Doublet Group distance statistics: 53126

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N3	A	0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.014, 0.023, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.016, 0.025, 0.035, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.018, 0.030, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.030 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.019, 0.031, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.031 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C1'	A	0, 0.021, 0.035, 0.050, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.035 std_dev=0.014
O2	A	0, 0.036, 0.066, 0.095, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.066 std_dev=0.030
O4	A	0, 0.022, 0.075, 0.128, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.075 std_dev=0.053
O4'	A	0, 0.078, 0.246, 0.414, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.246 std_dev=0.168
C2'	A	0, 0.048, 0.239, 0.429, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.239 std_dev=0.191
O2'	A	0, 0.101, 0.306, 0.511, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.306 std_dev=0.205
C4	B	0, 0.354, 0.601, 0.849, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.601 std_dev=0.247
C5	B	0, 0.390, 0.651, 0.911, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.651 std_dev=0.260
C4'	A	0, 0.094, 0.355, 0.617, 0.815 max_d=0.815 avg_d=0.355 std_dev=0.261
O4	B	0, 0.409, 0.671, 0.933, 0.856 max_d=0.856 avg_d=0.671 std_dev=0.262
C6	B	0, 0.358, 0.621, 0.884, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.621 std_dev=0.263
C3'	A	0, 0.094, 0.385, 0.675, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.385 std_dev=0.290
N3	B	0, 0.303, 0.632, 0.961, 1.127 max_d=1.127 avg_d=0.632 std_dev=0.329
N1	B	0, 0.310, 0.675, 1.040, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.675 std_dev=0.365
OP2	A	0, 0.164, 0.534, 0.903, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.534 std_dev=0.370
O5'	A	0, 0.171, 0.557, 0.943, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.557 std_dev=0.386
P	A	0, 0.086, 0.502, 0.917, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.502 std_dev=0.416
O3'	A	0, 0.087, 0.517, 0.946, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.517 std_dev=0.429
C2	B	0, 0.284, 0.724, 1.163, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.724 std_dev=0.439
C5'	A	0, 0.126, 0.579, 1.032, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.579 std_dev=0.453
OP1	A	0, 0.075, 0.544, 1.014, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.544 std_dev=0.470
C1'	B	0, 0.333, 0.829, 1.326, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.829 std_dev=0.497
C2'	B	0, 0.532, 1.063, 1.595, 1.652 max_d=1.652 avg_d=1.063 std_dev=0.531
O2'	B	0, 0.736, 1.333, 1.929, 2.001 max_d=2.001 avg_d=1.333 std_dev=0.597
C3'	B	0, 0.563, 1.160, 1.757, 1.791 max_d=1.791 avg_d=1.160 std_dev=0.597
O4'	B	0, 0.304, 0.912, 1.519, 1.863 max_d=1.863 avg_d=0.912 std_dev=0.607
O2	B	0, 0.308, 0.921, 1.534, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.921 std_dev=0.613
C5'	B	0, 0.640, 1.258, 1.875, 1.922 max_d=1.922 avg_d=1.258 std_dev=0.618
C4'	B	0, 0.550, 1.179, 1.808, 1.964 max_d=1.964 avg_d=1.179 std_dev=0.629
O3'	B	0, 0.761, 1.514, 2.266, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.514 std_dev=0.752
O5'	B	0, 1.788, 2.995, 4.202, 4.119 max_d=4.119 avg_d=2.995 std_dev=1.207
P	B	0, 1.922, 3.140, 4.358, 4.235 max_d=4.235 avg_d=3.140 std_dev=1.218
