ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53130

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 3, 2, 6, 2, 2, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.015, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.019, 0.029, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.029 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.020, 0.030, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.030 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.019, 0.030, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.030 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.021, 0.032, 0.043, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.032 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.045, 0.068, 0.090, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.068 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.085, 0.131, 0.178, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.131 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.112, 0.238, 0.365, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.238 std_dev=0.126
C2' A 0, 0.080, 0.245, 0.410, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.245 std_dev=0.165
C4' A 0, 0.202, 0.408, 0.614, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.408 std_dev=0.206
O2' A 0, 0.091, 0.304, 0.516, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.304 std_dev=0.212
C3' A 0, 0.206, 0.447, 0.688, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.447 std_dev=0.241
N7 B 0, 0.536, 0.840, 1.145, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.840 std_dev=0.304
C5 B 0, 0.438, 0.749, 1.061, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.749 std_dev=0.312
N2 B 0, 0.434, 0.746, 1.058, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.746 std_dev=0.312
N3 B 0, 0.423, 0.740, 1.058, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.740 std_dev=0.317
C2 B 0, 0.370, 0.692, 1.013, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.692 std_dev=0.321
C4 B 0, 0.392, 0.714, 1.036, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.714 std_dev=0.322
C6 B 0, 0.466, 0.790, 1.113, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.790 std_dev=0.324
C8 B 0, 0.489, 0.815, 1.141, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.815 std_dev=0.326
O3' A 0, 0.436, 0.765, 1.094, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.765 std_dev=0.329
N1 B 0, 0.375, 0.709, 1.044, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.709 std_dev=0.335
N9 B 0, 0.440, 0.775, 1.110, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.775 std_dev=0.335
O6 B 0, 0.612, 0.957, 1.303, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.957 std_dev=0.346
C1' B 0, 0.528, 0.887, 1.246, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.887 std_dev=0.359
C5' A 0, 0.229, 0.604, 0.980, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.604 std_dev=0.376
O4' B 0, 0.696, 1.094, 1.492, 1.632 max_d=1.632 avg_d=1.094 std_dev=0.398
P A 0, 0.531, 0.943, 1.354, 2.179 max_d=2.179 avg_d=0.943 std_dev=0.411
O5' A 0, 0.317, 0.749, 1.182, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.749 std_dev=0.432
C2' B 0, 0.774, 1.223, 1.672, 2.300 max_d=2.300 avg_d=1.223 std_dev=0.449
P B 0, 0.961, 1.448, 1.936, 2.636 max_d=2.636 avg_d=1.448 std_dev=0.488
OP1 A 0, 0.663, 1.171, 1.679, 2.610 max_d=2.610 avg_d=1.171 std_dev=0.508
OP2 A 0, 0.496, 1.013, 1.530, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.013 std_dev=0.517
C4' B 0, 0.901, 1.425, 1.949, 2.222 max_d=2.222 avg_d=1.425 std_dev=0.524
O2' B 0, 0.892, 1.429, 1.967, 2.956 max_d=2.956 avg_d=1.429 std_dev=0.537
C3' B 0, 0.877, 1.432, 1.987, 2.432 max_d=2.432 avg_d=1.432 std_dev=0.555
O5' B 0, 0.912, 1.502, 2.092, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.502 std_dev=0.590
OP2 B 0, 0.963, 1.574, 2.185, 3.677 max_d=3.677 avg_d=1.574 std_dev=0.611
