ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53134

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 0, 2, 1, 2, 0, 2, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.015, 0.022, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.022 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.017, 0.027, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.020, 0.035, 0.051, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.035 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.013, 0.045, 0.077, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.045 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.029, 0.081, 0.134, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.081 std_dev=0.053
O4' A 0, 0.160, 0.312, 0.465, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.312 std_dev=0.152
C4' A 0, 0.219, 0.429, 0.640, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.429 std_dev=0.210
C2' A 0, 0.146, 0.378, 0.611, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.378 std_dev=0.233
C2 B 0, 0.281, 0.516, 0.751, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.516 std_dev=0.235
N2 B 0, 0.286, 0.527, 0.767, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.527 std_dev=0.241
N3 B 0, 0.248, 0.535, 0.822, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.535 std_dev=0.287
C3' A 0, 0.225, 0.528, 0.831, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.528 std_dev=0.303
N1 B 0, 0.307, 0.637, 0.967, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.637 std_dev=0.330
O2' A 0, 0.209, 0.556, 0.902, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.556 std_dev=0.346
C4 B 0, 0.337, 0.695, 1.053, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.695 std_dev=0.358
C5' A 0, 0.378, 0.797, 1.216, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.797 std_dev=0.419
N9 B 0, 0.410, 0.849, 1.287, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.849 std_dev=0.439
O3' A 0, 0.328, 0.780, 1.231, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.780 std_dev=0.451
C5 B 0, 0.395, 0.850, 1.305, 1.540 max_d=1.540 avg_d=0.850 std_dev=0.455
C6 B 0, 0.362, 0.825, 1.288, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.825 std_dev=0.463
C1' B 0, 0.394, 0.857, 1.321, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.857 std_dev=0.464
C8 B 0, 0.512, 1.062, 1.611, 1.784 max_d=1.784 avg_d=1.062 std_dev=0.549
N7 B 0, 0.501, 1.087, 1.673, 1.892 max_d=1.892 avg_d=1.087 std_dev=0.586
O6 B 0, 0.406, 0.996, 1.586, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.996 std_dev=0.590
O5' A 0, 0.306, 0.906, 1.506, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.906 std_dev=0.600
O4' B 0, 0.374, 1.326, 2.278, 2.777 max_d=2.777 avg_d=1.326 std_dev=0.952
P A 0, 0.281, 1.252, 2.222, 3.030 max_d=3.030 avg_d=1.252 std_dev=0.971
