ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53145

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 9, 8, 12, 7, 5, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.021, 0.038, 0.055, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.038 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.009, 0.033, 0.058, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.021, 0.077, 0.133, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.077 std_dev=0.056
O4' A 0, 0.018, 0.074, 0.131, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.074 std_dev=0.056
C3' A 0, 0.051, 0.111, 0.170, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.111 std_dev=0.060
C4' A 0, 0.036, 0.106, 0.176, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.106 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.062, 0.137, 0.212, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.137 std_dev=0.075
OP2 B 0, 0.079, 0.165, 0.250, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.165 std_dev=0.086
O2' A 0, 0.051, 0.144, 0.237, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.144 std_dev=0.093
P B 0, 0.125, 0.223, 0.321, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.223 std_dev=0.098
O5' B 0, 0.121, 0.224, 0.327, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.224 std_dev=0.103
O5' A 0, 0.143, 0.268, 0.393, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.268 std_dev=0.125
C5' A 0, 0.089, 0.215, 0.341, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.215 std_dev=0.126
N7 B 0, 0.156, 0.291, 0.426, 0.536 max_d=0.536 avg_d=0.291 std_dev=0.135
C5' B 0, 0.126, 0.277, 0.429, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.277 std_dev=0.152
OP1 B 0, 0.201, 0.355, 0.509, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.355 std_dev=0.154
C8 B 0, 0.140, 0.294, 0.449, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.294 std_dev=0.155
O6 B 0, 0.230, 0.390, 0.551, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.390 std_dev=0.160
C5 B 0, 0.197, 0.357, 0.518, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.357 std_dev=0.161
C6 B 0, 0.226, 0.399, 0.571, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.399 std_dev=0.173
P A 0, 0.139, 0.314, 0.489, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.314 std_dev=0.175
C4' B 0, 0.152, 0.332, 0.512, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.332 std_dev=0.180
N9 B 0, 0.176, 0.363, 0.550, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.363 std_dev=0.187
O4' B 0, 0.172, 0.361, 0.551, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.361 std_dev=0.189
C3' B 0, 0.149, 0.341, 0.534, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.341 std_dev=0.193
C4 B 0, 0.207, 0.401, 0.594, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.401 std_dev=0.193
OP1 A 0, 0.185, 0.381, 0.577, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.381 std_dev=0.196
OP2 A 0, 0.182, 0.394, 0.606, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.394 std_dev=0.212
O3' B 0, 0.160, 0.378, 0.595, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.378 std_dev=0.217
C1' B 0, 0.186, 0.405, 0.624, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.405 std_dev=0.219
N1 B 0, 0.258, 0.477, 0.696, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.477 std_dev=0.219
N3 B 0, 0.242, 0.477, 0.712, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.477 std_dev=0.235
C2' B 0, 0.165, 0.408, 0.650, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.408 std_dev=0.243
C2 B 0, 0.263, 0.508, 0.754, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.508 std_dev=0.245
N2 B 0, 0.298, 0.591, 0.884, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.591 std_dev=0.293
O2' B 0, 0.168, 0.464, 0.760, 1.411 max_d=1.411 avg_d=0.464 std_dev=0.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.13 0.04 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.08 0.12 0.05 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.05 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.10 0.10 0.07 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.11 0.10 0.07 0.07
C5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.10 0.12 0.06 0.06
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.13 0.05 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.09 0.11 0.06 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.03 0.11 0.09 0.07 0.07
O2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.05 0.04 0.07 0.13 0.05 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.10 0.00 0.03 0.01 0.07 0.15 0.07 0.10
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.11 0.05 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.13 0.05 0.04
O5' 0.05 0.08 0.05 0.04 0.10 0.01 0.11 0.01 0.10 0.08 0.09 0.11 0.07 0.07 0.03 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.13 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.07 0.12 0.13 0.11 0.09 0.13 0.15 0.11 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.05 0.05 0.04 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.07 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.07 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.08 0.06 0.09 0.06 0.10 0.05 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.05 0.10 0.06 0.12 0.09 0.07 0.06
C2 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.09 0.07 0.06
C2' 0.09 0.11 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.06 0.09 0.07 0.12 0.10 0.09 0.07
C3' 0.10 0.11 0.09 0.06 0.10 0.07 0.10 0.06 0.11 0.09 0.11 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.06 0.10 0.07 0.12 0.09 0.08 0.07
C4 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.07
C4' 0.11 0.12 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.06 0.11 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.11 0.06 0.11 0.07 0.12 0.08 0.07 0.06
C5 0.10 0.09 0.09 0.07 0.09 0.08 0.09 0.06 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.10 0.07 0.10 0.07 0.10 0.08 0.08 0.07
C5' 0.12 0.13 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.07 0.12 0.11 0.13 0.14 0.13 0.10 0.12 0.12 0.08 0.12 0.08 0.12 0.09 0.09 0.08
C6 0.10 0.10 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.06 0.11 0.10 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.06 0.10 0.07 0.12 0.08 0.08 0.07
N1 0.09 0.10 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.05 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.05 0.09 0.06 0.11 0.09 0.07 0.06
N3 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.06 0.09 0.09 0.07 0.06
N4 0.08 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.07 0.09 0.08 0.09 0.07
O2 0.08 0.08 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.09 0.06 0.10 0.10 0.07 0.06
O2' 0.09 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.11 0.09 0.12 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.08 0.09 0.09 0.13 0.12 0.10 0.09
O3' 0.09 0.11 0.08 0.06 0.09 0.06 0.09 0.05 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.06 0.09 0.06 0.12 0.09 0.07 0.06
O4' 0.11 0.11 0.09 0.07 0.10 0.07 0.10 0.05 0.12 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.10 0.10 0.06 0.10 0.06 0.13 0.08 0.07 0.06
O5' 0.14 0.15 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.13 0.14 0.14 0.15 0.15 0.14 0.13 0.14 0.14 0.12 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13
OP1 0.11 0.13 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.07 0.12 0.10 0.14 0.14 0.12 0.10 0.11 0.12 0.08 0.10 0.08 0.12 0.09 0.10 0.08
OP2 0.12 0.14 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.07 0.12 0.11 0.14 0.15 0.13 0.11 0.12 0.13 0.09 0.11 0.08 0.12 0.09 0.10 0.07
P 0.11 0.13 0.10 0.08 0.11 0.08 0.11 0.07 0.12 0.10 0.13 0.13 0.12 0.10 0.11 0.12 0.08 0.10 0.08 0.12 0.08 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.07 0.01 0.05 0.09 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.07 0.04
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.05 0.08 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.01 0.07 0.09 0.07
C5' 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.04 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.10 0.00 0.07 0.10 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.06 0.08 0.06
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.09 0.01 0.06 0.10 0.07
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.02 0.06 0.01 0.05 0.09 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.08 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.07 0.09 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.06 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.09 0.06 0.04
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.07
O5' 0.04 0.07 0.03 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.06 0.06 0.10 0.07 0.03 0.04 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.02 0.11 0.00 0.09 0.11 0.09
OP1 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.07 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.04 0.09 0.02 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.08 0.06 0.06 0.07 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.04 0.04 0.06 0.03 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00