ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53160

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C1' B 0, 0.000, 0.206, 0.412, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C6 B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
O4' B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
N1 B 0, 0.000, 0.264, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.264 std_dev=0.264
C2' B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
C5 B 0, 0.000, 0.380, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.380 std_dev=0.380
O2' B 0, 0.000, 0.385, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.385 std_dev=0.385
O5' B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C4' B 0, 0.000, 0.435, 0.870, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.435 std_dev=0.435
C5' B 0, 0.000, 0.460, 0.921, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.460 std_dev=0.460
P B 0, 0.000, 0.493, 0.985, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.493 std_dev=0.493
C2 B 0, 0.000, 0.509, 1.018, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.509 std_dev=0.509
OP2 B 0, 0.000, 0.531, 1.062, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.531 std_dev=0.531
C3' B 0, 0.000, 0.544, 1.088, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.544 std_dev=0.544
O2 B 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
C4 B 0, 0.000, 0.639, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.639 std_dev=0.639
O4' A 0, 0.000, 0.703, 1.407, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.703 std_dev=0.703
N3 B 0, 0.000, 0.704, 1.408, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.704 std_dev=0.704
OP1 B 0, 0.000, 0.723, 1.445, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.723 std_dev=0.723
C2' A 0, 0.000, 0.751, 1.502, 1.502 max_d=1.502 avg_d=0.751 std_dev=0.751
C3' A 0, 0.000, 0.790, 1.580, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.790 std_dev=0.790
N4 B 0, 0.000, 0.830, 1.661, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.830 std_dev=0.830
O3' B 0, 0.000, 0.831, 1.662, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.831 std_dev=0.831
C4' A 0, 0.000, 0.857, 1.714, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.857 std_dev=0.857
O3' A 0, 0.000, 0.897, 1.793, 1.793 max_d=1.793 avg_d=0.897 std_dev=0.897
O2' A 0, 0.000, 1.269, 2.538, 2.538 max_d=2.538 avg_d=1.269 std_dev=1.269
C5' A 0, 0.000, 1.321, 2.642, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.321 std_dev=1.321
O5' A 0, 0.000, 2.630, 5.260, 5.260 max_d=5.260 avg_d=2.630 std_dev=2.630
P A 0, 0.000, 3.484, 6.968, 6.968 max_d=6.968 avg_d=3.484 std_dev=3.484
OP2 A 0, 0.000, 3.732, 7.463, 7.463 max_d=7.463 avg_d=3.732 std_dev=3.732
OP1 A 0, 0.000, 3.801, 7.602, 7.602 max_d=7.602 avg_d=3.801 std_dev=3.801

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.00 0.17 0.53 0.07 0.12
C2 0.00 0.00 0.33 0.14 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.14 0.22 0.01 0.19 0.24 0.16
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.17 0.00 0.08 0.14 0.16 0.16 0.26 0.32 0.12 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.22 0.54 0.09 0.20
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.16 0.09 0.16 0.11 0.17 0.12 0.08 0.01 0.00 0.03 0.33 0.46 0.25 0.31
C4 0.00 0.01 0.17 0.12 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.14 0.12 0.16 0.59 0.01 0.10
C4' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.08 0.09 0.03 0.04 0.01 0.21 0.05 0.00 0.00 0.11 0.03 0.08
C5 0.00 0.01 0.08 0.14 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.07 0.25 0.85 0.09 0.25
C5' 0.04 0.16 0.14 0.01 0.11 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.15 0.15 0.11 0.03 0.05 0.07 0.10 0.01 0.00 0.19 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.16 0.16 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.19 0.69 0.01 0.14
C8 0.01 0.01 0.16 0.09 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.08 0.12 0.43 1.29 0.37 0.57
N1 0.01 0.00 0.26 0.16 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.11 0.18 0.08 0.39 0.17 0.04
N3 0.00 0.00 0.32 0.11 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.29 0.17 0.21 0.02 0.21 0.20 0.14
N6 0.01 0.01 0.12 0.17 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06 0.09 0.23 0.83 0.05 0.23
N7 0.01 0.01 0.08 0.12 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.07 0.05 0.39 1.25 0.32 0.52
N9 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.14 0.01 0.26 0.82 0.14 0.26
O2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.04 0.21 0.10 0.07 0.01 0.32 0.16 0.29 0.07 0.28 0.12 0.00 0.05 0.11 0.31 0.52 0.18 0.25
