ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53156

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N9 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.001, 0.008, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O4' A 0, -0.028, 0.070, 0.168, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.070 std_dev=0.098
C2' A 0, -0.028, 0.089, 0.205, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.089 std_dev=0.117
O2' A 0, -0.027, 0.092, 0.212, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.092 std_dev=0.120
C4' A 0, -0.042, 0.118, 0.279, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.118 std_dev=0.160
O2 B 0, -0.030, 0.145, 0.321, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.145 std_dev=0.176
C3' A 0, -0.045, 0.134, 0.314, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.134 std_dev=0.179
C5' A 0, -0.051, 0.168, 0.386, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.168 std_dev=0.218
C2 B 0, -0.047, 0.197, 0.441, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.197 std_dev=0.244
N3 B 0, -0.044, 0.215, 0.473, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.215 std_dev=0.258
O3' A 0, -0.085, 0.237, 0.559, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.237 std_dev=0.322
C4 B 0, -0.053, 0.273, 0.598, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.273 std_dev=0.326
N4 B 0, -0.052, 0.307, 0.666, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.307 std_dev=0.359
N1 B 0, -0.092, 0.305, 0.701, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.305 std_dev=0.397
C5 B 0, -0.087, 0.361, 0.809, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.361 std_dev=0.448
O2' B 0, -0.133, 0.358, 0.849, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.358 std_dev=0.491
OP2 B 0, -0.107, 0.385, 0.876, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.385 std_dev=0.491
C6 B 0, -0.112, 0.392, 0.896, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.392 std_dev=0.504
C1' B 0, -0.131, 0.377, 0.884, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.377 std_dev=0.508
C2' B 0, -0.139, 0.388, 0.915, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.388 std_dev=0.527
P B 0, -0.150, 0.482, 1.113, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.482 std_dev=0.631
O5' B 0, -0.177, 0.514, 1.204, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.514 std_dev=0.691
O4' B 0, -0.216, 0.587, 1.390, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.587 std_dev=0.803
C3' B 0, -0.231, 0.621, 1.474, 1.826 max_d=1.826 avg_d=0.621 std_dev=0.852
O3' B 0, -0.271, 0.714, 1.699, 2.106 max_d=2.106 avg_d=0.714 std_dev=0.985
C4' B 0, -0.273, 0.721, 1.716, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.721 std_dev=0.995
O5' A 0, -0.282, 0.737, 1.756, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.737 std_dev=1.019
OP1 B 0, -0.270, 0.794, 1.858, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.794 std_dev=1.064
OP2 A 0, -0.298, 0.811, 1.921, 2.381 max_d=2.381 avg_d=0.811 std_dev=1.110
C5' B 0, -0.376, 0.967, 2.310, 2.866 max_d=2.866 avg_d=0.967 std_dev=1.343
P A 0, -0.426, 1.105, 2.637, 3.271 max_d=3.271 avg_d=1.105 std_dev=1.532
OP1 A 0, -0.673, 1.738, 4.149, 5.147 max_d=5.147 avg_d=1.738 std_dev=2.411

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.39 0.57 0.09
C2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.02 0.55 0.95 0.66 0.13
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.06 0.08 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.37 0.65 0.26 0.24
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.43 0.70 0.01 0.45
C4 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.58 0.92 0.64 0.14
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.08 0.25 0.07
C5 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.72 1.19 0.61 0.30
C5' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.08 0.00 0.01 0.01 0.07 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.73 1.27 0.61 0.33
C8 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.73 1.04 0.59 0.28
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.11 0.03 0.66 1.15 0.64 0.24
N3 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.11 0.02 0.49 0.81 0.66 0.07
N6 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.80 1.43 0.56 0.43
N7 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.80 1.30 0.57 0.40
N9 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.54 0.77 0.62 0.10
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.34 0.27 0.05
O3' 0.01 0.13 0.02 0.00 0.06 0.04 0.04 0.08 0.07 0.04 0.11 0.11 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.33 0.68 0.27 0.59
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.61 0.35
