ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53136

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
O4 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2' A 0, 0.014, 0.043, 0.072, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.043 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.005, 0.034, 0.064, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.034 std_dev=0.030
O2' A 0, 0.015, 0.057, 0.098, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.057 std_dev=0.041
C3' A 0, 0.027, 0.073, 0.119, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.073 std_dev=0.046
C4' A 0, 0.000, 0.051, 0.103, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.051 std_dev=0.051
O3' A 0, 0.046, 0.132, 0.219, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.132 std_dev=0.087
C5' A 0, 0.011, 0.098, 0.186, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.098 std_dev=0.088
C2 B 0, 0.062, 0.165, 0.267, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.165 std_dev=0.102
N2 B 0, 0.048, 0.156, 0.264, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.156 std_dev=0.108
O5' A 0, -0.002, 0.120, 0.243, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.120 std_dev=0.122
N1 B 0, 0.068, 0.191, 0.315, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.191 std_dev=0.124
N3 B 0, 0.109, 0.316, 0.522, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.316 std_dev=0.207
C6 B 0, 0.080, 0.344, 0.607, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.344 std_dev=0.264
P A 0, 0.108, 0.381, 0.654, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.381 std_dev=0.273
C4 B 0, 0.132, 0.424, 0.717, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.424 std_dev=0.293
C5 B 0, 0.116, 0.444, 0.772, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.444 std_dev=0.328
OP1 A 0, 0.128, 0.459, 0.791, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.459 std_dev=0.332
O6 B 0, 0.066, 0.419, 0.771, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.419 std_dev=0.353
OP2 A 0, 0.223, 0.626, 1.029, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.626 std_dev=0.403
N9 B 0, 0.178, 0.595, 1.013, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.595 std_dev=0.417
C2' B 0, 0.217, 0.667, 1.116, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.667 std_dev=0.449
N7 B 0, 0.145, 0.613, 1.081, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.613 std_dev=0.468
C1' B 0, 0.214, 0.695, 1.177, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.695 std_dev=0.482
O2' B 0, 0.213, 0.701, 1.190, 1.375 max_d=1.375 avg_d=0.701 std_dev=0.488
C8 B 0, 0.182, 0.683, 1.184, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.683 std_dev=0.501
C3' B 0, 0.211, 0.751, 1.291, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.751 std_dev=0.540
O3' B 0, 0.158, 0.709, 1.260, 1.532 max_d=1.532 avg_d=0.709 std_dev=0.551
O4' B 0, 0.273, 0.887, 1.501, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.887 std_dev=0.614
C4' B 0, 0.221, 0.902, 1.583, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.902 std_dev=0.681
C5' B 0, 0.242, 1.080, 1.918, 2.352 max_d=2.352 avg_d=1.080 std_dev=0.838
O5' B 0, 0.132, 0.984, 1.837, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.984 std_dev=0.853
P B 0, 0.282, 1.275, 2.268, 2.788 max_d=2.788 avg_d=1.275 std_dev=0.993
OP1 B 0, 0.440, 1.469, 2.498, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.469 std_dev=1.029
OP2 B 0, 0.439, 1.491, 2.544, 2.811 max_d=2.811 avg_d=1.491 std_dev=1.052

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.07 0.11 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.10 0.12 0.16 0.13
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.10 0.13 0.16 0.13
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.09 0.10 0.12 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.07 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.08 0.10 0.14 0.10
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.08 0.07 0.05
O4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.10 0.14 0.18 0.14
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.05 0.02 0.03 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.07 0.04 0.05 0.12 0.03 0.13 0.03 0.10 0.07 0.10 0.05 0.05 0.08 0.14 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.02 0.03 0.16 0.01 0.16 0.00 0.12 0.10 0.14 0.09 0.01 0.07 0.18 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.02 0.02 0.13 0.00 0.13 0.00 0.10 0.07 0.10 0.06 0.01 0.05 0.14 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.03 0.15 0.10 0.03 0.11 0.10 0.03 0.15 0.07 0.11 0.09 0.05 0.12 0.03 0.28 0.17 0.05 0.05 0.22 0.17 0.63 0.27
