ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53144

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 9, 11, 13, 14, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.012, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.009, 0.026, 0.042, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.034 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.052, 0.120, 0.189, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.120 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.039, 0.109, 0.179, 0.451 max_d=0.451 avg_d=0.109 std_dev=0.070
N7 B 0, 0.117, 0.215, 0.314, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.215 std_dev=0.098
C3' A 0, 0.075, 0.183, 0.291, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.183 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.086, 0.203, 0.320, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.203 std_dev=0.117
C8 B 0, 0.123, 0.243, 0.363, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.243 std_dev=0.120
C5 B 0, 0.128, 0.261, 0.394, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.261 std_dev=0.133
O5' B 0, 0.112, 0.257, 0.401, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.257 std_dev=0.144
N9 B 0, 0.131, 0.278, 0.425, 0.608 max_d=0.608 avg_d=0.278 std_dev=0.147
C4 B 0, 0.137, 0.291, 0.445, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.291 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.100, 0.257, 0.413, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.257 std_dev=0.156
O4' B 0, 0.174, 0.332, 0.489, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.332 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.123, 0.281, 0.439, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.281 std_dev=0.158
OP2 B 0, 0.087, 0.251, 0.415, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.251 std_dev=0.164
C3' B 0, 0.182, 0.348, 0.514, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.348 std_dev=0.166
C1' B 0, 0.157, 0.326, 0.495, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.326 std_dev=0.169
C4' B 0, 0.185, 0.354, 0.523, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.354 std_dev=0.169
C2' B 0, 0.182, 0.354, 0.525, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.354 std_dev=0.172
C6 B 0, 0.138, 0.316, 0.494, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.316 std_dev=0.178
C5' B 0, 0.170, 0.352, 0.534, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.352 std_dev=0.182
P B 0, 0.134, 0.324, 0.513, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.324 std_dev=0.189
O2' B 0, 0.202, 0.393, 0.584, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.393 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.162, 0.355, 0.548, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.355 std_dev=0.193
O3' B 0, 0.210, 0.404, 0.599, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.404 std_dev=0.195
O6 B 0, 0.133, 0.334, 0.534, 1.531 max_d=1.531 avg_d=0.334 std_dev=0.200
C2 B 0, 0.169, 0.394, 0.619, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.394 std_dev=0.225
N1 B 0, 0.156, 0.382, 0.607, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.382 std_dev=0.226
P A 0, 0.295, 0.541, 0.788, 1.615 max_d=1.615 avg_d=0.541 std_dev=0.246
OP1 B 0, 0.204, 0.471, 0.737, 1.894 max_d=1.894 avg_d=0.471 std_dev=0.267
N2 B 0, 0.186, 0.468, 0.751, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.468 std_dev=0.283
O5' A 0, 0.309, 0.608, 0.906, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.608 std_dev=0.299
C5' A 0, 0.174, 0.493, 0.812, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.493 std_dev=0.319
OP2 A 0, 0.359, 0.691, 1.024, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.691 std_dev=0.333
OP1 A 0, 0.478, 0.988, 1.497, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.988 std_dev=0.509

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.65 0.12 0.24
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.06 0.03 0.20 0.66 0.12 0.25
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.09 0.00 0.02 0.01 0.13 0.56 0.08 0.18
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.08 0.07 0.02 0.00 0.03 0.19 0.46 0.10 0.14
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.10 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.03 0.29 0.57 0.12 0.23
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.11 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.44 0.09 0.09
C5 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.13 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.31 0.52 0.13 0.22
C5' 0.04 0.14 0.02 0.01 0.26 0.01 0.29 0.00 0.26 0.16 0.19 0.28 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.27 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.28 0.57 0.11 0.23
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.21 0.64 0.11 0.25
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.06 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.25 0.63 0.12 0.25
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.11 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.03 0.31 0.54 0.13 0.23
