ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53119

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 1, 4, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.022, 0.041, 0.060, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.019, 0.039, 0.059, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.039 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.024, 0.046, 0.067, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.046 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.023, 0.047, 0.070, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.047 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.048, 0.090, 0.133, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.090 std_dev=0.043
O4 A 0, 0.120, 0.219, 0.318, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.219 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.080, 0.242, 0.403, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.242 std_dev=0.162
O4' A 0, 0.081, 0.254, 0.428, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.254 std_dev=0.174
C5 B 0, 0.199, 0.391, 0.584, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.391 std_dev=0.192
C6 B 0, 0.230, 0.442, 0.654, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.442 std_dev=0.212
C4' A 0, 0.178, 0.420, 0.662, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.420 std_dev=0.242
O5' B 0, 0.207, 0.474, 0.741, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.474 std_dev=0.267
N1 B 0, 0.247, 0.525, 0.803, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.525 std_dev=0.278
C1' B 0, 0.310, 0.594, 0.879, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.594 std_dev=0.284
O2' A 0, 0.110, 0.426, 0.743, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.426 std_dev=0.317
C4 B 0, 0.176, 0.497, 0.817, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.497 std_dev=0.320
O4' B 0, 0.278, 0.601, 0.925, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.601 std_dev=0.324
N4 B 0, 0.156, 0.511, 0.866, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.511 std_dev=0.355
O5' A 0, 0.285, 0.643, 1.001, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.643 std_dev=0.358
P B 0, 0.119, 0.488, 0.856, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.488 std_dev=0.368
C5' A 0, 0.333, 0.704, 1.075, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.704 std_dev=0.371
OP2 B 0, 0.040, 0.433, 0.826, 1.516 max_d=1.516 avg_d=0.433 std_dev=0.393
C5' B 0, 0.185, 0.585, 0.984, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.585 std_dev=0.400
C4' B 0, 0.218, 0.630, 1.042, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.630 std_dev=0.412
C2 B 0, 0.175, 0.630, 1.086, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.630 std_dev=0.456
C3' A 0, 0.026, 0.495, 0.965, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.495 std_dev=0.469
C3' B 0, 0.249, 0.721, 1.192, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.721 std_dev=0.472
N3 B 0, 0.164, 0.641, 1.118, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.641 std_dev=0.477
C2' B 0, 0.439, 0.936, 1.433, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.936 std_dev=0.497
OP1 B 0, 0.127, 0.726, 1.324, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.726 std_dev=0.598
O2 B 0, 0.141, 0.753, 1.364, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.753 std_dev=0.612
O3' B 0, 0.262, 0.938, 1.614, 2.385 max_d=2.385 avg_d=0.938 std_dev=0.676
O2' B 0, 0.665, 1.371, 2.076, 2.036 max_d=2.036 avg_d=1.371 std_dev=0.705
