ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53101

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.006, 0.019, 0.033, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.008, 0.029, 0.049, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.043 std_dev=0.031
N9 A 0, 0.016, 0.055, 0.094, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.055 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.019, 0.066, 0.113, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.066 std_dev=0.047
N7 A 0, 0.022, 0.075, 0.128, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.075 std_dev=0.053
C8 A 0, 0.027, 0.093, 0.158, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.093 std_dev=0.066
P B 0, 0.085, 0.408, 0.730, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.408 std_dev=0.322
OP2 B 0, 0.254, 0.914, 1.574, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.914 std_dev=0.660
OP1 B 0, 0.344, 1.223, 2.103, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.223 std_dev=0.879
C2' A 0, 0.389, 1.330, 2.271, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.330 std_dev=0.941
O4' A 0, 0.394, 1.348, 2.301, 2.066 max_d=2.066 avg_d=1.348 std_dev=0.954
O5' B 0, 0.286, 1.402, 2.518, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.402 std_dev=1.116
C4' A 0, 0.471, 1.614, 2.757, 2.489 max_d=2.489 avg_d=1.614 std_dev=1.143
C3' A 0, 0.537, 1.835, 3.133, 2.774 max_d=2.774 avg_d=1.835 std_dev=1.298
C5' B 0, 0.532, 1.872, 3.212, 3.061 max_d=3.061 avg_d=1.872 std_dev=1.340
O2' A 0, 0.580, 1.980, 3.381, 3.001 max_d=3.001 avg_d=1.980 std_dev=1.401
O3' A 0, 0.676, 2.308, 3.941, 3.501 max_d=3.501 avg_d=2.308 std_dev=1.632
C4' B 0, 0.825, 2.817, 4.809, 4.232 max_d=4.232 avg_d=2.817 std_dev=1.992
C5' A 0, 1.008, 3.445, 5.882, 5.260 max_d=5.260 avg_d=3.445 std_dev=2.437
O4' B 0, 1.043, 3.561, 6.078, 5.348 max_d=5.348 avg_d=3.561 std_dev=2.518
C3' B 0, 1.228, 4.193, 7.158, 6.356 max_d=6.356 avg_d=4.193 std_dev=2.965
O3' B 0, 1.262, 4.318, 7.373, 6.617 max_d=6.617 avg_d=4.318 std_dev=3.055
O5' A 0, 1.317, 4.496, 7.676, 6.797 max_d=6.797 avg_d=4.496 std_dev=3.180
C1' B 0, 1.456, 4.970, 8.484, 7.477 max_d=7.477 avg_d=4.970 std_dev=3.514
C2' B 0, 1.569, 5.358, 9.146, 8.040 max_d=8.040 avg_d=5.358 std_dev=3.788
N9 B 0, 1.700, 5.806, 9.911, 8.739 max_d=8.739 avg_d=5.806 std_dev=4.105
C8 B 0, 1.720, 5.874, 10.027, 8.893 max_d=8.893 avg_d=5.874 std_dev=4.154
O2' B 0, 1.756, 6.006, 10.257, 9.216 max_d=9.216 avg_d=6.006 std_dev=4.251
P A 0, 1.847, 6.308, 10.769, 9.526 max_d=9.526 avg_d=6.308 std_dev=4.461
OP1 A 0, 1.851, 6.321, 10.792, 9.566 max_d=9.566 avg_d=6.321 std_dev=4.470
N7 B 0, 2.049, 6.995, 11.941, 10.531 max_d=10.531 avg_d=6.995 std_dev=4.946
C4 B 0, 2.080, 7.102, 12.124, 10.679 max_d=10.679 avg_d=7.102 std_dev=5.022
OP2 A 0, 2.212, 7.555, 12.898, 11.410 max_d=11.410 avg_d=7.555 std_dev=5.343
C5 B 0, 2.237, 7.637, 13.038, 11.473 max_d=11.473 avg_d=7.637 std_dev=5.401
