ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53125

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 2, 3, 0, 0, 2, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.005, 0.019, 0.034, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N1 A 0, -0.001, 0.014, 0.029, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.014 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.018, 0.041, 0.064, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.041 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.031, 0.102, 0.173, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.102 std_dev=0.071
O4' A 0, -0.026, 0.121, 0.268, 0.589 max_d=0.589 avg_d=0.121 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.006, 0.156, 0.305, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.156 std_dev=0.149
O2' A 0, 0.041, 0.233, 0.425, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.233 std_dev=0.192
C4' A 0, -0.028, 0.204, 0.437, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.204 std_dev=0.232
C3' A 0, -0.022, 0.218, 0.459, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.218 std_dev=0.240
C6 B 0, 0.380, 0.637, 0.893, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.637 std_dev=0.257
C5 B 0, 0.371, 0.630, 0.890, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.630 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.122, 0.423, 0.725, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.423 std_dev=0.301
O3' A 0, -0.008, 0.342, 0.693, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.342 std_dev=0.351
N1 B 0, 0.367, 0.718, 1.069, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.718 std_dev=0.351
C1' B 0, 0.417, 0.784, 1.151, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.784 std_dev=0.367
C5' A 0, -0.028, 0.340, 0.707, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.340 std_dev=0.368
O5' A 0, -0.011, 0.374, 0.760, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.374 std_dev=0.386
O4' B 0, 0.428, 0.815, 1.202, 1.505 max_d=1.505 avg_d=0.815 std_dev=0.387
P A 0, -0.002, 0.396, 0.793, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.396 std_dev=0.397
C4 B 0, 0.260, 0.660, 1.060, 1.602 max_d=1.602 avg_d=0.660 std_dev=0.400
O4 B 0, 0.264, 0.673, 1.082, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.673 std_dev=0.409
C3' B 0, 0.546, 0.968, 1.389, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.968 std_dev=0.422
C2' B 0, 0.515, 0.940, 1.366, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.940 std_dev=0.425
C4' B 0, 0.472, 0.933, 1.393, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.933 std_dev=0.461
OP1 A 0, -0.007, 0.475, 0.957, 1.906 max_d=1.906 avg_d=0.475 std_dev=0.482
C2 B 0, 0.315, 0.816, 1.318, 2.036 max_d=2.036 avg_d=0.816 std_dev=0.501
C5' B 0, 0.503, 1.011, 1.520, 1.640 max_d=1.640 avg_d=1.011 std_dev=0.508
O3' B 0, 0.634, 1.167, 1.699, 1.777 max_d=1.777 avg_d=1.167 std_dev=0.532
N3 B 0, 0.197, 0.742, 1.287, 2.160 max_d=2.160 avg_d=0.742 std_dev=0.545
O2' B 0, 0.524, 1.079, 1.634, 1.920 max_d=1.920 avg_d=1.079 std_dev=0.555
O2 B 0, 0.388, 1.004, 1.619, 2.614 max_d=2.614 avg_d=1.004 std_dev=0.616
O5' B 0, 0.581, 1.266, 1.950, 2.693 max_d=2.693 avg_d=1.266 std_dev=0.684
P B 0, 0.535, 1.357, 2.180, 2.981 max_d=2.981 avg_d=1.357 std_dev=0.822
