ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53118

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 3, 1, 1, 2, 0, 3, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.018, 0.041, 0.064, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.041 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.027, 0.067, 0.107, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.067 std_dev=0.040
C5 B 0, 0.191, 0.442, 0.693, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.442 std_dev=0.251
C2' A 0, -0.068, 0.201, 0.470, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.201 std_dev=0.269
O4' A 0, -0.055, 0.220, 0.496, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.220 std_dev=0.275
N4 B 0, 0.185, 0.474, 0.763, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.474 std_dev=0.289
C4 B 0, 0.193, 0.483, 0.773, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.483 std_dev=0.290
C6 B 0, 0.183, 0.494, 0.805, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.494 std_dev=0.311
N3 B 0, 0.222, 0.588, 0.953, 1.212 max_d=1.212 avg_d=0.588 std_dev=0.366
N1 B 0, 0.161, 0.557, 0.953, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.557 std_dev=0.396
C2 B 0, 0.201, 0.615, 1.029, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.615 std_dev=0.414
C1' B 0, 0.142, 0.620, 1.099, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.620 std_dev=0.479
C4' A 0, -0.143, 0.346, 0.836, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.346 std_dev=0.489
O2' A 0, -0.111, 0.385, 0.881, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.385 std_dev=0.496
O2 B 0, 0.235, 0.731, 1.228, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.731 std_dev=0.497
C2' B 0, 0.110, 0.634, 1.159, 2.217 max_d=2.217 avg_d=0.634 std_dev=0.525
C5' A 0, -0.055, 0.475, 1.005, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.475 std_dev=0.530
C3' A 0, -0.236, 0.330, 0.897, 1.782 max_d=1.782 avg_d=0.330 std_dev=0.567
O2' B 0, 0.171, 0.836, 1.500, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.836 std_dev=0.664
C3' B 0, 0.099, 0.768, 1.437, 2.230 max_d=2.230 avg_d=0.768 std_dev=0.669
O4' B 0, 0.054, 0.760, 1.466, 2.183 max_d=2.183 avg_d=0.760 std_dev=0.706
O5' A 0, -0.068, 0.672, 1.412, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.672 std_dev=0.740
C4' B 0, -0.015, 0.814, 1.643, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.814 std_dev=0.829
O3' B 0, 0.093, 0.938, 1.784, 2.641 max_d=2.641 avg_d=0.938 std_dev=0.845
O3' A 0, -0.449, 0.504, 1.457, 2.931 max_d=2.931 avg_d=0.504 std_dev=0.953
O5' B 0, -0.103, 0.931, 1.965, 3.295 max_d=3.295 avg_d=0.931 std_dev=1.034
OP2 B 0, -0.216, 0.851, 1.918, 3.482 max_d=3.482 avg_d=0.851 std_dev=1.067
C5' B 0, -0.142, 1.033, 2.208, 3.784 max_d=3.784 avg_d=1.033 std_dev=1.175
P A 0, -0.237, 0.997, 2.231, 4.048 max_d=4.048 avg_d=0.997 std_dev=1.234
P B 0, -0.328, 1.003, 2.334, 4.271 max_d=4.271 avg_d=1.003 std_dev=1.331
OP1 A 0, -0.222, 1.247, 2.716, 4.663 max_d=4.663 avg_d=1.247 std_dev=1.469
OP2 A 0, -0.443, 1.181, 2.806, 5.773 max_d=5.773 avg_d=1.181 std_dev=1.624
OP1 B 0, -0.576, 1.320, 3.217, 6.093 max_d=6.093 avg_d=1.320 std_dev=1.897

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.25 0.02 0.01 0.34 0.60 0.22 0.30
