ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53147

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.019, 0.038, 0.057, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.038 std_dev=0.019
N4 A 0, 0.016, 0.047, 0.079, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.047 std_dev=0.031
O3' A 0, 0.121, 0.219, 0.316, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.219 std_dev=0.097
C8 B 0, 0.146, 0.315, 0.483, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.315 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.092, 0.265, 0.437, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.265 std_dev=0.172
C2' A 0, 0.041, 0.235, 0.428, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.235 std_dev=0.194
N9 B 0, 0.226, 0.426, 0.627, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.426 std_dev=0.201
N7 B 0, 0.162, 0.371, 0.580, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.371 std_dev=0.209
C1' B 0, 0.173, 0.385, 0.597, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.385 std_dev=0.212
O4' B 0, 0.198, 0.413, 0.627, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.413 std_dev=0.214
O4' A 0, 0.007, 0.222, 0.437, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.222 std_dev=0.215
C4' B 0, 0.297, 0.514, 0.730, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.514 std_dev=0.217
C2' B 0, 0.212, 0.465, 0.718, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.465 std_dev=0.253
C3' B 0, 0.242, 0.497, 0.752, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.497 std_dev=0.255
C4' A 0, 0.058, 0.327, 0.597, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.327 std_dev=0.270
O2' A 0, 0.055, 0.366, 0.678, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.366 std_dev=0.312
O2' B 0, 0.237, 0.549, 0.861, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.549 std_dev=0.312
C4 B 0, 0.265, 0.621, 0.977, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.621 std_dev=0.356
C5' B 0, 0.285, 0.641, 0.997, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.641 std_dev=0.356
C5 B 0, 0.217, 0.582, 0.947, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.582 std_dev=0.365
O5' B 0, 0.187, 0.579, 0.970, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.579 std_dev=0.391
O3' B 0, 0.233, 0.668, 1.104, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.668 std_dev=0.435
OP2 B 0, 0.104, 0.563, 1.023, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.563 std_dev=0.460
C5' A 0, 0.109, 0.586, 1.064, 1.416 max_d=1.416 avg_d=0.586 std_dev=0.477
P B 0, 0.156, 0.653, 1.151, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.653 std_dev=0.497
N3 B 0, 0.321, 0.827, 1.333, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.827 std_dev=0.506
C6 B 0, 0.233, 0.781, 1.330, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.781 std_dev=0.548
O6 B 0, 0.231, 0.818, 1.405, 1.871 max_d=1.871 avg_d=0.818 std_dev=0.587
OP1 B 0, 0.182, 0.780, 1.378, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.780 std_dev=0.598
C2 B 0, 0.320, 0.999, 1.679, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.999 std_dev=0.680
N1 B 0, 0.278, 0.981, 1.684, 2.258 max_d=2.258 avg_d=0.981 std_dev=0.703
O5' A 0, 0.026, 0.739, 1.452, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.739 std_dev=0.713
OP2 A 0, 0.210, 1.028, 1.845, 2.455 max_d=2.455 avg_d=1.028 std_dev=0.817
N2 B 0, 0.371, 1.222, 2.073, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.222 std_dev=0.851
P A 0, 0.082, 0.946, 1.811, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.946 std_dev=0.865
OP1 A 0, 0.125, 1.015, 1.905, 2.461 max_d=2.461 avg_d=1.015 std_dev=0.890

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.07 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.12 0.03 0.06 0.06 0.11 0.12 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.05 0.12 0.00 0.02 0.00 0.06 0.10 0.06 0.07
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.09 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.18 0.22 0.13 0.19
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.02 0.05 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.03 0.07 0.29 0.28 0.24 0.28
C5' 0.03 0.05 0.05 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.17 0.08 0.08 0.15 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.03 0.10 0.27 0.22 0.20 0.25
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.11 0.07 0.10
N3 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.03 0.05 0.09 0.15 0.11 0.10
N4 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.03 0.20 0.26 0.15 0.21
O2 0.02 0.00 0.12 0.05 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.20 0.04 0.11 0.09 0.10 0.19 0.10
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.04 0.02 0.07 0.04 0.09 0.01 0.10 0.05 0.20 0.00 0.06 0.02 0.04 0.11 0.05 0.06
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.00 0.03 0.05 0.10 0.05 0.04
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.10 0.01 0.05 0.03 0.11 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.04 0.02
