Doublet Group distance statistics: 53106

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C4	A	0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7	A	0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8	A	0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3	A	0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9	A	0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N6	A	0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C1'	A	0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
P	B	0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
O4'	A	0, 0.000, 0.187, 0.375, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C2'	A	0, 0.000, 0.215, 0.430, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.215 std_dev=0.215
C4'	B	0, 0.000, 0.216, 0.432, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C5'	B	0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
C4'	A	0, 0.000, 0.288, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.288 std_dev=0.288
C3'	A	0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
O2'	A	0, 0.000, 0.381, 0.762, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.381 std_dev=0.381
OP1	B	0, 0.000, 0.400, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.400 std_dev=0.400
C5'	A	0, 0.000, 0.519, 1.038, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.519 std_dev=0.519
OP2	B	0, 0.000, 0.553, 1.105, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.553 std_dev=0.553
O3'	A	0, 0.000, 0.639, 1.278, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.639 std_dev=0.639
O5'	B	0, 0.000, 0.673, 1.346, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.673 std_dev=0.673
C2'	B	0, 0.000, 0.739, 1.479, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.739 std_dev=0.739
O5'	A	0, 0.000, 0.748, 1.496, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.748 std_dev=0.748
C1'	B	0, 0.000, 0.976, 1.953, 1.953 max_d=1.953 avg_d=0.976 std_dev=0.976
P	A	0, 0.000, 1.084, 2.169, 2.169 max_d=2.169 avg_d=1.084 std_dev=1.084
O4'	B	0, 0.000, 1.163, 2.326, 2.326 max_d=2.326 avg_d=1.163 std_dev=1.163
OP1	A	0, 0.000, 1.209, 2.419, 2.419 max_d=2.419 avg_d=1.209 std_dev=1.209
C3'	B	0, 0.000, 1.215, 2.431, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.215 std_dev=1.215
O2'	B	0, 0.000, 1.310, 2.620, 2.620 max_d=2.620 avg_d=1.310 std_dev=1.310
OP2	A	0, 0.000, 1.335, 2.671, 2.671 max_d=2.671 avg_d=1.335 std_dev=1.335
N9	B	0, 0.000, 2.268, 4.536, 4.536 max_d=4.536 avg_d=2.268 std_dev=2.268
O3'	B	0, 0.000, 2.336, 4.672, 4.672 max_d=4.672 avg_d=2.336 std_dev=2.336
N3	B	0, 0.000, 2.359, 4.718, 4.718 max_d=4.718 avg_d=2.359 std_dev=2.359
C4	B	0, 0.000, 2.901, 5.802, 5.802 max_d=5.802 avg_d=2.901 std_dev=2.901
N2	B	0, 0.000, 2.974, 5.947, 5.947 max_d=5.947 avg_d=2.974 std_dev=2.973
C8	B	0, 0.000, 3.231, 6.461, 6.461 max_d=6.461 avg_d=3.231 std_dev=3.231
C2	B	0, 0.000, 3.283, 6.565, 6.565 max_d=6.565 avg_d=3.283 std_dev=3.283
