Doublet Group distance statistics: 53133

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 4, 4, 4, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6	A	0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1'	A	0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.014 std_dev=0.012
O2	A	0, 0.018, 0.037, 0.055, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.019
O4	A	0, 0.021, 0.059, 0.097, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.059 std_dev=0.038
O4'	A	0, 0.076, 0.142, 0.209, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.142 std_dev=0.066
C2'	A	0, 0.094, 0.161, 0.229, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.161 std_dev=0.068
C4'	A	0, 0.147, 0.241, 0.336, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.241 std_dev=0.094
O2'	A	0, 0.155, 0.250, 0.346, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.250 std_dev=0.095
C3'	A	0, 0.135, 0.242, 0.349, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.242 std_dev=0.107
C5'	A	0, 0.288, 0.443, 0.597, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.443 std_dev=0.155
O3'	A	0, 0.195, 0.372, 0.549, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.372 std_dev=0.177
N2	B	0, 0.414, 0.637, 0.859, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.637 std_dev=0.223
C2	B	0, 0.481, 0.705, 0.928, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.705 std_dev=0.223
N1	B	0, 0.455, 0.700, 0.944, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.700 std_dev=0.245
N3	B	0, 0.560, 0.813, 1.066, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.813 std_dev=0.253
C4	B	0, 0.597, 0.899, 1.200, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.899 std_dev=0.301
C6	B	0, 0.492, 0.794, 1.097, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.794 std_dev=0.302
C5	B	0, 0.568, 0.898, 1.228, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.898 std_dev=0.330
O6	B	0, 0.470, 0.817, 1.164, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.817 std_dev=0.347
N9	B	0, 0.675, 1.033, 1.391, 1.746 max_d=1.746 avg_d=1.033 std_dev=0.358
C1'	B	0, 0.712, 1.099, 1.485, 1.905 max_d=1.905 avg_d=1.099 std_dev=0.387
N7	B	0, 0.646, 1.040, 1.433, 1.852 max_d=1.852 avg_d=1.040 std_dev=0.394
C8	B	0, 0.707, 1.108, 1.510, 1.967 max_d=1.967 avg_d=1.108 std_dev=0.401
O4'	B	0, 0.857, 1.275, 1.693, 1.759 max_d=1.759 avg_d=1.275 std_dev=0.418
O5'	A	0, 0.131, 0.563, 0.994, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.563 std_dev=0.432
C4'	B	0, 0.821, 1.274, 1.728, 1.905 max_d=1.905 avg_d=1.274 std_dev=0.454
C2'	B	0, 0.860, 1.328, 1.795, 2.345 max_d=2.345 avg_d=1.328 std_dev=0.468
P	A	0, 0.174, 0.664, 1.154, 2.358 max_d=2.358 avg_d=0.664 std_dev=0.490
C3'	B	0, 0.937, 1.442, 1.946, 2.011 max_d=2.011 avg_d=1.442 std_dev=0.504
OP2	A	0, 0.177, 0.688, 1.200, 2.325 max_d=2.325 avg_d=0.688 std_dev=0.511
