' B 0, 1.646, 5.620, 9.595, 8.466 max_d=8.466 avg_d=5.620 std_dev=3.974
O6 B 0, 1.663, 5.680, 9.696, 8.597 max_d=8.597 avg_d=5.680 std_dev=4.017
C2 B 0, 1.688, 5.762, 9.837, 8.686 max_d=8.686 avg_d=5.762 std_dev=4.075
N3 B 0, 1.711, 5.840, 9.970, 8.774 max_d=8.774 avg_d=5.840 std_dev=4.130
C3' B 0, 1.853, 6.334, 10.815, 9.667 max_d=9.667 avg_d=6.334 std_dev=4.481
N2 B 0, 1.894, 6.465, 11.037, 9.711 max_d=9.711 avg_d=6.465 std_dev=4.571
C2' B 0, 2.086, 7.126, 12.166, 10.842 max_d=10.842 avg_d=7.126 std_dev=5.040
O3' B 0, 2.192, 7.494, 12.796, 11.465 max_d=11.465 avg_d=7.494 std_dev=5.302
O2' B 0, 2.471, 8.435, 14.400, 12.687 max_d=12.687 avg_d=8.435 std_dev=5.965

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.10 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.06 0.02 0.08 0.10 0.05 0.02 0.01 0.02 0.16 0.00 0.13 0.25 0.11 0.20
C2 0.10 0.00 0.18 0.24 0.02 0.13 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.35 0.30 0.12 0.21 0.25 0.10 0.20
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03 0.07 0.06 0.14 0.12 0.18 0.05 0.11 0.03 0.00 0.02 0.01 0.27 0.30 0.11 0.27
C3' 0.02 0.24 0.01 0.00 0.16 0.00 0.20 0.03 0.20 0.29 0.22 0.22 0.22 0.27 0.15 0.00 0.01 0.01 0.30 0.34 0.15 0.25
C4 0.05 0.02 0.07 0.16 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.28 0.09 0.05 0.24 0.24 0.09 0.19
C4' 0.01 0.13 0.03 0.00 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.16 0.11 0.13 0.12 0.16 0.07 0.21 0.03 0.00 0.01 0.16 0.22 0.08
C5 0.04 0.01 0.03 0.20 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.33 0.05 0.01 0.32 0.25 0.21 0.21
C5' 0.03 0.24 0.07 0.03 0.18 0.01 0.23 0.00 0.26 0.20 0.26 0.20 0.30 0.25 0.12 0.13 0.08 0.00 0.01 0.17 0.34 0.02
C6 0.06 0.00 0.06 0.20 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.38 0.05 0.04 0.31 0.23 0.24 0.20
C8 0.02 0.02 0.14 0.29 0.01 0.16 0.01 0.20 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.22 0.26 0.07 0.38 0.29 0.16 0.24
N1 0.08 0.00 0.12 0.22 0.02 0.11 0.01 0.26 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.38 0.19 0.08 0.26 0.22 0.18 0.18
N3 0.10 0.00 0.18 0.22 0.00 0.13 0.00 0.20 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.30 0.30 0.12 0.20 0.28 0.07 0.22
N6 0.05 0.01 0.05 0.22 0.02 0.12 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.40 0.06 0.02 0.36 0.25 0.33 0.23
N7 0.02 0.01 0.11 0.27 0.01 0.16 0.00 0.25 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.29 0.23 0.05 0.41 0.31 0.28 0.27
N9 0.01 0.04 0.03 0.15 0.01 0.07 0.02 0.12 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.16 0.06 0.00 0.24 0.26 0.04 0.20
O2' 0.02 0.35 0.00 0.00 0.28 0.21 0.33 0.13 0.38 0.22 0.38 0.30 0.40 0.29 0.16 0.00 0.03 0.14 0.06 0.17 0.07 0.08
O3' 0.16 0.30 0.02 0.01 0.09 0.03 0.05 0.08 0.05 0.26 0.19 0.30 0.06 0.23 0.06 0.03 0.00 0.09 0.27 0.42 0.30 0.30
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.08 0.12 0.02 0.05 0.00 0.14 0.09 0.00 0.08 0.26 0.23 0.21