OP1 B 0, 0.833, 1.486, 2.140, 3.865 max_d=3.865 avg_d=1.486 std_dev=0.653
O3' B 0, 1.063, 1.763, 2.463, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.763 std_dev=0.700
C5' B 0, 1.004, 1.745, 2.485, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.745 std_dev=0.740

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.16 0.12 0.42 0.17
C2 0.03 0.00 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.15 0.01 0.03 0.33 0.26 0.45 0.28
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.03 0.08 0.02 0.09 0.02 0.08 0.18 0.00 0.02 0.07 0.01 0.22 0.25 0.26 0.13
C3' 0.01 0.14 0.01 0.00 0.11 0.01 0.13 0.03 0.13 0.06 0.13 0.20 0.02 0.01 0.13 0.01 0.28 0.36 0.18 0.19
C4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.01 0.03 0.51 0.45 0.54 0.44
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.06 0.08 0.08 0.03 0.08 0.00 0.02 0.14 0.34 0.09
C5 0.02 0.01 0.08 0.13 0.00 0.09 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.01 0.04 0.54 0.47 0.53 0.45
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.13 0.01 0.14 0.00 0.11 0.07 0.11 0.09 0.08 0.05 0.15 0.01 0.02 0.19 0.32 0.03
C6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.04 0.48 0.36 0.46 0.35
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02 0.33 0.25 0.44 0.26
N3 0.02 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.16 0.01 0.03 0.42 0.36 0.50 0.37
O2 0.05 0.00 0.18 0.20 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.24 0.02 0.06 0.25 0.19 0.44 0.24
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.08 0.08 0.07 0.08 0.06 0.03 0.09 0.17 0.00 0.05 0.09 0.06 0.06 0.19 0.32 0.12
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.13 0.03 0.15 0.05 0.14 0.06 0.16 0.24 0.05 0.00 0.16 0.02 0.22 0.47 0.23 0.25
O4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.16 0.00 0.04 0.54 0.51 0.59 0.49
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.06 0.02 0.04 0.00 0.06 0.09 0.49 0.21
O5' 0.16 0.33 0.22 0.28 0.51 0.02 0.54 0.02 0.48 0.33 0.42 0.25 0.06 0.22 0.54 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.12 0.26 0.25 0.36 0.45 0.14 0.47 0.19 0.36 0.25 0.36 0.19 0.19 0.47 0.51 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.45 0.26 0.18 0.54 0.34 0.53 0.32 0.46 0.44 0.50 0.44 0.32 0.23 0.59 0.49 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.28 0.13 0.19 0.44 0.09 0.45 0.03 0.35 0.26 0.37 0.24 0.12 0.25 0.49 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.21 0.28 0.24 0.17 0.26 0.18 0.47 0.18 0.20 0.17 0.28 0.20 0.22 0.17 0.57 0.30 0.20 0.50 0.25 0.32 0.53 0.34
C2 0.17 0.15 0.29 0.24 0.15 0.35 0.20 0.62 0.23 0.19 0.16 0.22 0.16 0.23 0.16 0.59 0.30 0.25 0.51 0.32 0.28 0.58 0.36
C2' 0.26 0.31 0.33 0.38 0.25 0.35 0.24 0.48 0.25 0.24 0.30 0.35 0.29 0.25 0.25 0.51 0.43 0.30 0.49 0.25 0.29 0.50 0.31
C3' 0.34 0.39 0.38 0.45 0.34 0.45 0.32 0.56 0.33 0.31 0.38 0.42 0.37 0.31 0.33 0.52 0.49 0.40 0.52 0.31 0.29 0.59 0.36
C4 0.21 0.18 0.32 0.25 0.19 0.42 0.22 0.71 0.24 0.21 0.20 0.20 0.19 0.23 0.20 0.59 0.32 0.33 0.54 0.30 0.34 0.66 0.42
C4' 0.21 0.27 0.26 0.31 0.20 0.32 0.19 0.49 0.19 0.21 0.24 0.32 0.24 0.22 0.20 0.51 0.35 0.27 0.48 0.20 0.27 0.56 0.32
C5 0.19 0.16 0.31 0.24 0.16 0.37 0.19 0.63 0.20 0.19 0.16 0.20 0.17 0.21 0.17 0.58 0.31 0.28 0.53 0.27 0.32 0.64 0.40
C5' 0.23 0.29 0.28 0.33 0.23 0.38 0.22 0.56 0.21 0.23 0.25 0.34 0.27 0.23 0.22 0.52 0.37 0.32 0.51 0.21 0.29 0.64 0.37
C6 0.18 0.17 0.30 0.23 0.15 0.32 0.18 0.57 0.18 0.19 0.14 0.22 0.17 0.21 0.16 0.58 0.30 0.24 0.53 0.25 0.31 0.61 0.38
N1 0.17 0.17 0.29 0.24 0.15 0.31 0.18 0.55 0.19 0.19 0.14 0.24 0.17 0.21 0.16 0.58 0.30 0.22 0.51 0.27 0.30 0.58 0.36
N3 0.20 0.18 0.31 0.25 0.19 0.41 0.23 0.70 0.26 0.22 0.21 0.19 0.18 0.25 0.19 0.59 0.31 0.32 0.52 0.33 0.32 0.63 0.40
O2 0.16 0.15 0.28 0.25 0.15 0.34 0.22 0.60 0.27 0.20 0.17 0.25 0.15 0.25 0.15 0.59 0.31 0.24 0.50 0.38 0.27 0.55 0.35
O2' 0.19 0.24 0.26 0.29 0.18 0.24 0.17 0.35 0.17 0.20 0.23 0.28 0.21 0.21 0.18 0.44 0.34 0.23 0.47 0.16 0.39 0.41 0.31