C5	B	0, 0.000, 4.215, 8.430, 8.430 max_d=8.430 avg_d=4.215 std_dev=4.215
N7	B	0, 0.000, 4.395, 8.790, 8.790 max_d=8.790 avg_d=4.395 std_dev=4.395
N1	B	0, 0.000, 4.605, 9.211, 9.211 max_d=9.211 avg_d=4.605 std_dev=4.605
C6	B	0, 0.000, 5.163, 10.327, 10.327 max_d=10.327 avg_d=5.163 std_dev=5.163
O6	B	0, 0.000, 6.379, 12.758, 12.758 max_d=12.758 avg_d=6.379 std_dev=6.379

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.03
C2	0.02	0.00	0.11	0.05	0.01	0.04	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.18	0.09	0.03	0.05	0.05	0.06	0.07
C2'	0.00	0.11	0.00	0.01	0.05	0.00	0.02	0.01	0.05	0.04	0.08	0.11	0.04	0.02	0.00	0.00	0.02	0.01	0.04	0.04	0.10	0.05
C3'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.03	0.00	0.08	0.01	0.05	0.16	0.01	0.05	0.08	0.15	0.08	0.02	0.01	0.02	0.05	0.06	0.11	0.06
C4	0.01	0.01	0.05	0.03	0.00	0.01	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.01	0.02	0.10	0.11	0.11	0.12
C4'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.01	0.00	0.05	0.01	0.03	0.10	0.01	0.04	0.04	0.09	0.04	0.02	0.00	0.00	0.02	0.01	0.05	0.02
C5	0.01	0.01	0.02	0.08	0.01	0.05	0.00	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.09	0.03	0.18	0.21	0.22	0.20
C5'	0.00	0.00	0.01	0.01	0.06	0.01	0.12	0.00	0.09	0.17	0.05	0.01	0.13	0.18	0.08	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00
C6	0.02	0.01	0.05	0.05	0.01	0.03	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.11	0.05	0.04	0.16	0.19	0.21	0.19
C8	0.01	0.01	0.04	0.16	0.00	0.10	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.18	0.03	0.26	0.25	0.25	0.24
N1	0.02	0.00	0.08	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.15	0.03	0.03	0.10	0.12	0.14	0.13
N3	0.02	0.00	0.11	0.05	0.00	0.04	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.17	0.10	0.02	0.03	0.03	0.04	0.05
N6	0.02	0.01	0.04	0.08	0.01	0.04	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.10	0.09	0.04	0.20	0.25	0.28	0.24
N7	0.01	0.01	0.02	0.15	0.00	0.09	0.00	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.17	0.04	0.27	0.30	0.32	0.28
N9	0.00	0.01	0.00	0.08	0.00	0.04	0.01	0.08	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.07	0.02	0.12	0.12	0.11	0.12
O2'	0.00	0.18	0.00	0.02	0.09	0.02	0.07	0.01	0.11	0.01	0.15	0.17	0.10	0.02	0.03	0.00	0.06	0.06	0.03	0.03	0.08	0.03
O3'	0.01	0.09	0.02	0.01	0.01	0.00	0.09	0.01	0.05	0.18	0.03	0.10	0.09	0.17	0.07	0.06	0.00	0.01	0.06	0.07	0.13	0.08
O4'	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.02	0.04	0.03	0.03	0.02	0.04	0.04	0.02	0.06	0.01	0.00	0.03	0.01	0.05	0.02
O5'	0.02	0.05	0.04	0.05	0.10	0.02	0.18	0.01	0.16	0.26	0.10	0.03	0.20	0.27	0.12	0.03	0.06	0.03	0.00	0.00	0.02	0.01
OP1	0.02	0.05	0.04	0.06	0.11	0.01	0.21	0.00	0.19	0.25	0.12	0.03	0.25	0.30	0.12	0.03	0.07	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00