C2' B 0, 0.572, 1.676, 2.780, 3.292 max_d=3.292 avg_d=1.676 std_dev=1.104
OP1 A 0, 0.325, 1.572, 2.819, 3.683 max_d=3.683 avg_d=1.572 std_dev=1.247
C4' B 0, 0.399, 1.701, 3.004, 3.763 max_d=3.763 avg_d=1.701 std_dev=1.303
OP2 A 0, 0.125, 1.524, 2.922, 4.268 max_d=4.268 avg_d=1.524 std_dev=1.399
C3' B 0, 0.594, 2.087, 3.580, 4.387 max_d=4.387 avg_d=2.087 std_dev=1.493
O2' B 0, 0.454, 2.147, 3.840, 4.570 max_d=4.570 avg_d=2.147 std_dev=1.693
O3' B 0, 0.688, 2.636, 4.584, 5.612 max_d=5.612 avg_d=2.636 std_dev=1.948
C5' B 0, 0.187, 2.653, 5.119, 6.633 max_d=6.633 avg_d=2.653 std_dev=2.466
O5' B 0, 1.060, 3.835, 6.609, 8.153 max_d=8.153 avg_d=3.835 std_dev=2.774
P B 0, 0.599, 4.427, 8.254, 10.575 max_d=10.575 avg_d=4.427 std_dev=3.827
OP1 B 0, 1.271, 5.195, 9.119, 11.365 max_d=11.365 avg_d=5.195 std_dev=3.924
OP2 B 0, 0.506, 5.071, 9.636, 12.956 max_d=12.956 avg_d=5.071 std_dev=4.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.15 0.20 0.26 0.09
C2 0.01 0.00 0.12 0.12 0.02 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.14 0.01 0.05 0.24 0.46 0.48 0.17
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.09 0.02 0.14 0.04 0.15 0.04 0.08 0.24 0.00 0.02 0.09 0.01 0.17 0.24 0.19 0.10
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.19 0.01 0.27 0.04 0.27 0.11 0.13 0.21 0.02 0.01 0.20 0.01 0.20 0.30 0.21 0.16
C4 0.02 0.02 0.09 0.19 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.23 0.01 0.03 0.32 0.67 0.75 0.26
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.15 0.07 0.08 0.05 0.07 0.04 0.13 0.01 0.03 0.19 0.26 0.08
C5 0.01 0.01 0.14 0.27 0.00 0.16 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.33 0.01 0.06 0.36 0.65 0.78 0.29
C5' 0.05 0.15 0.04 0.04 0.25 0.01 0.28 0.00 0.25 0.15 0.20 0.11 0.07 0.06 0.27 0.02 0.02 0.32 0.37 0.06
C6 0.01 0.01 0.15 0.27 0.01 0.15 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.30 0.01 0.07 0.33 0.49 0.61 0.23
N1 0.00 0.01 0.04 0.11 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.02 0.24 0.39 0.44 0.15
N3 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.08 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.00 0.04 0.28 0.59 0.62 0.22
O2 0.02 0.01 0.24 0.21 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.26 0.01 0.09 0.21 0.40 0.40 0.15
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.07 0.07 0.09 0.07 0.10 0.04 0.11 0.26 0.00 0.05 0.08 0.07 0.07 0.17 0.20 0.09
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.23 0.04 0.33 0.06 0.30 0.11 0.15 0.26 0.05 0.00 0.26 0.03 0.14 0.41 0.34 0.18
O4 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01 0.13 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.26 0.00 0.03 0.33 0.74 0.83 0.29
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.09 0.07 0.03 0.03 0.00 0.10 0.13 0.26 0.15
