ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53166

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O3' A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
C3' A 0, 0.000, 0.092, 0.183, 0.183 max_d=0.183 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
O4' A 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O2' A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C4' A 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
C5' A 0, 0.000, 0.325, 0.650, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O2 B 0, 0.000, 0.333, 0.666, 0.666 max_d=0.666 avg_d=0.333 std_dev=0.333
C2 B 0, 0.000, 0.540, 1.080, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.540 std_dev=0.540
O5' A 0, 0.000, 0.547, 1.094, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.547 std_dev=0.547
N3 B 0, 0.000, 0.592, 1.183, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.592 std_dev=0.592
P A 0, 0.000, 0.649, 1.299, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.649 std_dev=0.649
O2' B 0, 0.000, 0.755, 1.509, 1.509 max_d=1.509 avg_d=0.755 std_dev=0.755
C1' B 0, 0.000, 0.794, 1.588, 1.588 max_d=1.588 avg_d=0.794 std_dev=0.794
C2' B 0, 0.000, 0.815, 1.631, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.815 std_dev=0.815
N1 B 0, 0.000, 0.821, 1.643, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.821 std_dev=0.821
C4 B 0, 0.000, 0.896, 1.792, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.896 std_dev=0.896
O4 B 0, 0.000, 0.900, 1.801, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.900 std_dev=0.900
O4' B 0, 0.000, 0.924, 1.849, 1.849 max_d=1.849 avg_d=0.924 std_dev=0.924
O5' B 0, 0.000, 0.946, 1.892, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.946 std_dev=0.946
C3' B 0, 0.000, 0.986, 1.972, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.986 std_dev=0.986
OP2 A 0, 0.000, 0.986, 1.973, 1.973 max_d=1.973 avg_d=0.986 std_dev=0.986
C4' B 0, 0.000, 0.993, 1.986, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.993 std_dev=0.993
O3' B 0, 0.000, 1.071, 2.143, 2.143 max_d=2.143 avg_d=1.071 std_dev=1.071
OP1 B 0, 0.000, 1.092, 2.185, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.092 std_dev=1.092
C6 B 0, 0.000, 1.160, 2.319, 2.319 max_d=2.319 avg_d=1.160 std_dev=1.160
C5' B 0, 0.000, 1.175, 2.350, 2.350 max_d=2.350 avg_d=1.175 std_dev=1.175
C5 B 0, 0.000, 1.202, 2.405, 2.405 max_d=2.405 avg_d=1.202 std_dev=1.202
P B 0, 0.000, 1.379, 2.758, 2.758 max_d=2.758 avg_d=1.379 std_dev=1.379
OP1 A 0, 0.000, 1.384, 2.769, 2.769 max_d=2.769 avg_d=1.384 std_dev=1.384
OP2 B 0, 0.000, 1.910, 3.820, 3.820 max_d=3.820 avg_d=1.910 std_dev=1.910

