ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53128

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.011, 0.038, 0.066, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.038 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.012, 0.044, 0.075, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.044 std_dev=0.032
C6 A 0, 0.015, 0.054, 0.092, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.054 std_dev=0.039
C2 A 0, 0.017, 0.059, 0.101, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.059 std_dev=0.042
C1' A 0, 0.018, 0.064, 0.109, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.064 std_dev=0.045
N1 A 0, 0.020, 0.067, 0.114, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.067 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.017, 0.085, 0.153, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.085 std_dev=0.068
O4 A 0, 0.020, 0.091, 0.161, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.091 std_dev=0.071
O2 A 0, 0.041, 0.144, 0.247, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.144 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.051, 0.255, 0.459, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.255 std_dev=0.204
O4' A 0, 0.085, 0.307, 0.530, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.307 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.123, 0.466, 0.809, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.466 std_dev=0.343
C3' A 0, 0.148, 0.509, 0.870, 0.795 max_d=0.795 avg_d=0.509 std_dev=0.361
O2 B 0, 0.157, 0.550, 0.943, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.550 std_dev=0.393
C2 B 0, 0.165, 0.568, 0.970, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.568 std_dev=0.402
O4 B 0, 0.149, 0.557, 0.964, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.557 std_dev=0.408
C4 B 0, 0.162, 0.592, 1.021, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.592 std_dev=0.430
O3' A 0, 0.182, 0.622, 1.061, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.622 std_dev=0.440
C4' A 0, 0.203, 0.694, 1.185, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.694 std_dev=0.491
C1' B 0, 0.209, 0.721, 1.233, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.721 std_dev=0.512
N1 B 0, 0.214, 0.731, 1.248, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.731 std_dev=0.517
C5 B 0, 0.235, 0.805, 1.376, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.805 std_dev=0.570
C6 B 0, 0.255, 0.871, 1.487, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.871 std_dev=0.616
C5' A 0, 0.341, 1.166, 1.991, 1.783 max_d=1.783 avg_d=1.166 std_dev=0.825
O4' B 0, 0.326, 1.163, 1.999, 1.933 max_d=1.933 avg_d=1.163 std_dev=0.837
O5' A 0, 0.395, 1.349, 2.304, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.349 std_dev=0.955
O2' B 0, 0.461, 1.646, 2.830, 2.739 max_d=2.739 avg_d=1.646 std_dev=1.184
C2' B 0, 0.501, 1.732, 2.963, 2.751 max_d=2.751 avg_d=1.732 std_dev=1.231
C4' B 0, 0.573, 1.971, 3.369, 3.091 max_d=3.091 avg_d=1.971 std_dev=1.398
P A 0, 0.642, 2.194, 3.745, 3.335 max_d=3.335 avg_d=2.194 std_dev=1.552
OP2 A 0, 0.652, 2.227, 3.802, 3.344 max_d=3.344 avg_d=2.227 std_dev=1.575
C3' B 0, 0.686, 2.342, 3.997, 3.526 max_d=3.526 avg_d=2.342 std_dev=1.656
O3' B 0, 0.871, 2.974, 5.076, 4.485 max_d=4.485 avg_d=2.974 std_dev=2.103
OP1 A 0, 0.868, 2.972, 5.076, 4.574 max_d=4.574 avg_d=2.972 std_dev=2.104
C5' B 0, 0.876, 3.006, 5.135, 4.666 max_d=4.666 avg_d=3.006 std_dev=2.129