O3' 0.44 0.48 0.45 0.53 0.45 0.52 0.43 0.59 0.44 0.42 0.47 0.49 0.47 0.42 0.44 0.53 0.56 0.50 0.53 0.42 0.31 0.59 0.37
O4 0.25 0.22 0.35 0.28 0.23 0.47 0.24 0.77 0.26 0.24 0.23 0.23 0.23 0.25 0.23 0.59 0.34 0.39 0.56 0.30 0.40 0.69 0.45
O4' 0.19 0.22 0.28 0.23 0.18 0.26 0.19 0.47 0.18 0.21 0.18 0.28 0.21 0.23 0.18 0.58 0.28 0.20 0.49 0.24 0.29 0.54 0.33
O5' 0.23 0.29 0.34 0.27 0.22 0.26 0.21 0.39 0.21 0.21 0.25 0.35 0.27 0.22 0.21 0.58 0.30 0.26 0.62 0.22 0.50 0.59 0.50
OP1 0.22 0.31 0.31 0.32 0.22 0.35 0.21 0.53 0.21 0.23 0.26 0.38 0.28 0.24 0.21 0.55 0.37 0.30 0.60 0.21 0.44 0.73 0.50
OP2 0.46 0.52 0.56 0.59 0.45 0.60 0.42 0.74 0.43 0.41 0.48 0.57 0.50 0.40 0.44 0.73 0.67 0.52 0.71 0.42 0.45 0.82 0.57
P 0.28 0.34 0.38 0.37 0.27 0.38 0.25 0.54 0.25 0.24 0.30 0.40 0.32 0.25 0.25 0.62 0.43 0.33 0.62 0.26 0.42 0.69 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.15 0.02 0.17 0.11 0.09
C2 0.05 0.00 0.22 0.20 0.01 0.31 0.01 0.59 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.46 0.20 0.20 0.36 0.02 0.18 0.39 0.22
C2' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.11 0.01 0.08 0.08 0.12 0.08 0.17 0.27 0.22 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.35 0.10 0.35 0.40 0.32
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.16 0.01 0.16 0.02 0.18 0.09 0.19 0.20 0.19 0.12 0.10 0.02 0.01 0.03 0.44 0.18 0.47 0.49 0.40
C4 0.03 0.01 0.11 0.16 0.00 0.18 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.29 0.11 0.11 0.23 0.01 0.22 0.19 0.11
C4' 0.01 0.31 0.01 0.01 0.18 0.00 0.13 0.01 0.18 0.06 0.26 0.37 0.31 0.05 0.06 0.15 0.02 0.01 0.02 0.16 0.18 0.10 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.16 0.01 0.13 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.12 0.05 0.25 0.01 0.32 0.20 0.15
C5' 0.05 0.59 0.08 0.02 0.34 0.01 0.28 0.00 0.37 0.13 0.50 0.70 0.54 0.17 0.16 0.08 0.13 0.02 0.01 0.34 0.38 0.15 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.18 0.01 0.18 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.16 0.09 0.29 0.01 0.30 0.27 0.15
C8 0.01 0.02 0.08 0.09 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.11 0.25 0.02 0.40 0.16 0.23
N1 0.04 0.00 0.17 0.19 0.01 0.26 0.01 0.50 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.41 0.19 0.15 0.33 0.02 0.22 0.35 0.18
N2 0.07 0.01 0.27 0.20 0.02 0.37 0.02 0.70 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.52 0.25 0.25 0.45 0.03 0.27 0.52 0.34
N3 0.05 0.01 0.22 0.19 0.01 0.31 0.01 0.54 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.42 0.16 0.21 0.30 0.02 0.15 0.30 0.16
N7 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.15 0.11 0.07 0.26 0.02 0.42 0.18 0.22
N9 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.13 0.07 0.02 0.20 0.01 0.27 0.13 0.14
O2' 0.02 0.46 0.01 0.02 0.29 0.15 0.26 0.08 0.33 0.09 0.41 0.52 0.42 0.15 0.13 0.00 0.06 0.10 0.19 0.32 0.23 0.32 0.20
O3' 0.11 0.20 0.03 0.01 0.11 0.02 0.12 0.13 0.16 0.10 0.19 0.25 0.16 0.11 0.07 0.06 0.00 0.06 0.42 0.16 0.55 0.67 0.50
O4' 0.01 0.20 0.01 0.03 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.11 0.15 0.25 0.21 0.07 0.02 0.10 0.06 0.00 0.18 0.07 0.13 0.15 0.17
O5' 0.15 0.36 0.35 0.44 0.23 0.02 0.25 0.01 0.29 0.25 0.33 0.45 0.30 0.26 0.20 0.19 0.42 0.18 0.00 0.30 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.10 0.18 0.01 0.16 0.01 0.34 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.32 0.16 0.07 0.30 0.00 0.35 0.27 0.17
OP1 0.17 0.18 0.35 0.47 0.22 0.18 0.32 0.38 0.30 0.40 0.22 0.27 0.15 0.42 0.27 0.23 0.55 0.13 0.02 0.35 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.39 0.40 0.49 0.19 0.10 0.20 0.15 0.27 0.16 0.35 0.52 0.30 0.18 0.13 0.32 0.67 0.15 0.02 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.22 0.32 0.40 0.11 0.04 0.15 0.02 0.15 0.23 0.18 0.34 0.16 0.22 0.14 0.20 0.50 0.17 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00