ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53103

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.000, 0.021, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N7 A 0, 0.000, 0.039, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
N6 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C2' A 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C3' A 0, 0.000, 0.147, 0.295, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C4' A 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O2' A 0, 0.000, 0.229, 0.459, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C5' A 0, 0.000, 0.242, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.242 std_dev=0.242
O3' A 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
OP2 B 0, 0.000, 0.338, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.338 std_dev=0.338
OP1 A 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
P B 0, 0.000, 0.590, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.590 std_dev=0.590
OP1 B 0, 0.000, 0.827, 1.655, 1.655 max_d=1.655 avg_d=0.827 std_dev=0.827
O5' A 0, 0.000, 0.989, 1.978, 1.978 max_d=1.978 avg_d=0.989 std_dev=0.989
P A 0, 0.000, 1.307, 2.614, 2.614 max_d=2.614 avg_d=1.307 std_dev=1.307
O5' B 0, 0.000, 1.887, 3.774, 3.774 max_d=3.774 avg_d=1.887 std_dev=1.887
OP2 A 0, 0.000, 2.376, 4.752, 4.752 max_d=4.752 avg_d=2.376 std_dev=2.376
C5' B 0, 0.000, 2.602, 5.204, 5.204 max_d=5.204 avg_d=2.602 std_dev=2.602
C4' B 0, 0.000, 3.604, 7.207, 7.207 max_d=7.207 avg_d=3.604 std_dev=3.604
O4' B 0, 0.000, 4.094, 8.187, 8.187 max_d=8.187 avg_d=4.094 std_dev=4.094
C3' B 0, 0.000, 4.325, 8.649, 8.649 max_d=8.649 avg_d=4.325 std_dev=4.325
O3' B 0, 0.000, 4.639, 9.277, 9.277 max_d=9.277 avg_d=4.639 std_dev=4.639
C8 B 0, 0.000, 4.868, 9.736, 9.736 max_d=9.736 avg_d=4.868 std_dev=4.868
N7 B 0, 0.000, 4.907, 9.815, 9.815 max_d=9.815 avg_d=4.907 std_dev=4.907
C1' B 0, 0.000, 5.031, 10.062, 10.062 max_d=10.062 avg_d=5.031 std_dev=5.031
N9 B 0, 0.000, 5.035, 10.071, 10.071 max_d=10.071 avg_d=5.035 std_dev=5.035
C5 B 0, 0.000, 5.203, 10.406, 10.406 max_d=10.406 avg_d=5.203 std_dev=5.203
C2' B 0, 0.000, 5.302, 10.604, 10.604 max_d=10.604 avg_d=5.302 std_dev=5.302
C4 B 0, 0.000, 5.313, 10.626, 10.626 max_d=10.626 avg_d=5.313 std_dev=5.313
O6 B 0, 0.000, 5.422, 10.845, 10.845 max_d=10.845 avg_d=5.422 std_dev=5.422
C6 B 0, 0.000, 5.479, 10.958, 10.958 max_d=10.958 avg_d=5.479 std_dev=5.479
N3 B 0, 0.000, 5.691, 11.382, 11.382 max_d=11.382 avg_d=5.691 std_dev=5.691
O2' B 0, 0.000, 5.900, 11.801, 11.801 max_d=11.801 avg_d=5.900 std_dev=5.900
N1 B 0, 0.000, 5.924, 11.847, 11.847 max_d=11.847 avg_d=5.924 std_dev=5.924
C2 B 0, 0.000, 6.015, 12.029, 12.029 max_d=12.029 avg_d=6.015 std_dev=6.015
N2 B 0, 0.000, 6.523, 13.046, 13.046 max_d=13.046 avg_d=6.523 std_dev=6.523

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.12 0.30 0.24
C2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.13 0.09 0.00 0.39 0.20 0.76 0.49
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.08 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.04 0.25 0.12
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.00 0.24 0.07
C4 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.40 0.20 0.76 0.51
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05
C5 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.48 0.23 1.00 0.63
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.05 0.11 0.03 0.01 0.05 0.11 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.00 0.50 0.24 1.07 0.67