O5' B 0, 1.134, 3.879, 6.624, 5.945 max_d=5.945 avg_d=3.879 std_dev=2.745
OP2 B 0, 1.287, 4.398, 7.508, 6.700 max_d=6.700 avg_d=4.398 std_dev=3.111
P B 0, 1.413, 4.830, 8.247, 7.363 max_d=7.363 avg_d=4.830 std_dev=3.417
OP1 B 0, 1.697, 5.799, 9.901, 8.821 max_d=8.821 avg_d=5.799 std_dev=4.102

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.27 0.20
C2 0.03 0.00 0.04 0.07 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.03 0.14 0.04 0.16 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.13 0.06
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.00 0.12 0.07 0.12 0.03 0.02 0.00 0.15 0.01 0.05 0.25 0.05 0.05
C4 0.01 0.02 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.13 0.00 0.05 0.32 0.19 0.08 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.14 0.00 0.18 0.00 0.16 0.06 0.08 0.08 0.03 0.01 0.15 0.00 0.01 0.10 0.12 0.07
C5 0.03 0.03 0.04 0.15 0.00 0.18 0.00 0.30 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.15 0.01 0.08 0.34 0.19 0.06 0.13
C5' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.25 0.00 0.30 0.00 0.24 0.11 0.17 0.04 0.03 0.01 0.28 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.05 0.12 0.01 0.16 0.01 0.24 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.12 0.01 0.08 0.24 0.08 0.16 0.03
N1 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.06 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.12 0.01 0.22 0.12
N3 0.02 0.01 0.03 0.12 0.00 0.08 0.00 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.02 0.01 0.24 0.13 0.05 0.02
O2 0.08 0.01 0.06 0.03 0.02 0.08 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.13 0.05 0.01 0.10 0.04 0.03 0.22 0.18
O2' 0.00 0.07 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.07 0.13 0.00 0.02 0.05 0.01 0.01 0.17 0.13 0.07
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.13 0.01 0.15 0.01 0.12 0.06 0.11 0.05 0.02 0.00 0.15 0.00 0.08 0.45 0.14 0.18
O4 0.01 0.02 0.01 0.15 0.00 0.15 0.01 0.28 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.15 0.00 0.05 0.36 0.25 0.17 0.19
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.16 0.34 0.28
O5' 0.03 0.14 0.03 0.05 0.32 0.01 0.34 0.01 0.24 0.12 0.24 0.04 0.01 0.08 0.36 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.04 0.16 0.25 0.19 0.10 0.19 0.06 0.08 0.01 0.13 0.03 0.17 0.45 0.25 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.16 0.13 0.05 0.08 0.12 0.06 0.02 0.16 0.22 0.05 0.22 0.13 0.14 0.17 0.34 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.10 0.06 0.05 0.12 0.07 0.13 0.01 0.03 0.12 0.02 0.18 0.07 0.18 0.19 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.15 0.40 0.23 0.09 0.09 0.11 0.31 0.16 0.16 0.10 0.16 0.43 0.33 0.05 0.11 0.96 2.11 1.61 1.57
C2 0.06 0.08 0.22 0.07 0.04 0.11 0.05 0.27 0.07 0.07 0.05 0.09 0.25 0.12 0.03 0.11 0.97 1.96 1.54 1.46
C2' 0.08 0.10 0.34 0.09 0.05 0.23 0.06 0.54 0.05 0.08 0.05 0.11 0.40 0.20 0.07 0.21 1.19 2.32 1.75 1.80
C3' 0.04 0.03 0.28 0.04 0.11 0.26 0.10 0.56 0.03 0.03 0.07 0.04 0.36 0.15 0.17 0.24 1.19 2.29 1.69 1.77
C4 0.04 0.07 0.10 0.05 0.03 0.11 0.03 0.23 0.04 0.04 0.05 0.10 0.16 0.02 0.03 0.06 0.94 1.79 1.44 1.35
C4' 0.18 0.13 0.45 0.27 0.03 0.07 0.07 0.31 0.15 0.16 0.05 0.14 0.50 0.40 0.06 0.09 0.92 2.06 1.50 1.53
C5 0.05 0.06 0.16 0.03 0.02 0.14 0.03 0.29 0.05 0.05 0.04 0.09 0.22 0.04 0.02 0.09 1.00 1.94 1.53 1.47
C5' 0.15 0.06 0.41 0.24 0.06 0.08 0.01 0.30 0.11 0.11 0.03 0.07 0.46 0.38 0.15 0.11 0.90 2.02 1.43 1.47
C6 0.06 0.06 0.22 0.05 0.02 0.16 0.02 0.34 0.06 0.05 0.03 0.08 0.27 0.10 0.04 0.13 1.04 2.07 1.61 1.56
