ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53150

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.007, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.034 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.037 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.220, 0.614, 1.007, 0.958 max_d=0.958 avg_d=0.614 std_dev=0.393
O2' A 0, 0.232, 0.653, 1.074, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.653 std_dev=0.421
O4' A 0, 0.282, 0.730, 1.179, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.730 std_dev=0.449
C4 B 0, 0.284, 0.736, 1.188, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.736 std_dev=0.452
N3 B 0, 0.169, 0.738, 1.306, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.738 std_dev=0.568
N9 B 0, 0.231, 0.808, 1.385, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.808 std_dev=0.577
C1' B 0, 0.252, 0.835, 1.417, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.835 std_dev=0.582
N1 B 0, 0.462, 1.094, 1.727, 1.512 max_d=1.512 avg_d=1.094 std_dev=0.633
C5 B 0, 0.267, 0.932, 1.597, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.932 std_dev=0.665
C3' A 0, 0.472, 1.148, 1.824, 1.641 max_d=1.641 avg_d=1.148 std_dev=0.676
C4' A 0, 0.497, 1.197, 1.898, 1.690 max_d=1.690 avg_d=1.197 std_dev=0.701
C2 B 0, 0.251, 0.958, 1.664, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.958 std_dev=0.707
C6 B 0, 0.308, 1.039, 1.770, 1.728 max_d=1.728 avg_d=1.039 std_dev=0.731
C8 B 0, 0.476, 1.220, 1.964, 1.826 max_d=1.826 avg_d=1.220 std_dev=0.744
N7 B 0, 0.497, 1.289, 2.080, 1.943 max_d=1.943 avg_d=1.289 std_dev=0.791
O3' A 0, 0.589, 1.395, 2.201, 1.894 max_d=1.894 avg_d=1.395 std_dev=0.806
O4' B 0, 0.245, 1.148, 2.051, 2.038 max_d=2.038 avg_d=1.148 std_dev=0.903
O6 B 0, 0.321, 1.266, 2.212, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.266 std_dev=0.946
N2 B 0, 0.118, 1.200, 2.283, 2.958 max_d=2.958 avg_d=1.200 std_dev=1.082
C3' B 0, 0.809, 1.919, 3.029, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.919 std_dev=1.110
C4' B 0, 0.685, 1.804, 2.924, 2.748 max_d=2.748 avg_d=1.804 std_dev=1.119
C5' A 0, 0.818, 2.021, 3.224, 2.937 max_d=2.937 avg_d=2.021 std_dev=1.203
C2' B 0, 0.393, 1.645, 2.898, 2.862 max_d=2.862 avg_d=1.645 std_dev=1.252
O5' B 0, 0.961, 2.447, 3.934, 3.650 max_d=3.650 avg_d=2.447 std_dev=1.486
O5' A 0, 1.066, 2.622, 4.179, 3.794 max_d=3.794 avg_d=2.622 std_dev=1.557
O3' B 0, 0.841, 2.478, 4.115, 4.603 max_d=4.603 avg_d=2.478 std_dev=1.637
P B 0, 1.125, 2.766, 4.406, 4.007 max_d=4.007 avg_d=2.766 std_dev=1.640
C5' B 0, 0.764, 2.445, 4.127, 4.017 max_d=4.017 avg_d=2.445 std_dev=1.681
O2' B 0, 0.735, 2.455, 4.176, 4.070 max_d=4.070 avg_d=2.455 std_dev=1.720
OP1 B 0, 1.076, 2.897, 4.717, 4.465 max_d=4.465 avg_d=2.897 std_dev=1.821
OP2 B 0, 1.243, 3.088, 4.933, 4.893 max_d=4.893 avg_d=3.088 std_dev=1.845
P A 0, 1.333, 3.387, 5.442, 5.034 max_d=5.034 avg_d=3.387 std_dev=2.055
OP2 A 0, 1.293, 3.379, 5.464, 5.113 max_d=5.113 avg_d=3.379 std_dev=2.086
OP1 A 0, 1.580, 3.935, 6.290, 5.757 max_d=5.757 avg_d=3.935 std_dev=2.355

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.06 0.07 0.04
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.07 0.05 0.03 0.05 0.14 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.06 0.02 0.15 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.02
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.14 0.00 0.17 0.02 0.16 0.09 0.13 0.16 0.13 0.01 0.00 0.00 0.09 0.10 0.06 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.15 0.01 0.14 0.23 0.30 0.23
