ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53151

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.000, 0.016, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N4 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
C2' A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C4 B 0, 0.000, 0.036, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C4' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O6 B 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.000, 0.038, 0.075, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.038 std_dev=0.038
C6 B 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C5 B 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
O2' A 0, 0.000, 0.049, 0.098, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C5' A 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
C1' B 0, 0.000, 0.065, 0.130, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.065 std_dev=0.065
O3' A 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
N9 B 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
N3 B 0, 0.000, 0.091, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.091 std_dev=0.091
N1 B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
N7 B 0, 0.000, 0.114, 0.229, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C8 B 0, 0.000, 0.130, 0.259, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C2 B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
C2' B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
O2' B 0, 0.000, 0.150, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.150 std_dev=0.150
O4' B 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
N2 B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O5' A 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C4' B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C3' B 0, 0.000, 0.254, 0.507, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O3' B 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
P A 0, 0.000, 0.351, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.351 std_dev=0.351
O5' B 0, 0.000, 0.357, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C5' B 0, 0.000, 0.383, 0.767, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.383 std_dev=0.383
P B 0, 0.000, 0.427, 0.854, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.427 std_dev=0.427
OP2 B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
OP1 B 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
OP2 A 0, 0.000, 0.575, 1.150, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.575 std_dev=0.575
OP1 A 0, 0.000, 0.592, 1.184, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.592 std_dev=0.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.21 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.25 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.21 0.27 0.10
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.23 0.27 0.12
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.26 0.08
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.16 0.03
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.25 0.07
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.06
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.26 0.07
N4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.26 0.08
O2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.16 0.25 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.19 0.23 0.08
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.30 0.29 0.17
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.01
O5' 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.13 0.16 0.21 0.23 0.16 0.09 0.15 0.03 0.15 0.15 0.17 0.17 0.16 0.19 0.30 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.25 0.27 0.27 0.26 0.16 0.25 0.11 0.24 0.24 0.26 0.26 0.25 0.23 0.29 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.10 0.12 0.08 0.03 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.08 0.07 0.08 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04
C2 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03
C2' 0.02 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
C3' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00
C4 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04
C5 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02
C5' 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04
C6 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
N1 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02
N3 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01
N4 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04
O2 0.02 0.02 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.04
O2' 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02
O4' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05
O5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.06 0.11 0.15 0.08 0.14 0.10 0.17 0.09 0.11 0.07 0.04 0.06 0.12 0.09 0.09 0.17 0.10 0.17 0.10 0.19 0.20 0.18
OP2 0.18 0.14 0.19 0.22 0.17 0.22 0.19 0.24 0.18 0.20 0.15 0.11 0.15 0.21 0.18 0.17 0.24 0.20 0.24 0.19 0.26 0.27 0.25
P 0.02 0.00 0.03 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.08 0.04 0.08 0.03 0.09 0.09 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04
N2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.05 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03
O5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.04
OP1 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.08 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00