N1 0.07 0.08 0.26 0.09 0.03 0.14 0.04 0.33 0.07 0.07 0.04 0.09 0.29 0.16 0.03 0.14 1.02 2.08 1.61 1.56
N3 0.05 0.08 0.14 0.01 0.04 0.09 0.05 0.21 0.05 0.05 0.05 0.10 0.18 0.03 0.03 0.06 0.91 1.77 1.43 1.33
O2 0.06 0.07 0.26 0.12 0.05 0.10 0.07 0.26 0.09 0.07 0.04 0.08 0.26 0.19 0.03 0.13 0.94 1.95 1.54 1.45
O2' 0.23 0.23 0.54 0.29 0.13 0.11 0.14 0.47 0.20 0.23 0.17 0.25 0.58 0.42 0.09 0.11 1.06 2.20 1.68 1.73
O3' 0.05 0.04 0.30 0.02 0.13 0.31 0.13 0.66 0.06 0.04 0.07 0.06 0.40 0.14 0.18 0.26 1.25 2.29 1.68 1.82
O4 0.07 0.10 0.05 0.11 0.05 0.12 0.02 0.19 0.02 0.06 0.09 0.15 0.09 0.10 0.05 0.07 0.89 1.64 1.36 1.25
O4' 0.20 0.16 0.45 0.30 0.09 0.09 0.13 0.24 0.20 0.19 0.10 0.16 0.47 0.41 0.04 0.10 0.86 2.00 1.51 1.47
O5' 0.04 0.10 0.20 0.04 0.19 0.22 0.13 0.43 0.05 0.05 0.18 0.10 0.27 0.14 0.27 0.22 1.07 2.15 1.55 1.60
OP1 0.09 0.11 0.08 0.11 0.17 0.29 0.14 0.47 0.08 0.09 0.17 0.12 0.14 0.04 0.22 0.24 1.09 2.08 1.49 1.57
OP2 0.10 0.04 0.22 0.06 0.01 0.09 0.06 0.24 0.11 0.09 0.01 0.04 0.27 0.10 0.06 0.06 0.92 1.89 1.33 1.37
P 0.12 0.07 0.28 0.13 0.02 0.06 0.05 0.23 0.12 0.11 0.02 0.07 0.33 0.20 0.07 0.04 0.88 1.90 1.32 1.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.24 0.22 0.53 0.30
C2 0.01 0.00 0.12 0.12 0.03 0.04 0.05 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.15 0.04 0.11 0.42 0.55 0.72 0.51
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.20 0.01 0.03 0.05 0.00 0.13 0.12 0.26 0.15
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.14 0.00 0.09 0.01 0.07 0.07 0.15 0.12 0.01 0.01 0.15 0.01 0.06 0.05 0.13 0.06
C4 0.02 0.03 0.04 0.14 0.00 0.10 0.01 0.14 0.03 0.02 0.01 0.06 0.03 0.14 0.01 0.04 0.74 1.21 1.10 0.97
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.04 0.06 0.08 0.06 0.02 0.10 0.00 0.03 0.19 0.22 0.01
C5 0.02 0.05 0.07 0.09 0.01 0.13 0.00 0.21 0.00 0.03 0.02 0.06 0.09 0.08 0.03 0.07 0.84 1.39 1.19 1.10
C5' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.14 0.01 0.21 0.00 0.20 0.05 0.08 0.15 0.07 0.02 0.14 0.02 0.01 0.22 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.07 0.03 0.13 0.00 0.20 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.06 0.04 0.12 0.76 1.11 1.06 0.94
N1 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.02 0.01 0.48 0.63 0.78 0.59
N3 0.02 0.01 0.11 0.15 0.01 0.06 0.02 0.08 0.04 0.03 0.00 0.05 0.08 0.18 0.02 0.07 0.57 0.84 0.90 0.72
O2 0.01 0.01 0.20 0.12 0.06 0.08 0.06 0.15 0.02 0.00 0.05 0.00 0.18 0.19 0.07 0.18 0.24 0.23 0.52 0.28
O2' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.06 0.09 0.07 0.09 0.02 0.08 0.18 0.00 0.03 0.04 0.05 0.10 0.13 0.13 0.08
O3' 0.03 0.15 0.03 0.01 0.14 0.02 0.08 0.02 0.06 0.07 0.18 0.19 0.03 0.00 0.16 0.03 0.16 0.18 0.20 0.17
O4 0.02 0.04 0.05 0.15 0.01 0.10 0.03 0.14 0.04 0.02 0.02 0.07 0.04 0.16 0.00 0.04 0.78 1.33 1.17 1.04
O4' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.12 0.01 0.07 0.18 0.05 0.03 0.04 0.00 0.18 0.04 0.55 0.23
O5' 0.24 0.42 0.13 0.06 0.74 0.03 0.84 0.01 0.76 0.48 0.57 0.24 0.10 0.16 0.78 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.22 0.55 0.12 0.05 1.21 0.19 1.39 0.22 1.11 0.63 0.84 0.23 0.13 0.18 1.33 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.53 0.72 0.26 0.13 1.10 0.22 1.19 0.25 1.06 0.78 0.90 0.52 0.13 0.20 1.17 0.55 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.51 0.15 0.06 0.97 0.01 1.10 0.01 0.94 0.59 0.72 0.28 0.08 0.17 1.04 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00