O5' 0.29 0.55 0.37 0.43 0.58 0.03 0.72 0.01 0.73 0.73 0.66 0.49 0.80 0.80 0.54 0.14 0.33 0.06 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.39 0.95 0.65 0.70 0.92 0.08 1.19 0.01 1.27 1.04 1.15 0.81 1.43 1.30 0.77 0.34 0.68 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.57 0.66 0.26 0.01 0.64 0.25 0.61 0.07 0.61 0.59 0.64 0.66 0.56 0.57 0.62 0.27 0.27 0.61 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.13 0.24 0.45 0.14 0.07 0.30 0.01 0.33 0.28 0.24 0.07 0.43 0.40 0.10 0.05 0.59 0.35 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.03 0.12 0.20 0.06 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.07 0.10 0.05 0.10 0.31 0.07 0.19 0.14 0.32 0.04
C2 0.01 0.02 0.14 0.19 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.26 0.03 0.17 0.12 0.32 0.02
C2' 0.06 0.03 0.11 0.22 0.01 0.08 0.03 0.14 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.10 0.35 0.05 0.22 0.13 0.26 0.06
C3' 0.07 0.03 0.09 0.19 0.01 0.06 0.04 0.11 0.06 0.06 0.01 0.02 0.04 0.07 0.31 0.06 0.20 0.16 0.25 0.07
C4 0.06 0.01 0.08 0.15 0.01 0.02 0.03 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.09 0.24 0.06 0.17 0.17 0.30 0.04
C4' 0.05 0.03 0.10 0.18 0.07 0.02 0.02 0.07 0.02 0.02 0.08 0.11 0.04 0.07 0.28 0.08 0.19 0.16 0.31 0.04
C5 0.10 0.06 0.00 0.05 0.05 0.05 0.07 0.04 0.09 0.09 0.04 0.02 0.05 0.01 0.13 0.11 0.16 0.24 0.27 0.07
C5' 0.07 0.03 0.07 0.14 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.08 0.11 0.04 0.04 0.23 0.10 0.17 0.19 0.31 0.05
C6 0.11 0.10 0.04 0.01 0.09 0.07 0.10 0.06 0.11 0.11 0.08 0.07 0.09 0.01 0.06 0.10 0.15 0.26 0.25 0.07
C8 0.11 0.03 0.02 0.08 0.01 0.06 0.05 0.04 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.17 0.13 0.17 0.23 0.28 0.07
N1 0.05 0.09 0.03 0.07 0.08 0.02 0.08 0.03 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.13 0.03 0.16 0.20 0.28 0.05
N3 0.00 0.02 0.15 0.22 0.03 0.10 0.01 0.13 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.16 0.30 0.00 0.18 0.11 0.33 0.02
N6 0.16 0.14 0.15 0.13 0.13 0.16 0.15 0.17 0.16 0.16 0.13 0.12 0.13 0.13 0.10 0.16 0.14 0.33 0.21 0.10
N7 0.13 0.06 0.03 0.02 0.05 0.10 0.08 0.09 0.11 0.11 0.03 0.02 0.05 0.03 0.09 0.15 0.16 0.27 0.26 0.08
N9 0.07 0.01 0.08 0.15 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.25 0.08 0.18 0.17 0.31 0.04
O2' 0.03 0.01 0.15 0.27 0.03 0.12 0.01 0.19 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.13 0.40 0.02 0.23 0.09 0.28 0.05
O3' 0.10 0.08 0.05 0.17 0.06 0.05 0.07 0.12 0.09 0.10 0.06 0.03 0.09 0.05 0.30 0.08 0.25 0.19 0.19 0.11
O4' 0.05 0.06 0.11 0.17 0.09 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.11 0.13 0.08 0.08 0.27 0.08 0.18 0.15 0.34 0.03
O5' 0.46 0.46 0.69 0.79 0.41 0.60 0.39 0.62 0.40 0.44 0.44 0.40 0.50 0.70 0.95 0.44 0.46 0.44 0.87 0.55
OP1 0.82 0.76 1.16 1.32 0.65 1.08 0.64 1.10 0.69 0.75 0.70 0.60 0.83 1.21 1.59 0.82 1.00 0.96 1.33 1.04
OP2 0.90 0.77 0.68 0.59 0.75 0.81 0.84 0.80 0.89 0.86 0.71 0.70 0.72 0.69 0.41 0.95 0.87 0.95 0.45 0.80
P 0.06 0.03 0.24 0.37 0.09 0.13 0.14 0.15 0.13 0.08 0.04 0.09 0.03 0.26 0.61 0.09 0.03 0.01 0.41 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.11 0.44 0.03
C2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.43 0.17 0.24 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.26 0.26 0.26 0.11
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.04 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.34 0.35 0.14 0.22
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.56 0.15 0.10 0.24
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.14 0.42 0.04
C5 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.55 0.12 0.17 0.22
C5' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.08 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.15 0.40 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.47 0.11 0.33 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.38 0.13 0.34 0.09
N3 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.51 0.17 0.14 0.21
N4 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.59 0.15 0.01 0.29
O2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.36 0.18 0.25 0.12
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.00 0.00 0.03 0.11 0.24 0.31 0.04
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.02 0.04 0.03 0.08 0.00 0.00 0.01 0.28 0.45 0.01 0.28
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.57 0.15
O5' 0.18 0.43 0.26 0.34 0.56 0.01 0.55 0.00 0.47 0.38 0.51 0.59 0.36 0.11 0.28 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00
OP1 0.11 0.17 0.26 0.35 0.15 0.14 0.12 0.15 0.11 0.13 0.17 0.15 0.18 0.24 0.45 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.44 0.24 0.26 0.14 0.10 0.42 0.17 0.40 0.33 0.34 0.14 0.01 0.25 0.31 0.01 0.57 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.15 0.11 0.22 0.24 0.04 0.22 0.01 0.13 0.09 0.21 0.29 0.12 0.04 0.28 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00