ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53149

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.013, 0.024, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.027 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.014, 0.027, 0.040, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.020, 0.034, 0.048, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.034 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.022, 0.039, 0.056, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.039 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.037, 0.064, 0.090, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.064 std_dev=0.027
N4 A 0, 0.042, 0.086, 0.130, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.086 std_dev=0.044
N7 B 0, 0.271, 0.581, 0.891, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.581 std_dev=0.310
C8 B 0, 0.270, 0.615, 0.960, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.615 std_dev=0.345
O6 B 0, 0.231, 0.604, 0.978, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.604 std_dev=0.373
C5 B 0, 0.221, 0.613, 1.005, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.613 std_dev=0.392
C6 B 0, 0.220, 0.637, 1.054, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.637 std_dev=0.417
N9 B 0, 0.229, 0.672, 1.115, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.672 std_dev=0.443
C4 B 0, 0.234, 0.695, 1.157, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.695 std_dev=0.462
N1 B 0, 0.258, 0.769, 1.281, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.769 std_dev=0.512
C1' B 0, 0.252, 0.779, 1.305, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.779 std_dev=0.526
N3 B 0, 0.292, 0.842, 1.392, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.842 std_dev=0.550
C2 B 0, 0.301, 0.870, 1.440, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.870 std_dev=0.570
N2 B 0, 0.343, 0.993, 1.643, 2.320 max_d=2.320 avg_d=0.993 std_dev=0.650
O4' A 0, 0.254, 0.952, 1.650, 1.943 max_d=1.943 avg_d=0.952 std_dev=0.698
C2' A 0, 0.329, 1.094, 1.859, 2.058 max_d=2.058 avg_d=1.094 std_dev=0.765
C2' B 0, 0.353, 1.128, 1.903, 2.115 max_d=2.115 avg_d=1.128 std_dev=0.775
O3' A 0, 0.039, 0.910, 1.781, 2.422 max_d=2.422 avg_d=0.910 std_dev=0.871
C3' A 0, 0.097, 1.043, 1.988, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.043 std_dev=0.946
O4' B 0, 0.312, 1.275, 2.238, 2.585 max_d=2.585 avg_d=1.275 std_dev=0.963
C4' A 0, 0.170, 1.193, 2.216, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.193 std_dev=1.023
O2' B 0, 0.395, 1.514, 2.633, 3.029 max_d=3.029 avg_d=1.514 std_dev=1.119
C4' B 0, 0.329, 1.462, 2.594, 3.148 max_d=3.148 avg_d=1.462 std_dev=1.133
O2' A 0, 0.694, 1.860, 3.025, 3.179 max_d=3.179 avg_d=1.860 std_dev=1.165
C3' B 0, 0.282, 1.471, 2.660, 3.390 max_d=3.390 avg_d=1.471 std_dev=1.189
