ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53155

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.016, 0.032, 0.048, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.032 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.019, 0.039, 0.058, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.039 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.020, 0.041, 0.062, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.041 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.025, 0.050, 0.076, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.050 std_dev=0.026
C5 A 0, 0.036, 0.072, 0.109, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.072 std_dev=0.037
C4 A 0, 0.038, 0.078, 0.118, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.078 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.043, 0.088, 0.134, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.088 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.055, 0.114, 0.172, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.114 std_dev=0.059
N6 A 0, 0.069, 0.139, 0.209, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.139 std_dev=0.070
N7 A 0, 0.077, 0.156, 0.236, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.156 std_dev=0.080
C8 A 0, 0.082, 0.169, 0.256, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.169 std_dev=0.087
C3' A 0, 0.113, 0.231, 0.349, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.231 std_dev=0.118
O2' B 0, 0.136, 0.304, 0.473, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.304 std_dev=0.168
C1' B 0, 0.117, 0.292, 0.467, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.292 std_dev=0.175
C2' B 0, 0.122, 0.298, 0.474, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.298 std_dev=0.176
N1 B 0, 0.128, 0.306, 0.484, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.306 std_dev=0.178
C6 B 0, 0.134, 0.314, 0.494, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.314 std_dev=0.180
O4' B 0, 0.172, 0.396, 0.620, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.396 std_dev=0.224
C5 B 0, 0.187, 0.416, 0.646, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.416 std_dev=0.229
C2' A 0, 0.234, 0.470, 0.705, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.470 std_dev=0.236
O5' A 0, 0.249, 0.500, 0.750, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.500 std_dev=0.251
C3' B 0, 0.227, 0.497, 0.767, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.497 std_dev=0.270
C2 B 0, 0.121, 0.405, 0.689, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.405 std_dev=0.284
C4' B 0, 0.226, 0.515, 0.804, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.515 std_dev=0.289
O3' B 0, 0.273, 0.572, 0.871, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.572 std_dev=0.299
OP1 B 0, 0.145, 0.451, 0.756, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.451 std_dev=0.306
C4' A 0, 0.306, 0.615, 0.923, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.615 std_dev=0.308
C4 B 0, 0.295, 0.614, 0.933, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.614 std_dev=0.319
O2 B 0, 0.064, 0.387, 0.710, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.387 std_dev=0.323
O3' A 0, 0.334, 0.672, 1.010, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.672 std_dev=0.338
OP1 A 0, 0.333, 0.674, 1.015, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.674 std_dev=0.341
P A 0, 0.339, 0.681, 1.024, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.681 std_dev=0.342
O5' B 0, 0.314, 0.665, 1.016, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.665 std_dev=0.351
N3 B 0, 0.232, 0.590, 0.948, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.590 std_dev=0.358
C5' B 0, 0.344, 0.729, 1.115, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.729 std_dev=0.385
P B 0, 0.176, 0.579, 0.983, 1.117 max_d=1.117 avg_d=0.579 std_dev=0.404
OP2 A 0, 0.411, 0.842, 1.273, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.842 std_dev=0.431
N4 B 0, 0.430, 0.888, 1.345, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.888 std_dev=0.457
O2' A 0, 0.449, 0.907, 1.365, 1.229 max_d=1.229 avg_d=0.907 std_dev=0.458
OP2 B 0, 0.262, 0.722, 1.181, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.722 std_dev=0.460
C5' A 0, 0.670, 1.342, 2.014, 1.742 max_d=1.742 avg_d=1.342 std_dev=0.672

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.00 0.10 0.11 0.17 0.12
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.11 0.12 0.19 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.11 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.07 0.08 0.06
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.07 0.05
C4 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.11 0.13 0.20 0.14
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.11 0.14 0.21 0.15
C5' 0.06 0.11 0.11 0.02 0.13 0.01 0.17 0.00 0.17 0.19 0.14 0.09 0.20 0.20 0.13 0.06 0.06 0.01 0.01 0.08 0.14 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.10 0.13 0.20 0.14
C8 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.03 0.11 0.15 0.23 0.16
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.10 0.12 0.19 0.13