C2 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.20 0.01 0.08 0.41 0.43 0.11 0.25
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.16 0.08 0.02 0.07 0.14 0.00 0.03 0.05 0.01 0.51 1.05 0.62 0.72
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.29 0.01 0.34 0.02 0.30 0.17 0.20 0.04 0.02 0.01 0.31 0.01 0.24 0.83 0.23 0.42
C4 0.02 0.01 0.04 0.29 0.00 0.13 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.10 0.00 0.03 0.59 0.38 0.45 0.50
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.13 0.00 0.20 0.01 0.20 0.07 0.05 0.10 0.24 0.02 0.13 0.00 0.01 0.33 0.33 0.10
C5 0.02 0.02 0.07 0.34 0.00 0.20 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.30 0.21 0.01 0.09 0.67 0.44 0.55 0.60
C5' 0.05 0.05 0.16 0.02 0.14 0.01 0.21 0.00 0.18 0.06 0.07 0.11 0.08 0.17 0.16 0.01 0.01 0.13 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.30 0.01 0.20 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.16 0.01 0.11 0.63 0.46 0.39 0.51
N1 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.09 0.01 0.02 0.46 0.48 0.15 0.33
N3 0.02 0.00 0.07 0.20 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.10 0.01 0.06 0.48 0.36 0.25 0.34
O2 0.03 0.01 0.14 0.04 0.01 0.10 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.38 0.01 0.15 0.32 0.47 0.16 0.16
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.29 0.24 0.30 0.08 0.26 0.16 0.22 0.06 0.00 0.03 0.32 0.17 0.47 1.17 0.78 0.78
O3' 0.25 0.20 0.03 0.01 0.10 0.02 0.21 0.17 0.16 0.09 0.10 0.38 0.03 0.00 0.13 0.18 0.22 0.70 0.26 0.30
O4 0.02 0.01 0.05 0.31 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.13 0.00 0.04 0.62 0.39 0.55 0.56
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.06 0.15 0.17 0.18 0.04 0.00 0.18 0.24 0.38 0.06
O5' 0.34 0.41 0.51 0.24 0.59 0.01 0.67 0.01 0.63 0.46 0.48 0.32 0.47 0.22 0.62 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.60 0.43 1.05 0.83 0.38 0.33 0.44 0.13 0.46 0.48 0.36 0.47 1.17 0.70 0.39 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.11 0.62 0.23 0.45 0.33 0.55 0.26 0.39 0.15 0.25 0.16 0.78 0.26 0.55 0.38 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.25 0.72 0.42 0.50 0.10 0.60 0.01 0.51 0.33 0.34 0.16 0.78 0.30 0.56 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.12 0.13 0.14 0.13 0.23 0.14 0.27 0.16 0.14 0.13 0.16 0.12 0.23 0.22 0.29 0.14 0.13 0.17 0.08
C2 0.10 0.05 0.10 0.21 0.04 0.20 0.10 0.31 0.12 0.08 0.05 0.07 0.05 0.23 0.28 0.18 0.17 0.11 0.23 0.07
C2' 0.16 0.18 0.41 0.12 0.18 0.18 0.14 0.29 0.14 0.15 0.20 0.22 0.19 0.54 0.11 0.20 0.12 0.22 0.17 0.14
C3' 0.33 0.20 0.05 0.30 0.18 0.51 0.26 0.58 0.32 0.29 0.17 0.17 0.19 0.15 0.37 0.60 0.49 0.60 0.53 0.55
C4 0.10 0.09 0.12 0.27 0.08 0.22 0.11 0.34 0.12 0.09 0.10 0.09 0.11 0.27 0.35 0.16 0.23 0.20 0.31 0.14
C4' 0.38 0.33 0.08 0.25 0.31 0.41 0.33 0.39 0.36 0.36 0.31 0.29 0.33 0.10 0.30 0.56 0.30 0.27 0.25 0.27
C5 0.09 0.06 0.12 0.24 0.06 0.22 0.09 0.33 0.11 0.08 0.08 0.08 0.08 0.28 0.32 0.18 0.22 0.21 0.31 0.15
C5' 0.37 0.32 0.08 0.25 0.29 0.40 0.32 0.38 0.35 0.35 0.30 0.28 0.32 0.11 0.30 0.54 0.29 0.28 0.26 0.27
C6 0.10 0.05 0.13 0.20 0.05 0.22 0.09 0.31 0.11 0.08 0.06 0.08 0.05 0.27 0.28 0.21 0.20 0.19 0.27 0.13
N1 0.11 0.06 0.12 0.18 0.06 0.21 0.09 0.29 0.11 0.09 0.07 0.10 0.05 0.25 0.25 0.22 0.17 0.14 0.22 0.09