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.13 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04 0.10 0.01 0.22 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.02 0.06 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.22 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.12 0.06 0.26 0.15
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.17 0.35 0.21
C5' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.15 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.16 0.16 0.36 0.21
C8 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.19 0.23 0.36 0.24
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.13 0.08 0.29 0.16
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.04 0.09 0.03 0.18 0.10
N6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.20 0.25 0.42 0.26
N7 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.20 0.27 0.40 0.26
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.13 0.09 0.25 0.16
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.03
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.18 0.25 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.05 0.19 0.10
O5' 0.08 0.10 0.08 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.16 0.19 0.13 0.09 0.20 0.20 0.13 0.07 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.09 0.17 0.03 0.16 0.23 0.08 0.03 0.25 0.27 0.09 0.00 0.18 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.22 0.06 0.22 0.26 0.08 0.35 0.15 0.36 0.36 0.29 0.18 0.42 0.40 0.25 0.10 0.25 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.10 0.12 0.05 0.03 0.15 0.00 0.21 0.00 0.21 0.24 0.16 0.10 0.26 0.26 0.16 0.03 0.07 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.23 0.10 0.07 0.31 0.07 0.32 0.07 0.29 0.25 0.27 0.18 0.03 0.02 0.33 0.17 0.06 0.03 0.04 0.06
C2 0.03 0.16 0.02 0.04 0.23 0.06 0.20 0.04 0.16 0.13 0.22 0.13 0.12 0.10 0.26 0.01 0.02 0.03 0.14 0.05
C2' 0.14 0.23 0.06 0.01 0.29 0.01 0.27 0.00 0.24 0.21 0.27 0.21 0.01 0.09 0.32 0.11 0.01 0.03 0.14 0.01
C3' 0.17 0.24 0.09 0.04 0.30 0.05 0.30 0.04 0.27 0.23 0.27 0.20 0.02 0.05 0.33 0.15 0.04 0.00 0.10 0.04
C4 0.15 0.23 0.09 0.05 0.29 0.03 0.29 0.03 0.26 0.23 0.27 0.19 0.01 0.02 0.31 0.12 0.03 0.01 0.08 0.02
C4' 0.23 0.25 0.16 0.13 0.32 0.14 0.35 0.14 0.33 0.28 0.27 0.18 0.11 0.05 0.33 0.23 0.10 0.08 0.01 0.12
C5 0.18 0.25 0.14 0.09 0.30 0.05 0.29 0.04 0.27 0.25 0.28 0.21 0.07 0.03 0.31 0.13 0.03 0.01 0.07 0.03
C5' 0.28 0.28 0.23 0.20 0.35 0.20 0.37 0.18 0.36 0.32 0.30 0.23 0.20 0.13 0.35 0.27 0.13 0.11 0.04 0.16
C6 0.12 0.23 0.11 0.06 0.26 0.00 0.25 0.01 0.22 0.20 0.25 0.21 0.02 0.01 0.27 0.05 0.00 0.01 0.11 0.02
C8 0.25 0.28 0.20 0.15 0.34 0.13 0.35 0.11 0.34 0.30 0.30 0.23 0.15 0.08 0.35 0.21 0.08 0.05 0.01 0.10
N1 0.03 0.18 0.01 0.01 0.23 0.06 0.19 0.05 0.15 0.13 0.22 0.16 0.10 0.06 0.25 0.01 0.03 0.03 0.14 0.06
N3 0.09 0.19 0.02 0.01 0.27 0.02 0.25 0.01 0.21 0.17 0.24 0.15 0.08 0.08 0.29 0.06 0.01 0.01 0.11 0.01
N6 0.14 0.22 0.18 0.11 0.23 0.01 0.22 0.02 0.21 0.21 0.23 0.21 0.12 0.08 0.24 0.04 0.01 0.01 0.11 0.02
N7 0.26 0.28 0.22 0.17 0.32 0.13 0.34 0.10 0.33 0.30 0.30 0.23 0.18 0.11 0.33 0.20 0.07 0.05 0.02 0.08
N9 0.20 0.25 0.13 0.09 0.32 0.08 0.33 0.07 0.30 0.26 0.29 0.20 0.06 0.01 0.34 0.17 0.06 0.03 0.04 0.06
O2' 0.07 0.21 0.03 0.08 0.26 0.07 0.22 0.08 0.18 0.16 0.26 0.20 0.11 0.19 0.30 0.04 0.04 0.08 0.22 0.07
O3' 0.16 0.23 0.06 0.02 0.31 0.05 0.31 0.06 0.28 0.23 0.27 0.18 0.02 0.08 0.34 0.16 0.06 0.02 0.08 0.05
O4' 0.24 0.25 0.17 0.14 0.33 0.15 0.36 0.15 0.34 0.29 0.27 0.17 0.11 0.07 0.34 0.24 0.11 0.09 0.04 0.14
O5' 0.49 0.43 0.45 0.43 0.49 0.44 0.55 0.42 0.56 0.50 0.43 0.35 0.43 0.39 0.48 0.49 0.35 0.34 0.29 0.39
OP1 0.64 0.44 0.64 0.69 0.49 0.71 0.63 0.73 0.67 0.59 0.40 0.32 0.64 0.69 0.44 0.69 0.59 0.64 0.58 0.68
OP2 0.79 0.72 0.67 0.69 0.84 0.77 0.94 0.81 0.93 0.83 0.74 0.59 0.59 0.59 0.84 0.86 0.75 0.73 0.72 0.82
P 0.60 0.50 0.55 0.55 0.59 0.58 0.67 0.58 0.68 0.60 0.51 0.40 0.51 0.50 0.57 0.63 0.50 0.50 0.47 0.56

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.22 0.08
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.14 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.28 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.09 0.30 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.22 0.04
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.06
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.15 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.15 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.09
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06
O2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.06 0.03 0.01 0.15 0.08
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.06 0.28 0.04
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.14 0.16 0.31 0.01
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.08 0.18 0.09
O5' 0.03 0.01 0.05 0.10 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.14 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.01 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.06 0.16 0.02 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.22 0.14 0.28 0.30 0.04 0.22 0.07 0.15 0.15 0.17 0.08 0.15 0.28 0.31 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.08 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.01 0.08 0.09 0.06 0.08 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00