ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53132

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 2, 0, 3, 5, 0, 3, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.025, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.024, 0.049, 0.073, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.049 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.024, 0.064, 0.103, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.064 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.008, 0.120, 0.232, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.120 std_dev=0.112
O4' A 0, -0.007, 0.107, 0.220, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.107 std_dev=0.113
O2' A 0, 0.068, 0.182, 0.296, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.039, 0.220, 0.401, 0.894 max_d=0.894 avg_d=0.220 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.015, 0.202, 0.389, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.202 std_dev=0.187
C2 B 0, 0.241, 0.452, 0.663, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.452 std_dev=0.211
N1 B 0, 0.202, 0.443, 0.684, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.443 std_dev=0.241
O3' A 0, 0.039, 0.280, 0.521, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.280 std_dev=0.241
N2 B 0, 0.193, 0.439, 0.686, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.439 std_dev=0.247
O5' A 0, 0.079, 0.341, 0.604, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.341 std_dev=0.262
P A 0, 0.134, 0.404, 0.673, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.404 std_dev=0.269
N3 B 0, 0.311, 0.586, 0.860, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.586 std_dev=0.275
OP2 A 0, 0.155, 0.447, 0.738, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.447 std_dev=0.291
C4 B 0, 0.307, 0.609, 0.910, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.609 std_dev=0.301
C6 B 0, 0.268, 0.575, 0.882, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.575 std_dev=0.307
C5 B 0, 0.288, 0.605, 0.921, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.605 std_dev=0.316
OP1 A 0, 0.169, 0.493, 0.817, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.493 std_dev=0.324
C5' A 0, 0.017, 0.361, 0.705, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.361 std_dev=0.344
N9 B 0, 0.354, 0.742, 1.129, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.742 std_dev=0.388
O6 B 0, 0.339, 0.732, 1.124, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.732 std_dev=0.393
N7 B 0, 0.330, 0.730, 1.130, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.730 std_dev=0.400
O4' B 0, 0.387, 0.794, 1.202, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.794 std_dev=0.408
C8 B 0, 0.343, 0.759, 1.176, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.759 std_dev=0.416
C1' B 0, 0.442, 0.941, 1.439, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.941 std_dev=0.498
C3' B 0, 0.252, 0.781, 1.311, 1.989 max_d=1.989 avg_d=0.781 std_dev=0.530
C4' B 0, 0.313, 0.855, 1.397, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.855 std_dev=0.542
O3' B 0, 0.745, 1.391, 2.037, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.391 std_dev=0.646
C5' B 0, 0.603, 1.278, 1.953, 3.136 max_d=3.136 avg_d=1.278 std_dev=0.675
C2' B 0, 0.687, 1.545, 2.404, 2.949 max_d=2.949 avg_d=1.545 std_dev=0.858
O5' B 0, 0.270, 1.354, 2.438, 3.341 max_d=3.341 avg_d=1.354 std_dev=1.084
O2' B 0, 1.248, 2.716, 4.185, 4.862 max_d=4.862 avg_d=2.716 std_dev=1.469
P B 0, 0.610, 2.261, 3.912, 5.236 max_d=5.236 avg_d=2.261 std_dev=1.651
OP2 B 0, 1.130, 2.866, 4.602, 5.940 max_d=5.940 avg_d=2.866 std_dev=1.736
OP1 B 0, 0.797, 2.629, 4.461, 7.142 max_d=7.142 avg_d=2.629 std_dev=1.832