OP1 B 0, 0.788, 1.626, 2.464, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.626 std_dev=0.838
OP2 B 0, 0.234, 1.814, 3.394, 5.897 max_d=5.897 avg_d=1.814 std_dev=1.580

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.15 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.01 0.02 0.11 0.17 0.18 0.14
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.15 0.00 0.02 0.06 0.01 0.04 0.20 0.14 0.09
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.07 0.03 0.08 0.14 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.21 0.14 0.09
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.00 0.02 0.18 0.24 0.26 0.23
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.00 0.01 0.14 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.22 0.26 0.26 0.25
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.12 0.06 0.08 0.03 0.06 0.03 0.12 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.19 0.23 0.19 0.19
N1 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.12 0.18 0.15 0.13
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.01 0.03 0.15 0.20 0.23 0.19
O2 0.02 0.00 0.15 0.14 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.18 0.02 0.03 0.08 0.14 0.16 0.11
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.02 0.08 0.13 0.00 0.04 0.07 0.05 0.03 0.16 0.11 0.06
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.07 0.03 0.11 0.18 0.04 0.00 0.08 0.01 0.10 0.21 0.15 0.10
O4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.08 0.00 0.02 0.20 0.26 0.29 0.25
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.06 0.11 0.08 0.06
O5' 0.07 0.11 0.04 0.05 0.18 0.01 0.22 0.01 0.19 0.12 0.15 0.08 0.03 0.10 0.20 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 0.17 0.20 0.21 0.24 0.14 0.26 0.11 0.23 0.18 0.20 0.14 0.16 0.21 0.26 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02
OP2 0.09 0.18 0.14 0.14 0.26 0.03 0.26 0.01 0.19 0.15 0.23 0.16 0.11 0.15 0.29 0.08 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.07 0.14 0.09 0.09 0.23 0.02 0.25 0.01 0.19 0.13 0.19 0.11 0.06 0.10 0.25 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.15 0.14 0.39 0.23 0.18 0.23 0.18 0.39 0.19 0.15 0.16 0.14 0.52 0.25 0.22 0.13 0.91 0.75 1.76 1.01
C2 0.08 0.13 0.32 0.10 0.17 0.11 0.13 0.28 0.11 0.09 0.17 0.14 0.52 0.13 0.24 0.08 0.80 0.49 1.53 0.85
C2' 0.18 0.09 0.40 0.23 0.13 0.29 0.18 0.45 0.21 0.15 0.10 0.08 0.53 0.23 0.18 0.22 0.78 0.72 1.67 0.88
C3' 0.18 0.07 0.39 0.22 0.11 0.31 0.17 0.48 0.20 0.13 0.10 0.09 0.55 0.21 0.18 0.25 0.71 0.71 1.61 0.82
C4 0.12 0.22 0.27 0.16 0.18 0.15 0.10 0.27 0.10 0.13 0.25 0.27 0.54 0.20 0.23 0.16 0.69 0.39 1.39 0.75
C4' 0.15 0.09 0.38 0.22 0.15 0.27 0.17 0.44 0.18 0.13 0.13 0.09 0.53 0.23 0.21 0.17 0.83 0.80 1.73 0.94
C5 0.08 0.18 0.27 0.11 0.16 0.12 0.09 0.28 0.08 0.10 0.22 0.24 0.53 0.16 0.21 0.12 0.74 0.49 1.52 0.83
C5' 0.12 0.12 0.37 0.18 0.19 0.25 0.18 0.42 0.18 0.12 0.18 0.14 0.54 0.20 0.26 0.14 0.80 0.78 1.71 0.92
C6 0.07 0.14 0.30 0.09 0.16 0.12 0.12 0.30 0.11 0.08 0.19 0.18 0.52 0.14 0.22 0.08 0.81 0.60 1.64 0.90
N1 0.09 0.13 0.33 0.13 0.16 0.15 0.14 0.31 0.13 0.10 0.17 0.14 0.52 0.16 0.23 0.08 0.84 0.62 1.66 0.93
N3 0.09 0.17 0.28 0.12 0.17 0.13 0.10 0.26 0.09 0.10 0.21 0.21 0.53 0.16 0.24 0.14 0.71 0.38 1.39 0.76
