ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53108

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.000, 0.033, 0.066, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O2' A 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.000, 0.075, 0.149, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C3' A 0, 0.000, 0.093, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C5' A 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O3' A 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
OP1 B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
O3' B 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C3' B 0, 0.000, 0.243, 0.487, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.243 std_dev=0.243
P B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O5' A 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
O2' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
C8 B 0, 0.000, 0.295, 0.590, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C4' B 0, 0.000, 0.296, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.296 std_dev=0.296
N9 B 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
N7 B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
O5' B 0, 0.000, 0.302, 0.605, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.302 std_dev=0.302
C5' B 0, 0.000, 0.305, 0.611, 0.611 max_d=0.611 avg_d=0.305 std_dev=0.305
O4' B 0, 0.000, 0.306, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C1' B 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
N3 B 0, 0.000, 0.313, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.313 std_dev=0.313
C4 B 0, 0.000, 0.314, 0.628, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.314 std_dev=0.314
P A 0, 0.000, 0.328, 0.656, 0.656 max_d=0.656 avg_d=0.328 std_dev=0.328
C5 B 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C2 B 0, 0.000, 0.350, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.350 std_dev=0.350
OP1 A 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
N2 B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
OP2 B 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
C6 B 0, 0.000, 0.382, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.382 std_dev=0.382
N1 B 0, 0.000, 0.388, 0.776, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.388 std_dev=0.388
OP2 A 0, 0.000, 0.416, 0.832, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.416 std_dev=0.416
O6 B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00
C2 0.03 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.06
C4 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
C4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.06 0.01
C6 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03 0.04
C8 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.02 0.06 0.04
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02
N3 0.03 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02
N6 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.09 0.05 0.06
N7 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.05 0.06 0.06
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.10 0.05 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01
O5' 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.08 0.04 0.00 0.07 0.08 0.03 0.04 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.03 0.01 0.06 0.08 0.01 0.07 0.04 0.09 0.06 0.02 0.05 0.01 0.09 0.05 0.01 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.06 0.03 0.06 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02 0.06 0.06 0.00 0.04 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.04 0.08 0.07 0.05 0.08 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.08 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06
C2 0.05 0.02 0.07 0.06 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.09 0.04 0.06 0.02 0.02 0.06 0.04
C2' 0.09 0.05 0.09 0.08 0.07 0.08 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.07 0.03 0.07 0.08 0.08 0.08 0.02 0.07 0.08 0.09 0.07
C3' 0.08 0.04 0.08 0.07 0.06 0.07 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.06 0.08 0.08 0.08 0.01 0.05 0.08 0.08 0.07
C4 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.07 0.03 0.06 0.06 0.04 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.01 0.03 0.07 0.06 0.06
C5 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02
C5' 0.06 0.01 0.05 0.04 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.05 0.05 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04
C6 0.03 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.04
C8 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01
N1 0.04 0.01 0.06 0.06 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.08 0.02 0.08 0.01 0.03 0.09 0.05
N3 0.05 0.02 0.06 0.06 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01
N6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.08 0.03 0.02 0.11 0.05
N7 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01
N9 0.05 0.02 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.06 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02
O2' 0.10 0.06 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.02 0.07 0.06 0.06 0.05 0.08 0.05 0.08 0.09 0.09 0.10 0.04 0.08 0.10 0.12 0.09
O3' 0.10 0.06 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.07 0.09 0.09 0.09 0.03 0.07 0.09 0.10 0.08
O4' 0.07 0.02 0.06 0.06 0.04 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.06 0.07 0.01 0.03 0.06 0.05 0.05
O5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.05 0.02 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.02
OP1 0.03 0.10 0.04 0.04 0.09 0.02 0.12 0.07 0.13 0.11 0.12 0.11 0.07 0.14 0.07 0.02 0.04 0.03 0.10 0.14 0.02 0.09 0.06
OP2 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.00 0.08 0.01 0.04 0.02 0.02 0.07 0.07 0.01 0.05 0.02
P 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.06 0.03 0.09 0.03 0.02 0.00 0.00 0.07 0.08 0.00 0.06 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C2 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.09 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.00
C4 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.03
C5 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.03
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.02
C8 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.04
N1 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03
N2 0.06 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.05 0.00 0.01 0.10 0.05
N3 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.02
N7 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.12 0.05
N9 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.02
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.06 0.00
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03
O5' 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00
O6 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.07 0.00
OP1 0.05 0.00 0.05 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
OP2 0.03 0.09 0.04 0.06 0.08 0.00 0.10 0.01 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.12 0.07 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00