OP2	B	0, 1.964, 3.242, 4.521, 4.423 max_d=4.423 avg_d=3.242 std_dev=1.279
OP1	B	0, 1.900, 3.454, 5.008, 5.111 max_d=5.111 avg_d=3.454 std_dev=1.554

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.07	0.07	0.20	0.05
C2	0.01	0.00	0.07	0.08	0.01	0.04	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.00	0.07	0.08	0.01	0.03	0.17	0.07	0.17	0.05
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.09	0.03	0.11	0.02	0.05	0.14	0.00	0.01	0.04	0.00	0.17	0.18	0.13	0.09
C3'	0.01	0.08	0.00	0.00	0.05	0.00	0.13	0.03	0.15	0.04	0.06	0.14	0.02	0.01	0.04	0.01	0.25	0.24	0.11	0.16
C4	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.06	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.06	0.00	0.04	0.24	0.12	0.15	0.11
C4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.06	0.00	0.08	0.01	0.08	0.03	0.05	0.04	0.06	0.03	0.07	0.00	0.01	0.07	0.23	0.03
C5	0.01	0.01	0.09	0.13	0.00	0.08	0.00	0.14	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.15	0.00	0.04	0.26	0.14	0.16	0.13
C5'	0.03	0.10	0.03	0.03	0.14	0.01	0.14	0.00	0.11	0.08	0.12	0.08	0.06	0.05	0.16	0.01	0.01	0.07	0.27	0.02
C6	0.01	0.01	0.11	0.15	0.01	0.08	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.08	0.16	0.01	0.03	0.22	0.11	0.16	0.08
N1	0.00	0.01	0.02	0.04	0.01	0.03	0.01	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.01	0.16	0.07	0.18	0.05
N3	0.01	0.00	0.05	0.06	0.01	0.05	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.06	0.01	0.04	0.21	0.09	0.15	0.08
O2	0.02	0.00	0.14	0.14	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.01	0.00	0.12	0.16	0.02	0.05	0.14	0.07	0.18	0.04
O2'	0.01	0.07	0.00	0.02	0.05	0.06	0.07	0.06	0.08	0.02	0.07	0.12	0.00	0.02	0.07	0.05	0.07	0.13	0.15	0.04
O3'	0.01	0.08	0.01	0.01	0.06	0.03	0.15	0.05	0.16	0.04	0.06	0.16	0.02	0.00	0.04	0.03	0.22	0.29	0.13	0.20
O4	0.01	0.01	0.04	0.04	0.00	0.07	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.02	0.07	0.04	0.00	0.04	0.26	0.13	0.15	0.13
O4'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.04	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.04	0.05	0.05	0.03	0.04	0.00	0.09	0.10	0.28	0.13
O5'	0.07	0.17	0.17	0.25	0.24	0.01	0.26	0.01	0.22	0.16	0.21	0.14	0.07	0.22	0.26	0.09	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.07	0.07	0.18	0.24	0.12	0.07	0.14	0.07	0.11	0.07	0.09	0.07	0.13	0.29	0.13	0.10	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.20	0.17	0.13	0.11	0.15	0.23	0.16	0.27	0.16	0.18	0.15	0.18	0.15	0.13	0.15	0.28	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.05	0.05	0.09	0.16	0.11	0.03	0.13	0.02	0.08	0.05	0.08	0.04	0.04	0.20	0.13	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.06	0.11	0.07	0.11	0.13	0.10	0.08	0.15	0.06	0.07	0.15	0.13	0.06	0.12	0.18	0.06	0.27	0.77	0.33	0.33
C2	0.11	0.07	0.09	0.09	0.08	0.10	0.12	0.12	0.14	0.09	0.09	0.07	0.10	0.11	0.14	0.14	0.23	0.59	0.31	0.26
C2'	0.11	0.13	0.10	0.11	0.15	0.11	0.15	0.15	0.14	0.11	0.16	0.14	0.10	0.11	0.19	0.12	0.26	0.76	0.29	0.29
C3'	0.18	0.16	0.17	0.17	0.17	0.18	0.20	0.20	0.21	0.17	0.18	0.17	0.17	0.17	0.20	0.19	0.29	0.76	0.31	0.27
C4	0.21	0.15	0.20	0.20	0.18	0.19	0.25	0.18	0.24	0.20	0.14	0.13	0.20	0.23	0.17	0.22	0.24	0.51	0.29	0.25
C4'	0.10	0.13	0.11	0.12	0.14	0.11	0.12	0.15	0.12	0.11	0.15	0.14	0.11	0.13	0.18	0.10	0.27	0.84	0.31	0.32
C5	0.15	0.12	0.14	0.16	0.13	0.14	0.19	0.16	0.18	0.14	0.11	0.11	0.14	0.21	0.13	0.16	0.23	0.56	0.25	0.24
C5'	0.19	0.20	0.21	0.20	0.21	0.18	0.20	0.19	0.20	0.19	0.22	0.21	0.21	0.21	0.23	0.17	0.30	0.81	0.32	0.30
C6	0.09	0.08	0.08	0.13	0.08	0.11	0.12	0.15	0.12	0.09	0.09	0.10	0.08	0.18	0.10	0.11	0.24	0.63	0.26	0.27
