ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53127

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.022, 0.036, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.004, 0.028, 0.053, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.001, 0.027, 0.052, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C5 A 0, 0.029, 0.056, 0.082, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.056 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.021, 0.050, 0.080, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.050 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.013, 0.050, 0.087, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.050 std_dev=0.037
O4 A 0, 0.006, 0.060, 0.113, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.060 std_dev=0.053
C4 B 0, 0.078, 0.306, 0.534, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.306 std_dev=0.228
N1 B 0, 0.160, 0.400, 0.640, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.400 std_dev=0.240
C5 B 0, 0.087, 0.337, 0.587, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.337 std_dev=0.250
O4 B 0, 0.029, 0.296, 0.562, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.296 std_dev=0.267
C1' B 0, 0.175, 0.446, 0.717, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.446 std_dev=0.271
O4' B 0, 0.250, 0.528, 0.805, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.528 std_dev=0.277
O3' A 0, 0.152, 0.433, 0.715, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.433 std_dev=0.281
C6 B 0, 0.093, 0.378, 0.664, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.378 std_dev=0.286
C2' A 0, -0.003, 0.292, 0.588, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.292 std_dev=0.295
O4' A 0, 0.002, 0.309, 0.615, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.309 std_dev=0.306
C2' B 0, 0.147, 0.466, 0.785, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.466 std_dev=0.319
C5' B 0, 0.220, 0.557, 0.893, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.557 std_dev=0.337
C3' A 0, 0.029, 0.369, 0.710, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.369 std_dev=0.340
C4' B 0, 0.283, 0.643, 1.003, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.643 std_dev=0.360
C4' A 0, 0.029, 0.397, 0.765, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.397 std_dev=0.368
P A 0, 0.094, 0.474, 0.853, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.474 std_dev=0.379
C2 B 0, 0.131, 0.512, 0.894, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.512 std_dev=0.381
N3 B 0, 0.052, 0.448, 0.844, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.448 std_dev=0.396
O5' B 0, 0.235, 0.642, 1.050, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.642 std_dev=0.407
P B 0, 0.347, 0.754, 1.162, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.754 std_dev=0.408
O2' B 0, 0.266, 0.686, 1.106, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.686 std_dev=0.420
C3' B 0, 0.344, 0.774, 1.205, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.774 std_dev=0.430
O2' A 0, 0.035, 0.504, 0.974, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.504 std_dev=0.469
O5' A 0, 0.138, 0.651, 1.163, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.651 std_dev=0.513
O2 B 0, 0.102, 0.691, 1.280, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.691 std_dev=0.589
C5' A 0, -0.007, 0.601, 1.208, 1.697 max_d=1.697 avg_d=0.601 std_dev=0.607
OP2 B 0, 0.422, 1.081, 1.740, 1.992 max_d=1.992 avg_d=1.081 std_dev=0.659
O3' B 0, 0.469, 1.274, 2.078, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.274 std_dev=0.805