OP2	0.00	0.06	0.10	0.11	0.11	0.05	0.22	0.01	0.21	0.25	0.14	0.04	0.28	0.32	0.11	0.08	0.13	0.05	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.03	0.07	0.05	0.06	0.12	0.02	0.20	0.00	0.19	0.24	0.13	0.05	0.24	0.28	0.12	0.03	0.08	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.27	0.79	0.08	0.13	0.83	0.08	1.20	0.09	1.33	1.08	1.10	0.64	0.62	1.38	0.71	0.44	0.58	0.26	0.31	1.60	0.02	0.02	0.08
C2	0.20	0.56	0.09	0.14	0.62	0.10	0.89	0.08	0.95	0.89	0.78	0.45	0.45	1.06	0.56	0.39	0.53	0.21	0.28	1.11	0.09	0.07	0.09
C2'	0.28	0.84	0.07	0.08	0.83	0.01	1.18	0.17	1.32	1.03	1.13	0.71	0.66	1.32	0.70	0.30	0.25	0.22	0.49	1.57	0.17	0.20	0.20
C3'	0.25	0.92	0.02	0.05	0.91	0.06	1.33	0.14	1.51	1.13	1.28	0.78	0.71	1.48	0.75	0.42	0.31	0.18	0.47	1.82	0.16	0.20	0.20
C4	0.30	0.83	0.10	0.16	0.90	0.10	1.31	0.11	1.42	1.23	1.16	0.67	0.66	1.53	0.80	0.50	0.69	0.30	0.28	1.68	0.08	0.04	0.09
C4'	0.28	0.91	0.04	0.06	0.92	0.07	1.34	0.12	1.53	1.16	1.28	0.75	0.70	1.52	0.77	0.46	0.49	0.24	0.40	1.85	0.08	0.11	0.15
C5	0.39	1.03	0.11	0.19	1.13	0.11	1.63	0.14	1.76	1.54	1.44	0.81	0.82	1.92	1.00	0.61	0.85	0.39	0.25	2.08	0.11	0.06	0.11
C5'	0.26	0.99	0.10	0.12	1.00	0.13	1.49	0.09	1.71	1.27	1.42	0.80	0.74	1.68	0.82	0.58	0.60	0.22	0.36	2.09	0.03	0.08	0.11
C6	0.41	1.01	0.12	0.21	1.14	0.13	1.63	0.14	1.73	1.60	1.40	0.79	0.82	1.95	1.04	0.64	0.90	0.41	0.21	2.01	0.13	0.08	0.11
C8	0.39	1.09	0.11	0.19	1.16	0.11	1.69	0.12	1.88	1.53	1.54	0.88	0.86	1.96	1.01	0.61	0.82	0.38	0.27	2.25	0.09	0.03	0.09
N1	0.31	0.75	0.11	0.18	0.86	0.12	1.22	0.13	1.27	1.25	1.04	0.59	0.61	1.46	0.80	0.52	0.74	0.32	0.23	1.47	0.12	0.09	0.11
N3	0.21	0.61	0.09	0.14	0.66	0.10	0.95	0.07	1.03	0.91	0.84	0.49	0.48	1.12	0.58	0.39	0.52	0.21	0.30	1.21	0.06	0.05	0.08
N6	0.50	1.22	0.13	0.23	1.39	0.13	1.99	0.16	2.10	1.93	1.70	0.95	0.99	2.38	1.26	0.75	1.04	0.49	0.17	2.44	0.14	0.09	0.12
N7	0.44	1.18	0.11	0.20	1.28	0.12	1.86	0.14	2.04	1.70	1.67	0.94	0.94	2.16	1.12	0.67	0.91	0.42	0.24	2.44	0.11	0.05	0.11
N9	0.32	0.90	0.09	0.16	0.96	0.10	1.39	0.11	1.54	1.28	1.26	0.73	0.71	1.62	0.84	0.52	0.69	0.31	0.29	1.84	0.07	0.03	0.09
O2'	0.30	0.74	0.15	0.16	0.73	0.11	0.99	0.24	1.10	0.87	0.96	0.65	0.61	1.09	0.63	0.13	0.07	0.26	0.57	1.29	0.31	0.28	0.29
O3'	0.24	0.93	0.10	0.17	0.89	0.01	1.28	0.19	1.47	1.06	1.27	0.80	0.71	1.41	0.72	0.34	0.10	0.15	0.58	1.77	0.31	0.34	0.29
O4'	0.31	0.89	0.08	0.15	0.93	0.08	1.34	0.10	1.51	1.20	1.25	0.73	0.70	1.54	0.79	0.48	0.64	0.30	0.29	1.82	0.06	0.02	0.06
O5'	0.24	1.07	0.15	0.16	1.08	0.19	1.63	0.06	1.88	1.37	1.55	0.86	0.79	1.84	0.87	0.69	0.69	0.19	0.31	2.31	0.03	0.04	0.07
OP1	0.24	1.16	0.16	0.15	1.16	0.20	1.76	0.06	2.06	1.45	1.71	0.94	0.85	1.97	0.92	0.76	0.71	0.18	0.32	2.55	0.01	0.06	0.09
OP2	0.27	1.26	0.20	0.20	1.26	0.24	1.93	0.05	2.25	1.59	1.86	1.01	0.92	2.16	1.01	0.85	0.84	0.20	0.26	2.79	0.11	0.00	0.04
P	0.25	1.16	0.20	0.21	1.16	0.23	1.77	0.04	2.07	1.48	1.71	0.93	0.84	2.00	0.94	0.79	0.81	0.20	0.26	2.56	0.10	0.01	0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.04	0.05	0.03	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.37	0.03	0.24	0.17	0.15