O5' 0.13 0.21 0.27 0.30 0.24 0.01 0.32 0.01 0.31 0.38 0.26 0.20 0.36 0.41 0.24 0.06 0.27 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.25 0.25 0.30 0.34 0.24 0.16 0.25 0.17 0.23 0.29 0.22 0.28 0.25 0.31 0.26 0.17 0.42 0.26 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.10 0.11 0.15 0.09 0.22 0.21 0.34 0.24 0.16 0.18 0.07 0.33 0.28 0.04 0.07 0.30 0.23 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.20 0.20 0.27 0.25 0.19 0.08 0.21 0.02 0.20 0.24 0.18 0.22 0.23 0.27 0.20 0.08 0.30 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.62 0.30 0.32 0.12 0.12 0.60 0.12 0.50 0.89 0.25 1.19 0.47 1.11 0.36 0.43 0.14 0.17 0.38 0.86 0.20 0.08 0.25
C2 0.17 0.84 0.12 0.18 0.34 0.15 0.15 0.15 0.37 0.39 0.70 1.02 0.69 0.31 0.09 0.23 0.08 0.18 0.23 0.26 0.20 0.10 0.14
C2' 0.46 0.18 0.60 0.56 0.48 0.33 1.00 0.33 0.96 1.18 0.33 0.72 0.16 1.48 0.67 0.67 0.39 0.37 0.41 1.37 0.09 0.18 0.15
C3' 0.45 0.25 0.61 0.63 0.42 0.38 0.91 0.42 0.86 1.14 0.28 0.80 0.17 1.39 0.63 0.64 0.48 0.40 0.49 1.28 0.12 0.29 0.26
C4 0.28 0.65 0.31 0.35 0.10 0.17 0.32 0.17 0.10 0.72 0.43 1.00 0.44 0.78 0.34 0.35 0.21 0.20 0.31 0.27 0.20 0.06 0.17
C4' 0.24 0.47 0.36 0.40 0.23 0.18 0.73 0.23 0.69 0.97 0.23 1.05 0.34 1.21 0.44 0.41 0.23 0.22 0.42 1.11 0.04 0.15 0.24
C5 0.46 0.39 0.46 0.50 0.25 0.32 0.31 0.26 0.06 0.67 0.35 0.62 0.20 0.62 0.48 0.47 0.38 0.34 0.34 0.02 0.22 0.14 0.17
C5' 0.29 0.35 0.42 0.46 0.29 0.24 0.75 0.33 0.73 0.95 0.22 0.88 0.23 1.17 0.48 0.38 0.29 0.28 0.45 1.15 0.16 0.33 0.31
C6 0.49 0.37 0.44 0.49 0.17 0.39 0.16 0.30 0.34 0.48 0.48 0.48 0.15 0.32 0.41 0.49 0.41 0.41 0.33 0.40 0.24 0.20 0.17
C8 0.45 0.29 0.52 0.52 0.38 0.27 0.62 0.23 0.46 0.83 0.06 0.66 0.21 0.92 0.55 0.50 0.38 0.30 0.36 0.63 0.20 0.08 0.17
N1 0.27 0.60 0.21 0.33 0.21 0.25 0.24 0.22 0.47 0.33 0.64 0.70 0.39 0.16 0.19 0.28 0.25 0.26 0.27 0.48 0.23 0.20 0.16
N3 0.22 0.89 0.17 0.18 0.24 0.19 0.12 0.15 0.18 0.59 0.62 1.21 0.73 0.64 0.12 0.35 0.05 0.24 0.25 0.21 0.20 0.03 0.14
N6 0.67 0.15 0.59 0.61 0.27 0.55 0.26 0.40 0.46 0.41 0.40 0.14 0.22 0.28 0.48 0.71 0.56 0.59 0.34 0.66 0.25 0.25 0.18
N7 0.56 0.22 0.59 0.59 0.42 0.38 0.51 0.29 0.29 0.75 0.16 0.43 0.24 0.74 0.60 0.58 0.47 0.40 0.37 0.28 0.22 0.14 0.17
N9 0.30 0.54 0.36 0.38 0.18 0.16 0.52 0.16 0.36 0.81 0.24 1.01 0.37 0.96 0.41 0.41 0.22 0.20 0.33 0.62 0.19 0.03 0.18
O2' 0.64 0.07 0.84 0.83 0.77 0.42 1.32 0.45 1.20 1.58 0.54 0.56 0.16 1.88 0.97 0.82 0.64 0.45 0.74 1.54 0.38 0.24 0.48
O3' 0.61 0.15 0.80 0.84 0.58 0.51 1.07 0.56 0.97 1.38 0.36 0.70 0.10 1.60 0.82 0.81 0.71 0.50 0.73 1.36 0.21 0.32 0.44
O4' 0.12 0.66 0.21 0.26 0.10 0.08 0.57 0.10 0.50 0.82 0.33 1.24 0.49 1.04 0.30 0.33 0.14 0.12 0.38 0.88 0.18 0.11 0.26
O5' 0.31 0.28 0.48 0.53 0.47 0.15 0.90 0.15 0.92 1.01 0.48 0.66 0.14 1.24 0.58 0.34 0.43 0.13 0.43 1.32 0.39 0.13 0.28
OP1 0.36 0.23 0.51 0.56 0.47 0.20 0.87 0.22 0.86 1.03 0.42 0.60 0.11 1.23 0.61 0.36 0.45 0.20 0.51 1.23 0.30 0.16 0.33
OP2 0.36 0.06 0.50 0.50 0.40 0.21 0.69 0.21 0.71 0.78 0.34 0.34 0.08 0.94 0.50 0.43 0.38 0.22 0.26 1.02 0.37 0.28 0.07
