ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53116

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.026 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.018, 0.047, 0.076, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.047 std_dev=0.029
N7 B 0, 0.153, 0.389, 0.625, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.389 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.182, 0.434, 0.687, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.434 std_dev=0.253
O6 B 0, 0.181, 0.436, 0.692, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.436 std_dev=0.255
C5 B 0, 0.181, 0.450, 0.718, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.450 std_dev=0.269
C8 B 0, 0.169, 0.453, 0.737, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.453 std_dev=0.284
O4' A 0, 0.028, 0.338, 0.648, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.338 std_dev=0.310
N1 B 0, 0.230, 0.569, 0.907, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.569 std_dev=0.339
C2' A 0, 0.041, 0.404, 0.767, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.404 std_dev=0.363
C4 B 0, 0.227, 0.639, 1.050, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.639 std_dev=0.412
N9 B 0, 0.215, 0.643, 1.072, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.643 std_dev=0.428
O2' A 0, 0.079, 0.555, 1.031, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.555 std_dev=0.476
C4' A 0, 0.040, 0.520, 1.000, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.520 std_dev=0.480
P B 0, 0.212, 0.695, 1.179, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.695 std_dev=0.483
C2 B 0, 0.277, 0.774, 1.270, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.774 std_dev=0.496
C3' A 0, 0.055, 0.602, 1.149, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.602 std_dev=0.547
N3 B 0, 0.276, 0.826, 1.376, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.826 std_dev=0.550
OP2 B 0, 0.274, 0.853, 1.432, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.853 std_dev=0.579
OP1 B 0, 0.238, 0.831, 1.423, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.831 std_dev=0.593
C1' B 0, 0.256, 0.850, 1.444, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.850 std_dev=0.594
C2' B 0, 0.270, 0.870, 1.471, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.870 std_dev=0.600
N2 B 0, 0.325, 0.954, 1.583, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.954 std_dev=0.629
O2' B 0, 0.330, 1.074, 1.818, 1.797 max_d=1.797 avg_d=1.074 std_dev=0.744
O5' B 0, 0.168, 0.919, 1.671, 1.675 max_d=1.675 avg_d=0.919 std_dev=0.752
O4' B 0, 0.225, 1.015, 1.804, 1.795 max_d=1.795 avg_d=1.015 std_dev=0.789
C3' B 0, 0.206, 1.006, 1.806, 1.791 max_d=1.791 avg_d=1.006 std_dev=0.800
C5' A 0, 0.084, 0.892, 1.699, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.892 std_dev=0.807
OP2 A 0, 0.100, 0.912, 1.725, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.912 std_dev=0.813
O5' A 0, 0.078, 0.913, 1.748, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.913 std_dev=0.835
O3' B 0, 0.251, 1.089, 1.928, 1.917 max_d=1.917 avg_d=1.089 std_dev=0.839
P A 0, 0.120, 0.976, 1.833, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.976 std_dev=0.857
O3' A 0, 0.080, 0.948, 1.817, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.948 std_dev=0.868
OP1 A 0, 0.201, 1.112, 2.023, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.112 std_dev=0.911
C4' B 0, 0.189, 1.137, 2.085, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.137 std_dev=0.948
C5' B 0, 0.177, 1.233, 2.289, 2.283 max_d=2.283 avg_d=1.233 std_dev=1.056

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.00
