ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53107

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
OP2 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.000, 0.052, 0.103, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
O4' A 0, 0.000, 0.065, 0.129, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.000, 0.096, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.096 std_dev=0.096
C3' A 0, 0.000, 0.099, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.099 std_dev=0.099
O5' A 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
P A 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O3' A 0, 0.000, 0.138, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C5' A 0, 0.000, 0.138, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.138 std_dev=0.138
OP1 A 0, 0.000, 0.241, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.241 std_dev=0.241
C4' B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
C5' B 0, 0.000, 0.250, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.250 std_dev=0.250
P B 0, 0.000, 0.255, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.255 std_dev=0.255
OP1 B 0, 0.000, 0.256, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.256 std_dev=0.256
O4' B 0, 0.000, 0.256, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.256 std_dev=0.256
OP2 B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
O3' B 0, 0.000, 0.273, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.273 std_dev=0.273
C3' B 0, 0.000, 0.274, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.274 std_dev=0.274
O5' B 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
O2' B 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C1' B 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C2' B 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O6 B 0, 0.000, 0.291, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.291 std_dev=0.291
N7 B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C8 B 0, 0.000, 0.298, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.298 std_dev=0.298
N9 B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.000, 0.300, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.300 std_dev=0.300
N1 B 0, 0.000, 0.303, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.303 std_dev=0.303
C4 B 0, 0.000, 0.310, 0.620, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.310 std_dev=0.310
N2 B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C2 B 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
N3 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
N6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.08 0.11 0.10 0.07 0.10 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.09 0.09 0.04 0.08 0.13 0.11 0.09 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01
C2 0.12 0.09 0.12 0.11 0.10 0.13 0.08 0.13 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11 0.05 0.07 0.04 0.08
C2' 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.07 0.07 0.02 0.06 0.11 0.10 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01
C3' 0.08 0.06 0.09 0.08 0.06 0.07 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.07 0.07 0.02 0.06 0.10 0.09 0.07 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00
C4 0.11 0.08 0.11 0.11 0.08 0.11 0.06 0.10 0.05 0.07 0.06 0.09 0.09 0.05 0.09 0.12 0.11 0.11 0.08 0.03 0.04 0.01 0.04
C4' 0.09 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.09 0.08 0.04 0.07 0.12 0.10 0.08 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01
C5 0.11 0.08 0.11 0.11 0.08 0.12 0.06 0.11 0.05 0.07 0.06 0.08 0.09 0.05 0.09 0.12 0.11 0.11 0.09 0.03 0.06 0.03 0.06
C5' 0.10 0.08 0.10 0.09 0.07 0.09 0.05 0.08 0.05 0.05 0.06 0.09 0.09 0.04 0.08 0.12 0.10 0.09 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02
C6 0.12 0.08 0.11 0.11 0.09 0.13 0.07 0.13 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.06 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.04 0.10 0.06 0.09
C8 0.10 0.07 0.11 0.10 0.07 0.10 0.05 0.09 0.04 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04 0.08 0.12 0.11 0.09 0.07 0.03 0.03 0.01 0.04
N1 0.13 0.09 0.12 0.11 0.10 0.13 0.08 0.14 0.06 0.09 0.07 0.09 0.10 0.07 0.11 0.12 0.10 0.13 0.12 0.05 0.11 0.06 0.10
N3 0.12 0.09 0.12 0.11 0.09 0.12 0.07 0.11 0.06 0.07 0.07 0.09 0.10 0.06 0.09 0.13 0.11 0.11 0.08 0.04 0.03 0.02 0.04
N6 0.12 0.08 0.11 0.11 0.09 0.13 0.07 0.14 0.06 0.09 0.07 0.08 0.10 0.07 0.10 0.12 0.10 0.13 0.12 0.04 0.12 0.08 0.11
N7 0.10 0.07 0.11 0.10 0.08 0.11 0.05 0.10 0.04 0.06 0.06 0.08 0.09 0.04 0.08 0.12 0.11 0.10 0.08 0.03 0.06 0.02 0.05
N9 0.10 0.08 0.11 0.10 0.07 0.10 0.05 0.09 0.04 0.06 0.06 0.08 0.09 0.04 0.08 0.12 0.11 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03
O2' 0.07 0.06 0.09 0.08 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.07 0.07 0.02 0.05 0.11 0.09 0.06 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02
O3' 0.06 0.04 0.07 0.06 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.01 0.04 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01
O4' 0.11 0.09 0.12 0.10 0.08 0.11 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.10 0.10 0.05 0.09 0.13 0.12 0.10 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02
O5' 0.10 0.08 0.10 0.10 0.07 0.10 0.05 0.08 0.04 0.05 0.06 0.08 0.09 0.04 0.08 0.12 0.11 0.09 0.06 0.03 0.02 0.01 0.03
OP1 0.10 0.08 0.10 0.09 0.07 0.10 0.05 0.09 0.05 0.06 0.06 0.08 0.08 0.04 0.08 0.11 0.10 0.10 0.06 0.03 0.03 0.02 0.04
OP2 0.11 0.08 0.12 0.11 0.08 0.12 0.06 0.11 0.05 0.07 0.07 0.09 0.09 0.05 0.09 0.13 0.13 0.11 0.08 0.04 0.06 0.03 0.06
P 0.11 0.09 0.11 0.11 0.08 0.11 0.06 0.10 0.06 0.07 0.07 0.09 0.10 0.05 0.09 0.13 0.12 0.11 0.08 0.04 0.05 0.03 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N1 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00