P 0.39 0.18 0.53 0.57 0.47 0.23 0.84 0.23 0.84 0.98 0.40 0.52 0.08 1.17 0.61 0.39 0.46 0.23 0.47 1.18 0.28 0.09 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.07 0.01 0.11 0.26 0.06
C2 0.02 0.00 0.26 0.18 0.01 0.15 0.02 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.23 0.21 0.22 0.27 0.01 0.63 0.72 0.42
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.15 0.03 0.09 0.07 0.14 0.11 0.21 0.30 0.25 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.19 0.11 0.19 0.29 0.17
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.17 0.01 0.21 0.03 0.22 0.22 0.20 0.18 0.16 0.24 0.15 0.01 0.00 0.02 0.09 0.23 0.09 0.19 0.06
C4 0.01 0.01 0.15 0.17 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.14 0.12 0.14 0.01 0.49 0.45 0.24
C4' 0.00 0.15 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.17 0.09 0.21 0.14 0.14 0.05 0.20 0.02 0.00 0.00 0.03 0.20 0.26 0.05
C5 0.01 0.02 0.09 0.21 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.17 0.06 0.11 0.01 0.60 0.38 0.25
C5' 0.03 0.23 0.07 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.09 0.18 0.17 0.31 0.21 0.14 0.03 0.14 0.08 0.02 0.01 0.09 0.26 0.22 0.03
C6 0.01 0.01 0.14 0.22 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.10 0.20 0.11 0.15 0.00 0.71 0.48 0.33
C8 0.01 0.01 0.11 0.22 0.00 0.17 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.15 0.12 0.16 0.01 0.39 0.23 0.17
N1 0.01 0.00 0.21 0.20 0.00 0.09 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.21 0.18 0.22 0.01 0.71 0.64 0.40
N2 0.02 0.00 0.30 0.18 0.01 0.21 0.02 0.31 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.32 0.25 0.27 0.34 0.02 0.66 0.86 0.51
N3 0.02 0.00 0.25 0.16 0.00 0.14 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.19 0.22 0.25 0.00 0.52 0.65 0.36
N7 0.01 0.02 0.05 0.24 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.19 0.07 0.14 0.01 0.56 0.28 0.21
N9 0.00 0.01 0.03 0.15 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.07 0.01 0.05 0.01 0.31 0.26 0.09
O2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.07 0.20 0.12 0.14 0.10 0.29 0.14 0.32 0.23 0.26 0.11 0.00 0.07 0.13 0.05 0.13 0.19 0.15 0.10
O3' 0.10 0.21 0.02 0.00 0.14 0.02 0.17 0.08 0.20 0.15 0.21 0.25 0.19 0.19 0.07 0.07 0.00 0.06 0.11 0.22 0.26 0.14 0.09
O4' 0.00 0.22 0.02 0.02 0.12 0.00 0.06 0.02 0.11 0.12 0.18 0.27 0.22 0.07 0.01 0.13 0.06 0.00 0.06 0.09 0.12 0.26 0.08
O5' 0.07 0.27 0.19 0.09 0.14 0.00 0.11 0.01 0.15 0.16 0.22 0.34 0.25 0.14 0.05 0.05 0.11 0.06 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.11 0.23 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.22 0.09 0.15 0.00 0.79 0.45 0.34
OP1 0.11 0.63 0.19 0.09 0.49 0.20 0.60 0.26 0.71 0.39 0.71 0.66 0.52 0.56 0.31 0.19 0.26 0.12 0.02 0.79 0.00 0.01 0.00
OP2 0.26 0.72 0.29 0.19 0.45 0.26 0.38 0.22 0.48 0.23 0.64 0.86 0.65 0.28 0.26 0.15 0.14 0.26 0.02 0.45 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.42 0.17 0.06 0.24 0.05 0.25 0.03 0.33 0.17 0.40 0.51 0.36 0.21 0.09 0.10 0.09 0.08 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00