ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53102

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.006, 0.030, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.004, 0.033, 0.063, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.033 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.010, 0.040, 0.069, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.040 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.005, 0.036, 0.067, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.036 std_dev=0.031
N3 A 0, 0.005, 0.042, 0.079, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.042 std_dev=0.037
N6 A 0, 0.008, 0.073, 0.137, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.073 std_dev=0.065
C2' A 0, 0.020, 0.226, 0.432, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.226 std_dev=0.206
O4' A 0, 0.001, 0.223, 0.445, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.223 std_dev=0.222
C5' A 0, 0.092, 0.318, 0.543, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.318 std_dev=0.226
C4' A 0, 0.068, 0.304, 0.539, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.304 std_dev=0.236
O5' B 0, 0.053, 0.311, 0.570, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.311 std_dev=0.258
P A 0, 0.107, 0.367, 0.627, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.367 std_dev=0.260
OP2 B 0, -0.014, 0.266, 0.546, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.266 std_dev=0.280
P B 0, 0.034, 0.320, 0.605, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.320 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.103, 0.393, 0.683, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.393 std_dev=0.290
C3' A 0, 0.092, 0.384, 0.677, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.384 std_dev=0.292
C3' B 0, 0.127, 0.436, 0.744, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.436 std_dev=0.308
C1' B 0, 0.128, 0.443, 0.758, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.443 std_dev=0.315
O3' B 0, 0.128, 0.443, 0.759, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.443 std_dev=0.316
N3 B 0, 0.129, 0.456, 0.782, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.456 std_dev=0.327
OP1 A 0, 0.097, 0.426, 0.754, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.426 std_dev=0.328
N9 B 0, 0.130, 0.461, 0.793, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.461 std_dev=0.331
C4 B 0, 0.129, 0.464, 0.799, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.464 std_dev=0.335
C2 B 0, 0.134, 0.474, 0.813, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.474 std_dev=0.340
N2 B 0, 0.141, 0.484, 0.827, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.484 std_dev=0.343
OP1 B 0, 0.115, 0.467, 0.820, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.467 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.127, 0.480, 0.833, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.480 std_dev=0.353
O2' B 0, 0.143, 0.496, 0.849, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.496 std_dev=0.353
N1 B 0, 0.130, 0.487, 0.843, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.487 std_dev=0.357
C8 B 0, 0.136, 0.493, 0.849, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.493 std_dev=0.357
C6 B 0, 0.121, 0.485, 0.850, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.485 std_dev=0.365
N7 B 0, 0.132, 0.498, 0.865, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.498 std_dev=0.367
O4' B 0, 0.140, 0.511, 0.883, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.511 std_dev=0.371
O6 B 0, 0.107, 0.495, 0.882, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.495 std_dev=0.388
C4' B 0, 0.136, 0.573, 1.010, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.573 std_dev=0.437
O2' A 0, -0.069, 0.407, 0.883, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.407 std_dev=0.476
O5' A 0, 0.075, 0.592, 1.109, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.592 std_dev=0.517
OP2 A 0, 0.138, 0.708, 1.278, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.708 std_dev=0.570
O3' A 0, 0.102, 0.717, 1.333, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.717 std_dev=0.615
C5' B 0, 0.089, 0.879, 1.668, 1.914 max_d=1.914 avg_d=0.879 std_dev=0.789