O3' B 0, 0.312, 1.670, 3.029, 3.790 max_d=3.790 avg_d=1.670 std_dev=1.359
C5' A 0, 0.241, 1.905, 3.569, 4.428 max_d=4.428 avg_d=1.905 std_dev=1.664
O5' A 0, -0.367, 1.715, 3.798, 5.081 max_d=5.081 avg_d=1.715 std_dev=2.083
C5' B 0, -0.068, 2.188, 4.445, 5.781 max_d=5.781 avg_d=2.188 std_dev=2.257
O5' B 0, -0.180, 2.292, 4.765, 6.195 max_d=6.195 avg_d=2.292 std_dev=2.473
OP2 A 0, -0.219, 2.449, 5.117, 6.660 max_d=6.660 avg_d=2.449 std_dev=2.668
P A 0, -0.307, 2.393, 5.093, 6.629 max_d=6.629 avg_d=2.393 std_dev=2.700
OP1 A 0, -0.318, 2.750, 5.819, 7.580 max_d=7.580 avg_d=2.750 std_dev=3.068
OP2 B 0, -0.542, 2.924, 6.391, 8.576 max_d=8.576 avg_d=2.924 std_dev=3.467
P B 0, -0.651, 3.040, 6.731, 8.878 max_d=8.878 avg_d=3.040 std_dev=3.691
OP1 B 0, -0.652, 3.719, 8.090, 10.652 max_d=10.652 avg_d=3.719 std_dev=4.371

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.22 0.01 0.15 0.19 0.46 0.20
C2 0.03 0.00 0.22 0.27 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.15 0.20 0.15 0.11 0.36 0.14
C2' 0.00 0.22 0.00 0.01 0.03 0.03 0.15 0.12 0.22 0.02 0.17 0.03 0.38 0.01 0.04 0.01 0.36 0.40 0.45 0.34
C3' 0.02 0.27 0.01 0.00 0.34 0.01 0.29 0.02 0.22 0.20 0.33 0.37 0.23 0.03 0.01 0.02 0.34 0.27 0.07 0.21
C4 0.02 0.01 0.03 0.34 0.00 0.17 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.22 0.04 0.33 0.23 0.36 0.25
C4' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.17 0.00 0.27 0.01 0.27 0.09 0.08 0.19 0.18 0.23 0.03 0.01 0.01 0.09 0.24 0.04
C5 0.01 0.01 0.15 0.29 0.00 0.27 0.00 0.44 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.45 0.20 0.16 0.42 0.29 0.38 0.33
C5' 0.04 0.15 0.12 0.02 0.32 0.01 0.44 0.00 0.40 0.17 0.21 0.37 0.22 0.15 0.15 0.03 0.01 0.10 0.15 0.03
C6 0.01 0.00 0.22 0.22 0.00 0.27 0.00 0.40 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.44 0.14 0.21 0.33 0.21 0.39 0.23
N1 0.02 0.00 0.02 0.20 0.01 0.09 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.18 0.12 0.03 0.16 0.12 0.40 0.14
N3 0.03 0.00 0.17 0.33 0.00 0.08 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.19 0.15 0.21 0.12 0.34 0.14
N4 0.02 0.01 0.03 0.37 0.00 0.19 0.01 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.26 0.04 0.38 0.30 0.40 0.31
O2 0.03 0.00 0.38 0.23 0.01 0.18 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.34 0.15 0.35 0.19 0.18 0.38 0.21
O2' 0.02 0.14 0.01 0.03 0.30 0.23 0.45 0.15 0.44 0.18 0.17 0.32 0.34 0.00 0.12 0.17 0.32 0.42 0.49 0.34
O3' 0.22 0.15 0.04 0.01 0.22 0.03 0.20 0.15 0.14 0.12 0.19 0.26 0.15 0.12 0.00 0.15 0.49 0.53 0.35 0.47
O4' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.04 0.01 0.16 0.03 0.21 0.03 0.15 0.04 0.35 0.17 0.15 0.00 0.30 0.26 0.59 0.34