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.10 0.10 0.14 0.06
C2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.01 0.04 0.19 0.15 0.19 0.14
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.10 0.01 0.01 0.08 0.01 0.13 0.16 0.09 0.09
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.11 0.01 0.09 0.04 0.08 0.06 0.11 0.11 0.02 0.01 0.12 0.02 0.18 0.21 0.06 0.13
C4 0.03 0.01 0.07 0.11 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.00 0.06 0.27 0.24 0.28 0.25
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05 0.03 0.11 0.00 0.02 0.09 0.16 0.03
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.28 0.24 0.27 0.25
C5' 0.03 0.11 0.03 0.04 0.20 0.01 0.21 0.00 0.17 0.11 0.16 0.09 0.05 0.07 0.22 0.02 0.01 0.13 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.06 0.25 0.19 0.19 0.18
N1 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.18 0.14 0.16 0.13
N3 0.03 0.01 0.07 0.11 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.23 0.19 0.24 0.20
O2 0.05 0.01 0.10 0.11 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.12 0.02 0.06 0.16 0.13 0.16 0.11
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.05 0.06 0.05 0.04 0.04 0.09 0.10 0.00 0.04 0.09 0.06 0.04 0.09 0.12 0.04
O3' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.12 0.03 0.10 0.07 0.08 0.06 0.12 0.12 0.04 0.00 0.14 0.02 0.12 0.21 0.07 0.12
O4 0.03 0.01 0.08 0.12 0.00 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.14 0.00 0.05 0.28 0.27 0.32 0.28
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.06 0.06 0.02 0.05 0.00 0.06 0.09 0.18 0.07
O5' 0.10 0.19 0.13 0.18 0.27 0.02 0.28 0.01 0.25 0.18 0.23 0.16 0.04 0.12 0.28 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 0.15 0.16 0.21 0.24 0.09 0.24 0.13 0.19 0.14 0.19 0.13 0.09 0.21 0.27 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.19 0.09 0.06 0.28 0.16 0.27 0.21 0.19 0.16 0.24 0.16 0.12 0.07 0.32 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.14 0.09 0.13 0.25 0.03 0.25 0.02 0.18 0.13 0.20 0.11 0.04 0.12 0.28 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.17 0.22 0.20 0.23 0.22 0.26 0.26 0.24 0.29 0.17 0.19 0.19 0.30 0.25 0.46 0.50 0.30 0.86 0.28 1.58 1.39 1.20
C2 0.16 0.14 0.19 0.14 0.16 0.23 0.19 0.23 0.21 0.19 0.16 0.18 0.14 0.21 0.16 0.31 0.45 0.30 0.72 0.26 1.33 1.20 0.99
C2' 0.30 0.21 0.27 0.25 0.24 0.23 0.23 0.32 0.19 0.28 0.18 0.23 0.23 0.26 0.27 0.56 0.55 0.30 0.87 0.19 1.60 1.40 1.22
C3' 0.31 0.20 0.30 0.26 0.25 0.23 0.25 0.32 0.19 0.31 0.17 0.23 0.23 0.30 0.29 0.62 0.56 0.30 0.92 0.19 1.68 1.46 1.28
C4 0.18 0.17 0.25 0.17 0.16 0.27 0.20 0.26 0.23 0.18 0.18 0.23 0.17 0.22 0.16 0.34 0.43 0.32 0.68 0.32 1.26 1.17 0.94
C4' 0.35 0.20 0.38 0.29 0.30 0.26 0.33 0.34 0.27 0.40 0.19 0.20 0.24 0.40 0.35 0.68 0.56 0.32 0.98 0.30 1.75 1.51 1.35
C5 0.17 0.16 0.18 0.15 0.17 0.26 0.23 0.25 0.26 0.22 0.18 0.22 0.16 0.27 0.17 0.28 0.43 0.31 0.75 0.35 1.40 1.28 1.05
C5' 0.36 0.20 0.41 0.32 0.32 0.29 0.38 0.36 0.32 0.46 0.21 0.21 0.24 0.48 0.38 0.69 0.56 0.34 1.03 0.37 1.82 1.57 1.41
C6 0.19 0.15 0.16 0.15 0.19 0.24 0.25 0.24 0.26 0.25 0.18 0.20 0.16 0.29 0.20 0.30 0.44 0.31 0.80 0.35 1.49 1.34 1.13
N1 0.19 0.15 0.16 0.15 0.18 0.23 0.23 0.23 0.24 0.24 0.17 0.18 0.15 0.27 0.20 0.33 0.46 0.30 0.79 0.31 1.47 1.31 1.11
N3 0.17 0.16 0.26 0.16 0.16 0.26 0.19 0.25 0.22 0.17 0.18 0.21 0.16 0.20 0.16 0.35 0.43 0.31 0.66 0.28 1.23 1.14 0.91
O2 0.17 0.13 0.20 0.14 0.15 0.23 0.18 0.22 0.19 0.18 0.16 0.15 0.14 0.19 0.16 0.33 0.46 0.29 0.70 0.22 1.30 1.16 0.96
O2' 0.34 0.21 0.33 0.29 0.25 0.24 0.22 0.37 0.17 0.29 0.17 0.25 0.25 0.25 0.29 0.71 0.59 0.30 0.90 0.24 1.63 1.41 1.24
