ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53115

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 9, 6, 4, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.022 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.022, 0.049, 0.076, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.049 std_dev=0.027
O4 A 0, 0.098, 0.157, 0.216, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.157 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.015, 0.092, 0.170, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.092 std_dev=0.078
N7 B 0, 0.145, 0.236, 0.328, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.236 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.016, 0.114, 0.213, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.114 std_dev=0.098
C5 B 0, 0.174, 0.279, 0.383, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.279 std_dev=0.105
C8 B 0, 0.154, 0.270, 0.386, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.270 std_dev=0.116
C6 B 0, 0.179, 0.298, 0.417, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.298 std_dev=0.119
O2' A 0, 0.041, 0.170, 0.299, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.170 std_dev=0.129
C4' A 0, 0.008, 0.145, 0.282, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.145 std_dev=0.137
O6 B 0, 0.136, 0.278, 0.420, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.278 std_dev=0.142
N9 B 0, 0.181, 0.330, 0.480, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.330 std_dev=0.149
C4 B 0, 0.189, 0.340, 0.491, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.340 std_dev=0.151
C3' A 0, 0.034, 0.185, 0.337, 0.762 max_d=0.762 avg_d=0.185 std_dev=0.151
N1 B 0, 0.207, 0.376, 0.545, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.376 std_dev=0.169
C1' B 0, 0.203, 0.396, 0.590, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.396 std_dev=0.194
N3 B 0, 0.215, 0.419, 0.623, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.419 std_dev=0.204
C2 B 0, 0.223, 0.431, 0.639, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.431 std_dev=0.208
C2' B 0, 0.230, 0.448, 0.666, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.448 std_dev=0.218
P A 0, 0.103, 0.326, 0.549, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.326 std_dev=0.223
OP2 A 0, 0.157, 0.381, 0.605, 1.248 max_d=1.248 avg_d=0.381 std_dev=0.224
C5' A 0, 0.022, 0.249, 0.476, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.249 std_dev=0.227
O3' A 0, 0.081, 0.308, 0.535, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.308 std_dev=0.227
O4' B 0, 0.176, 0.404, 0.633, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.404 std_dev=0.229
OP1 A 0, 0.144, 0.397, 0.650, 1.115 max_d=1.115 avg_d=0.397 std_dev=0.253
N2 B 0, 0.246, 0.520, 0.794, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.520 std_dev=0.274
C3' B 0, 0.211, 0.491, 0.771, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.491 std_dev=0.280
O5' A 0, 0.001, 0.292, 0.583, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.292 std_dev=0.291
C4' B 0, 0.168, 0.464, 0.759, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.464 std_dev=0.295
O2' B 0, 0.263, 0.572, 0.881, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.572 std_dev=0.309
C5' B 0, 0.118, 0.458, 0.798, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.458 std_dev=0.340
O3' B 0, 0.210, 0.610, 1.009, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.610 std_dev=0.400
O5' B 0, 0.036, 0.720, 1.404, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.720 std_dev=0.684
P B 0, -0.104, 0.877, 1.857, 3.309 max_d=3.309 avg_d=0.877 std_dev=0.981
OP2 B 0, -0.156, 0.830, 1.817, 3.250 max_d=3.250 avg_d=0.830 std_dev=0.987
OP1 B 0, -0.096, 1.065, 2.227, 4.025 max_d=4.025 avg_d=1.065 std_dev=1.162