C5'	B	0, 0.773, 1.289, 1.804, 2.114 max_d=2.114 avg_d=1.289 std_dev=0.515
OP1	A	0, 0.150, 0.762, 1.373, 2.850 max_d=2.850 avg_d=0.762 std_dev=0.612
O3'	B	0, 1.138, 1.765, 2.391, 2.743 max_d=2.743 avg_d=1.765 std_dev=0.626
O2'	B	0, 0.616, 1.295, 1.973, 2.680 max_d=2.680 avg_d=1.295 std_dev=0.678
O5'	B	0, 0.514, 1.290, 2.067, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.290 std_dev=0.777
P	B	0, 1.114, 1.953, 2.792, 3.467 max_d=3.467 avg_d=1.953 std_dev=0.839
OP2	B	0, 1.374, 2.452, 3.529, 5.359 max_d=5.359 avg_d=2.452 std_dev=1.078
OP1	B	0, 1.207, 2.347, 3.486, 5.055 max_d=5.055 avg_d=2.347 std_dev=1.139

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.08	0.08	0.12	0.09
C2	0.02	0.00	0.06	0.06	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.07	0.01	0.02	0.19	0.19	0.23	0.20
C2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.04	0.01	0.05	0.02	0.05	0.03	0.05	0.09	0.01	0.02	0.05	0.01	0.14	0.15	0.06	0.11
C3'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.04	0.03	0.05	0.08	0.02	0.00	0.05	0.01	0.20	0.21	0.09	0.16
C4	0.02	0.00	0.04	0.04	0.00	0.05	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.05	0.00	0.03	0.30	0.32	0.35	0.32
C4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.05	0.00	0.05	0.01	0.05	0.04	0.04	0.04	0.05	0.01	0.05	0.00	0.02	0.07	0.15	0.03
C5	0.01	0.01	0.05	0.04	0.01	0.05	0.00	0.13	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.06	0.01	0.03	0.34	0.34	0.35	0.34
C5'	0.02	0.07	0.02	0.02	0.11	0.01	0.13	0.00	0.11	0.07	0.09	0.05	0.04	0.03	0.12	0.01	0.00	0.10	0.21	0.01
C6	0.01	0.01	0.05	0.04	0.01	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.05	0.01	0.04	0.30	0.28	0.25	0.28
N1	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.04	0.01	0.07	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.03	0.01	0.02	0.19	0.18	0.19	0.19
N3	0.02	0.00	0.05	0.05	0.00	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.06	0.01	0.02	0.24	0.25	0.29	0.25
O2	0.04	0.01	0.09	0.08	0.01	0.04	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.09	0.10	0.02	0.04	0.13	0.13	0.20	0.15
O2'	0.01	0.06	0.01	0.02	0.05	0.05	0.04	0.04	0.04	0.03	0.06	0.09	0.00	0.05	0.06	0.04	0.04	0.10	0.08	0.05
O3'	0.02	0.07	0.02	0.00	0.05	0.01	0.06	0.03	0.05	0.03	0.06	0.10	0.05	0.00	0.06	0.01	0.18	0.27	0.17	0.19
O4	0.02	0.01	0.05	0.05	0.00	0.05	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.02	0.06	0.06	0.00	0.03	0.32	0.36	0.39	0.34
O4'	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.00	0.03	0.01	0.04	0.02	0.02	0.04	0.04	0.01	0.03	0.00	0.04	0.05	0.16	0.09
O5'	0.08	0.19	0.14	0.20	0.30	0.02	0.34	0.00	0.30	0.19	0.24	0.13	0.04	0.18	0.32	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01