O3' 0.34 0.21 0.35 0.31 0.25 0.24 0.22 0.37 0.15 0.30 0.17 0.25 0.24 0.26 0.30 0.73 0.59 0.29 0.95 0.13 1.72 1.48 1.32
O4 0.21 0.18 0.32 0.20 0.17 0.29 0.19 0.28 0.23 0.17 0.19 0.24 0.20 0.21 0.17 0.42 0.43 0.33 0.63 0.31 1.17 1.11 0.86
O4' 0.30 0.18 0.30 0.24 0.28 0.25 0.33 0.29 0.31 0.37 0.20 0.18 0.21 0.40 0.31 0.54 0.50 0.32 0.94 0.38 1.69 1.48 1.30
O5' 0.30 0.18 0.31 0.25 0.28 0.26 0.34 0.28 0.31 0.40 0.20 0.21 0.21 0.43 0.32 0.54 0.52 0.33 0.94 0.38 1.76 1.53 1.35
OP1 0.37 0.20 0.41 0.33 0.33 0.31 0.40 0.33 0.35 0.49 0.22 0.21 0.23 0.51 0.39 0.65 0.56 0.37 1.00 0.42 1.87 1.59 1.43
OP2 0.25 0.21 0.24 0.21 0.25 0.27 0.33 0.31 0.32 0.37 0.22 0.28 0.21 0.42 0.28 0.41 0.47 0.32 0.94 0.42 1.73 1.54 1.34
P 0.28 0.16 0.30 0.24 0.27 0.26 0.35 0.29 0.32 0.42 0.19 0.21 0.18 0.46 0.32 0.51 0.49 0.32 0.97 0.42 1.80 1.57 1.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.29 0.01 0.50 0.02 0.73 0.66 0.56
C2 0.04 0.00 0.24 0.10 0.01 0.15 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.33 0.38 0.22 0.60 0.01 1.10 0.98 0.80
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.12 0.04 0.08 0.23 0.11 0.17 0.18 0.29 0.23 0.13 0.05 0.01 0.07 0.03 0.50 0.10 0.69 0.44 0.47
C3' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.12 0.01 0.19 0.04 0.18 0.24 0.13 0.10 0.08 0.25 0.14 0.04 0.01 0.02 0.34 0.21 0.52 0.35 0.32
C4 0.02 0.01 0.12 0.12 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.27 0.11 0.72 0.01 1.17 1.03 0.91
C4' 0.02 0.15 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.04 0.22 0.08 0.22 0.15 0.18 0.07 0.21 0.06 0.01 0.03 0.07 0.30 0.28 0.09
C5 0.01 0.01 0.08 0.19 0.00 0.07 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.22 0.05 0.89 0.01 1.43 1.27 1.15
C5' 0.10 0.14 0.23 0.04 0.17 0.01 0.26 0.00 0.23 0.38 0.16 0.18 0.14 0.38 0.21 0.11 0.19 0.04 0.01 0.28 0.37 0.29 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.04 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.24 0.24 0.08 0.88 0.01 1.47 1.32 1.17
C8 0.01 0.01 0.17 0.24 0.01 0.22 0.01 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.37 0.22 0.15 1.02 0.02 1.43 1.26 1.21
N1 0.03 0.00 0.18 0.13 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.26 0.31 0.16 0.74 0.01 1.30 1.17 1.00
N2 0.05 0.01 0.29 0.10 0.01 0.22 0.01 0.18 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.44 0.46 0.27 0.50 0.02 0.99 0.89 0.69
N3 0.04 0.01 0.23 0.08 0.00 0.15 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.33 0.39 0.22 0.56 0.01 1.00 0.88 0.72
N7 0.01 0.01 0.13 0.25 0.00 0.18 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.22 0.09 1.05 0.02 1.59 1.42 1.32
N9 0.01 0.02 0.05 0.14 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.21 0.03 0.75 0.01 1.11 0.97 0.89
O2' 0.02 0.33 0.01 0.04 0.18 0.21 0.24 0.11 0.24 0.37 0.26 0.44 0.33 0.36 0.17 0.00 0.12 0.14 0.38 0.28 0.59 0.39 0.38
O3' 0.29 0.38 0.07 0.01 0.27 0.06 0.22 0.19 0.24 0.22 0.31 0.46 0.39 0.22 0.21 0.12 0.00 0.21 0.45 0.23 0.65 0.45 0.46
O4' 0.01 0.22 0.03 0.02 0.11 0.01 0.05 0.04 0.08 0.15 0.16 0.27 0.22 0.09 0.03 0.14 0.21 0.00 0.42 0.06 0.57 0.63 0.50
O5' 0.50 0.60 0.50 0.34 0.72 0.03 0.89 0.01 0.88 1.02 0.74 0.50 0.56 1.05 0.75 0.38 0.45 0.42 0.00 0.96 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.07 0.01 0.28 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.28 0.23 0.06 0.96 0.00 1.60 1.45 1.29
OP1 0.73 1.10 0.69 0.52 1.17 0.30 1.43 0.37 1.47 1.43 1.30 0.99 1.00 1.59 1.11 0.59 0.65 0.57 0.01 1.60 0.00 0.01 0.01
OP2 0.66 0.98 0.44 0.35 1.03 0.28 1.27 0.29 1.32 1.26 1.17 0.89 0.88 1.42 0.97 0.39 0.45 0.63 0.02 1.45 0.01 0.00 0.01
P 0.56 0.80 0.47 0.32 0.91 0.09 1.15 0.03 1.17 1.21 1.00 0.69 0.72 1.32 0.89 0.38 0.46 0.50 0.01 1.29 0.01 0.01 0.00