P A 0, 0.203, 0.982, 1.762, 3.019 max_d=3.019 avg_d=0.982 std_dev=0.780
O3' A 0, -0.111, 0.766, 1.643, 3.208 max_d=3.208 avg_d=0.766 std_dev=0.877
OP2 A 0, 0.019, 1.215, 2.411, 4.571 max_d=4.571 avg_d=1.215 std_dev=1.196
OP1 A 0, 0.180, 1.475, 2.770, 4.985 max_d=4.985 avg_d=1.475 std_dev=1.295

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.22 0.03 0.01 0.08 0.66 0.14 0.29
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.06 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.19 0.02 0.04 0.11 0.68 0.34 0.22
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.07 0.12 0.08 0.02 0.07 0.17 0.01 0.01 0.07 0.02 0.09 0.38 0.11 0.16
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.29 0.01 0.35 0.02 0.32 0.16 0.20 0.11 0.03 0.01 0.32 0.02 0.27 0.17 0.29 0.19
C4 0.03 0.01 0.05 0.29 0.00 0.17 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.10 0.01 0.06 0.26 0.41 0.68 0.20
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.17 0.00 0.22 0.01 0.21 0.09 0.10 0.05 0.21 0.03 0.18 0.01 0.01 0.40 0.15 0.17
C5 0.03 0.02 0.07 0.35 0.01 0.22 0.00 0.29 0.00 0.01 0.02 0.03 0.22 0.22 0.02 0.09 0.30 0.28 0.73 0.24
C5' 0.02 0.10 0.12 0.02 0.25 0.01 0.29 0.00 0.24 0.11 0.17 0.06 0.08 0.14 0.28 0.02 0.01 0.12 0.14 0.02
C6 0.03 0.02 0.08 0.32 0.01 0.21 0.00 0.24 0.00 0.01 0.02 0.03 0.17 0.19 0.02 0.09 0.23 0.33 0.52 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.14 0.07 0.02 0.03 0.11 0.58 0.30 0.20
N3 0.03 0.01 0.07 0.20 0.01 0.10 0.02 0.17 0.02 0.02 0.00 0.02 0.23 0.09 0.02 0.04 0.18 0.58 0.50 0.18
O2 0.06 0.01 0.17 0.11 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.18 0.36 0.03 0.07 0.09 0.79 0.25 0.29
O2' 0.03 0.18 0.01 0.03 0.24 0.21 0.22 0.08 0.17 0.14 0.23 0.18 0.00 0.04 0.26 0.15 0.07 0.27 0.16 0.07
O3' 0.22 0.19 0.01 0.01 0.10 0.03 0.22 0.14 0.19 0.07 0.09 0.36 0.04 0.00 0.13 0.14 0.39 0.29 0.40 0.32
O4 0.03 0.02 0.07 0.32 0.01 0.18 0.02 0.28 0.02 0.02 0.02 0.03 0.26 0.13 0.00 0.06 0.30 0.37 0.79 0.26
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.03 0.04 0.07 0.15 0.14 0.06 0.00 0.20 0.79 0.29 0.43
O5' 0.08 0.11 0.09 0.27 0.26 0.01 0.30 0.01 0.23 0.11 0.18 0.09 0.07 0.39 0.30 0.20 0.00 0.04 0.02 0.02
OP1 0.66 0.68 0.38 0.17 0.41 0.40 0.28 0.12 0.33 0.58 0.58 0.79 0.27 0.29 0.37 0.79 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.14 0.34 0.11 0.29 0.68 0.15 0.73 0.14 0.52 0.30 0.50 0.25 0.16 0.40 0.79 0.29 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.22 0.16 0.19 0.20 0.17 0.24 0.02 0.16 0.20 0.18 0.29 0.07 0.32 0.26 0.43 0.02 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.16 0.18 0.13 0.14 0.12 0.17 0.12 0.19 0.19 0.14 0.11 0.16 0.34 0.12 0.29 0.14 0.09 0.15 0.09
C2 0.15 0.13 0.14 0.12 0.14 0.09 0.17 0.11 0.17 0.16 0.12 0.12 0.12 0.30 0.08 0.25 0.15 0.08 0.16 0.07
C2' 0.19 0.24 0.30 0.28 0.21 0.15 0.18 0.19 0.18 0.21 0.24 0.20 0.26 0.45 0.29 0.19 0.21 0.16 0.20 0.16
C3' 0.20 0.10 0.39 0.39 0.09 0.36 0.13 0.49 0.16 0.14 0.09 0.10 0.10 0.53 0.38 0.27 0.48 0.50 0.48 0.49
C4 0.15 0.13 0.13 0.14 0.15 0.10 0.18 0.12 0.17 0.15 0.13 0.15 0.11 0.28 0.10 0.23 0.16 0.08 0.17 0.07
C4' 0.18 0.14 0.25 0.24 0.13 0.24 0.15 0.31 0.17 0.16 0.13 0.11 0.14 0.39 0.25 0.31 0.29 0.20 0.25 0.24
C5 0.13 0.12 0.13 0.12 0.13 0.08 0.16 0.10 0.16 0.14 0.12 0.13 0.11 0.29 0.07 0.24 0.14 0.08 0.16 0.06
C5' 0.19 0.15 0.24 0.23 0.15 0.23 0.17 0.30 0.19 0.18 0.14 0.14 0.15 0.38 0.24 0.33 0.29 0.21 0.26 0.24
C6 0.15 0.13 0.15 0.12 0.13 0.09 0.17 0.11 0.17 0.16 0.12 0.12 0.13 0.31 0.08 0.26 0.14 0.09 0.16 0.08