O5' 0.15 0.15 0.36 0.34 0.33 0.01 0.42 0.01 0.33 0.16 0.21 0.38 0.19 0.32 0.49 0.30 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.19 0.11 0.40 0.27 0.23 0.09 0.29 0.10 0.21 0.12 0.12 0.30 0.18 0.42 0.53 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.46 0.36 0.45 0.07 0.36 0.24 0.38 0.15 0.39 0.40 0.34 0.40 0.38 0.49 0.35 0.59 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.14 0.34 0.21 0.25 0.04 0.33 0.03 0.23 0.14 0.14 0.31 0.21 0.34 0.47 0.34 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.22 0.16 0.42 0.84 0.20 0.27 0.23 0.10 0.20 0.29 0.16 0.19 0.17 0.30 0.23 0.15 0.90 0.13 0.50 0.23 0.18 0.48 0.38
C2 0.24 0.20 0.46 0.96 0.22 0.44 0.24 0.40 0.21 0.29 0.19 0.21 0.20 0.30 0.25 0.13 0.95 0.20 0.82 0.21 0.59 0.98 0.87
C2' 0.21 0.29 0.49 0.83 0.26 0.16 0.29 0.17 0.33 0.26 0.32 0.31 0.26 0.30 0.24 0.28 0.92 0.16 0.25 0.39 0.44 0.09 0.10
C3' 0.41 0.47 0.21 0.19 0.39 0.58 0.31 0.91 0.30 0.30 0.39 0.53 0.46 0.26 0.37 0.36 0.29 0.74 0.63 0.23 1.30 0.79 0.86
C4 0.24 0.19 0.38 0.85 0.21 0.40 0.22 0.33 0.19 0.28 0.18 0.20 0.19 0.28 0.24 0.07 0.79 0.20 0.78 0.18 0.45 0.94 0.81
C4' 0.29 0.55 0.17 0.20 0.34 0.40 0.25 0.69 0.31 0.13 0.49 0.68 0.48 0.11 0.25 0.38 0.30 0.53 0.38 0.24 1.01 0.40 0.52
C5 0.22 0.17 0.31 0.68 0.20 0.24 0.22 0.14 0.18 0.26 0.17 0.19 0.18 0.27 0.22 0.11 0.67 0.14 0.48 0.19 0.28 0.50 0.38
C5' 0.62 0.96 0.60 0.32 0.68 0.84 0.55 1.20 0.64 0.39 0.87 1.13 0.86 0.35 0.56 0.79 0.22 0.87 0.84 0.52 1.64 0.91 1.05
C6 0.21 0.17 0.32 0.69 0.19 0.20 0.21 0.14 0.19 0.26 0.16 0.19 0.17 0.27 0.22 0.11 0.72 0.13 0.40 0.21 0.34 0.38 0.28
N1 0.22 0.18 0.40 0.83 0.20 0.29 0.22 0.15 0.19 0.27 0.17 0.20 0.18 0.28 0.23 0.11 0.85 0.14 0.56 0.21 0.20 0.60 0.49
N3 0.25 0.21 0.46 0.98 0.23 0.50 0.24 0.51 0.21 0.30 0.20 0.22 0.21 0.30 0.26 0.12 0.93 0.24 0.95 0.20 0.77 1.19 1.05
N4 0.25 0.20 0.38 0.86 0.22 0.48 0.23 0.47 0.19 0.29 0.20 0.21 0.21 0.29 0.26 0.09 0.76 0.27 0.93 0.18 0.65 1.17 1.03
O2 0.25 0.21 0.51 1.05 0.23 0.51 0.24 0.54 0.21 0.30 0.20 0.23 0.21 0.30 0.26 0.18 1.05 0.22 0.94 0.22 0.83 1.15 1.04
O2' 0.72 0.81 1.08 1.43 0.76 0.70 0.76 0.45 0.80 0.71 0.82 0.84 0.78 0.73 0.73 0.87 1.56 0.43 0.76 0.81 0.25 0.55 0.52
O3' 0.38 0.46 0.14 0.20 0.35 0.57 0.26 0.92 0.25 0.23 0.37 0.55 0.45 0.19 0.32 0.27 0.36 0.75 0.70 0.17 1.37 0.91 0.97
O4' 0.10 0.31 0.16 0.55 0.13 0.09 0.12 0.21 0.16 0.18 0.29 0.43 0.23 0.19 0.11 0.17 0.61 0.17 0.33 0.15 0.42 0.33 0.23
O5' 0.77 1.12 0.80 0.57 0.82 1.07 0.66 1.47 0.75 0.50 1.01 1.31 1.02 0.45 0.70 0.96 0.50 1.05 1.14 0.60 1.99 1.22 1.36
OP1 0.94 1.28 1.06 0.96 0.94 1.47 0.73 2.02 0.79 0.58 1.11 1.53 1.20 0.50 0.83 1.13 0.86 1.31 1.70 0.58 2.84 1.91 2.08
OP2 1.00 1.33 1.12 1.05 1.00 1.53 0.79 2.07 0.84 0.67 1.16 1.55 1.24 0.58 0.89 1.18 0.97 1.37 1.76 0.61 2.87 1.97 2.12
P 0.91 1.31 1.04 0.89 0.95 1.36 0.76 1.86 0.84 0.57 1.17 1.55 1.20 0.50 0.82 1.14 0.81 1.23 1.51 0.65 2.55 1.65 1.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.01 0.13 0.01 0.18 0.13 0.08
C2 0.02 0.00 0.14 0.25 0.00 0.65 0.01 1.36 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.11 0.48 1.05 0.01 2.09 1.30 1.40
