ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 53167

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O4' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C4' A 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
P A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O5' A 0, 0.000, 0.067, 0.134, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.000, 0.073, 0.146, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.000, 0.087, 0.173, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.087 std_dev=0.087
OP1 A 0, 0.000, 0.090, 0.180, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C5' A 0, 0.000, 0.095, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.095 std_dev=0.095
OP2 A 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O2' A 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
O3' B 0, 0.000, 0.129, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O2' B 0, 0.000, 0.138, 0.276, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C2' B 0, 0.000, 0.154, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.154 std_dev=0.154
C3' B 0, 0.000, 0.165, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.165 std_dev=0.165
OP2 B 0, 0.000, 0.182, 0.364, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O3' A 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C1' B 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
C4' B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C6 B 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
P B 0, 0.000, 0.245, 0.489, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
N1 B 0, 0.000, 0.266, 0.532, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.266 std_dev=0.266
OP1 B 0, 0.000, 0.267, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C5 B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C5' B 0, 0.000, 0.279, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.279 std_dev=0.279
O5' B 0, 0.000, 0.281, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C2 B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C4 B 0, 0.000, 0.357, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.357 std_dev=0.357
O2 B 0, 0.000, 0.381, 0.763, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.381 std_dev=0.381
N3 B 0, 0.000, 0.389, 0.779, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.389 std_dev=0.389
O4 B 0, 0.000, 0.425, 0.850, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.425

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.03 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00
C8 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.03 0.00
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
N6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.07 0.03 0.01
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.10 0.04 0.04
O3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.10 0.08
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00
O5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.06 0.09 0.09 0.06 0.07 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.10 0.16 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.06 0.00 0.04 0.04 0.09 0.07 0.00 0.02 0.11 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03
C2 0.01 0.08 0.00 0.00 0.10 0.02 0.07 0.02 0.05 0.04 0.11 0.08 0.03 0.00 0.12 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02
C2' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.07 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01
C3' 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02
C4 0.03 0.09 0.02 0.02 0.11 0.01 0.08 0.01 0.06 0.06 0.11 0.09 0.01 0.02 0.13 0.01 0.03 0.02 0.07 0.04
C4' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.07 0.02 0.05 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02 0.03 0.08 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03
C5 0.05 0.10 0.04 0.04 0.12 0.03 0.10 0.03 0.08 0.08 0.12 0.11 0.02 0.03 0.13 0.03 0.05 0.03 0.07 0.05
C5' 0.06 0.07 0.06 0.06 0.09 0.06 0.08 0.06 0.07 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.10 0.05 0.06 0.07 0.10 0.07
C6 0.06 0.11 0.04 0.04 0.12 0.03 0.10 0.03 0.08 0.09 0.12 0.11 0.02 0.03 0.12 0.03 0.04 0.03 0.07 0.05
C8 0.06 0.10 0.05 0.04 0.12 0.04 0.09 0.04 0.08 0.08 0.12 0.11 0.03 0.04 0.13 0.04 0.05 0.04 0.08 0.06
N1 0.02 0.10 0.02 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.07 0.06 0.12 0.10 0.02 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.07 0.03
N3 0.00 0.07 0.01 0.00 0.10 0.02 0.07 0.02 0.04 0.04 0.10 0.07 0.02 0.01 0.12 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02
N6 0.09 0.11 0.07 0.05 0.12 0.06 0.11 0.06 0.10 0.10 0.12 0.11 0.05 0.04 0.12 0.07 0.06 0.05 0.08 0.06
N7 0.07 0.11 0.05 0.05 0.12 0.05 0.10 0.05 0.09 0.09 0.12 0.11 0.04 0.04 0.13 0.06 0.06 0.05 0.08 0.06
N9 0.03 0.09 0.03 0.03 0.11 0.02 0.08 0.02 0.06 0.06 0.11 0.10 0.02 0.03 0.13 0.02 0.03 0.02 0.07 0.04
O2' 0.05 0.00 0.05 0.05 0.03 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04 0.00 0.03
O3' 0.06 0.03 0.07 0.07 0.00 0.06 0.02 0.06 0.04 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.01 0.06 0.06 0.06 0.03 0.05
O4' 0.04 0.08 0.03 0.03 0.10 0.03 0.08 0.03 0.06 0.06 0.10 0.09 0.03 0.04 0.11 0.02 0.04 0.03 0.07 0.05
O5' 0.05 0.08 0.05 0.05 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.06 0.09 0.08 0.04 0.05 0.10 0.04 0.06 0.05 0.08 0.06
OP1 0.10 0.15 0.09 0.09 0.16 0.09 0.14 0.09 0.12 0.12 0.17 0.16 0.08 0.09 0.18 0.08 0.10 0.09 0.13 0.11
OP2 0.02 0.07 0.01 0.01 0.09 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.09 0.08 0.00 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02
P 0.05 0.09 0.04 0.04 0.11 0.04 0.08 0.04 0.06 0.07 0.11 0.10 0.03 0.04 0.12 0.03 0.05 0.04 0.08 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02
O2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
O4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
O5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00