C2 0.02 0.00 0.16 0.06 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.12 0.01 0.09 0.10 0.10 0.05 0.06
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.06 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.13 0.24 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.19 0.14 0.09
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.02 0.10 0.01 0.04 0.13 0.02 0.01 0.03 0.01 0.08 0.23 0.21 0.15
C4 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04 0.04
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.11 0.02 0.04 0.01 0.03 0.10 0.06 0.04
C5 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03
C5' 0.02 0.10 0.03 0.02 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.10 0.11 0.11 0.04 0.09 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C6 0.00 0.00 0.07 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.00
N3 0.02 0.00 0.13 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.18 0.09 0.01 0.08 0.11 0.10 0.06 0.07
O2 0.03 0.00 0.24 0.13 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.21 0.02 0.12 0.11 0.11 0.06 0.07
O2' 0.01 0.19 0.00 0.02 0.09 0.11 0.02 0.11 0.05 0.05 0.18 0.30 0.00 0.02 0.10 0.08 0.11 0.28 0.18 0.16
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.04 0.11 0.02 0.09 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.37 0.32 0.26
O4 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.00 0.03 0.10 0.07 0.05 0.05
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.08 0.12 0.08 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05
O5' 0.03 0.10 0.05 0.08 0.08 0.03 0.03 0.01 0.01 0.04 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.08 0.10 0.19 0.23 0.06 0.10 0.03 0.04 0.02 0.06 0.10 0.11 0.28 0.37 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.05 0.14 0.21 0.04 0.06 0.03 0.03 0.03 0.03 0.06 0.06 0.18 0.32 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.06 0.09 0.15 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.00 0.07 0.07 0.16 0.26 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.10 0.12 0.15 0.07 0.04 0.13 0.06 0.18 0.05 0.15 0.10 0.05 0.13 0.02 0.09 0.20 0.13 0.68 0.23 0.59 0.48 0.60
C2 0.08 0.12 0.12 0.14 0.06 0.05 0.13 0.12 0.19 0.01 0.17 0.12 0.06 0.12 0.01 0.10 0.17 0.15 0.76 0.25 0.59 0.31 0.57
C2' 0.27 0.11 0.35 0.38 0.15 0.23 0.08 0.14 0.03 0.17 0.06 0.11 0.16 0.09 0.20 0.31 0.43 0.30 0.32 0.04 0.24 0.24 0.26
C3' 0.25 0.03 0.35 0.40 0.09 0.25 0.01 0.16 0.06 0.13 0.04 0.03 0.10 0.03 0.16 0.32 0.48 0.29 0.22 0.14 0.06 0.07 0.09
C4 0.04 0.22 0.07 0.10 0.13 0.14 0.16 0.32 0.23 0.04 0.24 0.24 0.16 0.08 0.06 0.07 0.09 0.06 0.80 0.26 0.54 0.30 0.54
C4' 0.11 0.11 0.21 0.28 0.06 0.15 0.14 0.10 0.21 0.03 0.18 0.11 0.05 0.13 0.02 0.18 0.36 0.17 0.42 0.28 0.31 0.28 0.33
C5 0.05 0.23 0.08 0.12 0.15 0.17 0.17 0.35 0.23 0.05 0.25 0.25 0.18 0.10 0.08 0.08 0.11 0.03 0.80 0.26 0.53 0.37 0.56
C5' 0.06 0.20 0.17 0.25 0.13 0.12 0.21 0.07 0.29 0.08 0.27 0.21 0.12 0.19 0.04 0.15 0.35 0.13 0.43 0.38 0.26 0.23 0.30
C6 0.03 0.20 0.04 0.07 0.13 0.13 0.17 0.30 0.22 0.06 0.23 0.22 0.15 0.12 0.07 0.05 0.07 0.04 0.78 0.26 0.55 0.42 0.58
N1 0.03 0.15 0.06 0.07 0.10 0.04 0.15 0.18 0.21 0.05 0.19 0.16 0.10 0.13 0.04 0.04 0.12 0.09 0.77 0.25 0.58 0.42 0.60
N3 0.06 0.15 0.08 0.07 0.08 0.05 0.13 0.21 0.20 0.03 0.19 0.17 0.10 0.08 0.02 0.07 0.10 0.13 0.77 0.26 0.56 0.27 0.54
O2 0.15 0.07 0.21 0.27 0.03 0.18 0.11 0.08 0.17 0.03 0.13 0.07 0.02 0.13 0.06 0.19 0.30 0.24 0.70 0.24 0.60 0.26 0.55
O2' 0.41 0.25 0.51 0.57 0.28 0.43 0.19 0.39 0.14 0.27 0.18 0.26 0.31 0.17 0.33 0.47 0.62 0.44 0.07 0.06 0.18 0.22 0.14