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.04 0.23 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.03 0.10 0.08 0.25 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.12 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.07 0.16 0.06
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.06 0.10 0.02 0.01 0.10 0.01 0.04 0.11 0.13 0.06
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.04 0.18 0.14 0.24 0.14
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.08 0.00 0.01 0.11 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.12 0.01 0.03 0.21 0.14 0.24 0.14
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.13 0.07 0.08 0.05 0.04 0.03 0.14 0.01 0.01 0.12 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.02 0.03 0.18 0.11 0.24 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.11 0.07 0.24 0.11
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.01 0.03 0.14 0.11 0.25 0.12
O2 0.04 0.01 0.12 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.13 0.02 0.03 0.08 0.07 0.26 0.12
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.08 0.14 0.00 0.05 0.05 0.04 0.03 0.13 0.15 0.06
O3' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.03 0.11 0.04 0.07 0.13 0.05 0.00 0.11 0.02 0.09 0.19 0.16 0.11
O4 0.03 0.02 0.05 0.10 0.01 0.08 0.01 0.14 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.11 0.00 0.04 0.20 0.16 0.24 0.16
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.06 0.06 0.24 0.12
O5' 0.06 0.10 0.02 0.04 0.18 0.01 0.21 0.01 0.18 0.11 0.14 0.08 0.03 0.09 0.20 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.07 0.11 0.14 0.11 0.14 0.12 0.11 0.07 0.11 0.07 0.13 0.19 0.16 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.25 0.16 0.13 0.24 0.12 0.24 0.04 0.24 0.24 0.25 0.26 0.15 0.16 0.24 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.12 0.06 0.06 0.14 0.04 0.14 0.01 0.12 0.11 0.12 0.12 0.06 0.11 0.16 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.09 0.11 0.14 0.09 0.16 0.09 0.18 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.15 0.17 0.17 0.61 0.12 0.79 0.86 0.75
C2 0.14 0.10 0.12 0.17 0.11 0.17 0.10 0.19 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.13 0.15 0.19 0.17 0.54 0.12 0.58 0.60 0.57
C2' 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.14 0.12 0.07 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.13 0.11 0.44 0.14 0.66 0.75 0.58
C3' 0.08 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.09 0.13 0.11 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.14 0.11 0.36 0.12 0.54 0.61 0.45
C4 0.14 0.13 0.16 0.24 0.13 0.20 0.13 0.23 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.28 0.16 0.43 0.16 0.43 0.42 0.42
C4' 0.10 0.09 0.07 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.13 0.12 0.49 0.12 0.73 0.77 0.64
C5 0.14 0.12 0.16 0.24 0.12 0.20 0.12 0.25 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.12 0.13 0.16 0.28 0.17 0.47 0.15 0.50 0.52 0.49
C5' 0.12 0.12 0.09 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.13 0.14 0.14 0.46 0.14 0.66 0.69 0.58
C6 0.14 0.11 0.15 0.22 0.11 0.20 0.11 0.24 0.12 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.13 0.16 0.25 0.18 0.53 0.14 0.60 0.64 0.58
N1 0.14 0.10 0.13 0.18 0.11 0.18 0.10 0.21 0.11 0.12 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.16 0.21 0.18 0.56 0.13 0.66 0.70 0.63
N3 0.14 0.11 0.14 0.20 0.12 0.18 0.12 0.21 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.14 0.23 0.16 0.45 0.14 0.45 0.45 0.45
O2 0.14 0.11 0.11 0.14 0.11 0.14 0.11 0.15 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.15 0.14 0.17 0.58 0.12 0.62 0.63 0.61
O2' 0.07 0.11 0.09 0.11 0.10 0.08 0.13 0.10 0.15 0.10 0.13 0.11 0.10 0.13 0.09 0.07 0.13 0.08 0.46 0.17 0.80 0.88 0.69
O3' 0.07 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.10 0.11 0.12 0.08 0.11 0.11 0.09 0.10 0.08 0.09 0.14 0.08 0.23 0.14 0.44 0.49 0.31
O4 0.14 0.15 0.17 0.26 0.14 0.20 0.14 0.24 0.16 0.14 0.16 0.16 0.15 0.13 0.14 0.16 0.31 0.15 0.38 0.18 0.36 0.35 0.36
O4' 0.15 0.11 0.11 0.14 0.11 0.15 0.11 0.17 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.16 0.16 0.18 0.61 0.12 0.81 0.85 0.75
O5' 0.16 0.16 0.13 0.15 0.16 0.16 0.16 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.16 0.16 0.16 0.15 0.17 0.18 0.41 0.19 0.54 0.57 0.48
OP1 0.14 0.12 0.12 0.16 0.11 0.17 0.11 0.20 0.13 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.12 0.15 0.19 0.18 0.44 0.16 0.60 0.60 0.52
OP2 0.15 0.19 0.14 0.12 0.17 0.07 0.19 0.07 0.21 0.16 0.21 0.20 0.18 0.18 0.16 0.13 0.15 0.14 0.27 0.25 0.41 0.40 0.34
P 0.10 0.11 0.09 0.12 0.10 0.10 0.11 0.12 0.13 0.10 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.15 0.12 0.37 0.15 0.52 0.53 0.45

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.02 0.22 0.19 0.18
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.02 0.14 0.01 0.11 0.18 0.12
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.04 0.12 0.24 0.15
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.10 0.01 0.10 0.01 0.11 0.07 0.12 0.13 0.11 0.09 0.07 0.02 0.01 0.01 0.35 0.10 0.28 0.33 0.33
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.20 0.01 0.18 0.19 0.17
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.06 0.13 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.03 0.22 0.01 0.19 0.20 0.20
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.12 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.07 0.08 0.03 0.01 0.01 0.14 0.17 0.10 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.13 0.03 0.20 0.01 0.16 0.19 0.18
C8 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.04 0.30 0.02 0.28 0.26 0.27
N1 0.02 0.00 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.02 0.17 0.01 0.13 0.19 0.15
N2 0.03 0.01 0.08 0.13 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.02 0.11 0.02 0.09 0.19 0.10
N3 0.03 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.02 0.15 0.01 0.13 0.18 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.04 0.27 0.02 0.25 0.24 0.26
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.23 0.02 0.23 0.21 0.21
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.08 0.03 0.08 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.08 0.04 0.11 0.20 0.10
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.03 0.13 0.08 0.14 0.15 0.12 0.11 0.07 0.05 0.00 0.02 0.61 0.13 0.57 0.50 0.58
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.37 0.04 0.38 0.27 0.31
O5' 0.20 0.14 0.12 0.35 0.20 0.02 0.22 0.01 0.20 0.30 0.17 0.11 0.15 0.27 0.23 0.08 0.61 0.37 0.00 0.21 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.13 0.04 0.21 0.00 0.17 0.20 0.19
OP1 0.22 0.11 0.12 0.28 0.18 0.13 0.19 0.17 0.16 0.28 0.13 0.09 0.13 0.25 0.23 0.11 0.57 0.38 0.02 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.18 0.24 0.33 0.19 0.10 0.20 0.10 0.19 0.26 0.19 0.19 0.18 0.24 0.21 0.20 0.50 0.27 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.12 0.15 0.33 0.17 0.02 0.20 0.02 0.18 0.27 0.15 0.10 0.13 0.26 0.21 0.10 0.58 0.31 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00