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.04 0.09 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.08 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.07 0.17 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.19 0.05 0.20 0.27 0.33 0.28
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.14 0.00 0.18 0.00 0.16 0.07 0.08 0.16 0.03 0.05 0.07 0.02 0.00 0.08 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.11 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.17 0.06 0.16 0.19 0.24 0.21
N1 0.01 0.01 0.00 0.09 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.06 0.14 0.10
N3 0.01 0.00 0.06 0.13 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.10 0.04 0.07 0.13 0.21 0.16
N4 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.09 0.01 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.17 0.01 0.17 0.28 0.35 0.27
O2 0.02 0.00 0.15 0.13 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.11 0.09 0.04 0.03 0.10 0.07
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.07 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.15 0.00 0.07 0.05 0.04 0.08 0.00 0.04
O3' 0.04 0.07 0.03 0.00 0.15 0.02 0.19 0.07 0.17 0.07 0.10 0.17 0.11 0.07 0.00 0.01 0.16 0.20 0.16 0.17
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.09 0.05 0.01 0.00 0.11 0.10 0.10 0.07
O5' 0.05 0.03 0.03 0.09 0.14 0.01 0.20 0.00 0.16 0.05 0.07 0.17 0.04 0.04 0.16 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.05 0.08 0.10 0.23 0.08 0.27 0.08 0.19 0.06 0.13 0.28 0.03 0.08 0.20 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.14 0.03 0.06 0.30 0.02 0.33 0.02 0.24 0.14 0.21 0.35 0.10 0.00 0.16 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.02 0.07 0.23 0.01 0.28 0.01 0.21 0.10 0.16 0.27 0.07 0.04 0.17 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.54 0.12 0.91 0.83 0.22 0.57 0.17 0.74 0.10 0.55 0.22 0.24 0.09 0.40 0.44 1.16 0.81 0.34 0.94 0.23 0.73 1.26 0.74
C2 0.56 0.17 1.02 0.92 0.18 0.58 0.08 0.72 0.23 0.53 0.31 0.26 0.06 0.32 0.43 1.32 0.91 0.30 0.97 0.42 0.74 1.30 0.75
C2' 0.51 0.17 0.86 0.79 0.17 0.51 0.08 0.61 0.19 0.45 0.28 0.28 0.10 0.28 0.39 1.16 0.83 0.29 0.77 0.35 0.57 0.96 0.52
C3' 0.51 0.13 0.75 0.62 0.24 0.44 0.22 0.53 0.21 0.49 0.24 0.20 0.14 0.37 0.42 1.07 0.66 0.35 0.63 0.35 0.43 0.75 0.37
C4 0.55 0.18 0.94 0.83 0.19 0.59 0.11 0.76 0.24 0.59 0.32 0.28 0.05 0.42 0.46 1.16 0.79 0.36 0.98 0.46 0.72 1.28 0.76
C4' 0.52 0.14 0.77 0.65 0.27 0.50 0.25 0.66 0.14 0.54 0.19 0.21 0.17 0.43 0.45 1.02 0.63 0.38 0.80 0.20 0.60 1.04 0.59
C5 0.51 0.14 0.80 0.71 0.23 0.57 0.21 0.77 0.10 0.61 0.25 0.27 0.07 0.50 0.46 0.95 0.65 0.40 0.94 0.27 0.70 1.21 0.73
C5' 0.52 0.25 0.69 0.54 0.35 0.48 0.35 0.63 0.26 0.57 0.27 0.29 0.27 0.49 0.48 0.94 0.52 0.43 0.74 0.26 0.53 0.96 0.53
C6 0.51 0.12 0.81 0.73 0.23 0.56 0.21 0.76 0.07 0.59 0.22 0.25 0.08 0.48 0.45 0.98 0.68 0.39 0.94 0.21 0.71 1.22 0.73
N1 0.54 0.14 0.92 0.83 0.21 0.57 0.15 0.74 0.14 0.56 0.25 0.25 0.08 0.40 0.45 1.16 0.80 0.34 0.95 0.29 0.73 1.27 0.75
N3 0.56 0.19 1.04 0.93 0.16 0.59 0.05 0.73 0.28 0.53 0.34 0.27 0.04 0.31 0.43 1.33 0.91 0.29 0.98 0.49 0.74 1.31 0.76
N4 0.56 0.20 0.96 0.84 0.17 0.60 0.07 0.77 0.32 0.63 0.37 0.29 0.03 0.42 0.46 1.15 0.79 0.37 0.99 0.57 0.71 1.26 0.76
O2 0.57 0.17 1.09 0.98 0.16 0.59 0.05 0.70 0.25 0.49 0.32 0.26 0.06 0.26 0.41 1.44 1.00 0.26 0.96 0.44 0.75 1.31 0.75
O2' 0.52 0.23 0.90 0.88 0.19 0.57 0.11 0.68 0.22 0.45 0.32 0.33 0.16 0.27 0.39 1.19 0.93 0.28 0.86 0.36 0.69 1.08 0.63
O3' 0.48 0.16 0.68 0.54 0.24 0.37 0.24 0.42 0.28 0.45 0.27 0.20 0.16 0.35 0.39 1.03 0.60 0.33 0.48 0.41 0.29 0.53 0.20