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.01 0.28 0.24 0.41 0.10
C2 0.04 0.00 0.21 0.10 0.01 0.10 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.11 0.09 0.42 0.24 0.14 0.08
C2' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.06 0.15 0.11 0.06 0.17 0.21 0.08 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.37 0.30 0.09
C3' 0.02 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.13 0.36 0.30 0.08
C4 0.01 0.01 0.11 0.05 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.12 0.06 0.45 0.24 0.29 0.11
C4' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.09 0.08 0.05 0.02 0.01 0.10 0.07 0.01 0.01 0.34 0.35 0.02
C5 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.12 0.03 0.46 0.24 0.25 0.09
C5' 0.05 0.20 0.15 0.02 0.13 0.01 0.14 0.00 0.18 0.10 0.20 0.16 0.18 0.13 0.09 0.06 0.05 0.02 0.01 0.35 0.35 0.02
C6 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01 0.06 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.22 0.10 0.04 0.46 0.24 0.16 0.07
C8 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.19 0.03 0.39 0.25 0.35 0.10
N1 0.03 0.00 0.17 0.09 0.01 0.09 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.27 0.09 0.07 0.44 0.24 0.11 0.06
N3 0.05 0.00 0.21 0.09 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.26 0.12 0.10 0.43 0.24 0.24 0.10
N6 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01 0.05 0.01 0.18 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.20 0.09 0.03 0.46 0.24 0.13 0.05
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.08 0.16 0.02 0.43 0.25 0.29 0.09
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.17 0.01 0.39 0.24 0.36 0.11
O2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.19 0.10 0.16 0.06 0.22 0.03 0.27 0.26 0.20 0.08 0.08 0.00 0.03 0.04 0.06 0.28 0.43 0.03
O3' 0.23 0.11 0.02 0.02 0.12 0.07 0.12 0.05 0.10 0.19 0.09 0.12 0.09 0.16 0.17 0.03 0.00 0.20 0.24 0.38 0.32 0.08
O4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.10 0.03 0.02 0.01 0.04 0.20 0.00 0.35 0.24 0.41 0.14
O5' 0.28 0.42 0.05 0.13 0.45 0.01 0.46 0.01 0.46 0.39 0.44 0.43 0.46 0.43 0.39 0.06 0.24 0.35 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.24 0.24 0.37 0.36 0.24 0.34 0.24 0.35 0.24 0.25 0.24 0.24 0.24 0.25 0.24 0.28 0.38 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.14 0.30 0.30 0.29 0.35 0.25 0.35 0.16 0.35 0.11 0.24 0.13 0.29 0.36 0.43 0.32 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.08 0.09 0.08 0.11 0.02 0.09 0.02 0.07 0.10 0.06 0.10 0.05 0.09 0.11 0.03 0.08 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.25 0.14 0.29 0.14 0.14 0.05 0.17 0.25 0.05 0.36 0.10 0.31 0.02 0.31 0.26 0.20 0.01 0.20 0.09 0.07 0.21 0.19 0.17
C2 0.33 0.08 0.34 0.11 0.29 0.18 0.34 0.60 0.20 0.47 0.05 0.35 0.09 0.45 0.39 0.25 0.11 0.20 0.06 0.20 0.18 0.27 0.18
C2' 0.10 0.26 0.09 0.08 0.06 0.24 0.06 0.37 0.09 0.18 0.22 0.42 0.17 0.15 0.10 0.07 0.19 0.13 0.31 0.08 0.37 0.33 0.36
C3' 0.14 0.14 0.12 0.08 0.07 0.02 0.08 0.04 0.02 0.21 0.11 0.27 0.07 0.18 0.15 0.04 0.08 0.16 0.13 0.00 0.03 0.09 0.07
C4 0.31 0.08 0.34 0.13 0.23 0.10 0.27 0.44 0.14 0.43 0.04 0.28 0.06 0.40 0.34 0.26 0.04 0.21 0.07 0.15 0.20 0.21 0.17
C4' 0.13 0.24 0.14 0.08 0.02 0.03 0.01 0.09 0.11 0.17 0.22 0.37 0.14 0.12 0.11 0.07 0.03 0.14 0.09 0.11 0.08 0.12 0.08
C5 0.30 0.05 0.33 0.09 0.24 0.15 0.29 0.53 0.18 0.43 0.01 0.25 0.09 0.42 0.34 0.27 0.06 0.18 0.06 0.18 0.18 0.19 0.15
C5' 0.07 0.37 0.10 0.06 0.13 0.05 0.13 0.11 0.24 0.08 0.35 0.50 0.26 0.04 0.02 0.04 0.02 0.09 0.15 0.25 0.10 0.21 0.13
C6 0.29 0.05 0.32 0.08 0.27 0.21 0.34 0.63 0.24 0.44 0.04 0.24 0.12 0.45 0.35 0.26 0.10 0.16 0.05 0.25 0.16 0.20 0.14
C8 0.28 0.07 0.32 0.11 0.19 0.10 0.23 0.40 0.12 0.40 0.05 0.24 0.05 0.37 0.30 0.26 0.01 0.20 0.06 0.12 0.19 0.17 0.15
N1 0.30 0.04 0.33 0.10 0.31 0.23 0.38 0.67 0.27 0.47 0.05 0.31 0.13 0.47 0.38 0.25 0.13 0.16 0.05 0.26 0.16 0.24 0.15
N3 0.33 0.09 0.35 0.14 0.24 0.09 0.28 0.43 0.15 0.45 0.06 0.31 0.06 0.41 0.36 0.25 0.06 0.23 0.08 0.16 0.21 0.23 0.18
N6 0.26 0.08 0.30 0.09 0.26 0.26 0.33 0.69 0.26 0.41 0.09 0.21 0.13 0.43 0.32 0.25 0.12 0.12 0.04 0.29 0.16 0.20 0.13