O2 0.11 0.15 0.36 0.15 0.20 0.14 0.18 0.30 0.15 0.13 0.18 0.15 0.52 0.17 0.25 0.07 0.84 0.49 1.53 0.87
O2' 0.29 0.20 0.50 0.39 0.19 0.40 0.25 0.54 0.29 0.26 0.17 0.19 0.56 0.40 0.19 0.29 0.87 0.85 1.73 0.95
O3' 0.27 0.13 0.43 0.30 0.12 0.41 0.21 0.57 0.26 0.20 0.11 0.14 0.58 0.28 0.16 0.35 0.65 0.72 1.53 0.73
O4 0.18 0.29 0.29 0.26 0.23 0.22 0.14 0.30 0.14 0.19 0.32 0.36 0.55 0.29 0.25 0.22 0.62 0.33 1.27 0.68
O4' 0.16 0.16 0.38 0.23 0.19 0.24 0.19 0.40 0.19 0.16 0.18 0.16 0.52 0.25 0.24 0.14 0.93 0.81 1.80 1.04
O5' 0.12 0.18 0.36 0.14 0.24 0.20 0.22 0.38 0.19 0.13 0.24 0.20 0.58 0.15 0.31 0.10 0.77 0.74 1.68 0.90
OP1 0.18 0.22 0.42 0.19 0.29 0.23 0.28 0.41 0.26 0.19 0.29 0.26 0.65 0.19 0.36 0.11 0.77 0.82 1.71 0.92
OP2 0.19 0.28 0.39 0.17 0.30 0.17 0.25 0.35 0.23 0.21 0.34 0.33 0.65 0.20 0.37 0.12 0.80 0.76 1.71 0.94
P 0.14 0.23 0.37 0.14 0.27 0.18 0.23 0.37 0.20 0.16 0.29 0.27 0.61 0.17 0.34 0.10 0.78 0.76 1.70 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.12 0.02 0.00 0.27 0.48 0.51 0.25
C2 0.02 0.00 0.13 0.21 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.13 0.01 0.05 0.44 0.39 0.71 0.39
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.10 0.01 0.20 0.11 0.21 0.04 0.06 0.29 0.00 0.02 0.13 0.01 0.13 0.40 0.39 0.13
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.16 0.01 0.17 0.02 0.17 0.11 0.20 0.30 0.02 0.01 0.15 0.02 0.17 0.23 0.32 0.08
C4 0.01 0.01 0.10 0.16 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.14 0.00 0.04 0.69 0.34 1.12 0.65
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.05 0.07 0.09 0.18 0.03 0.09 0.01 0.02 0.36 0.42 0.17
C5 0.01 0.01 0.20 0.17 0.00 0.12 0.00 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.19 0.01 0.08 0.77 0.31 1.17 0.69
C5' 0.06 0.11 0.11 0.02 0.19 0.01 0.24 0.00 0.23 0.13 0.14 0.12 0.08 0.15 0.19 0.01 0.01 0.07 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.21 0.17 0.01 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.19 0.01 0.09 0.70 0.27 0.94 0.56
N1 0.00 0.01 0.04 0.11 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.06 0.01 0.01 0.48 0.35 0.70 0.39
N3 0.02 0.00 0.06 0.20 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.14 0.01 0.02 0.56 0.36 0.91 0.51
O2 0.04 0.01 0.29 0.30 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.24 0.01 0.10 0.31 0.48 0.61 0.31
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.31 0.18 0.34 0.08 0.28 0.15 0.21 0.14 0.00 0.04 0.38 0.12 0.21 0.66 0.48 0.32
O3' 0.12 0.13 0.02 0.01 0.14 0.03 0.19 0.15 0.19 0.06 0.14 0.24 0.04 0.00 0.15 0.07 0.35 0.31 0.30 0.18
O4 0.02 0.01 0.13 0.15 0.00 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.15 0.00 0.05 0.73 0.36 1.24 0.71
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.02 0.10 0.12 0.07 0.05 0.00 0.29 0.48 0.52 0.28
O5' 0.27 0.44 0.13 0.17 0.69 0.02 0.77 0.01 0.70 0.48 0.56 0.31 0.21 0.35 0.73 0.29 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.48 0.39 0.40 0.23 0.34 0.36 0.31 0.07 0.27 0.35 0.36 0.48 0.66 0.31 0.36 0.48 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.51 0.71 0.39 0.32 1.12 0.42 1.17 0.24 0.94 0.70 0.91 0.61 0.48 0.30 1.24 0.52 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.25 0.39 0.13 0.08 0.65 0.17 0.69 0.01 0.56 0.39 0.51 0.31 0.32 0.18 0.71 0.28 0.01 0.00 0.01 0.00