OP1	0.08	0.19	0.15	0.21	0.32	0.07	0.34	0.10	0.28	0.18	0.25	0.13	0.10	0.27	0.36	0.05	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.12	0.23	0.06	0.09	0.35	0.15	0.35	0.21	0.25	0.19	0.29	0.20	0.08	0.17	0.39	0.16	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.20	0.11	0.16	0.32	0.03	0.34	0.01	0.28	0.19	0.25	0.15	0.05	0.19	0.34	0.09	0.01	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.24	0.18	0.22	0.22	0.23	0.26	0.26	0.48	0.26	0.28	0.19	0.19	0.20	0.30	0.25	0.34	0.44	0.28	0.54	0.31	0.77	0.97	0.67
C2	0.21	0.20	0.26	0.21	0.21	0.25	0.24	0.41	0.25	0.23	0.22	0.21	0.20	0.25	0.21	0.28	0.48	0.28	0.44	0.30	0.63	0.72	0.49
C2'	0.27	0.17	0.26	0.23	0.23	0.28	0.25	0.52	0.23	0.29	0.16	0.18	0.21	0.29	0.27	0.44	0.43	0.30	0.56	0.28	0.77	1.02	0.69
C3'	0.26	0.17	0.25	0.22	0.22	0.26	0.25	0.52	0.23	0.30	0.16	0.18	0.19	0.31	0.26	0.45	0.41	0.28	0.60	0.29	0.85	1.08	0.75
C4	0.22	0.22	0.28	0.22	0.22	0.27	0.25	0.42	0.27	0.24	0.24	0.24	0.22	0.27	0.22	0.32	0.49	0.30	0.42	0.33	0.61	0.67	0.46
C4'	0.26	0.18	0.26	0.26	0.24	0.28	0.28	0.51	0.25	0.32	0.19	0.19	0.20	0.34	0.27	0.45	0.44	0.28	0.62	0.30	0.91	1.14	0.80
C5	0.22	0.22	0.25	0.22	0.23	0.27	0.27	0.44	0.29	0.26	0.24	0.23	0.22	0.30	0.23	0.27	0.48	0.29	0.46	0.34	0.67	0.78	0.54
C5'	0.28	0.19	0.28	0.28	0.25	0.29	0.29	0.51	0.26	0.35	0.20	0.19	0.20	0.36	0.29	0.46	0.45	0.29	0.64	0.31	0.96	1.18	0.84
C6	0.23	0.21	0.23	0.22	0.23	0.27	0.27	0.46	0.29	0.28	0.23	0.22	0.21	0.31	0.24	0.28	0.47	0.29	0.49	0.34	0.72	0.87	0.60
N1	0.22	0.19	0.23	0.22	0.23	0.26	0.26	0.44	0.27	0.27	0.22	0.20	0.20	0.29	0.23	0.28	0.47	0.28	0.49	0.33	0.70	0.85	0.58
N3	0.21	0.21	0.29	0.21	0.21	0.26	0.23	0.40	0.26	0.22	0.23	0.23	0.21	0.24	0.21	0.32	0.49	0.29	0.41	0.30	0.60	0.65	0.44
O2	0.20	0.18	0.26	0.21	0.20	0.24	0.21	0.39	0.23	0.21	0.20	0.18	0.19	0.22	0.20	0.28	0.48	0.27	0.42	0.25	0.61	0.68	0.46
O2'	0.30	0.15	0.27	0.24	0.23	0.28	0.24	0.55	0.20	0.30	0.13	0.16	0.20	0.29	0.28	0.51	0.41	0.30	0.60	0.25	0.79	1.09	0.73
O3'	0.30	0.16	0.29	0.22	0.23	0.28	0.25	0.55	0.22	0.31	0.15	0.18	0.20	0.31	0.28	0.55	0.38	0.29	0.65	0.29	0.89	1.16	0.80
O4	0.22	0.22	0.31	0.22	0.22	0.27	0.24	0.41	0.27	0.23	0.24	0.25	0.22	0.26	0.22	0.37	0.49	0.30	0.39	0.33	0.58	0.61	0.41
O4'	0.25	0.19	0.24	0.25	0.24	0.27	0.29	0.48	0.27	0.32	0.20	0.20	0.20	0.34	0.27	0.37	0.45	0.28	0.60	0.33	0.87	1.07	0.76
O5'	0.22	0.16	0.23	0.21	0.20	0.22	0.26	0.44	0.23	0.31	0.16	0.21	0.16	0.34	0.24	0.41	0.46	0.24	0.52	0.29	0.86	1.04	0.70
OP1	0.24	0.16	0.27	0.24	0.21	0.23	0.26	0.43	0.22	0.34	0.16	0.22	0.16	0.36	0.26	0.47	0.48	0.24	0.55	0.27	0.93	1.10	0.76
OP2	0.24	0.26	0.24	0.21	0.24	0.28	0.27	0.54	0.26	0.30	0.24	0.33	0.25	0.32	0.25	0.36	0.41	0.28	0.55	0.31	0.81	1.09	0.74
P	0.22	0.20	0.24	0.20	0.21	0.24	0.25	0.48	0.23	0.31	0.19	0.26	0.19	0.33	0.24	0.40	0.44	0.24	0.55	0.28	0.86	1.10	0.75

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.03	0.02	0.03	0.02	0.14	0.03	0.02	0.03	0.03	0.02	0.02	0.01	0.02	0.29	0.01	0.30	0.03	0.53	0.37	0.29
