ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53105

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N7 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O4' A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O5' A 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.000, 0.066, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C3' A 0, 0.000, 0.077, 0.154, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
O3' B 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.000, 0.105, 0.210, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.105 std_dev=0.105
O2' B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
P A 0, 0.000, 0.124, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C3' B 0, 0.000, 0.125, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.125 std_dev=0.125
OP1 A 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C4' B 0, 0.000, 0.135, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C2' B 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C5' B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O4' B 0, 0.000, 0.158, 0.315, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C1' B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
OP2 A 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
O5' B 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
N9 B 0, 0.000, 0.204, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.204 std_dev=0.204
N3 B 0, 0.000, 0.211, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
P B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
OP2 B 0, 0.000, 0.235, 0.469, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C8 B 0, 0.000, 0.236, 0.473, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.236 std_dev=0.236
OP1 B 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
C2 B 0, 0.000, 0.243, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.243 std_dev=0.243
N2 B 0, 0.000, 0.248, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C5 B 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
N7 B 0, 0.000, 0.273, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.273 std_dev=0.273
N1 B 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
O6 B 0, 0.000, 0.335, 0.670, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.335 std_dev=0.335

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
N6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
O5' 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04
C2 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01
C2' 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03 0.06 0.05 0.05
C3' 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02
C4' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C5' 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04
C6 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00
C8 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
N1 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01
N3 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01
N6 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01
N7 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02
N9 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03
O2' 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.07 0.07 0.04 0.08 0.06 0.07
O3' 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06
O4' 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04
O5' 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.04
OP1 0.05 0.08 0.05 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.09 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.07 0.05 0.04 0.04
OP2 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
N2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02
O5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00