N7 0.28 0.06 0.32 0.09 0.22 0.14 0.27 0.49 0.15 0.41 0.03 0.22 0.08 0.39 0.32 0.27 0.04 0.18 0.06 0.16 0.18 0.17 0.14
N9 0.29 0.10 0.32 0.13 0.19 0.07 0.23 0.36 0.11 0.40 0.06 0.28 0.03 0.37 0.31 0.25 0.01 0.21 0.07 0.11 0.21 0.19 0.17
O2' 0.10 0.34 0.11 0.07 0.09 0.26 0.08 0.42 0.13 0.21 0.28 0.53 0.23 0.18 0.11 0.03 0.13 0.15 0.42 0.11 0.58 0.52 0.54
O3' 0.16 0.14 0.13 0.13 0.04 0.10 0.02 0.14 0.08 0.16 0.15 0.25 0.07 0.11 0.13 0.06 0.05 0.21 0.12 0.11 0.15 0.10 0.11
O4' 0.30 0.13 0.33 0.21 0.15 0.07 0.15 0.12 0.02 0.35 0.11 0.28 0.05 0.29 0.28 0.28 0.10 0.27 0.06 0.03 0.11 0.05 0.03
O5' 0.32 0.16 0.29 0.23 0.33 0.11 0.41 0.09 0.37 0.51 0.25 0.10 0.18 0.51 0.40 0.13 0.02 0.30 0.05 0.41 0.11 0.10 0.08
OP1 0.10 0.51 0.23 0.09 0.23 0.12 0.19 0.34 0.32 0.17 0.47 0.63 0.40 0.09 0.03 0.43 0.02 0.02 0.22 0.30 0.20 0.38 0.27
OP2 0.25 0.37 0.28 0.12 0.30 0.08 0.27 0.06 0.30 0.20 0.34 0.42 0.35 0.21 0.26 0.29 0.01 0.15 0.06 0.28 0.22 0.05 0.04
P 0.04 0.31 0.06 0.01 0.12 0.03 0.09 0.08 0.17 0.12 0.26 0.42 0.25 0.09 0.02 0.10 0.01 0.03 0.11 0.16 0.06 0.16 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.30 0.02 0.31 0.16 0.25
C2 0.04 0.00 0.10 0.31 0.01 0.42 0.00 0.76 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.38 0.11 0.14 0.01 0.12 0.09 0.11
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.14 0.04 0.17 0.10 0.12 0.04 0.00 0.02 0.00 0.17 0.06 0.24 0.08 0.15
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.19 0.00 0.16 0.02 0.21 0.02 0.28 0.38 0.28 0.07 0.08 0.02 0.01 0.03 0.13 0.20 0.24 0.03 0.11
C4 0.00 0.01 0.01 0.19 0.00 0.24 0.00 0.48 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.05 0.30 0.00 0.27 0.19 0.24
C4' 0.01 0.42 0.01 0.00 0.24 0.00 0.22 0.00 0.29 0.04 0.37 0.50 0.37 0.11 0.10 0.04 0.03 0.00 0.00 0.28 0.13 0.18 0.01
C5 0.02 0.00 0.05 0.16 0.00 0.22 0.00 0.50 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.15 0.04 0.29 0.01 0.27 0.17 0.23
C5' 0.06 0.76 0.03 0.02 0.48 0.00 0.50 0.00 0.63 0.24 0.73 0.86 0.64 0.37 0.26 0.03 0.03 0.01 0.00 0.64 0.22 0.38 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.21 0.00 0.29 0.01 0.63 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.22 0.06 0.23 0.01 0.19 0.13 0.17
C8 0.05 0.01 0.14 0.02 0.01 0.04 0.00 0.24 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.26 0.06 0.00 0.35 0.02 0.35 0.21 0.29
N1 0.01 0.00 0.04 0.28 0.00 0.37 0.01 0.73 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.33 0.09 0.16 0.01 0.13 0.09 0.12
N2 0.09 0.01 0.17 0.38 0.02 0.50 0.01 0.86 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.25 0.49 0.16 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08
N3 0.04 0.01 0.10 0.28 0.00 0.37 0.00 0.64 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.14 0.32 0.09 0.22 0.01 0.20 0.15 0.19
N7 0.05 0.00 0.12 0.07 0.01 0.11 0.00 0.37 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.04 0.01 0.34 0.02 0.32 0.20 0.27
N9 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.10 0.02 0.26 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.09 0.05 0.01 0.34 0.02 0.33 0.21 0.28
O2' 0.00 0.14 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.03 0.08 0.26 0.04 0.25 0.14 0.24 0.09 0.00 0.03 0.11 0.07 0.13 0.02 0.12 0.08
O3' 0.00 0.38 0.02 0.01 0.19 0.03 0.15 0.03 0.22 0.06 0.33 0.49 0.32 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.18 0.20 0.03 0.23 0.14
O4' 0.00 0.11 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.09 0.16 0.09 0.01 0.01 0.11 0.01 0.00 0.32 0.06 0.33 0.14 0.26
O5' 0.30 0.14 0.17 0.13 0.30 0.00 0.29 0.00 0.23 0.35 0.16 0.08 0.22 0.34 0.34 0.07 0.18 0.32 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.20 0.00 0.28 0.01 0.64 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.13 0.20 0.06 0.23 0.00 0.18 0.11 0.16
OP1 0.31 0.12 0.24 0.24 0.27 0.13 0.27 0.22 0.19 0.35 0.13 0.09 0.20 0.32 0.33 0.02 0.03 0.33 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.09 0.08 0.03 0.19 0.18 0.17 0.38 0.13 0.21 0.09 0.07 0.15 0.20 0.21 0.12 0.23 0.14 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.25 0.11 0.15 0.11 0.24 0.01 0.23 0.01 0.17 0.29 0.12 0.08 0.19 0.27 0.28 0.08 0.14 0.26 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00