N3 B 0, 2.345, 8.006, 13.667, 12.081 max_d=12.081 avg_d=8.006 std_dev=5.661
C6 B 0, 2.638, 9.008, 15.377, 13.577 max_d=13.577 avg_d=9.008 std_dev=6.370
C2 B 0, 2.727, 9.311, 15.895, 14.072 max_d=14.072 avg_d=9.311 std_dev=6.584
N1 B 0, 2.838, 9.693, 16.547, 14.645 max_d=14.645 avg_d=9.693 std_dev=6.854
O6 B 0, 2.871, 9.803, 16.735, 14.774 max_d=14.774 avg_d=9.803 std_dev=6.932
N2 B 0, 3.085, 10.537, 17.989, 15.940 max_d=15.940 avg_d=10.537 std_dev=7.452

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.17 0.58 0.30 0.37
C2 0.02 0.00 0.08 0.03 0.01 0.34 0.00 0.77 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.09 0.31 0.39 0.49 0.43 0.43
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.15 0.04 0.02 0.06 0.08 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.11 0.25 0.10 0.11
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.00 0.14 0.03 0.11 0.20 0.05 0.03 0.14 0.20 0.12 0.02 0.00 0.01 0.09 0.18 0.11 0.08
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.14 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.17 0.10 0.28 0.21 0.24
C4' 0.01 0.34 0.01 0.00 0.14 0.00 0.04 0.00 0.12 0.20 0.25 0.33 0.06 0.13 0.02 0.18 0.00 0.01 0.01 0.24 0.08 0.10
C5 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.05 0.08 0.35 0.58 0.56 0.57
C5' 0.09 0.77 0.15 0.03 0.36 0.00 0.18 0.00 0.34 0.26 0.60 0.73 0.24 0.15 0.06 0.04 0.13 0.02 0.00 0.06 0.14 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.11 0.01 0.12 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.08 0.14 0.18 0.28 0.34 0.34
C8 0.01 0.00 0.02 0.20 0.00 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.24 0.04 0.15 0.79 1.28 1.09 1.15
N1 0.02 0.00 0.06 0.05 0.01 0.25 0.01 0.60 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.25 0.15 0.20 0.12 0.12
N3 0.02 0.00 0.08 0.03 0.00 0.33 0.00 0.73 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.06 0.31 0.36 0.33 0.35 0.34
N6 0.02 0.01 0.04 0.14 0.01 0.06 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.08 0.10 0.33 0.46 0.56 0.54
N7 0.01 0.00 0.01 0.20 0.00 0.13 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.23 0.01 0.08 0.73 1.13 1.06 1.09
N9 0.01 0.01 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.04 0.01 0.37 0.72 0.53 0.59
O2' 0.02 0.16 0.00 0.02 0.06 0.18 0.13 0.04 0.11 0.24 0.10 0.16 0.16 0.23 0.10 0.00 0.07 0.13 0.10 0.38 0.11 0.15
O3' 0.16 0.09 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.13 0.08 0.04 0.10 0.06 0.08 0.01 0.04 0.07 0.00 0.12 0.07 0.17 0.12 0.07
O4' 0.01 0.31 0.01 0.01 0.17 0.01 0.08 0.02 0.14 0.15 0.25 0.31 0.10 0.08 0.01 0.13 0.12 0.00 0.23 0.63 0.39 0.44