O5' 0.15 0.24 0.17 0.20 0.32 0.03 0.36 0.02 0.33 0.24 0.28 0.21 0.07 0.14 0.33 0.10 0.00 0.04 0.04 0.01
OP1 0.20 0.46 0.24 0.30 0.67 0.19 0.65 0.32 0.49 0.39 0.59 0.40 0.17 0.41 0.74 0.13 0.04 0.00 0.03 0.01
OP2 0.26 0.48 0.19 0.21 0.75 0.26 0.78 0.37 0.61 0.44 0.62 0.40 0.20 0.34 0.83 0.26 0.04 0.03 0.00 0.00
P 0.09 0.17 0.10 0.16 0.26 0.08 0.29 0.06 0.23 0.15 0.22 0.15 0.09 0.18 0.29 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.31 0.23 0.28 0.61 0.29 0.43 0.33 0.85 0.32 0.35 0.24 0.22 0.25 0.37 0.32 0.67 0.63 0.21 1.12 0.38 1.99 1.38 1.69
C2 0.27 0.23 0.32 0.89 0.27 0.67 0.32 1.27 0.34 0.31 0.29 0.21 0.24 0.34 0.28 0.60 0.92 0.27 1.46 0.39 2.37 1.72 2.08
C2' 0.30 0.27 0.36 0.80 0.29 0.78 0.30 1.20 0.30 0.32 0.28 0.28 0.28 0.32 0.30 0.67 0.77 0.56 1.56 0.34 2.41 1.86 2.18
C3' 0.27 0.24 0.33 0.74 0.25 0.73 0.25 1.14 0.24 0.26 0.23 0.26 0.25 0.26 0.26 0.68 0.73 0.52 1.53 0.26 2.42 1.87 2.17
C4 0.27 0.24 0.40 1.06 0.28 0.79 0.33 1.45 0.37 0.32 0.31 0.22 0.24 0.36 0.28 0.54 1.15 0.31 1.60 0.43 2.56 1.89 2.23
C4' 0.26 0.19 0.29 0.50 0.23 0.38 0.25 0.75 0.23 0.29 0.19 0.21 0.21 0.30 0.26 0.71 0.51 0.21 1.07 0.25 1.96 1.42 1.64
C5 0.28 0.24 0.35 0.96 0.29 0.68 0.35 1.27 0.37 0.35 0.30 0.21 0.24 0.38 0.29 0.54 1.04 0.27 1.44 0.45 2.39 1.69 2.05
C5' 0.32 0.23 0.31 0.46 0.30 0.33 0.33 0.73 0.31 0.38 0.24 0.22 0.25 0.39 0.33 0.73 0.48 0.22 1.03 0.35 1.93 1.42 1.59
C6 0.29 0.23 0.30 0.83 0.29 0.57 0.35 1.11 0.37 0.36 0.29 0.21 0.24 0.39 0.31 0.57 0.89 0.23 1.30 0.44 2.22 1.55 1.90
N1 0.29 0.23 0.29 0.78 0.29 0.56 0.34 1.08 0.35 0.34 0.28 0.21 0.24 0.37 0.30 0.60 0.82 0.23 1.29 0.41 2.19 1.54 1.89
N3 0.27 0.24 0.38 1.03 0.27 0.79 0.32 1.46 0.35 0.31 0.30 0.21 0.24 0.34 0.28 0.57 1.09 0.32 1.62 0.40 2.56 1.91 2.25
O2 0.27 0.23 0.31 0.84 0.26 0.67 0.30 1.26 0.32 0.29 0.28 0.21 0.23 0.31 0.27 0.64 0.85 0.28 1.48 0.35 2.35 1.73 2.10
O2' 0.36 0.38 0.36 0.76 0.39 0.79 0.44 1.11 0.48 0.42 0.44 0.38 0.37 0.45 0.39 0.65 0.70 0.65 1.48 0.58 2.26 1.76 2.06
O3' 0.45 0.39 0.41 0.82 0.44 0.91 0.46 1.28 0.46 0.48 0.40 0.35 0.41 0.49 0.45 0.70 0.78 0.79 1.72 0.50 2.59 2.09 2.37
O4 0.26 0.24 0.46 1.17 0.27 0.88 0.33 1.60 0.36 0.31 0.31 0.22 0.24 0.35 0.27 0.53 1.28 0.36 1.72 0.42 2.70 2.05 2.36
O4' 0.44 0.32 0.33 0.46 0.42 0.29 0.48 0.67 0.46 0.51 0.36 0.28 0.35 0.53 0.46 0.72 0.48 0.29 0.90 0.53 1.77 1.24 1.42
O5' 0.29 0.23 0.28 0.59 0.28 0.43 0.32 0.87 0.30 0.36 0.24 0.26 0.24 0.38 0.30 0.67 0.61 0.21 1.19 0.36 2.13 1.51 1.79
OP1 0.28 0.28 0.31 0.69 0.27 0.55 0.34 0.99 0.31 0.41 0.24 0.41 0.26 0.45 0.30 0.66 0.75 0.29 1.34 0.40 2.32 1.64 1.93
OP2 0.50 0.46 0.43 0.65 0.48 0.52 0.49 0.94 0.49 0.50 0.46 0.45 0.47 0.51 0.49 0.77 0.67 0.43 1.22 0.51 2.10 1.55 1.81
P 0.42 0.30 0.33 0.54 0.40 0.37 0.46 0.79 0.44 0.51 0.34 0.26 0.33 0.53 0.44 0.74 0.58 0.28 1.11 0.50 2.04 1.43 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.03 0.24 0.01 0.25 0.02 0.93 0.53 0.48