N1 0.16 0.15 0.16 0.12 0.14 0.10 0.17 0.11 0.18 0.17 0.13 0.12 0.14 0.32 0.08 0.26 0.14 0.09 0.15 0.07
N3 0.15 0.12 0.14 0.14 0.15 0.10 0.18 0.12 0.17 0.15 0.12 0.14 0.10 0.29 0.11 0.23 0.17 0.09 0.17 0.08
O2 0.16 0.15 0.16 0.12 0.15 0.10 0.18 0.11 0.18 0.17 0.14 0.13 0.14 0.31 0.09 0.25 0.16 0.08 0.16 0.08
O2' 0.17 0.16 0.29 0.32 0.12 0.21 0.13 0.24 0.15 0.16 0.13 0.11 0.17 0.44 0.34 0.20 0.26 0.22 0.25 0.23
O3' 0.65 0.50 0.76 0.79 0.47 0.83 0.56 0.96 0.61 0.58 0.45 0.40 0.49 0.84 0.77 0.73 0.92 0.93 0.87 0.95
O4 0.18 0.16 0.15 0.18 0.19 0.13 0.20 0.14 0.19 0.18 0.17 0.19 0.14 0.27 0.15 0.24 0.18 0.10 0.18 0.09
O4' 0.25 0.20 0.20 0.15 0.18 0.21 0.23 0.18 0.26 0.25 0.18 0.15 0.20 0.32 0.16 0.39 0.17 0.15 0.17 0.14
O5' 0.14 0.12 0.23 0.20 0.12 0.19 0.13 0.28 0.14 0.13 0.11 0.12 0.12 0.39 0.18 0.26 0.27 0.18 0.24 0.22
OP1 1.02 1.02 0.96 0.97 0.98 1.11 0.95 1.18 0.97 1.01 1.02 0.96 1.05 0.97 0.96 1.14 1.08 0.86 0.85 0.96
OP2 0.16 0.13 0.29 0.29 0.13 0.33 0.10 0.50 0.11 0.12 0.14 0.17 0.15 0.43 0.26 0.28 0.43 0.38 0.35 0.39
P 0.44 0.41 0.48 0.46 0.38 0.54 0.38 0.64 0.40 0.42 0.40 0.36 0.42 0.57 0.44 0.54 0.58 0.44 0.45 0.50

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.10 0.03 0.22 0.01 0.08 0.12 0.16 0.13
C2 0.05 0.00 0.09 0.08 0.03 0.06 0.04 0.17 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.19 0.26 0.10 0.12 0.10 0.12 0.11
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.07 0.03 0.17 0.14 0.18 0.03 0.05 0.07 0.23 0.01 0.05 0.03 0.25 0.31 0.33 0.29
C3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.16 0.02 0.16 0.05 0.06 0.10 0.19 0.03 0.02 0.02 0.03 0.20 0.09 0.09
C4 0.03 0.03 0.07 0.09 0.00 0.08 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.18 0.12 0.06 0.21 0.13 0.12 0.12
C4' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.07 0.04 0.07 0.09 0.11 0.08 0.06 0.01 0.03 0.06 0.05 0.05
C5 0.02 0.04 0.17 0.16 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.26 0.09 0.08 0.22 0.12 0.13 0.11
C5' 0.05 0.17 0.14 0.02 0.24 0.01 0.22 0.00 0.17 0.14 0.21 0.26 0.16 0.07 0.13 0.02 0.01 0.07 0.04 0.03
C6 0.02 0.03 0.18 0.16 0.02 0.07 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.25 0.10 0.10 0.16 0.09 0.10 0.09
N1 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.11 0.16 0.03 0.10 0.09 0.13 0.11
N3 0.04 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.02 0.21 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.17 0.22 0.09 0.16 0.11 0.10 0.11
N4 0.03 0.03 0.07 0.10 0.01 0.09 0.02 0.26 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.19 0.11 0.06 0.24 0.16 0.16 0.15
O2 0.10 0.01 0.23 0.19 0.05 0.11 0.05 0.16 0.05 0.05 0.04 0.05 0.00 0.36 0.41 0.16 0.12 0.13 0.17 0.15
O2' 0.03 0.19 0.01 0.03 0.18 0.08 0.26 0.07 0.25 0.11 0.17 0.19 0.36 0.00 0.09 0.04 0.26 0.36 0.46 0.35
O3' 0.22 0.26 0.05 0.02 0.12 0.06 0.09 0.13 0.10 0.16 0.22 0.11 0.41 0.09 0.00 0.16 0.10 0.29 0.17 0.15
O4' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.06 0.01 0.08 0.02 0.10 0.03 0.09 0.06 0.16 0.04 0.16 0.00 0.12 0.16 0.21 0.21
O5' 0.08 0.12 0.25 0.03 0.21 0.03 0.22 0.01 0.16 0.10 0.16 0.24 0.12 0.26 0.10 0.12 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.12 0.10 0.31 0.20 0.13 0.06 0.12 0.07 0.09 0.09 0.11 0.16 0.13 0.36 0.29 0.16 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.16 0.12 0.33 0.09 0.12 0.05 0.13 0.04 0.10 0.13 0.10 0.16 0.17 0.46 0.17 0.21 0.03 0.03 0.00 0.02
P 0.13 0.11 0.29 0.09 0.12 0.05 0.11 0.03 0.09 0.11 0.11 0.15 0.15 0.35 0.15 0.21 0.01 0.01 0.02 0.00