ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53158

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
N1 B 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O4' A 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C2 B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C2' A 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C3' A 0, 0.000, 0.232, 0.464, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.232 std_dev=0.232
O2 B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C4' A 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
N3 B 0, 0.000, 0.245, 0.490, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.245
C1' B 0, 0.000, 0.247, 0.495, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C4 B 0, 0.000, 0.277, 0.554, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.277 std_dev=0.277
O3' A 0, 0.000, 0.283, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.283 std_dev=0.283
O4' B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C2' B 0, 0.000, 0.344, 0.688, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.344 std_dev=0.344
O2' A 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C3' B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
N4 B 0, 0.000, 0.374, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C4' B 0, 0.000, 0.394, 0.788, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.394 std_dev=0.394
O5' A 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
O5' B 0, 0.000, 0.457, 0.913, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.457 std_dev=0.457
O2' B 0, 0.000, 0.463, 0.926, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.463 std_dev=0.463
C5' A 0, 0.000, 0.483, 0.966, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.483 std_dev=0.483
P A 0, 0.000, 0.516, 1.032, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.516 std_dev=0.516
O3' B 0, 0.000, 0.520, 1.039, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.520 std_dev=0.520
C5' B 0, 0.000, 0.520, 1.041, 1.041 max_d=1.041 avg_d=0.520 std_dev=0.520
OP1 A 0, 0.000, 0.525, 1.050, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.525 std_dev=0.525
OP2 A 0, 0.000, 0.541, 1.082, 1.082 max_d=1.082 avg_d=0.541 std_dev=0.541
P B 0, 0.000, 0.661, 1.323, 1.323 max_d=1.323 avg_d=0.661 std_dev=0.661
OP1 B 0, 0.000, 0.789, 1.579, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.789 std_dev=0.789
OP2 B 0, 0.000, 0.792, 1.585, 1.585 max_d=1.585 avg_d=0.792 std_dev=0.792

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.12 0.02 0.04
C2 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.05 0.05 0.15 0.07 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.06 0.08 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.13 0.07
C4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.03 0.15 0.04 0.08
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.05 0.08
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.03 0.15 0.06 0.09
C8 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.14 0.01 0.04
N1 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.07 0.04 0.04 0.15 0.07 0.11
N3 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.09 0.05 0.05 0.14 0.05 0.09
N6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.15 0.06 0.09
N7 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.15 0.02 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.14 0.01 0.06
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.08 0.12 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.12 0.04
O3' 0.03 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.07 0.09 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.18 0.09
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.14 0.03 0.07
O5' 0.02 0.05 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.15 0.03 0.01 0.15 0.05 0.15 0.01 0.15 0.14 0.15 0.14 0.15 0.15 0.14 0.03 0.03 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.07 0.10 0.13 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 0.01 0.07 0.05 0.06 0.02 0.01 0.12 0.18 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.03 0.07 0.08 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.11 0.09 0.09 0.06 0.06 0.04 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.13 0.01 0.02 0.16 0.03 0.15 0.01 0.12 0.11 0.16 0.18 0.11 0.11 0.13 0.06 0.10 0.04 0.27 0.14
