ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53163

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4' A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
N6 A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.000, 0.051, 0.102, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C4' B 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
N7 A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C8 A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O3' B 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C3' B 0, 0.000, 0.060, 0.121, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C5' B 0, 0.000, 0.084, 0.167, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.084 std_dev=0.084
C2' A 0, 0.000, 0.084, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O4' B 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O5' B 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C2' B 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
OP2 B 0, 0.000, 0.105, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.105 std_dev=0.105
OP1 B 0, 0.000, 0.107, 0.215, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
P B 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C1' B 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
O2' B 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C5' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C6 B 0, 0.000, 0.132, 0.264, 0.264 max_d=0.264 avg_d=0.132 std_dev=0.132
N1 B 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
OP2 A 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
O2' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.000, 0.172, 0.344, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.172 std_dev=0.172
P A 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
C2 B 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C4 B 0, 0.000, 0.241, 0.481, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O2 B 0, 0.000, 0.242, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.242 std_dev=0.242
N3 B 0, 0.000, 0.270, 0.539, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.270 std_dev=0.270
N4 B 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
OP1 A 0, 0.000, 0.293, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.293 std_dev=0.293

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.04 0.02 0.07 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00
N6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05
N7 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.05 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01
O2' 0.01 0.07 0.00 0.04 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.07 0.07
O3' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
O5' 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.02 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02
C2' 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00
C3' 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.02 0.02 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00
C5 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01
C5' 0.03 0.03 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00
C8 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01
N1 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
N3 0.01 0.02 0.05 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02
N6 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01
N7 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00
N9 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
O2' 0.07 0.09 0.09 0.08 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.10 0.05 0.07 0.05 0.05 0.05 0.09 0.05
O3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02
O4' 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01
O5' 0.06 0.05 0.09 0.08 0.03 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.08 0.07 0.04 0.05 0.05 0.08 0.05
OP1 0.05 0.04 0.09 0.07 0.02 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.08 0.07 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03
OP2 0.04 0.02 0.07 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.07 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04
P 0.04 0.03 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.07 0.05 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00
C4 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02
N4 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01
O2 0.02 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.06 0.05 0.08 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
O5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00