O3' 0.39 0.16 0.52 0.58 0.22 0.41 0.13 0.34 0.05 0.24 0.08 0.17 0.24 0.13 0.29 0.50 0.68 0.42 0.09 0.04 0.31 0.18 0.23
O4 0.07 0.25 0.11 0.16 0.15 0.18 0.15 0.36 0.23 0.06 0.26 0.28 0.19 0.07 0.08 0.10 0.14 0.06 0.80 0.26 0.53 0.28 0.54
O4' 0.02 0.20 0.08 0.14 0.16 0.03 0.23 0.04 0.29 0.13 0.26 0.20 0.14 0.22 0.09 0.05 0.20 0.08 0.66 0.35 0.58 0.46 0.58
O5' 0.04 0.22 0.13 0.18 0.14 0.06 0.21 0.04 0.30 0.07 0.29 0.24 0.14 0.17 0.05 0.11 0.28 0.11 0.50 0.37 0.26 0.22 0.33
OP1 0.02 0.22 0.10 0.14 0.14 0.02 0.20 0.08 0.28 0.08 0.28 0.24 0.15 0.16 0.06 0.08 0.24 0.08 0.49 0.35 0.24 0.27 0.32
OP2 0.03 0.21 0.08 0.08 0.11 0.04 0.16 0.17 0.24 0.03 0.25 0.24 0.14 0.10 0.04 0.07 0.16 0.09 0.58 0.29 0.29 0.26 0.37
P 0.05 0.21 0.12 0.16 0.12 0.04 0.18 0.06 0.27 0.04 0.27 0.23 0.13 0.13 0.03 0.10 0.24 0.12 0.51 0.34 0.26 0.23 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.32 0.02 0.49 0.08 0.26
C2 0.03 0.00 0.06 0.14 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.13 0.04 0.45 0.01 0.43 0.06 0.31
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.04 0.08 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.11 0.33 0.10
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.10 0.03 0.13 0.16 0.12 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.24 0.09 0.12 0.45 0.29
C4 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.54 0.00 0.51 0.08 0.37
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.09 0.09 0.06 0.05 0.11 0.07 0.02 0.04 0.00 0.01 0.12 0.29 0.09 0.04
C5 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03 0.68 0.00 0.57 0.14 0.47
C5' 0.05 0.21 0.02 0.01 0.22 0.01 0.28 0.00 0.31 0.26 0.27 0.20 0.17 0.31 0.19 0.03 0.04 0.01 0.00 0.34 0.18 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.11 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.68 0.00 0.55 0.14 0.48
C8 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.09 0.01 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.75 0.00 0.64 0.17 0.52
N1 0.03 0.01 0.04 0.13 0.01 0.09 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.04 0.57 0.01 0.48 0.09 0.39
N2 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.06 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.16 0.04 0.38 0.01 0.38 0.07 0.26
N3 0.03 0.00 0.06 0.12 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.11 0.04 0.40 0.00 0.42 0.07 0.28
N7 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.11 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.79 0.00 0.64 0.21 0.56
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.02 0.55 0.01 0.55 0.09 0.39
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.03 0.07 0.05 0.08 0.08 0.07 0.06 0.04 0.00 0.07 0.06 0.17 0.08 0.11 0.29 0.11
O3' 0.03 0.13 0.02 0.00 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.05 0.10 0.16 0.11 0.03 0.02 0.07 0.00 0.05 0.57 0.04 0.46 0.66 0.58
O4' 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.05 0.00 0.42 0.03 0.66 0.09 0.37
O5' 0.32 0.45 0.04 0.24 0.54 0.01 0.68 0.00 0.68 0.75 0.57 0.38 0.40 0.79 0.55 0.17 0.57 0.42 0.00 0.74 0.03 0.01 0.01
O6 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.34 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.03 0.74 0.00 0.58 0.19 0.53
OP1 0.49 0.43 0.11 0.12 0.51 0.29 0.57 0.18 0.55 0.64 0.48 0.38 0.42 0.64 0.55 0.11 0.46 0.66 0.03 0.58 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.06 0.33 0.45 0.08 0.09 0.14 0.01 0.14 0.17 0.09 0.07 0.07 0.21 0.09 0.29 0.66 0.09 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
P 0.26 0.31 0.10 0.29 0.37 0.04 0.47 0.01 0.48 0.52 0.39 0.26 0.28 0.56 0.39 0.11 0.58 0.37 0.01 0.53 0.00 0.00 0.00