C2	0.04	0.00	0.09	0.12	0.02	0.08	0.01	0.08	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.03	0.08	0.14	0.04	0.48	0.00	0.43	0.69	0.43
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.07	0.01	0.09	0.10	0.08	0.03	0.02	0.00	0.00	0.00	0.20	0.07	0.23	0.09	0.02
C3'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.08	0.00	0.09	0.02	0.11	0.04	0.12	0.13	0.10	0.06	0.05	0.02	0.00	0.00	0.13	0.11	0.28	0.06	0.04
C4	0.02	0.02	0.05	0.08	0.00	0.06	0.00	0.06	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.09	0.02	0.56	0.01	0.47	0.80	0.52
C4'	0.00	0.08	0.01	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.08	0.05	0.09	0.08	0.06	0.06	0.04	0.04	0.01	0.00	0.01	0.08	0.07	0.30	0.16
C5	0.02	0.01	0.05	0.09	0.00	0.07	0.00	0.07	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.00	0.01	0.04	0.10	0.03	0.68	0.01	0.61	1.21	0.75
C5'	0.01	0.08	0.02	0.02	0.06	0.01	0.07	0.00	0.09	0.06	0.09	0.08	0.06	0.07	0.04	0.04	0.02	0.01	0.01	0.10	0.17	0.04	0.01
C6	0.03	0.00	0.07	0.11	0.01	0.08	0.01	0.09	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.06	0.13	0.04	0.66	0.00	0.64	1.28	0.78
C8	0.00	0.02	0.01	0.04	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.02	0.72	0.01	0.58	1.17	0.75
N1	0.04	0.00	0.09	0.12	0.02	0.09	0.02	0.09	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.08	0.14	0.05	0.57	0.00	0.55	1.01	0.62
N2	0.05	0.01	0.10	0.13	0.02	0.08	0.02	0.08	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.09	0.15	0.05	0.40	0.01	0.37	0.51	0.33
N3	0.03	0.01	0.08	0.10	0.01	0.06	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.06	0.11	0.03	0.44	0.00	0.37	0.53	0.35
N7	0.01	0.01	0.03	0.06	0.00	0.06	0.00	0.07	0.01	0.00	0.02	0.02	0.00	0.00	0.01	0.02	0.08	0.02	0.76	0.01	0.68	1.45	0.90
N9	0.01	0.03	0.02	0.05	0.01	0.04	0.01	0.04	0.02	0.00	0.03	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.05	0.02	0.57	0.02	0.43	0.71	0.48
O2'	0.00	0.08	0.00	0.02	0.04	0.04	0.04	0.04	0.06	0.01	0.08	0.09	0.06	0.02	0.01	0.00	0.03	0.01	0.00	0.05	0.02	0.58	0.29
O3'	0.00	0.14	0.00	0.00	0.09	0.01	0.10	0.02	0.13	0.05	0.14	0.15	0.11	0.08	0.05	0.03	0.00	0.00	0.17	0.13	0.15	0.48	0.22
O4'	0.00	0.04	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.02	0.05	0.05	0.03	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.31	0.04	0.15	0.05	0.07
O5'	0.37	0.48	0.20	0.13	0.56	0.01	0.68	0.01	0.66	0.72	0.57	0.40	0.44	0.76	0.57	0.00	0.17	0.31	0.00	0.71	0.03	0.04	0.00
O6	0.03	0.00	0.07	0.11	0.01	0.08	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.05	0.13	0.04	0.71	0.00	0.72	1.51	0.91
OP1	0.24	0.43	0.23	0.28	0.47	0.07	0.61	0.17	0.64	0.58	0.55	0.37	0.37	0.68	0.43	0.02	0.15	0.15	0.03	0.72	0.00	0.01	0.00
OP2	0.17	0.69	0.09	0.06	0.80	0.30	1.21	0.04	1.28	1.17	1.01	0.51	0.53	1.45	0.71	0.58	0.48	0.05	0.04	1.51	0.01	0.00	0.01
P	0.15	0.43	0.02	0.04	0.52	0.16	0.75	0.01	0.78	0.75	0.62	0.33	0.35	0.90	0.48	0.29	0.22	0.07	0.00	0.91	0.00	0.01	0.00