O5' 0.17 0.39 0.11 0.09 0.10 0.01 0.35 0.00 0.18 0.79 0.15 0.36 0.33 0.73 0.37 0.10 0.07 0.23 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.58 0.49 0.25 0.18 0.28 0.24 0.58 0.06 0.28 1.28 0.20 0.33 0.46 1.13 0.72 0.38 0.17 0.63 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.30 0.43 0.10 0.11 0.21 0.08 0.56 0.14 0.34 1.09 0.12 0.35 0.56 1.06 0.53 0.11 0.12 0.39 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.37 0.43 0.11 0.08 0.24 0.10 0.57 0.01 0.34 1.15 0.12 0.34 0.54 1.09 0.59 0.15 0.07 0.44 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.29 1.14 0.46 0.81 1.00 0.23 1.36 0.42 1.60 0.93 1.45 1.05 0.89 1.34 0.72 0.55 1.22 0.40 0.40 1.82 0.49 0.23 0.14
C2 0.37 1.15 0.15 0.50 0.85 0.15 0.80 0.41 0.96 0.34 1.12 1.24 1.02 0.51 0.55 0.18 0.73 0.47 0.33 0.91 0.51 0.23 0.10
C2' 0.14 0.70 0.63 0.92 0.72 0.30 1.11 0.38 1.24 0.89 1.01 0.56 0.53 1.26 0.56 0.69 1.24 0.27 0.54 1.46 0.31 0.34 0.19
C3' 0.06 0.33 0.72 0.90 0.42 0.24 0.75 0.31 0.83 0.67 0.59 0.21 0.22 0.94 0.36 0.75 1.14 0.28 0.54 1.04 0.42 0.23 0.19
C4 0.47 1.51 0.17 0.55 1.20 0.16 1.33 0.47 1.57 0.73 1.64 1.54 1.28 1.05 0.81 0.21 0.90 0.53 0.28 1.59 0.48 0.21 0.10
C4' 0.30 0.63 0.50 0.67 0.68 0.15 0.98 0.34 1.08 0.85 0.88 0.51 0.51 1.10 0.59 0.61 0.99 0.57 0.46 1.27 0.92 0.27 0.50
C5 0.65 1.97 0.16 0.28 1.44 0.22 1.48 0.55 1.81 0.72 2.04 2.08 1.67 1.03 0.95 0.10 0.63 0.64 0.12 1.77 0.46 0.18 0.10
C5' 0.71 0.78 0.14 0.22 0.89 0.61 1.07 0.72 1.07 1.07 0.93 0.66 0.74 1.18 0.88 0.17 0.47 1.06 0.82 1.17 1.50 0.83 1.03
C6 0.70 2.00 0.32 0.08 1.39 0.31 1.28 0.60 1.57 0.55 1.92 2.21 1.74 0.77 0.90 0.25 0.39 0.68 0.06 1.47 0.45 0.16 0.13
C8 0.59 1.91 0.08 0.44 1.44 0.17 1.69 0.52 2.11 0.93 2.18 1.95 1.54 1.35 0.98 0.09 0.83 0.60 0.19 2.26 0.46 0.19 0.09
N1 0.57 1.57 0.21 0.14 1.09 0.27 0.95 0.53 1.16 0.36 1.45 1.75 1.41 0.51 0.70 0.14 0.40 0.61 0.07 1.05 0.48 0.18 0.12
N3 0.29 1.08 0.35 0.73 0.87 0.21 0.96 0.42 1.11 0.54 1.16 1.09 0.91 0.77 0.58 0.40 1.03 0.41 0.40 1.13 0.50 0.23 0.12
N6 0.80 2.30 0.53 0.15 1.49 0.42 1.32 0.67 1.67 0.52 2.14 2.65 1.97 0.73 0.95 0.47 0.17 0.73 0.22 1.54 0.41 0.11 0.19
N7 0.70 2.19 0.19 0.26 1.56 0.23 1.69 0.57 2.13 0.84 2.36 2.31 1.79 1.21 1.03 0.15 0.63 0.66 0.10 2.18 0.44 0.17 0.10
N9 0.45 1.52 0.23 0.62 1.23 0.16 1.50 0.47 1.79 0.89 1.76 1.50 1.24 1.29 0.85 0.29 1.01 0.51 0.30 1.92 0.48 0.21 0.11
O2' 0.14 0.76 0.68 0.99 0.80 0.44 1.32 0.45 1.50 1.04 1.17 0.56 0.53 1.53 0.62 0.82 1.41 0.16 0.61 1.83 0.16 0.48 0.26
O3' 0.30 0.15 1.04 1.15 0.08 0.52 0.45 0.49 0.55 0.41 0.26 0.32 0.24 0.71 0.03 1.11 1.37 0.09 0.67 0.85 0.16 0.39 0.25
O4' 0.40 1.06 0.38 0.64 0.97 0.17 1.27 0.40 1.46 0.94 1.33 0.98 0.86 1.26 0.76 0.50 1.03 0.61 0.38 1.65 0.90 0.21 0.47
O5' 0.58 0.52 0.15 0.27 0.65 0.46 0.78 0.47 0.76 0.85 0.63 0.42 0.52 0.91 0.69 0.21 0.45 0.89 0.72 0.83 1.21 0.56 0.74
OP1 0.84 0.86 0.13 0.10 0.90 0.78 0.95 0.77 0.95 0.95 0.91 0.81 0.85 0.98 0.90 0.13 0.27 1.19 1.04 0.96 1.84 1.00 1.23
OP2 0.80 0.57 0.09 0.07 0.73 0.75 0.80 0.71 0.73 0.94 0.63 0.48 0.62 0.92 0.82 0.21 0.18 1.13 0.95 0.75 1.57 0.85 1.02
P 0.82 0.69 0.11 0.07 0.81 0.74 0.86 0.69 0.82 0.95 0.74 0.62 0.71 0.95 0.86 0.20 0.20 1.15 0.93 0.84 1.55 0.81 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.23 0.00 0.43 0.30 0.17