N1	0.07	0.08	0.05	0.09	0.09	0.08	0.08	0.12	0.09	0.06	0.11	0.10	0.06	0.12	0.13	0.09	0.24	0.65	0.28	0.28
N3	0.19	0.12	0.18	0.17	0.13	0.18	0.23	0.18	0.23	0.18	0.10	0.09	0.19	0.19	0.10	0.22	0.25	0.52	0.33	0.26
O2	0.11	0.08	0.10	0.08	0.13	0.11	0.08	0.13	0.12	0.08	0.12	0.09	0.11	0.09	0.22	0.14	0.26	0.60	0.37	0.28
O2'	0.15	0.20	0.20	0.23	0.22	0.19	0.19	0.23	0.17	0.16	0.23	0.21	0.17	0.23	0.25	0.12	0.33	0.93	0.39	0.40
O3'	0.19	0.16	0.19	0.18	0.18	0.20	0.21	0.21	0.23	0.18	0.17	0.17	0.18	0.17	0.20	0.21	0.29	0.83	0.35	0.28
O4	0.28	0.23	0.28	0.27	0.27	0.26	0.32	0.24	0.31	0.27	0.23	0.20	0.29	0.29	0.27	0.29	0.27	0.49	0.33	0.28
O4'	0.06	0.11	0.06	0.10	0.13	0.10	0.08	0.15	0.07	0.07	0.14	0.13	0.06	0.11	0.17	0.06	0.27	0.82	0.34	0.35
O5'	0.18	0.22	0.19	0.23	0.20	0.20	0.17	0.22	0.17	0.18	0.23	0.25	0.19	0.28	0.21	0.18	0.28	0.82	0.31	0.33
OP1	0.13	0.16	0.12	0.17	0.14	0.15	0.14	0.19	0.14	0.13	0.17	0.20	0.12	0.23	0.16	0.14	0.24	0.87	0.29	0.30
OP2	0.20	0.21	0.18	0.17	0.22	0.18	0.25	0.18	0.24	0.21	0.22	0.22	0.18	0.19	0.24	0.21	0.27	0.65	0.29	0.25
P	0.12	0.15	0.11	0.14	0.14	0.13	0.14	0.16	0.14	0.12	0.16	0.17	0.11	0.20	0.16	0.13	0.24	0.78	0.27	0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.35	0.43	0.12
C2	0.02	0.00	0.07	0.12	0.00	0.04	0.01	0.06	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.13	0.00	0.02	0.11	0.20	0.37	0.11
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.02	0.05	0.12	0.00	0.02	0.03	0.01	0.03	0.38	0.33	0.10
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.06	0.00	0.04	0.02	0.05	0.04	0.11	0.16	0.01	0.01	0.07	0.01	0.07	0.25	0.25	0.07
C4	0.01	0.00	0.03	0.06	0.00	0.04	0.00	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.08	0.00	0.01	0.17	0.21	0.35	0.16
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.02	0.05	0.07	0.04	0.01	0.05	0.00	0.02	0.32	0.33	0.10
C5	0.00	0.01	0.03	0.04	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.04	0.00	0.02	0.19	0.27	0.37	0.18
C5'	0.02	0.06	0.01	0.02	0.10	0.01	0.11	0.00	0.10	0.04	0.08	0.07	0.04	0.04	0.11	0.02	0.01	0.11	0.20	0.01
C6	0.01	0.01	0.04	0.05	0.01	0.05	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.02	0.18	0.17	0.39	0.14
N1	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.02	0.00	0.04	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.04	0.00	0.01	0.11	0.17	0.39	0.10
N3	0.02	0.00	0.05	0.11	0.00	0.05	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.13	0.00	0.01	0.13	0.14	0.35	0.13
O2	0.04	0.00	0.12	0.16	0.01	0.07	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.09	0.18	0.01	0.04	0.09	0.31	0.37	0.14
O2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.04	0.04	0.03	0.04	0.02	0.03	0.06	0.09	0.00	0.04	0.05	0.03	0.05	0.63	0.36	0.20
O3'	0.01	0.13	0.02	0.01	0.08	0.01	0.04	0.04	0.05	0.04	0.13	0.18	0.04	0.00	0.09	0.01	0.12	0.33	0.21	0.13
O4	0.01	0.00	0.03	0.07	0.00	0.05	0.00	0.11	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.09	0.00	0.02	0.18	0.26	0.33	0.18
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01	0.02	0.00	0.10	0.32	0.45	0.13
O5'	0.08	0.11	0.03	0.07	0.17	0.02	0.19	0.01	0.18	0.11	0.13	0.09	0.05	0.12	0.18	0.10	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.35	0.20	0.38	0.25	0.21	0.32	0.27	0.11	0.17	0.17	0.14	0.31	0.63	0.33	0.26	0.32	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.43	0.37	0.33	0.25	0.35	0.33	0.37	0.20	0.39	0.39	0.35	0.37	0.36	0.21	0.33	0.45	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.12	0.11	0.10	0.07	0.16	0.10	0.18	0.01	0.14	0.10	0.13	0.14	0.20	0.13	0.18	0.13	0.01	0.01	0.00	0.00