OP2 A 0, 0.007, 0.903, 1.799, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.903 std_dev=0.896
OP1 A 0, -0.050, 0.964, 1.978, 2.799 max_d=2.799 avg_d=0.964 std_dev=1.014
OP1 B 0, 0.198, 1.342, 2.486, 3.294 max_d=3.294 avg_d=1.342 std_dev=1.144

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.02 0.04 0.12 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.13 0.07 0.01 0.12 0.45 0.59 0.06
C2 0.05 0.00 0.08 0.05 0.04 0.14 0.03 0.30 0.02 0.01 0.02 0.01 0.18 0.14 0.06 0.17 0.13 0.74 0.85 0.11
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.04 0.10 0.18 0.11 0.03 0.06 0.13 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.12 0.73 0.22
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.08 0.05 0.06 0.06 0.03 0.01 0.08 0.03 0.12 0.24 0.35 0.20
C4 0.06 0.04 0.06 0.08 0.00 0.14 0.01 0.33 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.15 0.01 0.09 0.22 1.01 0.98 0.21
C4' 0.02 0.14 0.04 0.01 0.14 0.00 0.11 0.01 0.08 0.09 0.15 0.15 0.04 0.03 0.16 0.01 0.04 0.23 0.17 0.04
C5 0.04 0.03 0.10 0.08 0.01 0.11 0.00 0.28 0.01 0.03 0.03 0.04 0.15 0.14 0.01 0.08 0.26 1.03 0.97 0.23
C5' 0.12 0.30 0.18 0.04 0.33 0.01 0.28 0.00 0.24 0.25 0.34 0.29 0.16 0.05 0.35 0.03 0.02 0.26 0.06 0.03
C6 0.02 0.02 0.11 0.08 0.02 0.08 0.01 0.24 0.00 0.01 0.03 0.03 0.17 0.14 0.02 0.11 0.24 0.86 0.90 0.17
N1 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.09 0.03 0.25 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.13 0.04 0.06 0.16 0.69 0.81 0.11
N3 0.05 0.02 0.06 0.06 0.02 0.15 0.03 0.34 0.03 0.02 0.00 0.03 0.13 0.15 0.05 0.15 0.17 0.89 0.93 0.16
O2 0.05 0.01 0.13 0.06 0.05 0.15 0.04 0.29 0.03 0.02 0.03 0.00 0.33 0.14 0.08 0.24 0.09 0.64 0.78 0.09
O2' 0.04 0.18 0.01 0.03 0.05 0.04 0.15 0.16 0.17 0.03 0.13 0.33 0.00 0.13 0.06 0.04 0.12 0.39 0.88 0.36
O3' 0.13 0.14 0.04 0.01 0.15 0.03 0.14 0.05 0.14 0.13 0.15 0.14 0.13 0.00 0.16 0.16 0.14 0.27 0.28 0.20
O4 0.07 0.06 0.07 0.08 0.01 0.16 0.01 0.35 0.02 0.04 0.05 0.08 0.06 0.16 0.00 0.11 0.24 1.09 0.99 0.25
O4' 0.01 0.17 0.01 0.03 0.09 0.01 0.08 0.03 0.11 0.06 0.15 0.24 0.04 0.16 0.11 0.00 0.21 0.71 0.24 0.22
O5' 0.12 0.13 0.06 0.12 0.22 0.04 0.26 0.02 0.24 0.16 0.17 0.09 0.12 0.14 0.24 0.21 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.45 0.74 0.12 0.24 1.01 0.23 1.03 0.26 0.86 0.69 0.89 0.64 0.39 0.27 1.09 0.71 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.59 0.85 0.73 0.35 0.98 0.17 0.97 0.06 0.90 0.81 0.93 0.78 0.88 0.28 0.99 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.11 0.22 0.20 0.21 0.04 0.23 0.03 0.17 0.11 0.16 0.09 0.36 0.20 0.25 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.15 0.14 0.44 0.15 0.21 0.12 0.25 0.12 0.12 0.16 0.17 0.24 0.51 0.20 0.16 0.34 1.42 0.65 0.39
C2 0.10 0.10 0.12 0.38 0.09 0.17 0.09 0.23 0.10 0.09 0.11 0.13 0.29 0.37 0.14 0.15 0.28 1.55 0.55 0.44
C2' 0.14 0.07 0.21 0.28 0.04 0.15 0.11 0.27 0.14 0.10 0.06 0.09 0.42 0.38 0.08 0.19 0.20 1.51 0.49 0.48
C3' 0.11 0.16 0.12 0.45 0.15 0.20 0.11 0.22 0.11 0.13 0.16 0.18 0.24 0.57 0.19 0.13 0.34 1.23 0.68 0.33
C4 0.09 0.06 0.09 0.34 0.06 0.16 0.09 0.20 0.09 0.07 0.05 0.06 0.28 0.25 0.05 0.14 0.26 1.53 0.54 0.40
C4' 0.28 0.30 0.23 0.61 0.31 0.36 0.32 0.34 0.31 0.30 0.29 0.29 0.15 0.68 0.32 0.28 0.55 1.08 0.84 0.35
C5 0.11 0.07 0.10 0.36 0.06 0.18 0.09 0.23 0.10 0.09 0.05 0.07 0.27 0.28 0.04 0.16 0.30 1.53 0.58 0.40
C5' 0.44 0.45 0.37 0.74 0.46 0.48 0.48 0.44 0.48 0.46 0.44 0.44 0.25 0.77 0.47 0.42 0.67 1.02 0.91 0.40