C2	0.03	0.00	0.20	0.14	0.01	0.13	0.01	0.27	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.18	0.51	0.18	0.38	0.01	0.59	0.58	0.39
C2'	0.00	0.20	0.00	0.01	0.10	0.03	0.06	0.18	0.08	0.15	0.15	0.25	0.20	0.11	0.04	0.01	0.10	0.04	0.44	0.07	0.68	0.53	0.48
C3'	0.03	0.14	0.01	0.00	0.12	0.01	0.16	0.02	0.16	0.19	0.14	0.16	0.13	0.20	0.11	0.02	0.01	0.02	0.30	0.18	0.47	0.47	0.34
C4	0.02	0.01	0.10	0.12	0.00	0.06	0.00	0.32	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.11	0.35	0.09	0.41	0.01	0.61	0.63	0.44
C4'	0.03	0.13	0.03	0.01	0.06	0.00	0.11	0.01	0.10	0.22	0.09	0.18	0.12	0.21	0.09	0.19	0.09	0.01	0.03	0.13	0.25	0.36	0.12
C5	0.02	0.01	0.06	0.16	0.00	0.11	0.00	0.44	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.20	0.27	0.05	0.50	0.01	0.68	0.86	0.57
C5'	0.14	0.27	0.18	0.02	0.32	0.01	0.44	0.00	0.43	0.53	0.35	0.26	0.24	0.55	0.33	0.08	0.17	0.03	0.01	0.48	0.32	0.31	0.02
C6	0.03	0.01	0.08	0.16	0.01	0.10	0.01	0.43	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.18	0.33	0.08	0.49	0.00	0.69	0.89	0.58
C8	0.02	0.01	0.15	0.19	0.00	0.22	0.00	0.53	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.30	0.12	0.13	0.53	0.02	0.71	0.89	0.61
N1	0.03	0.00	0.15	0.14	0.01	0.09	0.01	0.35	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.13	0.43	0.14	0.43	0.01	0.64	0.73	0.48
N2	0.03	0.00	0.25	0.16	0.01	0.18	0.01	0.26	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.26	0.59	0.22	0.35	0.01	0.58	0.52	0.34
N3	0.02	0.01	0.20	0.13	0.01	0.12	0.00	0.24	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.18	0.50	0.18	0.36	0.01	0.57	0.52	0.35
N7	0.02	0.01	0.11	0.20	0.00	0.21	0.00	0.55	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.30	0.16	0.08	0.57	0.02	0.75	1.04	0.68
N9	0.01	0.02	0.04	0.11	0.00	0.09	0.01	0.33	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.14	0.23	0.03	0.41	0.02	0.61	0.60	0.43
O2'	0.02	0.18	0.01	0.02	0.11	0.19	0.20	0.08	0.18	0.30	0.13	0.26	0.18	0.30	0.14	0.00	0.15	0.12	0.30	0.22	0.72	0.37	0.40
O3'	0.29	0.51	0.10	0.01	0.35	0.09	0.27	0.17	0.33	0.12	0.43	0.59	0.50	0.16	0.23	0.15	0.00	0.17	0.37	0.29	0.55	0.56	0.39
O4'	0.01	0.18	0.04	0.02	0.09	0.01	0.05	0.03	0.08	0.13	0.14	0.22	0.18	0.08	0.03	0.12	0.17	0.00	0.31	0.07	0.49	0.33	0.26
O5'	0.30	0.38	0.44	0.30	0.41	0.03	0.50	0.01	0.49	0.53	0.43	0.35	0.36	0.57	0.41	0.30	0.37	0.31	0.00	0.54	0.02	0.02	0.01
O6	0.03	0.01	0.07	0.18	0.01	0.13	0.01	0.48	0.00	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.22	0.29	0.07	0.54	0.00	0.73	1.03	0.67
OP1	0.53	0.59	0.68	0.47	0.61	0.25	0.68	0.32	0.69	0.71	0.64	0.58	0.57	0.75	0.61	0.72	0.55	0.49	0.02	0.73	0.00	0.00	0.00
OP2	0.37	0.58	0.53	0.47	0.63	0.36	0.86	0.31	0.89	0.89	0.73	0.52	0.52	1.04	0.60	0.37	0.56	0.33	0.02	1.03	0.00	0.00	0.00
P	0.29	0.39	0.48	0.34	0.44	0.12	0.57	0.02	0.58	0.61	0.48	0.34	0.35	0.68	0.43	0.40	0.39	0.26	0.01	0.67	0.00	0.00	0.00