C2 0.03 0.10 0.06 0.02 0.16 0.01 0.14 0.05 0.11 0.08 0.15 0.18 0.06 0.17 0.12 0.05 0.14 0.13 0.33 0.20
C2' 0.03 0.07 0.04 0.05 0.10 0.05 0.09 0.02 0.07 0.06 0.09 0.11 0.06 0.13 0.16 0.03 0.06 0.02 0.23 0.10
C3' 0.05 0.10 0.02 0.03 0.12 0.04 0.11 0.01 0.09 0.08 0.11 0.13 0.09 0.11 0.15 0.06 0.08 0.02 0.24 0.11
C4 0.05 0.13 0.02 0.02 0.17 0.03 0.15 0.01 0.12 0.10 0.16 0.18 0.11 0.13 0.13 0.06 0.10 0.06 0.27 0.14
C4' 0.10 0.15 0.02 0.00 0.18 0.00 0.17 0.02 0.14 0.14 0.18 0.19 0.14 0.08 0.13 0.11 0.11 0.04 0.28 0.14
C5 0.06 0.14 0.00 0.02 0.17 0.04 0.15 0.01 0.12 0.11 0.17 0.18 0.13 0.12 0.12 0.05 0.08 0.02 0.23 0.11
C5' 0.13 0.17 0.04 0.01 0.19 0.02 0.18 0.03 0.16 0.16 0.19 0.20 0.17 0.04 0.12 0.14 0.11 0.03 0.26 0.14
C6 0.04 0.13 0.02 0.02 0.17 0.04 0.15 0.00 0.12 0.10 0.17 0.18 0.11 0.14 0.12 0.04 0.09 0.04 0.24 0.12
C8 0.07 0.14 0.02 0.01 0.17 0.04 0.15 0.03 0.13 0.12 0.17 0.18 0.13 0.08 0.12 0.06 0.06 0.02 0.21 0.08
N1 0.03 0.11 0.05 0.02 0.17 0.02 0.15 0.04 0.11 0.09 0.16 0.19 0.07 0.17 0.12 0.04 0.12 0.11 0.30 0.17
N3 0.04 0.11 0.04 0.02 0.16 0.02 0.14 0.04 0.11 0.09 0.15 0.18 0.08 0.15 0.13 0.06 0.13 0.11 0.32 0.18
N6 0.04 0.14 0.01 0.02 0.16 0.06 0.15 0.03 0.12 0.11 0.16 0.17 0.12 0.13 0.11 0.02 0.06 0.00 0.19 0.08
N7 0.07 0.14 0.02 0.01 0.17 0.05 0.15 0.04 0.13 0.12 0.17 0.18 0.14 0.08 0.12 0.05 0.05 0.03 0.19 0.06
N9 0.06 0.13 0.00 0.02 0.17 0.03 0.15 0.00 0.12 0.11 0.16 0.18 0.12 0.11 0.13 0.06 0.09 0.03 0.25 0.12
O2' 0.01 0.03 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.04 0.04 0.02 0.05 0.08 0.01 0.16 0.16 0.01 0.05 0.03 0.23 0.09
O3' 0.00 0.04 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.04 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.15 0.17 0.01 0.05 0.00 0.22 0.09
O4' 0.10 0.17 0.02 0.01 0.21 0.00 0.19 0.03 0.16 0.15 0.20 0.23 0.16 0.08 0.12 0.11 0.13 0.05 0.30 0.16
O5' 0.07 0.11 0.01 0.05 0.13 0.05 0.12 0.04 0.10 0.10 0.13 0.14 0.11 0.09 0.18 0.07 0.04 0.05 0.17 0.06
OP1 0.03 0.01 0.10 0.15 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.27 0.04 0.10 0.22 0.01 0.10
OP2 0.01 0.05 0.09 0.15 0.08 0.16 0.06 0.16 0.04 0.03 0.08 0.10 0.05 0.17 0.29 0.03 0.07 0.18 0.05 0.06
P 0.01 0.04 0.08 0.14 0.06 0.14 0.05 0.15 0.03 0.02 0.06 0.08 0.04 0.15 0.26 0.02 0.07 0.17 0.05 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01
C2 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.01 0.09 0.09 0.20 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.18 0.23 0.32 0.23
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.03 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.09 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.19 0.24 0.30 0.23
C5' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.13 0.00 0.15 0.00 0.13 0.06 0.09 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.15 0.16 0.20 0.15
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.08 0.08 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.14 0.16 0.27 0.18
N4 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.20 0.28 0.37 0.26
O2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.09 0.00 0.06 0.04 0.16 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.12 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.09 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.04
O5' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.15 0.08 0.14 0.20 0.06 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.09 0.00 0.01 0.23 0.04 0.24 0.05 0.16 0.08 0.16 0.28 0.04 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.20 0.03 0.01 0.32 0.00 0.30 0.01 0.20 0.15 0.27 0.37 0.16 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.12 0.01 0.01 0.23 0.01 0.23 0.00 0.15 0.09 0.18 0.26 0.08 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00