O3' 0.23 0.14 0.03 0.00 0.14 0.05 0.09 0.10 0.08 0.08 0.11 0.17 0.06 0.07 0.14 0.05 0.00 0.17 0.31 0.14 0.26 0.20
O4' 0.00 0.22 0.01 0.03 0.12 0.00 0.07 0.01 0.11 0.12 0.18 0.21 0.09 0.05 0.01 0.11 0.17 0.00 0.08 0.37 0.00 0.01
O5' 0.17 0.01 0.22 0.33 0.16 0.00 0.25 0.00 0.19 0.43 0.08 0.02 0.23 0.39 0.26 0.31 0.31 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.53 0.19 0.54 0.46 0.59 0.11 0.85 0.19 0.69 1.29 0.39 0.21 0.83 1.25 0.82 0.52 0.14 0.37 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.24 0.09 0.25 0.01 0.03 0.09 0.03 0.01 0.37 0.17 0.20 0.05 0.32 0.14 0.18 0.26 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.16 0.20 0.31 0.10 0.08 0.25 0.01 0.14 0.57 0.04 0.14 0.23 0.52 0.26 0.25 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.02 0.18 0.19 0.01 0.19 0.06 0.18 0.09 0.09 0.02 0.01 0.01 0.10 0.25 0.16 0.18 0.23 0.23 0.20
C2 0.14 0.04 0.15 0.16 0.04 0.15 0.07 0.15 0.10 0.09 0.01 0.03 0.01 0.05 0.18 0.15 0.15 0.18 0.19 0.16
C2' 0.49 0.43 0.49 0.51 0.44 0.50 0.48 0.50 0.50 0.48 0.41 0.43 0.39 0.37 0.53 0.49 0.53 0.56 0.60 0.55
C3' 0.37 0.28 0.45 0.50 0.31 0.44 0.36 0.45 0.38 0.35 0.26 0.30 0.23 0.33 0.59 0.37 0.48 0.57 0.59 0.53
C4 0.14 0.02 0.16 0.16 0.02 0.18 0.04 0.18 0.08 0.07 0.06 0.04 0.06 0.10 0.21 0.17 0.16 0.21 0.19 0.18
C4' 0.09 0.03 0.17 0.21 0.07 0.14 0.10 0.15 0.10 0.07 0.03 0.08 0.01 0.05 0.29 0.08 0.19 0.26 0.29 0.22
C5 0.13 0.07 0.12 0.12 0.06 0.18 0.01 0.18 0.06 0.04 0.11 0.09 0.13 0.11 0.16 0.17 0.15 0.20 0.16 0.16
C5' 0.03 0.01 0.11 0.16 0.06 0.08 0.08 0.09 0.07 0.03 0.01 0.08 0.06 0.02 0.24 0.02 0.15 0.23 0.28 0.19
C6 0.12 0.08 0.10 0.09 0.06 0.17 0.01 0.17 0.06 0.03 0.11 0.08 0.15 0.10 0.12 0.17 0.14 0.18 0.15 0.15
C8 0.13 0.06 0.14 0.14 0.07 0.20 0.01 0.19 0.06 0.04 0.12 0.10 0.11 0.13 0.19 0.18 0.16 0.22 0.18 0.18
N1 0.13 0.03 0.12 0.12 0.01 0.16 0.04 0.15 0.08 0.06 0.05 0.02 0.09 0.05 0.13 0.16 0.14 0.17 0.16 0.15
N3 0.14 0.04 0.17 0.18 0.04 0.17 0.07 0.16 0.10 0.10 0.01 0.02 0.02 0.07 0.22 0.15 0.17 0.20 0.21 0.18
N6 0.10 0.11 0.05 0.04 0.09 0.17 0.01 0.17 0.04 0.01 0.14 0.11 0.18 0.11 0.05 0.18 0.12 0.17 0.12 0.14
N7 0.12 0.09 0.11 0.11 0.10 0.19 0.01 0.19 0.05 0.02 0.15 0.13 0.15 0.13 0.15 0.18 0.15 0.20 0.15 0.16
N9 0.14 0.02 0.16 0.17 0.03 0.19 0.04 0.19 0.08 0.07 0.07 0.05 0.06 0.11 0.22 0.17 0.17 0.23 0.20 0.19
O2' 0.35 0.30 0.28 0.27 0.27 0.31 0.30 0.31 0.32 0.33 0.26 0.25 0.30 0.19 0.25 0.36 0.30 0.30 0.33 0.31
O3' 0.11 0.04 0.22 0.29 0.10 0.19 0.14 0.20 0.13 0.10 0.04 0.11 0.01 0.08 0.40 0.10 0.25 0.35 0.39 0.30
O4' 0.05 0.14 0.03 0.06 0.12 0.01 0.08 0.02 0.07 0.08 0.15 0.12 0.17 0.06 0.15 0.04 0.04 0.11 0.12 0.06
O5' 0.27 0.24 0.45 0.54 0.35 0.38 0.38 0.41 0.36 0.30 0.27 0.38 0.16 0.28 0.67 0.25 0.50 0.63 0.69 0.56
OP1 0.45 0.33 0.74 0.86 0.38 0.65 0.45 0.67 0.46 0.42 0.31 0.37 0.26 0.64 1.10 0.43 0.74 0.93 0.91 0.80
OP2 0.01 0.01 0.20 0.30 0.12 0.11 0.15 0.14 0.11 0.04 0.04 0.17 0.10 0.04 0.46 0.04 0.25 0.41 0.48 0.33
P 0.12 0.08 0.35 0.46 0.19 0.27 0.24 0.30 0.21 0.14 0.11 0.23 0.01 0.19 0.65 0.09 0.40 0.56 0.61 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C2 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.03 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.05 0.10 0.06
C4 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.00 0.04 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
C5 0.00 0.01 0.03 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.01 0.06 0.08 0.10 0.07
C5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.02 0.06 0.07 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
N3 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.05 0.01 0.03 0.04 0.06 0.04
N4 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.11 0.00 0.04 0.07 0.08 0.06
O2 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.17 0.05 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01
O2' 0.02 0.11 0.01 0.03 0.04 0.08 0.00 0.08 0.01 0.04 0.09 0.04 0.17 0.00 0.07 0.05 0.08 0.12 0.11 0.09
O3' 0.03 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.14 0.00 0.13 0.06 0.05 0.11 0.05 0.07 0.00 0.02 0.06 0.07 0.13 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03
O5' 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.04 0.00 0.08 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.02 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.07 0.00 0.12 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.05 0.06 0.10 0.08 0.04 0.10 0.02 0.08 0.05 0.06 0.08 0.03 0.11 0.13 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.06 0.01 0.09 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00