ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53143

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 11, 16, 7, 6, 5, 5, 3, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.001, 0.014, 0.028, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.014 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.017, 0.047, 0.076, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.047 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.012, 0.052, 0.092, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.052 std_dev=0.040
O4' A 0, 0.021, 0.102, 0.182, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.102 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.028, 0.109, 0.191, 0.329 max_d=0.329 avg_d=0.109 std_dev=0.082
O2' A 0, 0.096, 0.191, 0.286, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.191 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.064, 0.175, 0.285, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.175 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.072, 0.191, 0.309, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.191 std_dev=0.119
N7 B 0, 0.134, 0.292, 0.450, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.292 std_dev=0.158
O3' A 0, 0.085, 0.249, 0.413, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.249 std_dev=0.164
C5' A 0, 0.099, 0.275, 0.451, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.275 std_dev=0.176
O6 B 0, 0.092, 0.271, 0.449, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.271 std_dev=0.178
C5 B 0, 0.143, 0.324, 0.504, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.324 std_dev=0.180
C8 B 0, 0.148, 0.333, 0.518, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.333 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.116, 0.313, 0.511, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.313 std_dev=0.198
O5' A 0, 0.104, 0.316, 0.527, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.316 std_dev=0.212
N9 B 0, 0.165, 0.390, 0.615, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.390 std_dev=0.225
C4 B 0, 0.154, 0.390, 0.626, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.390 std_dev=0.236
OP2 A 0, 0.192, 0.445, 0.698, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.445 std_dev=0.253
N1 B 0, 0.116, 0.384, 0.652, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.384 std_dev=0.268
C1' B 0, 0.172, 0.441, 0.709, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.441 std_dev=0.269
P A 0, 0.158, 0.436, 0.715, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.436 std_dev=0.278
O4' B 0, 0.212, 0.517, 0.823, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.517 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.148, 0.456, 0.764, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.456 std_dev=0.308
C2 B 0, 0.131, 0.451, 0.771, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.451 std_dev=0.320
OP1 A 0, 0.232, 0.565, 0.898, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.565 std_dev=0.333
O3' B 0, 0.159, 0.535, 0.911, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.535 std_dev=0.376
C2' B 0, 0.132, 0.518, 0.903, 1.744 max_d=1.744 avg_d=0.518 std_dev=0.385
N2 B 0, 0.129, 0.527, 0.925, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.527 std_dev=0.398
C4' B 0, 0.145, 0.562, 0.980, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.562 std_dev=0.418
C3' B 0, 0.141, 0.565, 0.988, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.565 std_dev=0.423
O2' B 0, 0.152, 0.582, 1.011, 2.074 max_d=2.074 avg_d=0.582 std_dev=0.430
O5' B 0, 0.162, 0.626, 1.089, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.626 std_dev=0.464
C5' B 0, 0.074, 0.641, 1.209, 3.198 max_d=3.198 avg_d=0.641 std_dev=0.568
P B 0, 0.176, 0.768, 1.360, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.768 std_dev=0.592
OP2 B 0, 0.155, 0.842, 1.529, 2.949 max_d=2.949 avg_d=0.842 std_dev=0.687
OP1 B 0, 0.119, 0.943, 1.767, 3.645 max_d=3.645 avg_d=0.943 std_dev=0.824

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.05 0.02 0.08 0.10 0.11 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.09 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.05 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.11 0.09 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.12 0.13 0.14 0.11
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.03 0.14 0.14 0.14 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.13 0.12 0.12 0.10
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.10 0.10 0.07
N3 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.10 0.11 0.13 0.10
N4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.08 0.03 0.13 0.13 0.15 0.12
O2 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.08 0.03 0.07 0.09 0.11 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.06 0.06 0.08 0.00 0.03 0.03 0.03 0.10 0.08 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.07 0.03 0.06 0.08 0.08 0.03 0.00 0.01 0.06 0.13 0.11 0.07
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.07 0.05
O5' 0.05 0.08 0.03 0.04 0.12 0.01 0.14 0.01 0.13 0.09 0.10 0.13 0.07 0.03 0.06 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.08 0.10 0.10 0.11 0.13 0.08 0.14 0.07 0.12 0.10 0.11 0.13 0.09 0.10 0.13 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.11 0.09 0.09 0.14 0.04 0.14 0.02 0.12 0.10 0.13 0.15 0.11 0.08 0.11 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.05 0.05 0.11 0.02 0.12 0.02 0.10 0.07 0.10 0.12 0.07 0.04 0.07 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.15 0.13 0.13 0.13 0.15 0.12 0.20 0.12 0.13 0.14 0.17 0.14 0.12 0.13 0.14 0.13 0.16 0.28 0.12 0.63 0.42 0.38