O2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.09 0.03 0.15 0.68 0.12 0.25
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.10 0.08 0.14 0.00 0.04 0.06 0.07 0.50 0.12 0.12
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.04 0.08 0.03 0.06 0.07 0.09 0.04 0.00 0.01 0.11 0.34 0.19 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.08 0.62 0.14 0.24
O5' 0.11 0.20 0.13 0.19 0.29 0.02 0.31 0.01 0.28 0.21 0.25 0.31 0.15 0.07 0.11 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.65 0.66 0.56 0.46 0.57 0.44 0.52 0.27 0.57 0.64 0.63 0.54 0.68 0.50 0.34 0.62 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.12 0.08 0.10 0.12 0.09 0.13 0.08 0.11 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12 0.19 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.25 0.18 0.14 0.23 0.09 0.22 0.01 0.23 0.25 0.25 0.23 0.25 0.12 0.05 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.06 0.11 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.12 0.06 0.13 0.12 0.08 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.09 0.14 0.13 0.11 0.11
C2 0.06 0.11 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.06 0.12 0.12 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.14 0.11 0.10 0.09
C2' 0.07 0.10 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.09 0.10 0.07 0.11 0.11 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.11 0.12 0.14 0.12 0.12
C3' 0.08 0.14 0.08 0.08 0.11 0.07 0.12 0.07 0.14 0.09 0.15 0.15 0.12 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.16 0.09 0.08 0.07
C4 0.06 0.08 0.05 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.10 0.06 0.10 0.09 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.12 0.11 0.10 0.09
C4' 0.12 0.15 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.13 0.15 0.12 0.16 0.16 0.14 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.13 0.16 0.12 0.13 0.12
C5 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.10 0.07 0.10 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.09 0.10 0.12 0.12 0.11 0.11
C5' 0.30 0.29 0.30 0.31 0.29 0.31 0.29 0.31 0.28 0.29 0.29 0.29 0.29 0.29 0.29 0.31 0.32 0.30 0.31 0.28 0.29 0.31 0.30
C6 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.09 0.11 0.06 0.11 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.13 0.13 0.11 0.11
N1 0.06 0.10 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.06 0.12 0.11 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.14 0.12 0.10 0.10
N3 0.06 0.09 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.07 0.11 0.06 0.11 0.10 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.07 0.08 0.13 0.10 0.10 0.09
N4 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.09 0.11 0.10 0.11 0.09
O2 0.07 0.12 0.06 0.06 0.08 0.06 0.09 0.07 0.12 0.07 0.14 0.14 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.08 0.14 0.10 0.09 0.09
O2' 0.13 0.11 0.12 0.12 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.12 0.12 0.12 0.12 0.14 0.14 0.11 0.15 0.14 0.14
O3' 0.07 0.12 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.05 0.12 0.08 0.13 0.14 0.10 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.14 0.09 0.07 0.06
O4' 0.07 0.12 0.06 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.13 0.07 0.13 0.13 0.09 0.07 0.06 0.07 0.08 0.08 0.10 0.15 0.13 0.11 0.11
O5' 0.33 0.26 0.31 0.31 0.28 0.35 0.26 0.36 0.25 0.30 0.25 0.26 0.28 0.27 0.30 0.32 0.30 0.36 0.35 0.25 0.36 0.33 0.37
OP1 0.45 0.54 0.43 0.40 0.51 0.39 0.53 0.36 0.56 0.47 0.57 0.55 0.52 0.51 0.47 0.42 0.37 0.42 0.38 0.59 0.31 0.38 0.34
OP2 0.14 0.15 0.13 0.12 0.13 0.15 0.14 0.16 0.16 0.13 0.16 0.15 0.14 0.14 0.13 0.14 0.13 0.16 0.15 0.18 0.16 0.14 0.15
P 0.18 0.20 0.18 0.18 0.19 0.18 0.20 0.18 0.21 0.18 0.21 0.21 0.19 0.19 0.18 0.18 0.17 0.19 0.18 0.23 0.19 0.18 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.04 0.01 0.06 0.09 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.05
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.01 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.05 0.00 0.07 0.10 0.06
C8 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.08 0.05
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.08 0.02 0.04 0.01 0.06 0.09 0.06
N2 0.03 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.03 0.04 0.01 0.06 0.09 0.05
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.02 0.04 0.01 0.05 0.08 0.04
N7 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.07 0.04
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.06 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.08 0.10 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.07 0.08 0.05 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04
O5' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.06 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.06 0.00 0.08 0.11 0.08
OP1 0.04 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.08 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.09 0.06 0.05 0.08 0.03 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.09 0.07 0.05 0.05 0.06 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00