C2 0.00 0.00 0.23 0.29 0.00 0.35 0.00 0.83 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.24 0.22 0.14 0.41 0.01 0.43 0.40 0.37
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.20 0.10 0.12 0.18 0.28 0.23 0.08 0.04 0.00 0.12 0.01 0.16 0.08 0.50 0.12 0.15
C3' 0.01 0.29 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.04 0.28 0.18 0.41 0.28 0.23 0.08 0.01 0.00 0.01 0.22 0.04 0.48 0.12 0.14
C4 0.00 0.00 0.11 0.08 0.00 0.17 0.00 0.51 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.11 0.07 0.05 0.00 0.49 0.16 0.08
C4' 0.02 0.35 0.01 0.01 0.17 0.00 0.11 0.00 0.17 0.19 0.27 0.43 0.32 0.14 0.06 0.13 0.05 0.00 0.01 0.15 0.49 0.12 0.12
C5 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.11 0.00 0.44 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.04 0.04 0.28 0.00 0.66 0.32 0.33
C5' 0.13 0.83 0.20 0.01 0.51 0.00 0.44 0.00 0.56 0.34 0.73 0.99 0.76 0.37 0.27 0.05 0.15 0.02 0.01 0.53 0.31 0.37 0.02
C6 0.00 0.00 0.10 0.04 0.00 0.17 0.00 0.56 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.08 0.05 0.14 0.00 0.61 0.18 0.22
C8 0.00 0.00 0.12 0.28 0.00 0.19 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.08 0.11 0.71 0.00 0.86 0.72 0.72
N1 0.00 0.00 0.18 0.18 0.00 0.27 0.01 0.73 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.16 0.10 0.20 0.00 0.47 0.18 0.17
N2 0.01 0.00 0.28 0.41 0.00 0.43 0.00 0.99 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.29 0.28 0.18 0.67 0.01 0.48 0.69 0.64
N3 0.01 0.00 0.23 0.28 0.00 0.32 0.00 0.76 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.22 0.14 0.34 0.00 0.41 0.34 0.31
N7 0.00 0.00 0.08 0.23 0.00 0.14 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.06 0.08 0.64 0.00 0.89 0.68 0.70
N9 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.06 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.03 0.33 0.00 0.57 0.36 0.31
O2' 0.03 0.24 0.00 0.01 0.14 0.13 0.12 0.05 0.15 0.13 0.19 0.29 0.23 0.13 0.07 0.00 0.17 0.05 0.10 0.15 0.41 0.18 0.11
O3' 0.12 0.22 0.12 0.00 0.11 0.05 0.04 0.15 0.08 0.08 0.16 0.28 0.22 0.06 0.05 0.17 0.00 0.12 0.17 0.05 0.52 0.05 0.16
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.07 0.00 0.04 0.02 0.05 0.11 0.10 0.18 0.14 0.08 0.03 0.05 0.12 0.00 0.35 0.04 0.39 0.35 0.19
O5' 0.23 0.41 0.16 0.22 0.05 0.01 0.28 0.01 0.14 0.71 0.20 0.67 0.34 0.64 0.33 0.10 0.17 0.35 0.00 0.26 0.01 0.04 0.00
O6 0.00 0.01 0.08 0.04 0.00 0.15 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.05 0.04 0.26 0.00 0.72 0.31 0.36
OP1 0.43 0.43 0.50 0.48 0.49 0.49 0.66 0.31 0.61 0.86 0.47 0.48 0.41 0.89 0.57 0.41 0.52 0.39 0.01 0.72 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.40 0.12 0.12 0.16 0.12 0.32 0.37 0.18 0.72 0.18 0.69 0.34 0.68 0.36 0.18 0.05 0.35 0.04 0.31 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.37 0.15 0.14 0.08 0.12 0.33 0.02 0.22 0.72 0.17 0.64 0.31 0.70 0.31 0.11 0.16 0.19 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00