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.11 0.12 0.19 0.14
N6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.09 0.13 0.19 0.13
N7 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03 0.10 0.15 0.22 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.11 0.13 0.21 0.15
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.03 0.08 0.09 0.08 0.07
O3' 0.10 0.06 0.01 0.01 0.07 0.02 0.07 0.06 0.07 0.09 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.05 0.00 0.11 0.04 0.06 0.07 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.11 0.00 0.13 0.14 0.19 0.16
O5' 0.10 0.11 0.07 0.06 0.11 0.01 0.11 0.01 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.08 0.04 0.13 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.11 0.12 0.07 0.06 0.13 0.04 0.14 0.08 0.13 0.15 0.12 0.12 0.13 0.15 0.13 0.09 0.06 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.19 0.08 0.07 0.20 0.06 0.21 0.14 0.20 0.23 0.19 0.19 0.19 0.22 0.21 0.08 0.07 0.19 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.13 0.06 0.05 0.14 0.02 0.15 0.02 0.14 0.16 0.13 0.14 0.13 0.15 0.15 0.07 0.05 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.03 0.02 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.06 0.10 0.05 0.08 0.08 0.06 0.02 0.04 0.08 0.04
C2 0.07 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.08 0.04 0.07 0.06 0.03
C2' 0.06 0.07 0.04 0.07 0.10 0.04 0.09 0.05 0.07 0.06 0.10 0.13 0.10 0.08 0.10 0.06 0.07 0.06 0.12 0.08
C3' 0.06 0.07 0.04 0.07 0.11 0.04 0.09 0.05 0.07 0.05 0.09 0.14 0.09 0.08 0.10 0.06 0.07 0.07 0.13 0.09
C4 0.06 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.07 0.08 0.08 0.08 0.07 0.07 0.02 0.05 0.06 0.02
C4' 0.05 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03 0.08 0.13 0.08 0.09 0.12 0.05 0.05 0.02 0.11 0.06
C5 0.07 0.08 0.04 0.05 0.06 0.06 0.03 0.05 0.02 0.04 0.09 0.08 0.13 0.09 0.08 0.08 0.04 0.07 0.05 0.03
C5' 0.14 0.14 0.19 0.22 0.16 0.20 0.15 0.21 0.13 0.13 0.16 0.18 0.16 0.22 0.28 0.15 0.20 0.17 0.20 0.19
C6 0.08 0.09 0.06 0.06 0.07 0.07 0.04 0.07 0.05 0.06 0.10 0.08 0.14 0.10 0.08 0.09 0.06 0.08 0.06 0.05
C8 0.06 0.07 0.03 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.09 0.10 0.13 0.09 0.08 0.07 0.03 0.05 0.07 0.03
N1 0.08 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.06 0.09 0.06 0.08 0.07 0.05
N3 0.06 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.02 0.05 0.06 0.02
N6 0.10 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.10 0.07 0.08 0.12 0.10 0.18 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08
N7 0.07 0.09 0.04 0.06 0.07 0.06 0.03 0.06 0.02 0.04 0.10 0.09 0.15 0.10 0.08 0.07 0.04 0.06 0.05 0.03
N9 0.06 0.05 0.02 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03 0.01 0.02 0.07 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.02 0.05 0.07 0.03
O2' 0.05 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06 0.09 0.06 0.06 0.05 0.09 0.14 0.07 0.10 0.12 0.05 0.06 0.04 0.13 0.08
O3' 0.07 0.07 0.05 0.06 0.10 0.05 0.09 0.05 0.07 0.06 0.09 0.13 0.07 0.10 0.09 0.07 0.05 0.06 0.11 0.07
O4' 0.05 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.07 0.10 0.06 0.09 0.09 0.06 0.03 0.04 0.08 0.04
O5' 0.13 0.09 0.09 0.05 0.05 0.08 0.08 0.05 0.10 0.10 0.06 0.07 0.14 0.15 0.03 0.13 0.07 0.12 0.12 0.09
OP1 0.14 0.07 0.11 0.09 0.09 0.10 0.14 0.09 0.15 0.11 0.04 0.11 0.12 0.16 0.10 0.13 0.11 0.16 0.15 0.13
OP2 0.19 0.12 0.17 0.16 0.15 0.16 0.20 0.15 0.21 0.17 0.11 0.16 0.15 0.20 0.16 0.18 0.16 0.20 0.20 0.18
P 0.14 0.09 0.11 0.08 0.08 0.10 0.13 0.08 0.14 0.12 0.06 0.09 0.14 0.15 0.08 0.14 0.10 0.15 0.14 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.12 0.01 0.09 0.10 0.14 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.02 0.09 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.08 0.14 0.09
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.02 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.01 0.08 0.06 0.11 0.06
C5' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.07 0.05 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.11 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.09 0.06 0.10 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.02 0.09 0.11 0.16 0.11
N4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.06 0.09 0.15 0.09
O2 0.01 0.00 0.14 0.18 0.01 0.09 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.21 0.01 0.12 0.12 0.16 0.12
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01 0.08 0.03 0.02
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.11 0.02 0.11 0.04 0.21 0.02 0.00 0.01 0.03 0.15 0.11 0.09
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.12 0.08
O5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.09 0.06 0.12 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.10 0.07 0.09 0.08 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.11 0.09 0.12 0.08 0.15 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.14 0.02 0.05 0.14 0.02 0.11 0.00 0.10 0.10 0.16 0.15 0.16 0.03 0.11 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.01 0.04 0.09 0.01 0.06 0.01 0.05 0.06 0.11 0.09 0.12 0.02 0.09 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00