C2 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.14 0.10 0.17 0.10 0.12 0.12 0.14 0.12 0.10 0.12 0.12 0.12 0.15 0.29 0.10 0.59 0.48 0.38
C2' 0.15 0.14 0.15 0.16 0.13 0.17 0.11 0.21 0.11 0.14 0.12 0.15 0.14 0.13 0.14 0.15 0.15 0.18 0.28 0.10 0.66 0.43 0.40
C3' 0.14 0.13 0.14 0.15 0.12 0.16 0.11 0.21 0.10 0.13 0.11 0.15 0.13 0.12 0.13 0.15 0.14 0.16 0.28 0.09 0.65 0.38 0.37
C4 0.12 0.12 0.11 0.11 0.11 0.13 0.10 0.18 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.14 0.30 0.10 0.52 0.43 0.33
C4' 0.14 0.15 0.13 0.14 0.13 0.15 0.12 0.22 0.12 0.13 0.14 0.17 0.14 0.12 0.13 0.15 0.13 0.16 0.27 0.12 0.64 0.36 0.36
C5 0.14 0.14 0.13 0.12 0.13 0.14 0.12 0.20 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.13 0.13 0.15 0.13 0.15 0.29 0.12 0.53 0.38 0.32
C5' 0.14 0.15 0.14 0.14 0.13 0.15 0.12 0.22 0.12 0.13 0.14 0.17 0.14 0.13 0.13 0.16 0.13 0.15 0.25 0.12 0.63 0.31 0.33
C6 0.14 0.15 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.20 0.13 0.14 0.14 0.16 0.14 0.13 0.13 0.15 0.13 0.16 0.28 0.13 0.57 0.38 0.33
N1 0.13 0.14 0.12 0.13 0.12 0.15 0.11 0.19 0.12 0.13 0.14 0.16 0.13 0.12 0.13 0.14 0.13 0.16 0.28 0.11 0.60 0.43 0.37
N3 0.12 0.11 0.10 0.11 0.10 0.13 0.09 0.17 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.11 0.12 0.12 0.14 0.30 0.10 0.55 0.48 0.36
N4 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.13 0.10 0.18 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.12 0.12 0.15 0.31 0.11 0.48 0.44 0.32
O2 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10 0.14 0.09 0.17 0.10 0.11 0.12 0.14 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.15 0.29 0.10 0.60 0.51 0.39
O2' 0.16 0.14 0.15 0.16 0.13 0.18 0.12 0.21 0.11 0.14 0.13 0.16 0.14 0.13 0.14 0.15 0.15 0.18 0.29 0.10 0.66 0.44 0.40
O3' 0.15 0.13 0.16 0.17 0.13 0.17 0.11 0.22 0.10 0.14 0.11 0.15 0.13 0.13 0.14 0.16 0.15 0.17 0.29 0.10 0.67 0.38 0.38
O4' 0.15 0.17 0.14 0.14 0.14 0.16 0.14 0.22 0.15 0.14 0.17 0.19 0.16 0.14 0.14 0.16 0.14 0.17 0.27 0.14 0.63 0.39 0.37
O5' 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.12 0.08 0.21 0.07 0.10 0.09 0.14 0.10 0.09 0.09 0.12 0.10 0.12 0.24 0.08 0.62 0.30 0.33
OP1 0.15 0.15 0.15 0.17 0.13 0.15 0.12 0.22 0.11 0.14 0.12 0.18 0.15 0.13 0.14 0.16 0.16 0.16 0.23 0.11 0.62 0.26 0.30
OP2 0.14 0.15 0.14 0.15 0.13 0.13 0.13 0.22 0.12 0.14 0.13 0.19 0.15 0.14 0.14 0.16 0.14 0.14 0.23 0.13 0.59 0.25 0.27
P 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.10 0.22 0.09 0.12 0.10 0.15 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.13 0.23 0.10 0.58 0.25 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.13 0.02 0.12 0.41 0.13
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.01 0.13 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.08 0.08 0.22 0.01 0.29 0.22 0.15
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.10 0.05 0.03 0.06 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.05 0.14 0.32 0.10
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.10 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.14 0.06 0.17 0.30 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.05 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.04 0.23 0.02 0.25 0.34 0.17
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.12 0.16 0.12 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.08 0.17 0.30 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.04 0.27 0.01 0.30 0.37 0.20
C5' 0.06 0.31 0.10 0.02 0.21 0.01 0.20 0.00 0.24 0.09 0.29 0.35 0.29 0.14 0.12 0.07 0.05 0.02 0.01 0.23 0.18 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.05 0.05 0.28 0.00 0.34 0.32 0.21
C8 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.24 0.02 0.23 0.45 0.20
N1 0.03 0.00 0.06 0.08 0.02 0.12 0.01 0.29 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.10 0.07 0.07 0.26 0.01 0.33 0.26 0.19
N2 0.04 0.01 0.07 0.10 0.01 0.16 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.10 0.09 0.20 0.01 0.29 0.21 0.15
N3 0.03 0.01 0.06 0.07 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.08 0.20 0.01 0.24 0.26 0.14
N7 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.03 0.27 0.02 0.28 0.43 0.22
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.01 0.20 0.02 0.20 0.41 0.17
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.07 0.04 0.07 0.07 0.08 0.05 0.10 0.11 0.09 0.06 0.04 0.00 0.05 0.02 0.11 0.09 0.15 0.33 0.10
O3' 0.06 0.08 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.05 0.07 0.07 0.10 0.07 0.06 0.05 0.05 0.00 0.07 0.13 0.05 0.22 0.32 0.09
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.09 0.08 0.03 0.01 0.02 0.07 0.00 0.14 0.05 0.11 0.42 0.13
O5' 0.13 0.22 0.11 0.14 0.23 0.02 0.27 0.01 0.28 0.24 0.26 0.20 0.20 0.27 0.20 0.11 0.13 0.14 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.05 0.05 0.29 0.00 0.37 0.33 0.23
OP1 0.12 0.29 0.14 0.17 0.25 0.17 0.30 0.18 0.34 0.23 0.33 0.29 0.24 0.28 0.20 0.15 0.22 0.11 0.02 0.37 0.00 0.01 0.01
OP2 0.41 0.22 0.32 0.30 0.34 0.30 0.37 0.18 0.32 0.45 0.26 0.21 0.26 0.43 0.41 0.33 0.32 0.42 0.02 0.33 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.15 0.10 0.09 0.17 0.06 0.20 0.01 0.21 0.20 0.19 0.15 0.14 0.22 0.17 0.10 0.09 0.13 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00