N3 0.10 0.08 0.11 0.26 0.07 0.21 0.12 0.33 0.13 0.09 0.08 0.08 0.09 0.25 0.33 0.16 0.20 0.15 0.27 0.10
O2 0.11 0.06 0.11 0.20 0.06 0.20 0.11 0.31 0.13 0.10 0.07 0.10 0.05 0.22 0.26 0.18 0.14 0.10 0.19 0.08
O2' 0.20 0.16 0.41 0.17 0.14 0.24 0.14 0.35 0.17 0.17 0.15 0.15 0.16 0.52 0.18 0.25 0.21 0.23 0.20 0.19
O3' 0.84 0.71 0.43 0.74 0.65 1.02 0.76 1.08 0.83 0.80 0.64 0.54 0.70 0.32 0.78 1.16 0.99 1.03 0.94 1.04
O4 0.12 0.12 0.13 0.32 0.11 0.23 0.13 0.35 0.14 0.11 0.13 0.12 0.15 0.26 0.40 0.16 0.25 0.23 0.34 0.16
O4' 0.34 0.33 0.10 0.23 0.32 0.31 0.32 0.27 0.33 0.33 0.33 0.33 0.33 0.12 0.28 0.45 0.18 0.16 0.16 0.12
O5' 0.29 0.19 0.08 0.27 0.19 0.42 0.24 0.44 0.28 0.26 0.17 0.21 0.17 0.15 0.34 0.49 0.34 0.41 0.39 0.37
OP1 0.82 0.61 0.63 0.91 0.54 1.05 0.70 1.13 0.79 0.74 0.51 0.43 0.58 0.55 1.00 1.06 1.06 1.27 1.19 1.16
OP2 0.65 0.55 0.45 0.58 0.46 0.72 0.50 0.76 0.58 0.59 0.50 0.40 0.58 0.50 0.62 0.80 0.68 0.80 0.76 0.72
P 0.48 0.32 0.25 0.48 0.23 0.63 0.35 0.67 0.43 0.41 0.24 0.15 0.32 0.26 0.55 0.69 0.58 0.73 0.69 0.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.05 0.00 0.13 0.14 0.15 0.09
C2 0.03 0.00 0.18 0.26 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.21 0.07 0.24 0.19 0.14 0.15
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.02 0.04 0.13 0.06 0.18 0.01 0.13 0.02 0.33 0.00 0.02 0.01 0.29 0.27 0.27 0.27
C3' 0.03 0.26 0.01 0.00 0.20 0.01 0.11 0.04 0.08 0.13 0.27 0.21 0.32 0.01 0.02 0.03 0.27 0.28 0.09 0.20
C4 0.02 0.01 0.02 0.20 0.00 0.07 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.20 0.02 0.30 0.19 0.15 0.19
C4' 0.01 0.07 0.04 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.08 0.07 0.08 0.20 0.05 0.00 0.02 0.11 0.21 0.02
C5 0.01 0.02 0.13 0.11 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.13 0.05 0.30 0.18 0.12 0.19
C5' 0.05 0.14 0.06 0.04 0.16 0.01 0.14 0.00 0.10 0.11 0.16 0.18 0.13 0.14 0.16 0.01 0.01 0.13 0.29 0.01
C6 0.01 0.01 0.18 0.08 0.01 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.08 0.08 0.27 0.17 0.13 0.16
N1 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.22 0.17 0.13 0.13
N3 0.03 0.00 0.13 0.27 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.25 0.05 0.28 0.20 0.15 0.18
N4 0.02 0.01 0.02 0.21 0.00 0.07 0.01 0.18 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.15 0.23 0.02 0.31 0.20 0.16 0.20
O2 0.05 0.00 0.33 0.32 0.02 0.08 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.19 0.27 0.10 0.21 0.19 0.16 0.14
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.14 0.20 0.22 0.14 0.21 0.09 0.06 0.15 0.19 0.00 0.06 0.12 0.15 0.20 0.24 0.14
O3' 0.05 0.21 0.02 0.02 0.20 0.05 0.13 0.16 0.08 0.09 0.25 0.23 0.27 0.06 0.00 0.02 0.21 0.33 0.10 0.20
O4' 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.05 0.02 0.10 0.12 0.02 0.00 0.07 0.08 0.27 0.09
O5' 0.13 0.24 0.29 0.27 0.30 0.02 0.30 0.01 0.27 0.22 0.28 0.31 0.21 0.15 0.21 0.07 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.14 0.19 0.27 0.28 0.19 0.11 0.18 0.13 0.17 0.17 0.20 0.20 0.19 0.20 0.33 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.14 0.27 0.09 0.15 0.21 0.12 0.29 0.13 0.13 0.15 0.16 0.16 0.24 0.10 0.27 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.15 0.27 0.20 0.19 0.02 0.19 0.01 0.16 0.13 0.18 0.20 0.14 0.14 0.20 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00