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.21 0.05 0.09 0.10 0.18 0.16 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.05 0.26 0.13 0.06
C3' 0.02 0.25 0.00 0.00 0.07 0.00 0.28 0.02 0.20 0.55 0.06 0.44 0.28 0.52 0.24 0.02 0.01 0.03 0.35 0.30 0.10 0.40 0.28
C4 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.26 0.00 0.63 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.06 0.26 0.36 0.01 0.88 0.39 0.42
C4' 0.01 0.65 0.02 0.00 0.26 0.00 0.06 0.00 0.20 0.41 0.46 0.84 0.62 0.29 0.06 0.29 0.02 0.00 0.03 0.11 0.07 0.17 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.28 0.00 0.06 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.19 0.13 0.30 0.01 0.50 0.14 0.18
C5' 0.11 1.36 0.21 0.02 0.63 0.00 0.31 0.00 0.58 0.53 1.05 1.72 1.25 0.32 0.09 0.11 0.21 0.02 0.01 0.42 0.08 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.20 0.00 0.20 0.00 0.58 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.20 0.22 0.34 0.00 0.95 0.30 0.40
C8 0.01 0.00 0.09 0.55 0.01 0.41 0.00 0.53 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.30 0.22 0.25 0.96 0.01 0.69 1.01 1.03
N1 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.46 0.00 1.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.10 0.38 0.74 0.01 1.69 0.94 1.03
N2 0.03 0.00 0.18 0.44 0.00 0.84 0.01 1.72 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.20 0.56 1.42 0.01 2.75 1.79 1.94
N3 0.02 0.00 0.16 0.28 0.00 0.62 0.00 1.25 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.16 0.17 0.47 0.93 0.01 1.74 1.10 1.18
N7 0.01 0.00 0.08 0.52 0.00 0.29 0.00 0.32 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.30 0.30 0.12 0.81 0.01 0.49 0.92 0.87
N9 0.00 0.00 0.02 0.24 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.18 0.06 0.02 0.31 0.01 0.18 0.22 0.24
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.15 0.29 0.22 0.11 0.21 0.30 0.16 0.23 0.16 0.30 0.18 0.00 0.06 0.19 0.27 0.24 0.09 0.19 0.19
O3' 0.26 0.11 0.01 0.01 0.06 0.02 0.19 0.21 0.20 0.22 0.10 0.20 0.17 0.30 0.06 0.06 0.00 0.21 0.41 0.29 0.44 0.47 0.40
O4' 0.01 0.48 0.01 0.03 0.26 0.00 0.13 0.02 0.22 0.25 0.38 0.56 0.47 0.12 0.02 0.19 0.21 0.00 0.10 0.17 0.12 0.23 0.04
O5' 0.13 1.05 0.14 0.35 0.36 0.03 0.30 0.01 0.34 0.96 0.74 1.42 0.93 0.81 0.31 0.27 0.41 0.10 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.30 0.01 0.11 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.29 0.17 0.32 0.00 0.73 0.13 0.25
OP1 0.18 2.09 0.26 0.10 0.88 0.07 0.50 0.08 0.95 0.69 1.69 2.75 1.74 0.49 0.18 0.09 0.44 0.12 0.01 0.73 0.00 0.02 0.00
OP2 0.13 1.30 0.13 0.40 0.39 0.17 0.14 0.15 0.30 1.01 0.94 1.79 1.10 0.92 0.22 0.19 0.47 0.23 0.01 0.13 0.02 0.00 0.00
P 0.08 1.40 0.06 0.28 0.42 0.03 0.18 0.01 0.40 1.03 1.03 1.94 1.18 0.87 0.24 0.19 0.40 0.04 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00