C6 0.12 0.09 0.13 0.37 0.07 0.19 0.10 0.25 0.11 0.10 0.07 0.10 0.28 0.34 0.07 0.17 0.32 1.53 0.60 0.42
N1 0.12 0.10 0.13 0.38 0.09 0.19 0.10 0.25 0.11 0.10 0.10 0.12 0.29 0.39 0.12 0.17 0.31 1.53 0.59 0.43
N3 0.09 0.07 0.09 0.35 0.05 0.15 0.09 0.20 0.09 0.07 0.06 0.09 0.29 0.29 0.05 0.14 0.25 1.54 0.53 0.42
O2 0.10 0.15 0.13 0.40 0.15 0.17 0.08 0.22 0.10 0.10 0.17 0.18 0.29 0.44 0.23 0.14 0.27 1.55 0.54 0.45
O2' 0.41 0.23 0.49 0.13 0.22 0.38 0.40 0.54 0.45 0.35 0.16 0.18 0.73 0.20 0.12 0.46 0.39 1.80 0.20 0.81
O3' 0.20 0.29 0.16 0.55 0.29 0.26 0.22 0.24 0.20 0.23 0.31 0.31 0.19 0.72 0.33 0.18 0.40 1.08 0.75 0.33
O4 0.12 0.08 0.12 0.35 0.09 0.17 0.09 0.19 0.10 0.09 0.08 0.06 0.25 0.22 0.11 0.15 0.25 1.48 0.53 0.36
O4' 0.36 0.35 0.33 0.70 0.36 0.44 0.40 0.42 0.39 0.37 0.33 0.33 0.21 0.74 0.36 0.35 0.65 1.09 0.95 0.42
O5' 0.20 0.17 0.20 0.46 0.15 0.29 0.17 0.31 0.19 0.18 0.15 0.18 0.29 0.50 0.13 0.24 0.45 1.21 0.78 0.34
OP1 0.85 0.92 0.83 0.45 0.88 0.75 0.79 0.76 0.79 0.86 0.94 0.97 1.06 0.47 0.88 0.87 0.52 1.85 0.42 0.75
OP2 0.86 0.91 0.81 1.12 0.94 0.82 0.90 0.72 0.87 0.89 0.93 0.91 0.66 1.11 0.97 0.77 0.95 0.89 1.16 0.58
P 0.23 0.21 0.23 0.45 0.19 0.31 0.21 0.34 0.22 0.22 0.20 0.22 0.32 0.46 0.17 0.26 0.46 1.29 0.77 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.06 0.09 0.03 0.24 0.07 0.01 0.13 0.69 0.09 0.27
C2 0.06 0.00 0.21 0.29 0.04 0.12 0.05 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.10 0.08 0.05 0.04 0.15 0.93 0.31 0.23
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.09 0.04 0.05 0.14 0.11 0.04 0.18 0.35 0.01 0.02 0.10 0.01 0.36 0.59 0.22 0.44
C3' 0.02 0.29 0.01 0.00 0.38 0.01 0.34 0.03 0.28 0.24 0.35 0.26 0.03 0.01 0.41 0.03 0.06 0.15 0.10 0.07
C4 0.06 0.04 0.09 0.38 0.00 0.16 0.01 0.11 0.02 0.03 0.02 0.06 0.23 0.22 0.01 0.08 0.22 1.22 0.50 0.26
C4' 0.03 0.12 0.04 0.01 0.16 0.00 0.17 0.01 0.16 0.12 0.14 0.11 0.32 0.03 0.17 0.01 0.04 0.10 0.17 0.02
C5 0.05 0.05 0.05 0.34 0.01 0.17 0.00 0.13 0.01 0.04 0.03 0.07 0.27 0.24 0.02 0.12 0.22 1.27 0.46 0.29
C5' 0.04 0.07 0.14 0.03 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.08 0.07 0.17 0.21 0.12 0.03 0.02 0.16 0.34 0.04
C6 0.03 0.02 0.11 0.28 0.02 0.16 0.01 0.11 0.00 0.02 0.02 0.05 0.25 0.16 0.03 0.13 0.18 1.14 0.31 0.29
N1 0.03 0.02 0.04 0.24 0.03 0.12 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.04 0.15 0.06 0.04 0.06 0.13 0.93 0.23 0.25
N3 0.06 0.02 0.18 0.35 0.02 0.14 0.03 0.08 0.02 0.02 0.00 0.04 0.16 0.13 0.03 0.05 0.19 1.08 0.42 0.24
O2 0.09 0.02 0.35 0.26 0.06 0.11 0.07 0.07 0.05 0.04 0.04 0.00 0.09 0.14 0.07 0.05 0.14 0.78 0.27 0.19
O2' 0.03 0.10 0.01 0.03 0.23 0.32 0.27 0.17 0.25 0.15 0.16 0.09 0.00 0.07 0.25 0.21 0.21 0.36 0.15 0.29
O3' 0.24 0.08 0.02 0.01 0.22 0.03 0.24 0.21 0.16 0.06 0.13 0.14 0.07 0.00 0.27 0.17 0.26 0.65 0.38 0.41
O4 0.07 0.05 0.10 0.41 0.01 0.17 0.02 0.12 0.03 0.04 0.03 0.07 0.25 0.27 0.00 0.08 0.25 1.26 0.58 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.08 0.01 0.12 0.03 0.13 0.06 0.05 0.05 0.21 0.17 0.08 0.00 0.09 0.52 0.11 0.12
O5' 0.13 0.15 0.36 0.06 0.22 0.04 0.22 0.02 0.18 0.13 0.19 0.14 0.21 0.26 0.25 0.09 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.69 0.93 0.59 0.15 1.22 0.10 1.27 0.16 1.14 0.93 1.08 0.78 0.36 0.65 1.26 0.52 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.09 0.31 0.22 0.10 0.50 0.17 0.46 0.34 0.31 0.23 0.42 0.27 0.15 0.38 0.58 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.23 0.44 0.07 0.26 0.02 0.29 0.04 0.29 0.25 0.24 0.19 0.29 0.41 0.25 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00