ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53137

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 7, 12, 15, 13, 6, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.022, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.013 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.001, 0.030, 0.060, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.030 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.008, 0.042, 0.077, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.042 std_dev=0.035
N7 B 0, 0.095, 0.252, 0.408, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.252 std_dev=0.156
C8 B 0, 0.090, 0.266, 0.442, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.266 std_dev=0.176
C5 B 0, 0.129, 0.308, 0.487, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.308 std_dev=0.179
N9 B 0, 0.131, 0.316, 0.502, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.316 std_dev=0.186
C4 B 0, 0.141, 0.340, 0.538, 1.187 max_d=1.187 avg_d=0.340 std_dev=0.199
OP2 B 0, 0.067, 0.269, 0.471, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.269 std_dev=0.202
C1' B 0, 0.148, 0.359, 0.570, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.359 std_dev=0.211
O3' A 0, -0.038, 0.186, 0.410, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.186 std_dev=0.224
C6 B 0, 0.151, 0.378, 0.604, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.378 std_dev=0.226
O4' B 0, 0.146, 0.374, 0.601, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.374 std_dev=0.228
N6 B 0, 0.168, 0.397, 0.626, 1.620 max_d=1.620 avg_d=0.397 std_dev=0.229
O5' A 0, 0.055, 0.295, 0.535, 1.156 max_d=1.156 avg_d=0.295 std_dev=0.240
O4' A 0, -0.015, 0.226, 0.466, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.226 std_dev=0.241
C3' A 0, -0.011, 0.234, 0.478, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.234 std_dev=0.244
O5' B 0, 0.089, 0.333, 0.577, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.333 std_dev=0.244
C2' A 0, -0.018, 0.229, 0.476, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.229 std_dev=0.247
C2' B 0, 0.129, 0.377, 0.625, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.377 std_dev=0.248
N3 B 0, 0.165, 0.421, 0.676, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.421 std_dev=0.256
P B 0, 0.071, 0.329, 0.586, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.329 std_dev=0.257
C4' B 0, 0.128, 0.390, 0.651, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.390 std_dev=0.261
O2' B 0, 0.162, 0.429, 0.696, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.429 std_dev=0.267
C3' B 0, 0.100, 0.370, 0.640, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.370 std_dev=0.270
N1 B 0, 0.166, 0.460, 0.755, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.460 std_dev=0.294
C5' B 0, 0.108, 0.405, 0.702, 1.525 max_d=1.525 avg_d=0.405 std_dev=0.297
C2 B 0, 0.170, 0.470, 0.771, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.470 std_dev=0.300
O3' B 0, 0.087, 0.401, 0.715, 1.995 max_d=1.995 avg_d=0.401 std_dev=0.314
P A 0, 0.044, 0.374, 0.703, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.374 std_dev=0.330
C4' A 0, -0.069, 0.279, 0.627, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.279 std_dev=0.348
OP1 B 0, 0.080, 0.435, 0.790, 2.198 max_d=2.198 avg_d=0.435 std_dev=0.355
O2' A 0, -0.008, 0.372, 0.752, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.372 std_dev=0.380
OP2 A 0, 0.017, 0.572, 1.128, 2.397 max_d=2.397 avg_d=0.572 std_dev=0.556
C5' A 0, -0.123, 0.497, 1.117, 2.528 max_d=2.528 avg_d=0.497 std_dev=0.620
OP1 A 0, -0.082, 0.620, 1.322, 3.062 max_d=3.062 avg_d=0.620 std_dev=0.702

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.00 0.10 0.17 0.31 0.10
C2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.14 0.11 0.12 0.29 0.41 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.08 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.00 0.03 0.02 0.30 0.20 0.27 0.25
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.08 0.02 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.01 0.22 0.13 0.15 0.15
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.09 0.03 0.16 0.17 0.51 0.10
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.12 0.03 0.06 0.04 0.17 0.03 0.03 0.00 0.01 0.13 0.20 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.07 0.06 0.18 0.13 0.54 0.14
C5' 0.05 0.10 0.08 0.02 0.14 0.01 0.25 0.00 0.26 0.11 0.10 0.14 0.21 0.06 0.06 0.02 0.01 0.13 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.12 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.07 0.08 0.17 0.13 0.50 0.13
N1 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.12 0.16 0.42 0.09
N3 0.02 0.00 0.05 0.02 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.09 0.14 0.28 0.45 0.11
N4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.09 0.04 0.16 0.19 0.51 0.10
O2 0.03 0.01 0.06 0.06 0.02 0.17 0.02 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.18 0.19 0.13 0.39 0.36 0.18
O2' 0.02 0.11 0.00 0.03 0.08 0.03 0.11 0.06 0.12 0.04 0.11 0.09 0.17 0.00 0.06 0.02 0.31 0.19 0.31 0.27