C2 0.04 0.00 0.42 0.98 0.01 0.79 0.01 1.27 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.88 0.41 1.38 0.02 1.93 1.41 1.80
C2' 0.00 0.42 0.00 0.01 0.20 0.03 0.09 0.23 0.16 0.27 0.31 0.52 0.42 0.18 0.05 0.01 0.09 0.03 0.32 0.11 1.02 0.57 0.49
C3' 0.02 0.98 0.01 0.00 0.51 0.00 0.33 0.03 0.51 0.30 0.80 1.19 0.93 0.16 0.12 0.03 0.02 0.02 0.37 0.43 0.77 0.46 0.36
C4 0.02 0.01 0.20 0.51 0.00 0.37 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.42 0.22 0.75 0.01 1.32 0.80 1.04
C4' 0.02 0.79 0.03 0.00 0.37 0.00 0.21 0.01 0.35 0.35 0.61 0.99 0.75 0.22 0.07 0.23 0.06 0.01 0.02 0.28 0.50 0.23 0.15
C5 0.02 0.01 0.09 0.33 0.01 0.21 0.00 0.44 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.27 0.11 0.65 0.01 1.36 0.96 1.01
C5' 0.13 1.27 0.23 0.03 0.57 0.01 0.44 0.00 0.63 0.73 1.00 1.63 1.13 0.59 0.30 0.07 0.20 0.02 0.01 0.56 0.43 0.37 0.06
C6 0.02 0.02 0.16 0.51 0.01 0.35 0.00 0.63 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.33 0.44 0.19 0.86 0.00 1.55 1.07 1.27
C8 0.01 0.01 0.27 0.30 0.01 0.35 0.01 0.73 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.28 0.21 0.68 0.01 1.45 1.32 0.98
N1 0.04 0.00 0.31 0.80 0.01 0.61 0.00 1.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.72 0.32 1.19 0.01 1.83 1.27 1.64
N2 0.05 0.01 0.52 1.19 0.01 0.99 0.01 1.63 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.50 1.12 0.49 1.71 0.02 2.30 1.84 2.19
N3 0.04 0.01 0.42 0.93 0.00 0.75 0.01 1.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.38 0.79 0.41 1.22 0.02 1.64 1.14 1.52
N7 0.01 0.01 0.18 0.16 0.01 0.22 0.00 0.59 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.15 0.12 0.64 0.01 1.43 1.32 0.98
N9 0.00 0.01 0.05 0.12 0.01 0.07 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.18 0.16 0.04 0.41 0.01 1.14 0.75 0.69
O2' 0.03 0.41 0.01 0.03 0.25 0.23 0.30 0.07 0.33 0.33 0.35 0.50 0.38 0.35 0.18 0.00 0.12 0.15 0.17 0.35 0.93 0.46 0.37
O3' 0.24 0.88 0.09 0.02 0.42 0.06 0.27 0.20 0.44 0.28 0.72 1.12 0.79 0.15 0.16 0.12 0.00 0.18 0.44 0.37 0.75 0.53 0.41
O4' 0.01 0.41 0.03 0.02 0.22 0.01 0.11 0.02 0.19 0.21 0.32 0.49 0.41 0.12 0.04 0.15 0.18 0.00 0.43 0.15 0.92 0.51 0.59
O5' 0.25 1.38 0.32 0.37 0.75 0.02 0.65 0.01 0.86 0.68 1.19 1.71 1.22 0.64 0.41 0.17 0.44 0.43 0.00 0.82 0.01 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.43 0.01 0.28 0.01 0.56 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.35 0.37 0.15 0.82 0.00 1.57 1.15 1.25
OP1 0.93 1.93 1.02 0.77 1.32 0.50 1.36 0.43 1.55 1.45 1.83 2.30 1.64 1.43 1.14 0.93 0.75 0.92 0.01 1.57 0.00 0.00 0.01
OP2 0.53 1.41 0.57 0.46 0.80 0.23 0.96 0.37 1.07 1.32 1.27 1.84 1.14 1.32 0.75 0.46 0.53 0.51 0.01 1.15 0.00 0.00 0.01
P 0.48 1.80 0.49 0.36 1.04 0.15 1.01 0.06 1.27 0.98 1.64 2.19 1.52 0.98 0.69 0.37 0.41 0.59 0.01 1.25 0.01 0.01 0.00