C2 0.17 0.05 0.24 0.22 0.06 0.25 0.04 0.20 0.10 0.05 0.09 0.08 0.10 0.04 0.09 0.38 0.29 0.17 0.16 0.16 0.11 0.46 0.12
C2' 0.06 0.06 0.14 0.08 0.06 0.08 0.12 0.04 0.16 0.09 0.11 0.13 0.06 0.14 0.05 0.26 0.14 0.05 0.05 0.23 0.23 0.66 0.32
C3' 0.07 0.08 0.14 0.08 0.09 0.08 0.15 0.08 0.19 0.14 0.12 0.14 0.07 0.18 0.09 0.26 0.13 0.08 0.08 0.26 0.33 0.71 0.39
C4 0.21 0.05 0.28 0.27 0.07 0.31 0.03 0.27 0.10 0.05 0.09 0.09 0.11 0.03 0.11 0.43 0.35 0.22 0.18 0.18 0.17 0.40 0.08
C4' 0.05 0.05 0.13 0.06 0.07 0.06 0.14 0.08 0.18 0.13 0.10 0.12 0.05 0.18 0.07 0.25 0.12 0.06 0.08 0.26 0.35 0.74 0.40
C5 0.16 0.05 0.25 0.22 0.04 0.24 0.06 0.19 0.13 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.39 0.30 0.16 0.12 0.21 0.07 0.48 0.13
C5' 0.06 0.06 0.13 0.07 0.08 0.07 0.15 0.10 0.18 0.15 0.10 0.12 0.06 0.19 0.09 0.26 0.12 0.07 0.10 0.26 0.40 0.77 0.44
C6 0.13 0.04 0.21 0.18 0.03 0.19 0.08 0.12 0.15 0.03 0.11 0.10 0.08 0.10 0.04 0.35 0.25 0.12 0.08 0.23 0.08 0.55 0.19
N1 0.13 0.04 0.20 0.17 0.03 0.18 0.07 0.12 0.13 0.03 0.10 0.09 0.08 0.08 0.05 0.34 0.24 0.11 0.09 0.20 0.07 0.55 0.19
N3 0.22 0.06 0.28 0.28 0.08 0.31 0.03 0.27 0.09 0.07 0.08 0.08 0.12 0.02 0.12 0.42 0.35 0.22 0.20 0.15 0.20 0.39 0.09
O2 0.18 0.06 0.24 0.23 0.08 0.25 0.05 0.21 0.08 0.08 0.09 0.07 0.11 0.04 0.11 0.36 0.28 0.18 0.18 0.13 0.14 0.45 0.12
O2' 0.05 0.05 0.11 0.05 0.07 0.06 0.13 0.08 0.16 0.11 0.11 0.11 0.05 0.14 0.07 0.23 0.09 0.06 0.07 0.22 0.28 0.70 0.36
O3' 0.10 0.10 0.15 0.08 0.12 0.10 0.18 0.15 0.20 0.18 0.12 0.16 0.10 0.22 0.13 0.25 0.10 0.12 0.14 0.27 0.44 0.76 0.46
O4 0.24 0.06 0.31 0.31 0.08 0.35 0.02 0.33 0.09 0.07 0.08 0.09 0.12 0.01 0.13 0.45 0.39 0.25 0.22 0.17 0.25 0.34 0.09
O4' 0.05 0.03 0.14 0.08 0.05 0.08 0.13 0.03 0.17 0.10 0.11 0.09 0.04 0.15 0.04 0.27 0.15 0.03 0.05 0.25 0.25 0.69 0.34
O5' 0.06 0.06 0.14 0.08 0.08 0.08 0.15 0.07 0.18 0.14 0.11 0.11 0.06 0.18 0.08 0.27 0.14 0.06 0.09 0.26 0.35 0.72 0.40
OP1 0.10 0.09 0.15 0.11 0.11 0.11 0.17 0.15 0.19 0.18 0.12 0.13 0.09 0.22 0.12 0.27 0.14 0.11 0.14 0.26 0.50 0.80 0.50
OP2 0.07 0.07 0.15 0.10 0.08 0.10 0.15 0.07 0.18 0.13 0.12 0.10 0.06 0.18 0.07 0.28 0.17 0.06 0.07 0.25 0.33 0.69 0.38
P 0.06 0.06 0.14 0.09 0.08 0.08 0.15 0.09 0.18 0.14 0.11 0.10 0.06 0.19 0.08 0.27 0.15 0.07 0.09 0.26 0.38 0.74 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.00 0.11 0.40 0.11
C2 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.07 0.01 0.09 0.00 0.11 0.54 0.21
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.18 0.31 0.08
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.05 0.10 0.03 0.07 0.04 0.10 0.05 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.21 0.21 0.07
C4 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.11 0.00 0.13 0.54 0.22
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.09 0.01 0.05 0.03 0.09 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.25 0.22 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.01 0.15 0.00 0.25 0.60 0.29
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.12 0.16 0.08 0.01 0.02 0.17 0.08 0.04 0.04 0.01 0.00 0.15 0.26 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.15 0.00 0.29 0.62 0.31
C8 0.00 0.00 0.02 0.10 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.02 0.17 0.00 0.22 0.57 0.27
N1 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.05 0.01 0.12 0.00 0.21 0.59 0.27
N2 0.02 0.00 0.10 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.11 0.01 0.08 0.00 0.07 0.53 0.19
N3 0.01 0.00 0.08 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.07 0.00 0.09 0.00 0.07 0.51 0.18
N7 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.02 0.18 0.00 0.32 0.63 0.32
N9 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.11 0.00 0.10 0.50 0.19
O2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.09 0.04 0.07 0.04 0.10 0.01 0.13 0.19 0.15 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.29 0.25 0.05
O3' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.07 0.04 0.06 0.12 0.05 0.11 0.07 0.12 0.05 0.03 0.00 0.01 0.10 0.08 0.35 0.16 0.13
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.14 0.02 0.16 0.35 0.12
O5' 0.08 0.09 0.02 0.04 0.11 0.02 0.15 0.00 0.15 0.17 0.12 0.08 0.09 0.18 0.11 0.02 0.10 0.14 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.02 0.17 0.00 0.37 0.64 0.35
OP1 0.11 0.11 0.18 0.21 0.13 0.25 0.25 0.26 0.29 0.22 0.21 0.07 0.07 0.32 0.10 0.29 0.35 0.16 0.00 0.37 0.00 0.00 0.00
OP2 0.40 0.54 0.31 0.21 0.54 0.22 0.60 0.13 0.62 0.57 0.59 0.53 0.51 0.63 0.50 0.25 0.16 0.35 0.00 0.64 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.21 0.08 0.07 0.22 0.02 0.29 0.01 0.31 0.27 0.27 0.19 0.18 0.32 0.19 0.05 0.13 0.12 0.00 0.35 0.00 0.00 0.00