O4' 0.56 0.05 0.87 0.79 0.29 0.59 0.27 0.79 0.05 0.61 0.11 0.18 0.15 0.50 0.49 1.08 0.73 0.41 0.99 0.07 0.77 1.32 0.81
O5' 0.52 0.29 0.66 0.50 0.38 0.47 0.37 0.60 0.30 0.56 0.30 0.31 0.32 0.49 0.49 0.91 0.51 0.44 0.67 0.31 0.45 0.83 0.44
OP1 0.52 0.49 0.55 0.35 0.47 0.43 0.47 0.48 0.46 0.53 0.50 0.54 0.47 0.50 0.50 0.85 0.46 0.48 0.46 0.46 0.27 0.53 0.24
OP2 0.53 0.48 0.56 0.38 0.49 0.45 0.49 0.50 0.48 0.55 0.50 0.50 0.47 0.52 0.52 0.84 0.50 0.50 0.48 0.49 0.26 0.51 0.24
P 0.52 0.44 0.58 0.39 0.46 0.45 0.46 0.55 0.43 0.55 0.45 0.48 0.44 0.52 0.51 0.85 0.47 0.48 0.57 0.43 0.35 0.69 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.05 0.02 0.09 0.04 0.13
C2 0.03 0.00 0.29 0.20 0.01 0.10 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.47 0.20 0.28 0.19 0.01 0.05 0.25 0.08
C2' 0.00 0.29 0.00 0.00 0.13 0.01 0.06 0.12 0.11 0.18 0.22 0.35 0.28 0.11 0.02 0.00 0.01 0.03 0.22 0.08 0.39 0.26 0.25
C3' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.16 0.00 0.21 0.01 0.22 0.20 0.21 0.23 0.18 0.22 0.13 0.02 0.01 0.01 0.03 0.24 0.32 0.05 0.07
C4 0.00 0.01 0.13 0.16 0.00 0.09 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.04 0.17 0.20 0.01 0.06 0.24 0.10
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.14 0.10 0.11 0.09 0.14 0.07 0.15 0.03 0.01 0.03 0.15 0.04 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.21 0.00 0.12 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.18 0.07 0.10 0.30 0.01 0.16 0.38 0.18
C5' 0.05 0.25 0.12 0.01 0.22 0.01 0.27 0.00 0.30 0.20 0.29 0.26 0.21 0.26 0.15 0.08 0.11 0.05 0.03 0.34 0.09 0.03 0.03
C6 0.00 0.00 0.11 0.22 0.00 0.12 0.01 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.10 0.15 0.32 0.00 0.18 0.44 0.20
C8 0.01 0.01 0.18 0.20 0.00 0.14 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.29 0.15 0.13 0.25 0.03 0.14 0.28 0.20
N1 0.02 0.00 0.22 0.21 0.01 0.10 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.38 0.15 0.23 0.26 0.01 0.12 0.36 0.15
N2 0.04 0.00 0.35 0.23 0.01 0.11 0.01 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.58 0.28 0.32 0.16 0.02 0.03 0.22 0.05
N3 0.03 0.00 0.28 0.18 0.01 0.09 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.43 0.18 0.27 0.15 0.00 0.01 0.18 0.05
N7 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.14 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.15 0.06 0.32 0.03 0.21 0.42 0.24
N9 0.00 0.01 0.02 0.13 0.00 0.07 0.02 0.15 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.02 0.14 0.03 0.04 0.15 0.11
O2' 0.01 0.47 0.00 0.02 0.23 0.15 0.18 0.08 0.24 0.29 0.38 0.58 0.43 0.24 0.11 0.00 0.01 0.10 0.18 0.21 0.48 0.32 0.24
O3' 0.16 0.20 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.11 0.10 0.15 0.15 0.28 0.18 0.15 0.05 0.01 0.00 0.15 0.10 0.13 0.35 0.11 0.12
O4' 0.00 0.28 0.03 0.01 0.17 0.01 0.10 0.05 0.15 0.13 0.23 0.32 0.27 0.06 0.02 0.10 0.15 0.00 0.13 0.14 0.28 0.20 0.29
O5' 0.05 0.19 0.22 0.03 0.20 0.03 0.30 0.03 0.32 0.25 0.26 0.16 0.15 0.32 0.14 0.18 0.10 0.13 0.00 0.38 0.01 0.00 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.24 0.01 0.15 0.01 0.34 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.21 0.13 0.14 0.38 0.00 0.25 0.54 0.27
OP1 0.09 0.05 0.39 0.32 0.06 0.04 0.16 0.09 0.18 0.14 0.12 0.03 0.01 0.21 0.04 0.48 0.35 0.28 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.25 0.26 0.05 0.24 0.04 0.38 0.03 0.44 0.28 0.36 0.22 0.18 0.42 0.15 0.32 0.11 0.20 0.00 0.54 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.08 0.25 0.07 0.10 0.03 0.18 0.03 0.20 0.20 0.15 0.05 0.05 0.24 0.11 0.24 0.12 0.29 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00