C8 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.46 0.21 0.92 0.62
N1 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.12 0.09 0.00 0.45 0.22 0.94 0.59
N3 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.11 0.08 0.01 0.34 0.18 0.64 0.42
N6 0.03 0.03 0.09 0.06 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.02 0.12 0.07 0.01 0.55 0.27 1.22 0.75
N7 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.51 0.23 1.11 0.70
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.37 0.18 0.66 0.46
O2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.07 0.02 0.06 0.03 0.11 0.01 0.12 0.11 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.07 0.11
O3' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.07 0.05 0.09 0.08 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.04 0.13
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.09 0.12 0.13 0.17
O5' 0.19 0.39 0.18 0.20 0.40 0.01 0.48 0.01 0.50 0.46 0.45 0.34 0.55 0.51 0.37 0.02 0.08 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.12 0.20 0.04 0.00 0.20 0.00 0.23 0.02 0.24 0.21 0.22 0.18 0.27 0.23 0.18 0.06 0.12 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.76 0.25 0.24 0.76 0.04 1.00 0.00 1.07 0.92 0.94 0.64 1.22 1.11 0.66 0.07 0.04 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.49 0.12 0.07 0.51 0.05 0.63 0.01 0.67 0.62 0.59 0.42 0.75 0.70 0.46 0.11 0.13 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.28 3.26 1.97 1.44 2.49 1.62 2.01 0.98 2.21 1.34 2.84 3.74 3.15 1.31 2.07 2.24 1.23 2.11 1.12 1.88 0.13 0.00 0.31
C2 0.90 1.89 0.75 0.46 1.06 0.67 0.57 0.21 0.81 0.13 1.44 2.44 1.78 0.12 0.62 0.99 0.40 0.89 0.59 0.52 0.22 0.12 0.09
C2' 2.67 3.44 2.40 1.86 2.79 1.98 2.27 1.29 2.41 1.68 3.00 3.83 3.40 1.59 2.43 2.66 1.67 2.46 1.30 2.03 0.05 0.06 0.40
C3' 2.97 3.56 2.74 2.11 3.04 2.13 2.58 1.36 2.68 2.09 3.18 3.88 3.54 1.99 2.75 3.05 1.93 2.62 1.33 2.33 0.08 0.06 0.39
C4 1.59 2.49 1.38 0.95 1.72 1.13 1.24 0.54 1.44 0.58 2.05 3.00 2.40 0.56 1.32 1.67 0.82 1.48 0.84 1.13 0.19 0.10 0.17
C4' 2.87 3.69 2.58 1.93 3.07 2.00 2.66 1.26 2.82 2.08 3.35 4.06 3.60 2.04 2.72 2.87 1.70 2.53 1.28 2.51 0.03 0.07 0.38
C5 1.40 2.22 1.25 0.82 1.51 0.94 1.05 0.33 1.25 0.45 1.82 2.70 2.13 0.43 1.14 1.56 0.73 1.24 0.70 0.97 0.18 0.12 0.11
C5' 2.91 3.65 2.65 1.95 3.09 1.97 2.72 1.19 2.88 2.19 3.35 4.00 3.56 2.16 2.76 2.98 1.73 2.50 1.23 2.60 0.06 0.03 0.33
C6 0.95 1.79 0.85 0.49 1.07 0.59 0.64 0.05 0.85 0.03 1.40 2.27 1.69 0.03 0.70 1.14 0.46 0.82 0.50 0.59 0.17 0.13 0.03
C8 1.95 2.76 1.74 1.20 2.07 1.31 1.63 0.63 1.81 1.04 2.37 3.21 2.67 1.00 1.71 2.07 1.05 1.72 0.91 1.52 0.16 0.08 0.18
N1 0.67 1.59 0.57 0.28 0.82 0.42 0.38 0.06 0.61 0.28 1.18 2.11 1.48 0.26 0.42 0.83 0.27 0.60 0.40 0.35 0.20 0.15 0.00
N3 1.38 2.38 1.17 0.81 1.55 1.05 1.03 0.54 1.26 0.33 1.91 2.93 2.28 0.31 1.11 1.42 0.69 1.36 0.84 0.94 0.20 0.09 0.19
N6 0.75 1.54 0.70 0.35 0.87 0.40 0.49 0.13 0.68 0.08 1.19 2.00 1.44 0.07 0.52 0.99 0.35 0.59 0.37 0.45 0.14 0.13 0.00
N7 1.65 2.42 1.49 0.99 1.74 1.08 1.31 0.42 1.49 0.74 2.04 2.87 2.33 0.71 1.40 1.83 0.88 1.43 0.77 1.22 0.17 0.11 0.13
N9 1.97 2.86 1.72 1.22 2.12 1.38 1.64 0.73 1.84 1.01 2.44 3.34 2.76 0.97 1.73 2.02 1.05 1.80 0.97 1.52 0.17 0.07 0.22
O2' 2.79 3.80 2.47 1.96 3.07 2.12 2.54 1.51 2.71 1.85 3.34 4.21 3.72 1.79 2.62 2.67 1.73 2.63 1.43 2.30 0.12 0.18 0.53
O3' 3.35 3.78 3.14 2.47 3.40 2.41 2.97 1.61 3.01 2.56 3.44 4.02 3.80 2.44 3.17 3.44 2.29 2.89 1.45 2.65 0.20 0.14 0.47