O5' 0.04 0.06 0.06 0.02 0.18 0.01 0.29 0.01 0.27 0.11 0.09 0.20 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.07 0.11 0.10 0.09 0.22 0.06 0.28 0.06 0.22 0.11 0.15 0.26 0.10 0.11 0.10 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.12 0.06 0.03 0.13 0.02 0.24 0.03 0.20 0.07 0.11 0.15 0.19 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.07 0.03 0.19 0.01 0.28 0.01 0.25 0.10 0.10 0.21 0.10 0.06 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.09 0.14 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.14 0.09 0.16 0.16 0.10 0.07 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07 0.17 0.06 0.06 0.06
C2 0.09 0.11 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.11 0.12 0.10 0.13 0.13 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.11 0.15 0.11 0.10 0.11
C2' 0.08 0.14 0.06 0.06 0.09 0.08 0.10 0.08 0.15 0.08 0.16 0.16 0.10 0.08 0.08 0.06 0.07 0.10 0.08 0.18 0.08 0.08 0.07
C3' 0.07 0.14 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.14 0.08 0.16 0.16 0.10 0.07 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.17 0.06 0.06 0.06
C4 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.13 0.15 0.14 0.12
C4' 0.07 0.13 0.07 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.13 0.07 0.15 0.15 0.08 0.06 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07 0.16 0.07 0.07 0.06
C5 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.09 0.08 0.11 0.12 0.12 0.11 0.08 0.10 0.10 0.09 0.11 0.13 0.08 0.14 0.09 0.07 0.05
C5' 0.07 0.16 0.05 0.04 0.10 0.07 0.12 0.10 0.17 0.06 0.19 0.18 0.12 0.08 0.07 0.04 0.04 0.08 0.09 0.20 0.12 0.11 0.11
C6 0.10 0.12 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.07 0.12 0.10 0.14 0.14 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.12 0.08 0.16 0.06 0.06 0.05
N1 0.09 0.12 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.13 0.09 0.14 0.14 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.16 0.07 0.07 0.06
N3 0.09 0.09 0.09 0.08 0.07 0.10 0.07 0.13 0.10 0.10 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.12 0.13 0.13 0.15 0.14 0.15
N4 0.11 0.13 0.09 0.08 0.12 0.10 0.13 0.13 0.15 0.12 0.15 0.13 0.12 0.13 0.11 0.10 0.09 0.11 0.14 0.17 0.22 0.22 0.19
O2 0.10 0.13 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.12 0.14 0.11 0.15 0.15 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.13 0.12 0.16 0.11 0.11 0.12
O2' 0.11 0.15 0.09 0.09 0.11 0.12 0.12 0.13 0.15 0.11 0.16 0.16 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.13 0.13 0.17 0.12 0.13 0.12
O3' 0.07 0.14 0.06 0.06 0.08 0.07 0.09 0.06 0.14 0.08 0.16 0.17 0.10 0.07 0.07 0.07 0.07 0.09 0.06 0.16 0.07 0.06 0.06
O4' 0.09 0.13 0.09 0.09 0.06 0.09 0.07 0.08 0.13 0.09 0.15 0.15 0.08 0.06 0.07 0.09 0.10 0.11 0.08 0.16 0.07 0.07 0.07
O5' 0.09 0.18 0.07 0.07 0.12 0.11 0.13 0.14 0.18 0.08 0.20 0.20 0.14 0.10 0.10 0.07 0.07 0.11 0.13 0.21 0.18 0.17 0.17
OP1 0.12 0.19 0.12 0.12 0.15 0.15 0.16 0.17 0.20 0.11 0.21 0.21 0.16 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.16 0.23 0.20 0.18 0.19
OP2 0.08 0.13 0.11 0.10 0.09 0.06 0.10 0.05 0.13 0.08 0.15 0.14 0.10 0.08 0.07 0.12 0.10 0.07 0.06 0.16 0.10 0.07 0.08
P 0.07 0.16 0.07 0.06 0.11 0.09 0.12 0.11 0.17 0.06 0.19 0.18 0.12 0.09 0.07 0.07 0.06 0.08 0.10 0.20 0.16 0.14 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03
C2 0.05 0.00 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.07 0.04 0.08 0.01 0.12 0.14 0.10
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.08 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.09 0.06 0.04
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.06 0.08 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.10 0.06 0.04
C4 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.07 0.01 0.11 0.11 0.09
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01
C5 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.10 0.01 0.14 0.15 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.05 0.04 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.05 0.02 0.11 0.01 0.16 0.18 0.14
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.02 0.11 0.10 0.09
N1 0.04 0.00 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.03 0.10 0.01 0.15 0.16 0.12
N2 0.06 0.00 0.08 0.08 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.09 0.05 0.07 0.01 0.12 0.13 0.09
N3 0.05 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.06 0.04 0.06 0.01 0.10 0.11 0.07
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.12 0.02 0.14 0.15 0.13
N9 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.09 0.06
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.10 0.14 0.10 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.09 0.05 0.02
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.09 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.11 0.05 0.04
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03
O5' 0.03 0.08 0.03 0.05 0.07 0.01 0.10 0.01 0.11 0.10 0.10 0.07 0.06 0.12 0.06 0.02 0.06 0.02 0.00 0.13 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.02 0.13 0.00 0.19 0.20 0.17
OP1 0.06 0.12 0.09 0.10 0.11 0.05 0.14 0.03 0.16 0.11 0.15 0.12 0.10 0.14 0.09 0.09 0.11 0.03 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.14 0.06 0.06 0.11 0.03 0.15 0.01 0.18 0.10 0.16 0.13 0.11 0.15 0.09 0.05 0.05 0.05 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.10 0.04 0.04 0.09 0.01 0.12 0.01 0.14 0.09 0.12 0.09 0.07 0.13 0.06 0.02 0.04 0.03 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00