ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53138

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 4, 7, 11, 8, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.007, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.014, 0.035, 0.055, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.035 std_dev=0.021
N4 A 0, 0.022, 0.050, 0.078, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.050 std_dev=0.028
C4' A 0, 0.139, 0.234, 0.330, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.234 std_dev=0.096
O4' A 0, 0.016, 0.127, 0.237, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.127 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.273, 0.400, 0.526, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.400 std_dev=0.126
C3' A 0, 0.445, 0.576, 0.707, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.576 std_dev=0.131
N7 B 0, 0.396, 0.540, 0.684, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.540 std_dev=0.144
O5' A 0, 0.239, 0.386, 0.533, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.386 std_dev=0.147
C8 B 0, 0.407, 0.557, 0.707, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.557 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.416, 0.570, 0.725, 0.882 max_d=0.882 avg_d=0.570 std_dev=0.154
N6 B 0, 0.407, 0.563, 0.720, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.563 std_dev=0.156
C6 B 0, 0.426, 0.588, 0.749, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.588 std_dev=0.161
N9 B 0, 0.436, 0.605, 0.774, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.605 std_dev=0.169
OP2 B 0, 0.416, 0.586, 0.757, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.586 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.425, 0.599, 0.774, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.599 std_dev=0.175
P B 0, 0.388, 0.566, 0.744, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.566 std_dev=0.178
O5' B 0, 0.416, 0.599, 0.781, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.599 std_dev=0.182
P A 0, 0.301, 0.489, 0.678, 1.013 max_d=1.013 avg_d=0.489 std_dev=0.188
N1 B 0, 0.443, 0.635, 0.828, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.635 std_dev=0.192
C1' B 0, 0.478, 0.673, 0.868, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.673 std_dev=0.195
O4' B 0, 0.409, 0.605, 0.801, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.605 std_dev=0.196
C5' B 0, 0.407, 0.604, 0.800, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.604 std_dev=0.196
N3 B 0, 0.430, 0.636, 0.841, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.636 std_dev=0.206
O2' A 0, 0.840, 1.046, 1.252, 1.304 max_d=1.304 avg_d=1.046 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.447, 0.655, 0.863, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.655 std_dev=0.208
C5' A 0, -0.004, 0.206, 0.417, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.206 std_dev=0.210
OP2 A 0, 0.336, 0.548, 0.759, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.548 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.438, 0.651, 0.865, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.651 std_dev=0.213
OP1 B 0, 0.397, 0.621, 0.846, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.621 std_dev=0.225
C2' B 0, 0.529, 0.755, 0.981, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.755 std_dev=0.226
C3' B 0, 0.523, 0.752, 0.982, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.752 std_dev=0.230
O3' B 0, 0.563, 0.844, 1.124, 1.612 max_d=1.612 avg_d=0.844 std_dev=0.281
O3' A 0, 1.425, 1.716, 2.008, 2.022 max_d=2.022 avg_d=1.716 std_dev=0.292
O2' B 0, 0.587, 0.895, 1.203, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.895 std_dev=0.308
OP1 A 0, 0.205, 0.530, 0.856, 1.991 max_d=1.991 avg_d=0.530 std_dev=0.326

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.15 0.07
C2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04 0.08 0.09 0.14 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.07 0.09 0.02 0.04 0.04 0.13 0.00 0.02 0.02 0.22 0.19 0.33 0.25
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.15 0.14 0.26 0.18
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.12 0.16 0.14 0.11
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.03
C5 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.03 0.13 0.18 0.13 0.12
C5' 0.03 0.07 0.07 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.10 0.07 0.09 0.12 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.07 0.04 0.12 0.15 0.13 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.09 0.09 0.14 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05 0.03 0.10 0.12 0.14 0.09
N4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.02 0.13 0.18 0.14 0.12
O2 0.01 0.00 0.13 0.06 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.06 0.07 0.07 0.07 0.15 0.07
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.06 0.13 0.04 0.13 0.04 0.04 0.09 0.17 0.00 0.04 0.03 0.18 0.16 0.38 0.25
O3' 0.08 0.05 0.02 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.00 0.07 0.10 0.12 0.25 0.15