O4' 2.47 3.45 2.15 1.55 2.72 1.70 2.28 1.02 2.49 1.63 3.08 3.90 3.32 1.61 2.31 2.43 1.31 2.23 1.14 2.18 0.15 0.01 0.31
O5' 3.06 3.69 2.82 2.13 3.13 2.19 2.71 1.41 2.84 2.24 3.34 4.07 3.63 2.16 2.85 3.21 1.92 2.70 1.47 2.52 0.22 0.23 0.59
OP1 3.01 3.66 2.80 2.08 3.13 2.05 2.78 1.25 2.92 2.32 3.37 4.00 3.57 2.28 2.85 3.20 1.89 2.55 1.31 2.66 0.07 0.10 0.43
OP2 3.21 3.69 3.00 2.30 3.16 2.38 2.71 1.58 2.80 2.32 3.31 4.08 3.66 2.19 2.92 3.48 2.14 2.84 1.66 2.46 0.48 0.38 0.81
P 3.04 3.65 2.82 2.12 3.09 2.18 2.67 1.39 2.80 2.22 3.30 4.04 3.59 2.13 2.81 3.23 1.94 2.66 1.46 2.48 0.26 0.22 0.60

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.00 0.11 0.15 0.18
C2 0.04 0.00 0.34 0.16 0.02 0.59 0.01 1.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.52 0.05 0.58 0.88 0.02 0.95 1.16 1.06
C2' 0.00 0.34 0.00 0.01 0.17 0.01 0.09 0.01 0.14 0.13 0.26 0.41 0.32 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.23 0.10 0.13 0.15 0.20
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.17 0.10 0.21 0.16 0.13 0.04 0.02 0.00 0.00 0.26 0.01 0.19 0.08 0.21
C4 0.01 0.02 0.17 0.05 0.00 0.25 0.00 0.43 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.23 0.02 0.30 0.08 0.01 0.09 0.10 0.09
C4' 0.01 0.59 0.01 0.00 0.25 0.00 0.08 0.00 0.21 0.35 0.43 0.74 0.56 0.22 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.14 0.03 0.16 0.02
C5 0.01 0.01 0.09 0.02 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.11 0.32 0.01 0.34 0.42 0.38
C5' 0.01 1.07 0.01 0.03 0.43 0.00 0.16 0.00 0.41 0.54 0.81 1.39 0.97 0.35 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.28 0.09 0.30 0.00
C6 0.01 0.00 0.14 0.03 0.00 0.21 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.04 0.24 0.05 0.01 0.07 0.08 0.06
C8 0.00 0.02 0.13 0.17 0.00 0.35 0.00 0.54 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.23 0.14 0.33 1.09 0.01 1.06 1.26 1.20
N1 0.03 0.00 0.26 0.10 0.01 0.43 0.01 0.81 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.39 0.01 0.43 0.49 0.02 0.53 0.67 0.60
N2 0.05 0.01 0.41 0.21 0.03 0.74 0.02 1.39 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.67 0.08 0.70 1.35 0.01 1.51 1.85 1.67
N3 0.03 0.01 0.32 0.16 0.00 0.56 0.00 0.97 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.49 0.05 0.60 0.79 0.02 0.80 0.95 0.88
N7 0.00 0.01 0.06 0.13 0.00 0.22 0.00 0.35 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.14 0.12 0.18 0.95 0.00 1.00 1.23 1.11
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.40 0.00 0.36 0.42 0.43
O2' 0.01 0.52 0.00 0.02 0.23 0.04 0.10 0.03 0.20 0.23 0.39 0.67 0.49 0.14 0.00 0.00 0.03 0.04 0.08 0.13 0.03 0.02 0.05
O3' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.06 0.06 0.04 0.14 0.01 0.08 0.05 0.12 0.05 0.03 0.00 0.01 0.15 0.05 0.07 0.05 0.09
O4' 0.01 0.58 0.01 0.00 0.30 0.00 0.11 0.01 0.24 0.33 0.43 0.70 0.60 0.18 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.04 0.04
O5' 0.18 0.88 0.23 0.26 0.08 0.01 0.32 0.00 0.05 1.09 0.49 1.35 0.79 0.95 0.40 0.08 0.15 0.02 0.00 0.24 0.02 0.01 0.00
O6 0.00 0.02 0.10 0.01 0.01 0.14 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.13 0.05 0.16 0.24 0.00 0.30 0.37 0.30
OP1 0.11 0.95 0.13 0.19 0.09 0.03 0.34 0.09 0.07 1.06 0.53 1.51 0.80 1.00 0.36 0.03 0.07 0.01 0.02 0.30 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 1.16 0.15 0.08 0.10 0.16 0.42 0.30 0.08 1.26 0.67 1.85 0.95 1.23 0.42 0.02 0.05 0.04 0.01 0.37 0.00 0.00 0.00
P 0.18 1.06 0.20 0.21 0.09 0.02 0.38 0.00 0.06 1.20 0.60 1.67 0.88 1.11 0.43 0.05 0.09 0.04 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00