O3' 0.12 0.14 0.03 0.01 0.09 0.03 0.07 0.06 0.07 0.10 0.13 0.09 0.18 0.06 0.00 0.08 0.15 0.13 0.16 0.11
O4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.04 0.19 0.02 0.08 0.00 0.12 0.20 0.33 0.12
O5' 0.10 0.12 0.30 0.22 0.16 0.01 0.18 0.01 0.17 0.12 0.14 0.16 0.13 0.31 0.15 0.12 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.29 0.20 0.13 0.17 0.13 0.13 0.13 0.13 0.16 0.28 0.19 0.39 0.19 0.13 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.41 0.27 0.15 0.51 0.20 0.54 0.18 0.50 0.42 0.45 0.51 0.36 0.31 0.16 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.12 0.25 0.15 0.10 0.04 0.14 0.02 0.13 0.09 0.11 0.10 0.18 0.27 0.11 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.11 0.13 0.13 0.10 0.12 0.09 0.12 0.11 0.13 0.12 0.10 0.13 0.10 0.12 0.14 0.13 0.14 0.11 0.15 0.11 0.12
C2 0.13 0.11 0.13 0.12 0.10 0.12 0.09 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.12 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11
C2' 0.12 0.15 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.12 0.13 0.11 0.16 0.12 0.16 0.09 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.17 0.13 0.13
C3' 0.12 0.11 0.12 0.11 0.09 0.11 0.09 0.12 0.10 0.11 0.11 0.10 0.12 0.09 0.11 0.12 0.11 0.13 0.11 0.15 0.11 0.12
C4 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11
C4' 0.13 0.15 0.12 0.09 0.13 0.10 0.13 0.11 0.14 0.13 0.15 0.14 0.15 0.12 0.13 0.12 0.09 0.12 0.10 0.15 0.12 0.11
C5 0.15 0.10 0.15 0.14 0.12 0.12 0.11 0.11 0.10 0.14 0.10 0.12 0.10 0.12 0.14 0.14 0.14 0.15 0.10 0.13 0.11 0.11
C5' 0.12 0.18 0.11 0.14 0.14 0.18 0.15 0.24 0.19 0.11 0.20 0.15 0.22 0.12 0.12 0.11 0.15 0.15 0.22 0.33 0.25 0.27
C6 0.15 0.10 0.14 0.14 0.11 0.13 0.10 0.12 0.09 0.14 0.10 0.11 0.10 0.11 0.14 0.14 0.14 0.15 0.11 0.15 0.12 0.12
N1 0.13 0.10 0.13 0.12 0.10 0.12 0.09 0.11 0.09 0.13 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.13 0.12 0.14 0.10 0.14 0.11 0.11
N3 0.12 0.09 0.13 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.12 0.10 0.09 0.11 0.10 0.11 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11
N4 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.13 0.14 0.12
O2 0.13 0.14 0.13 0.13 0.11 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.15 0.12 0.16 0.12 0.12 0.13 0.12 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12
O2' 0.15 0.24 0.15 0.16 0.16 0.16 0.17 0.18 0.23 0.14 0.27 0.19 0.27 0.14 0.14 0.16 0.18 0.16 0.18 0.30 0.22 0.22
O3' 0.19 0.15 0.18 0.17 0.15 0.17 0.14 0.16 0.14 0.18 0.16 0.15 0.16 0.15 0.17 0.19 0.17 0.19 0.15 0.21 0.15 0.17
O4' 0.16 0.16 0.15 0.12 0.15 0.12 0.15 0.11 0.15 0.16 0.15 0.15 0.15 0.15 0.16 0.15 0.12 0.15 0.10 0.13 0.11 0.11
O5' 0.16 0.16 0.15 0.15 0.16 0.17 0.16 0.18 0.17 0.15 0.17 0.16 0.17 0.15 0.16 0.15 0.16 0.17 0.18 0.22 0.18 0.18
OP1 0.25 0.44 0.25 0.19 0.36 0.15 0.39 0.16 0.46 0.28 0.48 0.38 0.50 0.34 0.30 0.24 0.18 0.19 0.15 0.28 0.18 0.20
OP2 0.47 0.39 0.48 0.49 0.43 0.53 0.41 0.56 0.38 0.46 0.37 0.42 0.36 0.43 0.45 0.48 0.49 0.50 0.55 0.59 0.56 0.57
P 0.11 0.16 0.12 0.10 0.14 0.11 0.15 0.15 0.18 0.13 0.18 0.15 0.19 0.14 0.13 0.11 0.12 0.10 0.13 0.23 0.16 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06
C2 0.04 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.03 0.06 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.07 0.05
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.06 0.07 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.08 0.07 0.06
C4 0.02 0.01 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.02 0.06 0.07 0.10 0.07
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.05 0.03 0.08 0.08 0.11 0.08
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.03 0.08 0.09 0.12 0.09
C8 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.08 0.08 0.10 0.08
N1 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.07 0.08 0.12 0.08
N3 0.04 0.00 0.08 0.07 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.09 0.04 0.06 0.07 0.10 0.07
N6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.04 0.09 0.11 0.14 0.11
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.06 0.04 0.09 0.09 0.12 0.09
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.06 0.09 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.06 0.03 0.05 0.04 0.07 0.02 0.09 0.10 0.06 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.05
O3' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.06 0.08 0.09 0.05 0.06 0.03 0.03 0.00 0.02 0.07 0.11 0.09 0.08
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.07 0.09 0.08
O5' 0.04 0.06 0.05 0.06 0.06 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.09 0.06 0.04 0.07 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.07 0.06 0.08 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.06 0.06 0.11 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.07 0.07 0.10 0.03 0.11 0.02 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.12 0.09 0.06 0.09 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.05 0.06 0.07 0.02 0.08 0.02 0.09 0.08 0.08 0.07 0.11 0.09 0.07 0.05 0.08 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00