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.07 0.03 0.07 0.00 0.08 0.09 0.08 0.08
O5' 0.06 0.08 0.22 0.15 0.12 0.01 0.13 0.00 0.12 0.09 0.10 0.13 0.07 0.18 0.10 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.19 0.14 0.16 0.05 0.18 0.06 0.15 0.09 0.12 0.18 0.07 0.16 0.12 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.14 0.33 0.26 0.14 0.10 0.13 0.06 0.13 0.14 0.14 0.14 0.15 0.38 0.25 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.25 0.18 0.11 0.03 0.12 0.01 0.11 0.08 0.09 0.12 0.07 0.25 0.15 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.06 0.09 0.09 0.09 0.10 0.07 0.11 0.10 0.12 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09 0.07 0.12 0.08 0.10 0.12 0.09
C2 0.13 0.13 0.07 0.11 0.12 0.10 0.11 0.08 0.13 0.11 0.14 0.13 0.14 0.10 0.12 0.08 0.09 0.13 0.10 0.10 0.14 0.10
C2' 0.07 0.15 0.14 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.15 0.08 0.17 0.12 0.18 0.09 0.08 0.20 0.07 0.09 0.09 0.12 0.12 0.11
C3' 0.10 0.12 0.08 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.14 0.10 0.14 0.10 0.09 0.14 0.09 0.14 0.11 0.13 0.14 0.11
C4 0.12 0.14 0.08 0.10 0.12 0.09 0.12 0.07 0.13 0.11 0.14 0.13 0.14 0.10 0.11 0.08 0.08 0.12 0.09 0.10 0.13 0.10
C4' 0.11 0.13 0.08 0.12 0.11 0.11 0.11 0.08 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.11 0.11 0.13 0.09 0.13 0.10 0.12 0.14 0.10
C5 0.10 0.11 0.07 0.10 0.09 0.09 0.10 0.07 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.09 0.10 0.09 0.07 0.11 0.09 0.09 0.12 0.09
C5' 0.14 0.20 0.13 0.14 0.16 0.13 0.16 0.09 0.19 0.14 0.21 0.17 0.20 0.14 0.14 0.19 0.13 0.15 0.12 0.12 0.16 0.11
C6 0.10 0.11 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.07 0.11 0.10 0.12 0.09 0.12 0.09 0.09 0.10 0.07 0.12 0.08 0.09 0.12 0.08
N1 0.10 0.12 0.06 0.10 0.10 0.09 0.10 0.07 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.09 0.10 0.08 0.07 0.12 0.08 0.09 0.13 0.09
N3 0.14 0.14 0.09 0.11 0.13 0.10 0.12 0.08 0.13 0.12 0.14 0.14 0.14 0.11 0.13 0.09 0.09 0.14 0.10 0.10 0.15 0.11
N4 0.13 0.15 0.09 0.10 0.14 0.09 0.13 0.09 0.15 0.11 0.16 0.15 0.15 0.11 0.13 0.10 0.09 0.11 0.11 0.11 0.14 0.11
O2 0.14 0.14 0.08 0.11 0.12 0.11 0.12 0.09 0.13 0.12 0.14 0.13 0.14 0.10 0.12 0.08 0.10 0.15 0.11 0.11 0.15 0.11
O2' 0.13 0.18 0.25 0.16 0.16 0.15 0.17 0.21 0.19 0.14 0.20 0.17 0.21 0.15 0.14 0.29 0.17 0.11 0.21 0.27 0.24 0.24
O3' 0.07 0.13 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.13 0.07 0.14 0.10 0.15 0.08 0.07 0.16 0.06 0.10 0.07 0.12 0.12 0.09
O4' 0.12 0.12 0.09 0.14 0.11 0.12 0.11 0.09 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.14 0.11 0.11 0.15 0.11
O5' 0.12 0.15 0.17 0.10 0.13 0.10 0.13 0.13 0.14 0.12 0.16 0.14 0.15 0.12 0.12 0.26 0.13 0.10 0.14 0.16 0.16 0.15
OP1 0.21 0.26 0.28 0.17 0.22 0.18 0.22 0.21 0.24 0.19 0.26 0.24 0.23 0.19 0.20 0.41 0.24 0.17 0.21 0.21 0.20 0.21
OP2 0.10 0.10 0.10 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.19 0.11 0.14 0.12 0.16 0.16 0.14
P 0.10 0.11 0.18 0.09 0.10 0.10 0.09 0.14 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.30 0.13 0.08 0.15 0.18 0.17 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05
C2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02 0.07 0.07 0.10 0.08
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.03 0.06 0.05 0.08 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.15 0.16 0.19 0.16
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.07 0.08 0.09 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.01 0.09 0.09 0.11 0.10
C5' 0.03 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.01 0.08 0.09 0.12 0.10
C8 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02 0.10 0.10 0.11 0.10
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.02 0.08 0.08 0.11 0.09
N3 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.02 0.06 0.06 0.09 0.07
N6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.02 0.09 0.11 0.13 0.11
N7 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.10 0.06 0.02 0.10 0.11 0.13 0.11
N9 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.07 0.09 0.02 0.10 0.08 0.08 0.05 0.11 0.10 0.05 0.00 0.05 0.04 0.14 0.16 0.24 0.16
O3' 0.11 0.11 0.03 0.01 0.09 0.01 0.08 0.10 0.08 0.07 0.10 0.11 0.07 0.06 0.09 0.05 0.00 0.07 0.07 0.11 0.07 0.08
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.07 0.09 0.08
O5' 0.06 0.07 0.15 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.08 0.10 0.08 0.06 0.09 0.10 0.08 0.14 0.07 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.06 0.07 0.16 0.05 0.08 0.04 0.09 0.04 0.09 0.10 0.08 0.06 0.11 0.11 0.08 0.16 0.11 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.10 0.19 0.05 0.09 0.03 0.11 0.02 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.13 0.09 0.24 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.16 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.10 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.16 0.08 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00